More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mpal_2387 on replicon NC_011832
Organism: Methanosphaerula palustris E1-9c



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011832  Mpal_2387  30S ribosomal protein S4P  100 
 
 		 181 aa  369  1e-101  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.331094  normal  0.66938 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_2224  30S ribosomal protein S4P  66.85 
 
 		 185 aa  249  2e-65  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1801  30S ribosomal protein S4P  62.92 
 
 		 182 aa  232  2.0000000000000002e-60  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.147092  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2901  30S ribosomal protein S4P  62.36 
 
 		 181 aa  229  1e-59  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.104435  normal  1 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1246  30S ribosomal protein S4P  57.78 
 
 		 181 aa  212  1.9999999999999998e-54  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  decreased coverage  0.0000703727  normal  1 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0037  30S ribosomal protein S4P  51.74 
 
 		 184 aa  184  6e-46  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1619  30S ribosomal protein S4P  51.74 
 
 		 183 aa  184  7e-46  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.630311  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0077  30S ribosomal protein S4P  52 
 
 		 216 aa  182  2.0000000000000003e-45  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2553  ribosomal protein S4  49.4 
 
 		 173 aa  166  2e-40  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0421  ribosomal protein S4  45.83 
 
 		 173 aa  164  8e-40  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_1100  30S ribosomal protein S4P  45.66 
 
 		 177 aa  160  9e-39  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_1397  ribosomal protein S4  48.3 
 
 		 187 aa  159  2e-38  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  0.861603  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1817  30S ribosomal protein S4P  48.81 
 
 		 175 aa  158  4e-38  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2523  30S ribosomal protein S4P  45.83 
 
 		 169 aa  153  1e-36  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.0154222  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0258  30S ribosomal protein S4P  49.7 
 
 		 172 aa  150  1e-35  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2590  30S ribosomal protein S4P  44.05 
 
 		 173 aa  144  5e-34  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.325159  normal  0.37704 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0565  30S ribosomal protein S4P  42.2 
 
 		 178 aa  137  8.999999999999999e-32  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  0.75862 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0273  30S ribosomal protein S4P  41.62 
 
 		 178 aa  137  1e-31  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0631  30S ribosomal protein S4P  41.62 
 
 		 178 aa  135  2e-31  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_1054  ribosomal protein S4  45.51 
 
 		 181 aa  135  3.0000000000000003e-31  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  decreased coverage  0.00520973  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1353  30S ribosomal protein S4P  41.62 
 
 		 178 aa  135  4e-31  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.49235  n/a   
 
 
-
 
NC_011675  PHATRDRAFT_6847  predicted protein  44.3 
 
 		 167 aa  120  7e-27  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.118356  n/a   
 
 
-
 
BN001303  ANIA_04803  hypothetical protein similar to 40S ribosomal protein S9 (Broad)  42.94 
 
 		 193 aa  120  9.999999999999999e-27  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0324  30S ribosomal protein S4P  41.88 
 
 		 201 aa  115  3.9999999999999997e-25  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1103  30S ribosomal protein S4P  41.57 
 
 		 181 aa  114  6e-25  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  0.798829  normal  1 
 
 
-
 
NC_006687  CNE02160  hypothetical protein  41.98 
 
 		 193 aa  114  7.999999999999999e-25  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_2147  30S ribosomal protein S4P  41.21 
 
 		 180 aa  112  2.0000000000000002e-24  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  hitchhiker  0.00000000057291  hitchhiker  0.000326283 
 
 
-
 
NC_009363  OSTLU_94716  Ribosomal protein S9, component of cytosolic 80S ribosome and 40S small subunit  41.04 
 
 		 194 aa  113  2.0000000000000002e-24  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  1  normal  0.321448 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_1422  30S ribosomal protein S4P  42.24 
 
 		 159 aa  108  5e-23  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  0.186865  normal  1 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0909  30S ribosomal protein S4P  42.47 
 
 		 159 aa  107  7.000000000000001e-23  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009043  PICST_77059  predicted protein  38.89 
 
 		 189 aa  107  7.000000000000001e-23  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  0.425894  normal  0.528605 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_1893  30S ribosomal protein S4P  41.61 
 
 		 159 aa  104  8e-22  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_0971  30S ribosomal protein S4P  39.75 
 
 		 159 aa  104  9e-22  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  0.160491 
 
 
-
 
NC_008532  STER_1973  30S ribosomal protein S4  55.93 
 
 		 203 aa  68.6  0.00000000004  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  unclonable  0.000000312348  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0500  30S ribosomal protein S4  64.58 
 
 		 201 aa  67  0.0000000001  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  unclonable  0.0000000000000917743  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG2137  30S ribosomal protein S4  56.14 
 
 		 203 aa  66.6  0.0000000002  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  unclonable  0.0000101892  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1226  30S ribosomal protein S4  63.27 
 
 		 224 aa  66.6  0.0000000002  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1841  30S ribosomal protein S4  50.79 
 
 		 206 aa  66.2  0.0000000003  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.470668  normal  0.674871 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3383  ribosomal protein S4  65.22 
 
 		 201 aa  65.1  0.0000000005  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0715  30S ribosomal protein S4  68.18 
 
 		 200 aa  65.1  0.0000000005  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0094  30S ribosomal protein S4  43.53 
 
 		 208 aa  65.1  0.0000000005  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  0.0810213  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4485  30S ribosomal protein S4  62.5 
 
 		 200 aa  65.1  0.0000000005  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.644744  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2724  30S ribosomal protein S4  65.91 
 
 		 200 aa  64.7  0.0000000007  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00000000198678  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0471  30S ribosomal protein S4  62.5 
 
 		 200 aa  64.7  0.0000000008  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000100944  hitchhiker  4.8786299999999993e-20 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1254  SSU ribosomal protein S4P  53.7 
 
 		 209 aa  64.3  0.0000000009  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.119667  normal  0.172003 
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0206  30S ribosomal protein S4  42.35 
 
 		 208 aa  64.3  0.0000000009  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3327  30S ribosomal protein S4  65.91 
 
 		 200 aa  63.5  0.000000001  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.00000248743  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1009  30S ribosomal protein S4  63.04 
 
 		 208 aa  63.9  0.000000001  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.262144  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1752  30S ribosomal protein S4  63.04 
 
 		 208 aa  63.9  0.000000001  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  decreased coverage  0.000068654  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4790  30S ribosomal protein S4  65.91 
 
 		 200 aa  63.5  0.000000001  Bacillus cereus AH187  Bacteria  decreased coverage  0.0000000781758  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_01440  SSU ribosomal protein S4P  63.64 
 
 		 197 aa  63.2  0.000000002  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.164406  normal  0.69794 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4793  30S ribosomal protein S4  65.91 
 
 		 200 aa  63.5  0.000000002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  decreased coverage  0.00592592  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE1766  30S ribosomal protein S4  60.87 
 
 		 208 aa  62.8  0.000000002  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.534162  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4554  30S ribosomal protein S4  65.91 
 
 		 200 aa  63.5  0.000000002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.00000221474  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4389  30S ribosomal protein S4  65.91 
 
 		 200 aa  63.5  0.000000002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  decreased coverage  0.000645812  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4399  30S ribosomal protein S4  65.91 
 
 		 200 aa  63.5  0.000000002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000278276  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4908  30S ribosomal protein S4  65.91 
 
 		 200 aa  63.5  0.000000002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.0786166  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4773  30S ribosomal protein S4  65.91 
 
 		 200 aa  63.5  0.000000002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4764  30S ribosomal protein S4  65.91 
 
 		 200 aa  63.5  0.000000002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  decreased coverage  0.0013865  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2668  30S ribosomal protein S4  51.92 
 
 		 197 aa  63.2  0.000000002  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.544911  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2354  30S ribosomal protein S4  51.92 
 
 		 197 aa  63.2  0.000000002  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0300  30S ribosomal protein S4  63.64 
 
 		 203 aa  63.2  0.000000002  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  hitchhiker  0.00214384  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1548  ribosomal protein S4  56.82 
 
 		 197 aa  62.8  0.000000002  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3670  ribosomal protein S4  63.64 
 
 		 201 aa  63.2  0.000000002  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1171  30S ribosomal protein S4  53.12 
 
 		 201 aa  62.8  0.000000003  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0340  ribosomal protein S4  60.87 
 
 		 195 aa  62.8  0.000000003  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0292  30S ribosomal protein S4  54.55 
 
 		 207 aa  62.8  0.000000003  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000188387  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1842  SSU ribosomal protein S4P  63.64 
 
 		 203 aa  62.4  0.000000003  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0763  RNA-binding S4 domain-containing protein  50.85 
 
 		 211 aa  62.4  0.000000004  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1947  30S ribosomal protein S4  58.7 
 
 		 208 aa  62.4  0.000000004  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.134861  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1581  30S ribosomal protein S4  58.7 
 
 		 208 aa  62.4  0.000000004  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4287  30S ribosomal protein S4  55.17 
 
 		 208 aa  62  0.000000005  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000360056 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0333  30S ribosomal protein S4  65.91 
 
 		 208 aa  62  0.000000005  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.0897396  decreased coverage  0.000428085 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0058  30S ribosomal protein S4  61.36 
 
 		 208 aa  62  0.000000005  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_04260  30S ribosomal protein S4  60.87 
 
 		 202 aa  61.6  0.000000006  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.342435  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2805  ribosomal protein S4  63.64 
 
 		 208 aa  61.6  0.000000006  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  unclonable  0.00000000815748  decreased coverage  0.00000000563481 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1134  ribosomal protein S4  61.36 
 
 		 197 aa  61.6  0.000000007  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  hitchhiker  0.00609491  normal  0.0863667 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_01440  ribosomal protein S4  55.17 
 
 		 208 aa  61.6  0.000000007  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00000107934  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_19720  SSU ribosomal protein S4P  61.36 
 
 		 198 aa  61.2  0.000000008  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  decreased coverage  0.000575799  normal  0.771365 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4291  ribosomal protein S4  54.55 
 
 		 209 aa  60.5  0.00000001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4480  ribosomal protein S4  63.04 
 
 		 208 aa  60.5  0.00000001  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.131718  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3896  30S ribosomal protein S4  53.45 
 
 		 208 aa  60.8  0.00000001  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1141  30S ribosomal protein S4  61.36 
 
 		 201 aa  60.5  0.00000001  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.273227 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2931  SSU ribosomal protein S4P  60.87 
 
 		 208 aa  60.5  0.00000001  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.0070755  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1112  30S ribosomal protein S4  61.36 
 
 		 201 aa  60.5  0.00000001  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3968  ribosomal protein S4  58.7 
 
 		 195 aa  60.8  0.00000001  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0894  30S ribosomal protein S4  58.7 
 
 		 206 aa  60.1  0.00000001  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.00000013906  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1129  30S ribosomal protein S4  61.36 
 
 		 201 aa  60.5  0.00000001  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.433147  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4000  ribosomal protein S4  58.82 
 
 		 206 aa  59.7  0.00000002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  hitchhiker  0.00226649  hitchhiker  0.000661916 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1775  30S ribosomal protein S4  61.36 
 
 		 200 aa  60.1  0.00000002  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  decreased coverage  0.000000344809  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6584  30S ribosomal protein S4  58.7 
 
 		 201 aa  60.1  0.00000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.234143  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0264  30S ribosomal protein S4  54.17 
 
 		 204 aa  60.1  0.00000002  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4971  30S ribosomal protein S4  59.09 
 
 		 201 aa  60.1  0.00000002  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.557252 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1810  30S ribosomal protein S4  61.36 
 
 		 200 aa  60.1  0.00000002  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000029578  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0416  30S ribosomal protein S4  54.9 
 
 		 205 aa  59.7  0.00000002  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.338288  normal  0.0195935 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3876  30S ribosomal protein S4  56.52 
 
 		 202 aa  59.7  0.00000002  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1435  30S ribosomal protein S4  59.09 
 
 		 201 aa  60.1  0.00000002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2592  30S ribosomal protein S4  50.91 
 
 		 205 aa  58.9  0.00000003  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.0221081  normal  0.907343 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1216  30S ribosomal protein S4  59.09 
 
 		 208 aa  58.9  0.00000003  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.0261994 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1117  30S ribosomal protein S4  60.87 
 
 		 208 aa  58.9  0.00000004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.614224  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>