More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Apar_1134 on replicon NC_013203
Organism: Atopobium parvulum DSM 20469



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013203  Apar_1134  ribosomal protein S4  100 
 
 		 197 aa  406  1.0000000000000001e-112  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  hitchhiker  0.00609491  normal  0.0863667 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_01440  SSU ribosomal protein S4P  75.76 
 
 		 197 aa  310  6.999999999999999e-84  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.164406  normal  0.69794 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_19720  SSU ribosomal protein S4P  76.38 
 
 		 198 aa  309  2e-83  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  decreased coverage  0.000575799  normal  0.771365 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2805  ribosomal protein S4  70.66 
 
 		 208 aa  242  1.9999999999999999e-63  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  unclonable  0.00000000815748  decreased coverage  0.00000000563481 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3640  RNA-binding S4 domain-containing protein  57.58 
 
 		 198 aa  215  4e-55  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.0000000883875  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0340  ribosomal protein S4  52.53 
 
 		 195 aa  214  5e-55  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3968  ribosomal protein S4  50.51 
 
 		 195 aa  213  9.999999999999999e-55  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1548  ribosomal protein S4  52.28 
 
 		 197 aa  207  1e-52  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_01440  ribosomal protein S4  47.6 
 
 		 208 aa  194  6e-49  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00000107934  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1007  ribosomal protein S4  48.56 
 
 		 206 aa  194  7e-49  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.000000469854  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2684  30S ribosomal protein S4  48.56 
 
 		 208 aa  192  3e-48  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  decreased coverage  0.000106865  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0592  30S ribosomal protein S4  57.32 
 
 		 208 aa  191  4e-48  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2931  SSU ribosomal protein S4P  51.78 
 
 		 208 aa  191  4e-48  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.0070755  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3876  30S ribosomal protein S4  50.25 
 
 		 202 aa  192  4e-48  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4971  30S ribosomal protein S4  50.25 
 
 		 201 aa  190  1e-47  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.557252 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1435  30S ribosomal protein S4  50.25 
 
 		 201 aa  190  1e-47  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2432  30S ribosomal protein S4  55.56 
 
 		 208 aa  188  4e-47  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1117  30S ribosomal protein S4  55.49 
 
 		 208 aa  187  5.999999999999999e-47  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.614224  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3302  30S ribosomal protein S4  45.67 
 
 		 208 aa  185  4e-46  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00160725 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0959  30S ribosomal protein S4  45.67 
 
 		 208 aa  185  4e-46  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.317804  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1112  30S ribosomal protein S4  49.75 
 
 		 201 aa  185  4e-46  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1141  30S ribosomal protein S4  49.75 
 
 		 201 aa  185  4e-46  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.273227 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1129  30S ribosomal protein S4  49.75 
 
 		 201 aa  185  4e-46  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.433147  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0786  ribosomal protein S4  56.17 
 
 		 208 aa  184  5e-46  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.0220407  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4480  ribosomal protein S4  57.32 
 
 		 208 aa  184  7e-46  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.131718  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5046  30S ribosomal protein S4  56.33 
 
 		 207 aa  183  2.0000000000000003e-45  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0313  30S ribosomal protein S4  47.12 
 
 		 208 aa  183  2.0000000000000003e-45  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.977941  normal  0.670617 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0894  30S ribosomal protein S4  49.01 
 
 		 206 aa  182  3e-45  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.00000013906  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0333  30S ribosomal protein S4  56.71 
 
 		 208 aa  181  4.0000000000000006e-45  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.0897396  decreased coverage  0.000428085 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0344  30S ribosomal protein S4  55.06 
 
 		 207 aa  181  6e-45  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.311272  decreased coverage  0.0000419462 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_04260  30S ribosomal protein S4  48.77 
 
 		 202 aa  181  8.000000000000001e-45  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.342435  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0705  30S ribosomal protein S4  50.62 
 
 		 208 aa  181  8.000000000000001e-45  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00000946412  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1091  30S ribosomal protein S4  53.09 
 
 		 208 aa  180  1e-44  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.510995  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3383  ribosomal protein S4  48.77 
 
 		 201 aa  180  1e-44  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_09100  30S ribosomal protein S4  53.99 
 
 		 206 aa  180  1e-44  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.908313 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1718  ribosomal protein S4  57.41 
 
 		 208 aa  179  2e-44  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.000000245759  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4287  30S ribosomal protein S4  54.27 
 
 		 208 aa  179  2e-44  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000360056 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1046  30S ribosomal protein S4  55.7 
 
 		 207 aa  180  2e-44  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2305  ribosomal protein S4  52.15 
 
 		 209 aa  179  2e-44  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.00950883  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0625  30S ribosomal protein S4  54.43 
 
 		 207 aa  179  2e-44  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0861  30S ribosomal protein S4  52.76 
 
 		 206 aa  179  2.9999999999999997e-44  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2724  30S ribosomal protein S4  49.02 
 
 		 200 aa  179  2.9999999999999997e-44  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00000000198678  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4218  30S ribosomal protein S4  53.8 
 
 		 207 aa  179  2.9999999999999997e-44  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_20600  30S ribosomal protein S4  47.78 
 
 		 202 aa  179  2.9999999999999997e-44  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.725693  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5056  30S ribosomal protein S4  52.44 
 
 		 206 aa  178  4.999999999999999e-44  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00247728  normal  0.244863 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0609  30S ribosomal protein S4  54.55 
 
 		 209 aa  178  4.999999999999999e-44  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.19344  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_06490  30S ribosomal protein S4  53.99 
 
 		 206 aa  178  4.999999999999999e-44  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3885  30S ribosomal protein S4  52.44 
 
 		 206 aa  178  4.999999999999999e-44  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0632608  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6584  30S ribosomal protein S4  48.77 
 
 		 201 aa  177  5.999999999999999e-44  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.234143  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3896  30S ribosomal protein S4  53.66 
 
 		 208 aa  177  5.999999999999999e-44  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2750  ribosomal protein S4  52.47 
 
 		 208 aa  177  7e-44  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.462639  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2302  30S ribosomal protein S4  54.43 
 
 		 207 aa  177  8e-44  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0397  30S ribosomal protein S4  53.8 
 
 		 207 aa  177  1e-43  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0252  RNA-binding S4 domain-containing protein  55.56 
 
 		 208 aa  177  1e-43  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  decreased coverage  0.000000365501  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0715  30S ribosomal protein S4  47.55 
 
 		 200 aa  176  1e-43  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0405  30S ribosomal protein S4  53.8 
 
 		 207 aa  177  1e-43  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.916178  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0791  30S ribosomal protein S4  44.71 
 
 		 208 aa  176  2e-43  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.068053  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0868  ribosomal protein S4  49.02 
 
 		 200 aa  176  2e-43  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.392716  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2998  ribosomal protein S4  48.56 
 
 		 206 aa  176  2e-43  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00785982 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3980  ribosomal protein S4  50.31 
 
 		 209 aa  176  2e-43  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0454614  normal  1 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1156  ribosomal protein S4  43.07 
 
 		 208 aa  176  2e-43  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  0.000923588  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3670  ribosomal protein S4  48.77 
 
 		 201 aa  176  3e-43  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4939  ribosomal protein S4  46.45 
 
 		 211 aa  175  3e-43  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.00864494  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1171  30S ribosomal protein S4  47.29 
 
 		 201 aa  175  3e-43  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2129  SSU ribosomal protein S4P  50 
 
 		 200 aa  176  3e-43  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0414725  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1172  30S ribosomal protein S4  54.27 
 
 		 201 aa  176  3e-43  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1372  30S ribosomal protein S4  50.62 
 
 		 208 aa  175  4e-43  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.179279  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4291  ribosomal protein S4  53.94 
 
 		 209 aa  175  4e-43  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0685  30S ribosomal protein S4  52.44 
 
 		 208 aa  175  4e-43  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0242  30S ribosomal protein S4  55.56 
 
 		 208 aa  174  6e-43  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0650  ribosomal protein S4  50.61 
 
 		 206 aa  174  7e-43  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.955539  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4525  30S ribosomal protein S4  50.61 
 
 		 206 aa  174  7e-43  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.815516  normal  0.577839 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2300  30S ribosomal protein S4  51.53 
 
 		 206 aa  174  7e-43  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.50143  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13495  30S ribosomal protein S4  46.31 
 
 		 201 aa  174  8e-43  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000412742  normal  0.375665 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0500  30S ribosomal protein S4  52.53 
 
 		 207 aa  174  8e-43  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002950  PG1912  30S ribosomal protein S4  50.82 
 
 		 201 aa  174  9.999999999999999e-43  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3472  30S ribosomal protein S4  53.8 
 
 		 207 aa  173  9.999999999999999e-43  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.393268 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0652  30S ribosomal protein S4  52.53 
 
 		 208 aa  174  9.999999999999999e-43  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000063481 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0222  SSU ribosomal protein S4P  48.1 
 
 		 209 aa  173  9.999999999999999e-43  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  0.745829 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0963  30S ribosomal protein S4  46.15 
 
 		 208 aa  174  9.999999999999999e-43  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.877521  normal  0.697465 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2150  30S ribosomal protein S4  52.76 
 
 		 206 aa  173  9.999999999999999e-43  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00000017924  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2040  ribosomal protein S4  48.78 
 
 		 208 aa  173  1.9999999999999998e-42  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.00652573  hitchhiker  0.00144976 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0208  30S ribosomal protein S4  51.53 
 
 		 206 aa  173  1.9999999999999998e-42  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.000000624869  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0352  30S ribosomal protein S4  53.16 
 
 		 207 aa  172  2.9999999999999996e-42  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.243977 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1937  30S ribosomal protein S4  53.16 
 
 		 208 aa  172  2.9999999999999996e-42  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1825  30S ribosomal protein S4  44.12 
 
 		 203 aa  172  2.9999999999999996e-42  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2734  30S ribosomal protein S4  53.16 
 
 		 207 aa  172  2.9999999999999996e-42  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0373  30S ribosomal protein S4  53.16 
 
 		 207 aa  172  2.9999999999999996e-42  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.762852  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4252  ribosomal protein S4  53.37 
 
 		 206 aa  172  2.9999999999999996e-42  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.00000019621  unclonable  0.00000000000276102 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2044  30S ribosomal protein S4  53.09 
 
 		 208 aa  172  3.9999999999999995e-42  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0881453  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1920  30S ribosomal protein S4  53.09 
 
 		 208 aa  172  3.9999999999999995e-42  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1013  30S ribosomal protein S4  52.76 
 
 		 206 aa  172  3.9999999999999995e-42  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.000212014  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1959  30S ribosomal protein S4  53.09 
 
 		 208 aa  172  3.9999999999999995e-42  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0871  SSU ribosomal protein S4P  51.53 
 
 		 208 aa  172  3.9999999999999995e-42  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000406188  hitchhiker  0.0058792 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4666  30S ribosomal protein S4  52.15 
 
 		 206 aa  171  5e-42  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0000332608  unclonable  0.00000000965042 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2994  30S ribosomal protein S4  51.9 
 
 		 207 aa  171  5.999999999999999e-42  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.63256 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00753  30S ribosomal protein S4  51.53 
 
 		 206 aa  171  5.999999999999999e-42  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001718  SSU ribosomal protein S4p (S9e)  51.53 
 
 		 206 aa  171  5.999999999999999e-42  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000000581298  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0301  30S ribosomal protein S4  53.16 
 
 		 207 aa  171  5.999999999999999e-42  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.152221  normal  0.0772792 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1943  ribosomal protein S4  44.23 
 
 		 208 aa  171  5.999999999999999e-42  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>