More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Noca_3876 on replicon NC_008699
Organism: Nocardioides sp. JS614



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008699  Noca_3876  30S ribosomal protein S4  100 
 
 
202 aa  417  1e-116  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_04260  30S ribosomal protein S4  74.75 
 
 
202 aa  324  7e-88  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.342435  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1141  30S ribosomal protein S4  74.13 
 
 
201 aa  319  1.9999999999999998e-86  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.273227 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1112  30S ribosomal protein S4  74.13 
 
 
201 aa  319  1.9999999999999998e-86  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1129  30S ribosomal protein S4  74.13 
 
 
201 aa  319  1.9999999999999998e-86  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.433147  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6584  30S ribosomal protein S4  74.63 
 
 
201 aa  316  2e-85  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.234143  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3383  ribosomal protein S4  73.63 
 
 
201 aa  315  3e-85  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3670  ribosomal protein S4  72.64 
 
 
201 aa  313  9.999999999999999e-85  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4971  30S ribosomal protein S4  72.14 
 
 
201 aa  311  4.999999999999999e-84  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.557252 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1435  30S ribosomal protein S4  72.14 
 
 
201 aa  311  4.999999999999999e-84  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13495  30S ribosomal protein S4  71.14 
 
 
201 aa  310  1e-83  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000412742  normal  0.375665 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1171  30S ribosomal protein S4  69.15 
 
 
201 aa  302  2.0000000000000002e-81  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_20600  30S ribosomal protein S4  68.16 
 
 
202 aa  289  2e-77  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.725693  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1216  30S ribosomal protein S4  65.38 
 
 
208 aa  282  3.0000000000000004e-75  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.0261994 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4291  ribosomal protein S4  67.46 
 
 
209 aa  273  2.0000000000000002e-72  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0963  30S ribosomal protein S4  64.42 
 
 
208 aa  272  3e-72  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.877521  normal  0.697465 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3896  30S ribosomal protein S4  63.94 
 
 
208 aa  266  1e-70  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4287  30S ribosomal protein S4  63.46 
 
 
208 aa  266  2e-70  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  decreased coverage  0.000360056 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0333  30S ribosomal protein S4  63.94 
 
 
208 aa  266  2e-70  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.0897396  decreased coverage  0.000428085 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0592  30S ribosomal protein S4  64.42 
 
 
208 aa  260  1e-68  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1117  30S ribosomal protein S4  62.98 
 
 
208 aa  259  2e-68  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.614224  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6023  30S ribosomal protein S4  63.16 
 
 
209 aa  257  1e-67  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.181485 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4480  ribosomal protein S4  62.5 
 
 
208 aa  255  3e-67  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.131718  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0609  30S ribosomal protein S4  62.2 
 
 
209 aa  255  4e-67  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.19344  normal 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2684  30S ribosomal protein S4  54.81 
 
 
208 aa  216  2e-55  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  decreased coverage  0.000106865  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0705  30S ribosomal protein S4  52.88 
 
 
208 aa  211  4.9999999999999996e-54  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00000946412  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0959  30S ribosomal protein S4  53.85 
 
 
208 aa  210  1e-53  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.317804  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0058  30S ribosomal protein S4  54.33 
 
 
208 aa  210  1e-53  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1825  30S ribosomal protein S4  53.2 
 
 
203 aa  209  2e-53  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0315  30S ribosomal protein S4  52.22 
 
 
203 aa  209  2e-53  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000187386  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3302  30S ribosomal protein S4  53.37 
 
 
208 aa  209  3e-53  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00160725 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2432  30S ribosomal protein S4  55.77 
 
 
208 aa  208  5e-53  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1752  30S ribosomal protein S4  53.85 
 
 
208 aa  207  1e-52  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  decreased coverage  0.000068654  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1740  30S ribosomal protein S4  52.88 
 
 
208 aa  206  2e-52  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.0408943  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0313  30S ribosomal protein S4  54.33 
 
 
208 aa  205  4e-52  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.977941  normal  0.670617 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2040  ribosomal protein S4  51.92 
 
 
208 aa  205  4e-52  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.00652573  hitchhiker  0.00144976 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1943  ribosomal protein S4  53.85 
 
 
208 aa  204  5e-52  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4666  30S ribosomal protein S4  52.91 
 
 
206 aa  204  6e-52  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0000332608  unclonable  0.00000000965042 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2232  30S ribosomal protein S4  52.4 
 
 
208 aa  204  7e-52  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.0017217  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2832  30S ribosomal protein S4  52.4 
 
 
208 aa  204  8e-52  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.80203  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4295  30S ribosomal protein S4  52.91 
 
 
206 aa  204  8e-52  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000502229  hitchhiker  0.00000000110473 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0685  30S ribosomal protein S4  52.88 
 
 
208 aa  203  1e-51  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2203  30S ribosomal protein S4  52.22 
 
 
203 aa  203  1e-51  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.00000000224183  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1091  30S ribosomal protein S4  52.4 
 
 
208 aa  203  1e-51  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.510995  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_2038  30S ribosomal protein S4  52.71 
 
 
203 aa  203  2e-51  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  decreased coverage  0.00000016478  normal  0.289482 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0206  30S ribosomal protein S4  52.71 
 
 
203 aa  202  2e-51  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  0.000707941  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1372  30S ribosomal protein S4  52.88 
 
 
208 aa  202  2e-51  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.179279  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1009  30S ribosomal protein S4  51.92 
 
 
208 aa  202  2e-51  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.262144  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0094  30S ribosomal protein S4  53.37 
 
 
208 aa  202  3e-51  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  0.0810213  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0326  30S ribosomal protein S4  51.92 
 
 
208 aa  202  3e-51  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE1766  30S ribosomal protein S4  53.37 
 
 
208 aa  201  4e-51  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.534162  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0206  30S ribosomal protein S4  51.92 
 
 
208 aa  202  4e-51  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1947  30S ribosomal protein S4  53.37 
 
 
208 aa  201  6e-51  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.134861  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1581  30S ribosomal protein S4  53.37 
 
 
208 aa  201  6e-51  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1172  30S ribosomal protein S4  51.23 
 
 
201 aa  200  9.999999999999999e-51  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0894  30S ribosomal protein S4  54.33 
 
 
206 aa  200  9.999999999999999e-51  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.00000013906  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1007  ribosomal protein S4  51.44 
 
 
206 aa  200  9.999999999999999e-51  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.000000469854  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0182  30S ribosomal protein S4  52.43 
 
 
206 aa  200  9.999999999999999e-51  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.000000162542  hitchhiker  0.00157389 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00962  30S ribosomal protein S4  52.91 
 
 
206 aa  200  9.999999999999999e-51  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.00755213  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0172  30S ribosomal protein S4  51.94 
 
 
206 aa  199  1.9999999999999998e-50  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  unclonable  0.000000000508668  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0223  30S ribosomal protein S4  51.94 
 
 
206 aa  199  1.9999999999999998e-50  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00230473  unclonable  0.0000000000516884 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2750  ribosomal protein S4  50.48 
 
 
208 aa  199  3e-50  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.462639  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0255  30S ribosomal protein S4  51.94 
 
 
206 aa  199  3e-50  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0786  ribosomal protein S4  52.4 
 
 
208 aa  199  3e-50  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.0220407  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1718  ribosomal protein S4  50.96 
 
 
208 aa  199  3e-50  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.000000245759  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0223  30S ribosomal protein S4  51.94 
 
 
206 aa  199  3e-50  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000007109  unclonable  0.0000000000236085 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0218  30S ribosomal protein S4  51.94 
 
 
206 aa  199  3e-50  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.000114073  hitchhiker  0.00573009 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1937  30S ribosomal protein S4  51.44 
 
 
208 aa  199  3e-50  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0237  30S ribosomal protein S4  52.43 
 
 
206 aa  199  3e-50  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00000435795  unclonable  0.0000101717 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0652  30S ribosomal protein S4  51.92 
 
 
208 aa  198  3.9999999999999996e-50  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000063481 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2931  SSU ribosomal protein S4P  52.88 
 
 
208 aa  197  6e-50  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.0070755  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2805  ribosomal protein S4  53.11 
 
 
208 aa  198  6e-50  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  unclonable  0.00000000815748  decreased coverage  0.00000000563481 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2044  30S ribosomal protein S4  50.48 
 
 
208 aa  196  1.0000000000000001e-49  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0881453  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1920  30S ribosomal protein S4  50.48 
 
 
208 aa  196  1.0000000000000001e-49  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1013  30S ribosomal protein S4  52.43 
 
 
206 aa  197  1.0000000000000001e-49  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.000212014  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0264  30S ribosomal protein S4  55.88 
 
 
204 aa  197  1.0000000000000001e-49  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1959  30S ribosomal protein S4  50.48 
 
 
208 aa  196  1.0000000000000001e-49  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0208  30S ribosomal protein S4  50.97 
 
 
206 aa  196  2.0000000000000003e-49  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.000000624869  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2129  SSU ribosomal protein S4P  52.48 
 
 
200 aa  196  2.0000000000000003e-49  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0414725  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2397  30S ribosomal protein S4  49.26 
 
 
203 aa  196  2.0000000000000003e-49  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.0284002  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0715  30S ribosomal protein S4  50.99 
 
 
200 aa  195  3e-49  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0223  30S ribosomal protein S4  50.97 
 
 
206 aa  195  4.0000000000000005e-49  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000278242  normal  0.0713336 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0220  30S ribosomal protein S4  50.97 
 
 
206 aa  195  4.0000000000000005e-49  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00000964484  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4146  30S ribosomal protein S4  50.97 
 
 
206 aa  195  4.0000000000000005e-49  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00000109466  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4032  30S ribosomal protein S4  50.97 
 
 
206 aa  195  4.0000000000000005e-49  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000000124947  hitchhiker  0.0000000000798632 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3735  30S ribosomal protein S4  50.97 
 
 
206 aa  194  5.000000000000001e-49  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0000110035  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0194  30S ribosomal protein S4  51.46 
 
 
206 aa  195  5.000000000000001e-49  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000000127646  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2270  30S ribosomal protein S4  49.75 
 
 
203 aa  194  6e-49  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.0573155  hitchhiker  0.0031746 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2305  ribosomal protein S4  51.67 
 
 
209 aa  194  6e-49  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.00950883  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0861  30S ribosomal protein S4  51.46 
 
 
206 aa  194  7e-49  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_09100  30S ribosomal protein S4  51.94 
 
 
206 aa  194  7e-49  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.908313 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001718  SSU ribosomal protein S4p (S9e)  51.46 
 
 
206 aa  193  1e-48  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000000581298  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0318  ribosomal protein S4  51.46 
 
 
206 aa  193  1e-48  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.665336  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00753  30S ribosomal protein S4  51.46 
 
 
206 aa  193  1e-48  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2686  30S ribosomal protein S4  53.37 
 
 
206 aa  193  1e-48  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2371  30S ribosomal protein S4  53.37 
 
 
206 aa  193  1e-48  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.210121  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3500  30S ribosomal protein S4  51.46 
 
 
206 aa  193  1e-48  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0101758  hitchhiker  0.0000000843675 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2613  30S ribosomal protein S4  51.46 
 
 
206 aa  192  2e-48  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.872553  normal  0.744433 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2150  30S ribosomal protein S4  51.94 
 
 
206 aa  192  3e-48  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00000017924  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1581  ribosomal protein S4  50.48 
 
 
208 aa  192  3e-48  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.075327  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>