More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rcas_4000 on replicon NC_009767
Organism: Roseiflexus castenholzii DSM 13941



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009767  Rcas_4000  ribosomal protein S4  100 
 
 		 206 aa  416  9.999999999999999e-116  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  hitchhiker  0.00226649  hitchhiker  0.000661916 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1159  ribosomal protein S4  94.66 
 
 		 206 aa  401  1e-111  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  hitchhiker  0.000286157  normal  0.0899698 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2998  ribosomal protein S4  81.07 
 
 		 206 aa  341  4e-93  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00785982 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4939  ribosomal protein S4  61.61 
 
 		 211 aa  248  3e-65  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.00864494  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0715  30S ribosomal protein S4  56.8 
 
 		 200 aa  224  7e-58  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2724  30S ribosomal protein S4  57.28 
 
 		 200 aa  223  1e-57  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00000000198678  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2432  30S ribosomal protein S4  55.19 
 
 		 208 aa  215  4e-55  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_01440  ribosomal protein S4  51.89 
 
 		 208 aa  209  3e-53  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00000107934  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1718  ribosomal protein S4  50.94 
 
 		 208 aa  207  7e-53  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.000000245759  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0894  30S ribosomal protein S4  50 
 
 		 206 aa  203  1e-51  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.00000013906  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0313  30S ribosomal protein S4  50.47 
 
 		 208 aa  203  2e-51  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.977941  normal  0.670617 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2305  ribosomal protein S4  50.94 
 
 		 209 aa  201  6e-51  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.00950883  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2684  30S ribosomal protein S4  50.47 
 
 		 208 aa  200  9.999999999999999e-51  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  decreased coverage  0.000106865  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3302  30S ribosomal protein S4  51.42 
 
 		 208 aa  200  9.999999999999999e-51  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00160725 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0959  30S ribosomal protein S4  50.94 
 
 		 208 aa  199  1.9999999999999998e-50  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.317804  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2129  SSU ribosomal protein S4P  50.97 
 
 		 200 aa  199  1.9999999999999998e-50  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0414725  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG1912  30S ribosomal protein S4  50.49 
 
 		 201 aa  198  6e-50  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3980  ribosomal protein S4  50.23 
 
 		 209 aa  197  6e-50  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0454614  normal  1 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0437  ribosomal protein S4  53.59 
 
 		 203 aa  197  1.0000000000000001e-49  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  hitchhiker  0.000069036  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0628  ribosomal protein S4  50.49 
 
 		 202 aa  196  1.0000000000000001e-49  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1841  30S ribosomal protein S4  50 
 
 		 206 aa  197  1.0000000000000001e-49  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.470668  normal  0.674871 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1943  ribosomal protein S4  51.87 
 
 		 208 aa  197  1.0000000000000001e-49  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2397  30S ribosomal protein S4  49.3 
 
 		 203 aa  197  1.0000000000000001e-49  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.0284002  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_04260  30S ribosomal protein S4  53.4 
 
 		 202 aa  196  2.0000000000000003e-49  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.342435  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4218  30S ribosomal protein S4  51.18 
 
 		 207 aa  196  2.0000000000000003e-49  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2203  30S ribosomal protein S4  47.57 
 
 		 203 aa  196  3e-49  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.00000000224183  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1372  30S ribosomal protein S4  49.06 
 
 		 208 aa  196  3e-49  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.179279  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2880  ribosomal protein S4  50 
 
 		 205 aa  195  4.0000000000000005e-49  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5046  30S ribosomal protein S4  51.66 
 
 		 207 aa  195  4.0000000000000005e-49  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0202  ribosomal protein S4  50.97 
 
 		 203 aa  195  5.000000000000001e-49  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3327  30S ribosomal protein S4  50 
 
 		 200 aa  195  5.000000000000001e-49  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.00000248743  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1091  30S ribosomal protein S4  49.06 
 
 		 208 aa  195  5.000000000000001e-49  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.510995  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4485  30S ribosomal protein S4  49.51 
 
 		 200 aa  194  6e-49  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.644744  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0405  30S ribosomal protein S4  51.66 
 
 		 207 aa  194  7e-49  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.916178  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0397  30S ribosomal protein S4  51.66 
 
 		 207 aa  194  8.000000000000001e-49  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4764  30S ribosomal protein S4  49.51 
 
 		 200 aa  194  9e-49  Bacillus cereus B4264  Bacteria  decreased coverage  0.0013865  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1156  ribosomal protein S4  48.11 
 
 		 208 aa  193  1e-48  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  0.000923588  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4793  30S ribosomal protein S4  49.51 
 
 		 200 aa  194  1e-48  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  decreased coverage  0.00592592  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4554  30S ribosomal protein S4  49.51 
 
 		 200 aa  194  1e-48  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.00000221474  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4389  30S ribosomal protein S4  49.51 
 
 		 200 aa  194  1e-48  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  decreased coverage  0.000645812  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4399  30S ribosomal protein S4  49.51 
 
 		 200 aa  194  1e-48  Bacillus cereus E33L  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000278276  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4908  30S ribosomal protein S4  49.51 
 
 		 200 aa  194  1e-48  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.0786166  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4790  30S ribosomal protein S4  49.51 
 
 		 200 aa  193  1e-48  Bacillus cereus AH187  Bacteria  decreased coverage  0.0000000781758  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0500  30S ribosomal protein S4  49.76 
 
 		 201 aa  194  1e-48  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  unclonable  0.0000000000000917743  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4773  30S ribosomal protein S4  49.51 
 
 		 200 aa  194  1e-48  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1046  30S ribosomal protein S4  51.18 
 
 		 207 aa  192  2e-48  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0344  30S ribosomal protein S4  51.66 
 
 		 207 aa  193  2e-48  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.311272  decreased coverage  0.0000419462 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0500  30S ribosomal protein S4  51.18 
 
 		 207 aa  193  2e-48  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0705  30S ribosomal protein S4  48.11 
 
 		 208 aa  192  2e-48  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00000946412  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2270  30S ribosomal protein S4  46.45 
 
 		 203 aa  192  3e-48  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.0573155  hitchhiker  0.0031746 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1172  30S ribosomal protein S4  48.79 
 
 		 201 aa  192  4e-48  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0471  30S ribosomal protein S4  49.03 
 
 		 200 aa  191  5e-48  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000100944  hitchhiker  4.8786299999999993e-20 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1825  30S ribosomal protein S4  45.63 
 
 		 203 aa  191  6e-48  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2040  ribosomal protein S4  50 
 
 		 208 aa  191  7e-48  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.00652573  hitchhiker  0.00144976 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0104  30S ribosomal protein S4  50.47 
 
 		 208 aa  191  7e-48  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.166577 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0652  30S ribosomal protein S4  48.58 
 
 		 208 aa  191  7e-48  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000063481 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0685  30S ribosomal protein S4  50.7 
 
 		 208 aa  191  7e-48  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1007  ribosomal protein S4  48.61 
 
 		 206 aa  191  8e-48  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.000000469854  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0206  30S ribosomal protein S4  46.92 
 
 		 203 aa  191  9e-48  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  0.000707941  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_2038  30S ribosomal protein S4  46.86 
 
 		 203 aa  190  1e-47  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  decreased coverage  0.00000016478  normal  0.289482 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0625  30S ribosomal protein S4  51.18 
 
 		 207 aa  190  1e-47  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0264  30S ribosomal protein S4  51.2 
 
 		 204 aa  190  1e-47  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0058  30S ribosomal protein S4  50 
 
 		 208 aa  190  1e-47  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1740  30S ribosomal protein S4  50.7 
 
 		 208 aa  189  2e-47  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.0408943  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2931  SSU ribosomal protein S4P  49.06 
 
 		 208 aa  190  2e-47  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.0070755  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1775  30S ribosomal protein S4  49.51 
 
 		 200 aa  189  2e-47  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  decreased coverage  0.000000344809  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0083  30S ribosomal protein S4  51.18 
 
 		 206 aa  190  2e-47  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  decreased coverage  0.000000323728  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2302  30S ribosomal protein S4  51.18 
 
 		 207 aa  190  2e-47  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1810  30S ribosomal protein S4  49.51 
 
 		 200 aa  189  2e-47  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000029578  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0315  30S ribosomal protein S4  46.12 
 
 		 203 aa  189  2e-47  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000187386  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0326  30S ribosomal protein S4  50 
 
 		 208 aa  189  2.9999999999999997e-47  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2686  30S ribosomal protein S4  48.83 
 
 		 206 aa  189  2.9999999999999997e-47  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2814  30S ribosomal protein S4  51.17 
 
 		 207 aa  189  2.9999999999999997e-47  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0136866  normal  0.264944 
 
 
-
 
NC_008532  STER_1973  30S ribosomal protein S4  49.76 
 
 		 203 aa  189  2.9999999999999997e-47  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  unclonable  0.000000312348  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0786  ribosomal protein S4  49.3 
 
 		 208 aa  188  4e-47  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.0220407  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2371  30S ribosomal protein S4  48.36 
 
 		 206 aa  188  4e-47  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.210121  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0094  30S ribosomal protein S4  50 
 
 		 208 aa  187  5.999999999999999e-47  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  0.0810213  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2832  30S ribosomal protein S4  47.64 
 
 		 208 aa  187  8e-47  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.80203  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0861  30S ribosomal protein S4  49.52 
 
 		 206 aa  187  8e-47  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0301  30S ribosomal protein S4  50.24 
 
 		 207 aa  187  1e-46  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.152221  normal  0.0772792 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0868  ribosomal protein S4  50.49 
 
 		 200 aa  187  1e-46  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.392716  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2592  30S ribosomal protein S4  48.08 
 
 		 205 aa  187  1e-46  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.0221081  normal  0.907343 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1752  30S ribosomal protein S4  49.53 
 
 		 208 aa  187  1e-46  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  decreased coverage  0.000068654  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1842  SSU ribosomal protein S4P  47.09 
 
 		 203 aa  187  1e-46  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0223  30S ribosomal protein S4  49.05 
 
 		 206 aa  187  1e-46  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00230473  unclonable  0.0000000000516884 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0237  30S ribosomal protein S4  48.57 
 
 		 206 aa  187  1e-46  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00000435795  unclonable  0.0000101717 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0255  30S ribosomal protein S4  48.57 
 
 		 206 aa  186  2e-46  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1009  30S ribosomal protein S4  49.06 
 
 		 208 aa  186  2e-46  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.262144  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4369  ribosomal protein S4  50 
 
 		 201 aa  186  2e-46  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.663068  normal  0.672175 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0182  30S ribosomal protein S4  47.62 
 
 		 206 aa  186  2e-46  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.000000162542  hitchhiker  0.00157389 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0223  30S ribosomal protein S4  48.57 
 
 		 206 aa  186  2e-46  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000007109  unclonable  0.0000000000236085 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0218  30S ribosomal protein S4  48.57 
 
 		 206 aa  186  2e-46  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.000114073  hitchhiker  0.00573009 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4252  ribosomal protein S4  48.82 
 
 		 206 aa  185  3e-46  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.00000019621  unclonable  0.00000000000276102 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0352  30S ribosomal protein S4  49.76 
 
 		 207 aa  185  4e-46  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.243977 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2734  30S ribosomal protein S4  49.76 
 
 		 207 aa  185  4e-46  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0292  30S ribosomal protein S4  49.76 
 
 		 213 aa  185  4e-46  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_09100  30S ribosomal protein S4  49.05 
 
 		 206 aa  185  4e-46  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.908313 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0373  30S ribosomal protein S4  49.76 
 
 		 207 aa  185  4e-46  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.762852  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3472  30S ribosomal protein S4  49.76 
 
 		 207 aa  184  5e-46  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.393268 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3403  30S ribosomal protein S4  49.51 
 
 		 204 aa  185  5e-46  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0173311  normal  0.29529 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>