More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene DhcVS_443 on replicon NC_013552
Organism: Dehalococcoides sp. VS



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013552  DhcVS_443  ribosomal protein S4  100 
 
 		 207 aa  429  1e-119  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  0.0000105703  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0501  30S ribosomal protein S4  98.07 
 
 		 207 aa  422  1e-117  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  hitchhiker  0.000100385  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0478  30S ribosomal protein S4  98.48 
 
 		 197 aa  401  1e-111  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.000000852694  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2684  30S ribosomal protein S4  51.92 
 
 		 208 aa  223  1e-57  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  decreased coverage  0.000106865  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2432  30S ribosomal protein S4  50.96 
 
 		 208 aa  220  9.999999999999999e-57  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_01440  ribosomal protein S4  48.56 
 
 		 208 aa  220  9.999999999999999e-57  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00000107934  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1156  ribosomal protein S4  49.04 
 
 		 208 aa  213  1.9999999999999998e-54  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  0.000923588  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0894  30S ribosomal protein S4  50.24 
 
 		 206 aa  212  1.9999999999999998e-54  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.00000013906  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2931  SSU ribosomal protein S4P  48.08 
 
 		 208 aa  211  7e-54  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.0070755  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0786  ribosomal protein S4  48.56 
 
 		 208 aa  211  9e-54  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.0220407  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0313  30S ribosomal protein S4  48.08 
 
 		 208 aa  210  1e-53  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.977941  normal  0.670617 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2305  ribosomal protein S4  47.37 
 
 		 209 aa  209  3e-53  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.00950883  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1718  ribosomal protein S4  49.04 
 
 		 208 aa  209  3e-53  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.000000245759  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2371  30S ribosomal protein S4  49.04 
 
 		 206 aa  203  1e-51  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.210121  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2686  30S ribosomal protein S4  48.56 
 
 		 206 aa  202  2e-51  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3980  ribosomal protein S4  44.5 
 
 		 209 aa  198  3.9999999999999996e-50  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0454614  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2040  ribosomal protein S4  48.33 
 
 		 208 aa  198  6e-50  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.00652573  hitchhiker  0.00144976 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2805  ribosomal protein S4  46.63 
 
 		 208 aa  196  2.0000000000000003e-49  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  unclonable  0.00000000815748  decreased coverage  0.00000000563481 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0959  30S ribosomal protein S4  46.89 
 
 		 208 aa  196  2.0000000000000003e-49  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.317804  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1007  ribosomal protein S4  50.24 
 
 		 206 aa  196  2.0000000000000003e-49  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.000000469854  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3302  30S ribosomal protein S4  46.89 
 
 		 208 aa  196  3e-49  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00160725 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0791  30S ribosomal protein S4  48.08 
 
 		 208 aa  195  4.0000000000000005e-49  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.068053  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4939  ribosomal protein S4  49.06 
 
 		 211 aa  193  1e-48  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.00864494  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0871  SSU ribosomal protein S4P  44.71 
 
 		 208 aa  193  1e-48  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000406188  hitchhiker  0.0058792 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0252  RNA-binding S4 domain-containing protein  48.56 
 
 		 208 aa  194  1e-48  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  decreased coverage  0.000000365501  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0727  30S ribosomal protein S4  45.24 
 
 		 209 aa  192  2e-48  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0104  30S ribosomal protein S4  47.37 
 
 		 208 aa  193  2e-48  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.166577 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0242  30S ribosomal protein S4  49.04 
 
 		 208 aa  192  3e-48  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1372  30S ribosomal protein S4  45.93 
 
 		 208 aa  192  4e-48  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.179279  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1091  30S ribosomal protein S4  47.37 
 
 		 208 aa  191  5e-48  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.510995  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1581  ribosomal protein S4  45.93 
 
 		 208 aa  191  5e-48  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.075327  normal  1 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1319  30S ribosomal protein S4  44.02 
 
 		 209 aa  191  8e-48  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000360982  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1367  30S ribosomal protein S4  44.02 
 
 		 209 aa  191  8e-48  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  hitchhiker  0.000845169  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2232  30S ribosomal protein S4  47.85 
 
 		 208 aa  190  1e-47  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.0017217  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0449  30S ribosomal protein S4  47.37 
 
 		 208 aa  189  2e-47  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0010581  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2998  ribosomal protein S4  48.34 
 
 		 206 aa  190  2e-47  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00785982 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0705  30S ribosomal protein S4  46.41 
 
 		 208 aa  189  2e-47  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00000946412  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2750  ribosomal protein S4  44.71 
 
 		 208 aa  189  2.9999999999999997e-47  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.462639  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0685  30S ribosomal protein S4  46.89 
 
 		 208 aa  189  2.9999999999999997e-47  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1740  30S ribosomal protein S4  47.37 
 
 		 208 aa  187  8e-47  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.0408943  normal  1 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1111  30S ribosomal protein S4  44.02 
 
 		 209 aa  187  1e-46  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  decreased coverage  0.0000000499385  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0732  RNA-binding S4 domain-containing protein  44.23 
 
 		 208 aa  187  1e-46  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00130119  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1254  SSU ribosomal protein S4P  48.1 
 
 		 209 aa  185  5e-46  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.119667  normal  0.172003 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4000  ribosomal protein S4  47.37 
 
 		 206 aa  184  7e-46  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  hitchhiker  0.00226649  hitchhiker  0.000661916 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0980  30S ribosomal protein S4  45.45 
 
 		 209 aa  184  1.0000000000000001e-45  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.40186  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0652  30S ribosomal protein S4  44.98 
 
 		 208 aa  184  1.0000000000000001e-45  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000063481 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0353  ribosomal protein S4  46.63 
 
 		 208 aa  182  2.0000000000000003e-45  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.152733  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2832  30S ribosomal protein S4  44.02 
 
 		 208 aa  183  2.0000000000000003e-45  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.80203  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0429  30S ribosomal protein S4  45.71 
 
 		 209 aa  182  2.0000000000000003e-45  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.857828  normal  0.0845292 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0523  ribosomal protein S4  46.63 
 
 		 208 aa  182  2.0000000000000003e-45  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.645379  unclonable  0.0000000000198285 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0222  SSU ribosomal protein S4P  46.67 
 
 		 209 aa  183  2.0000000000000003e-45  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  0.745829 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1861  ribosomal protein S4  44.71 
 
 		 208 aa  182  3e-45  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3313  30S ribosomal protein S4  44.98 
 
 		 209 aa  182  3e-45  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1937  30S ribosomal protein S4  44.02 
 
 		 208 aa  181  6e-45  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2044  30S ribosomal protein S4  44.02 
 
 		 208 aa  181  9.000000000000001e-45  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0881453  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1959  30S ribosomal protein S4  44.02 
 
 		 208 aa  181  9.000000000000001e-45  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1920  30S ribosomal protein S4  44.02 
 
 		 208 aa  181  9.000000000000001e-45  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1159  ribosomal protein S4  46.89 
 
 		 206 aa  180  1e-44  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  hitchhiker  0.000286157  normal  0.0899698 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0344  30S ribosomal protein S4  44.29 
 
 		 209 aa  181  1e-44  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.423009  unclonable  0.0000000464518 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0592  30S ribosomal protein S4  44.98 
 
 		 208 aa  179  2.9999999999999997e-44  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1117  30S ribosomal protein S4  44.98 
 
 		 208 aa  179  2.9999999999999997e-44  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.614224  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1497  ribosomal protein S4  47.85 
 
 		 208 aa  179  4e-44  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2129  SSU ribosomal protein S4P  44.23 
 
 		 200 aa  176  2e-43  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0414725  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0333  30S ribosomal protein S4  45.45 
 
 		 208 aa  173  9.999999999999999e-43  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.0897396  decreased coverage  0.000428085 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2994  30S ribosomal protein S4  43.06 
 
 		 207 aa  172  1.9999999999999998e-42  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.63256 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1825  30S ribosomal protein S4  43.54 
 
 		 203 aa  171  5e-42  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3896  30S ribosomal protein S4  45.45 
 
 		 208 aa  171  7.999999999999999e-42  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4291  ribosomal protein S4  44.29 
 
 		 209 aa  171  1e-41  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4480  ribosomal protein S4  45.93 
 
 		 208 aa  170  1e-41  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.131718  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4287  30S ribosomal protein S4  45.45 
 
 		 208 aa  169  2e-41  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000360056 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3155  30S ribosomal protein S4  42.58 
 
 		 207 aa  169  3e-41  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2300  30S ribosomal protein S4  44.34 
 
 		 206 aa  168  4e-41  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.50143  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_2038  30S ribosomal protein S4  43.81 
 
 		 203 aa  168  5e-41  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  decreased coverage  0.00000016478  normal  0.289482 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1810  30S ribosomal protein S4  44.5 
 
 		 200 aa  168  6e-41  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000029578  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1775  30S ribosomal protein S4  44.5 
 
 		 200 aa  168  6e-41  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  decreased coverage  0.000000344809  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2925  30S ribosomal protein S4  42.11 
 
 		 207 aa  166  2e-40  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000227191 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1842  SSU ribosomal protein S4P  43.75 
 
 		 203 aa  166  2e-40  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3292  30S ribosomal protein S4  41.15 
 
 		 207 aa  165  4e-40  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0083  30S ribosomal protein S4  42.58 
 
 		 206 aa  165  5e-40  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  decreased coverage  0.000000323728  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0182  30S ribosomal protein S4  41.63 
 
 		 206 aa  165  5e-40  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.000000162542  hitchhiker  0.00157389 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0340  ribosomal protein S4  41.35 
 
 		 195 aa  165  5e-40  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4295  30S ribosomal protein S4  41.15 
 
 		 206 aa  164  5.9999999999999996e-40  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000502229  hitchhiker  0.00000000110473 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2270  30S ribosomal protein S4  41.15 
 
 		 203 aa  164  5.9999999999999996e-40  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.0573155  hitchhiker  0.0031746 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0315  30S ribosomal protein S4  40.38 
 
 		 203 aa  164  5.9999999999999996e-40  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000187386  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2348  30S ribosomal protein S4  40.19 
 
 		 206 aa  164  6.9999999999999995e-40  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1943  ribosomal protein S4  41.35 
 
 		 208 aa  164  6.9999999999999995e-40  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4666  30S ribosomal protein S4  41.15 
 
 		 206 aa  164  6.9999999999999995e-40  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0000332608  unclonable  0.00000000965042 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2814  30S ribosomal protein S4  42.11 
 
 		 207 aa  164  8e-40  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0136866  normal  0.264944 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3272  30S ribosomal protein S4  41.63 
 
 		 207 aa  164  8e-40  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00373853 
 
 
-
 
NC_002976  SERP1284  30S ribosomal protein S4  44.98 
 
 		 200 aa  164  9e-40  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  decreased coverage  0.00000240031  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0500  30S ribosomal protein S4  44.76 
 
 		 201 aa  164  9e-40  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  unclonable  0.0000000000000917743  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0609  30S ribosomal protein S4  44.76 
 
 		 209 aa  163  1.0000000000000001e-39  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.19344  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2724  30S ribosomal protein S4  43.33 
 
 		 200 aa  164  1.0000000000000001e-39  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00000000198678  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2203  30S ribosomal protein S4  42.86 
 
 		 203 aa  164  1.0000000000000001e-39  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.00000000224183  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0715  30S ribosomal protein S4  42.58 
 
 		 200 aa  163  2.0000000000000002e-39  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3727  30S ribosomal protein S4  41.63 
 
 		 206 aa  162  2.0000000000000002e-39  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.00253397  hitchhiker  0.00505868 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1013  30S ribosomal protein S4  41.15 
 
 		 206 aa  162  2.0000000000000002e-39  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.000212014  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1134  ribosomal protein S4  48.73 
 
 		 197 aa  163  2.0000000000000002e-39  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  hitchhiker  0.00609491  normal  0.0863667 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3327  30S ribosomal protein S4  43.54 
 
 		 200 aa  162  3e-39  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.00000248743  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3043  30S ribosomal protein S4  41.15 
 
 		 207 aa  162  3e-39  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.249876  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>