207 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_0928 on replicon NC_009952
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009952  Dshi_0928  hypothetical protein  100 
 
 		 267 aa  532  1e-150  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3936  H+-transporting two-sector ATPase, delta (OSCP) subunit  41.71 
 
 		 491 aa  183  3e-45  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0135  RND family efflux transporter MFP subunit  39.84 
 
 		 455 aa  183  3e-45  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.301436  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0177  hypothetical protein  46.05 
 
 		 509 aa  181  7e-45  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06365  hypothetical protein  39.22 
 
 		 577 aa  180  2e-44  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0715  putative cation efflux system protein  41.67 
 
 		 489 aa  179  4.999999999999999e-44  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4857  cation efflux system protein CusB  38.99 
 
 		 529 aa  178  9e-44  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1930  membrane-fusion protein-like  40.37 
 
 		 629 aa  176  2e-43  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.3695  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001396  probable Co/Zn/Cd efflux system membrane fusion protein  38.4 
 
 		 571 aa  177  2e-43  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00319  putative cation efflux system protein  40.55 
 
 		 672 aa  176  3e-43  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2393  RND family efflux transporter MFP subunit  37.5 
 
 		 525 aa  166  2.9999999999999998e-40  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1389  RND family efflux transporter MFP subunit  40.34 
 
 		 502 aa  166  4e-40  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.545507 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1715  putative cation efflux system transmembrane protein  34.08 
 
 		 500 aa  161  1e-38  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.0232855  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1369  RND family efflux transporter MFP subunit  35.02 
 
 		 488 aa  149  5e-35  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.271399  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1529  secretion protein HlyD  30.42 
 
 		 467 aa  138  1e-31  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4172  RND family efflux transporter MFP subunit  33.19 
 
 		 513 aa  132  6e-30  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4303  RND family efflux transporter MFP subunit  33.19 
 
 		 514 aa  132  6.999999999999999e-30  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.0717978 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0163  RND family efflux transporter MFP subunit  33.19 
 
 		 513 aa  132  6.999999999999999e-30  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004349  SO_A0154  heavy metal efflux protein, putative  33.19 
 
 		 513 aa  131  9e-30  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  normal  0.235604  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4102  efflux transporter, RND family, MFP subunit  33.19 
 
 		 513 aa  132  9e-30  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3855  RND family efflux transporter MFP subunit  34.53 
 
 		 502 aa  129  5.0000000000000004e-29  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4431  RND family efflux transporter MFP subunit  34.35 
 
 		 683 aa  129  6e-29  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.746059 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2263  heavy metal efflux pump membrane fusion protein, putative  34.23 
 
 		 422 aa  128  9.000000000000001e-29  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3782  RND family efflux transporter MFP subunit  34.53 
 
 		 502 aa  127  2.0000000000000002e-28  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1553  RND family efflux transporter MFP subunit  36.36 
 
 		 715 aa  127  2.0000000000000002e-28  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2479  secretion protein HlyD  31.56 
 
 		 504 aa  126  3e-28  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.518843  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1407  secretion protein HlyD  32.48 
 
 		 540 aa  126  3e-28  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3508  secretion protein HlyD  31.53 
 
 		 460 aa  126  4.0000000000000003e-28  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0150  RND family efflux transporter MFP subunit  32.76 
 
 		 509 aa  126  4.0000000000000003e-28  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0999403  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0267  RND family efflux transporter MFP subunit  34.07 
 
 		 502 aa  126  5e-28  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4597  heavy metal efflux system protein, putative  32.33 
 
 		 472 aa  124  2e-27  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0277  efflux transporter, RND family, MFP subunit  30.2 
 
 		 627 aa  124  2e-27  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.96943  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3982  RND family efflux transporter MFP subunit  34.53 
 
 		 500 aa  123  3e-27  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS05406  putative cation efflux system transmembrane protein  35.78 
 
 		 513 aa  122  5e-27  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0283  RND family efflux transporter MFP subunit  33.18 
 
 		 512 aa  122  5e-27  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3977  efflux transporter, RND family, MFP subunit  37.23 
 
 		 512 aa  122  6e-27  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_4050  Cd(II)/Pb(II)-responsive transcriptional regulator  36.32 
 
 		 517 aa  122  8e-27  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_7982  efflux transporter, RND family, MFP subunit  34.18 
 
 		 486 aa  122  8e-27  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.318672  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3474  heavy metal efflux system protein, putative  35.06 
 
 		 526 aa  121  9e-27  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.692441 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3384  Fis family transcriptional regulator  33.77 
 
 		 547 aa  120  1.9999999999999998e-26  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2264  secretion protein HlyD  29.84 
 
 		 546 aa  120  3e-26  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3492  secretion protein HlyD  34.76 
 
 		 545 aa  120  3e-26  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.341782 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2704  RND family efflux transporter MFP subunit  30.43 
 
 		 538 aa  120  3e-26  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.534684  normal  1 
 
 
-
 
NC_012849  Rpic12D_5356  efflux transporter, RND family, MFP subunit  35.16 
 
 		 510 aa  119  6e-26  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2433  efflux transporter, RND family, MFP subunit  35.43 
 
 		 482 aa  119  6e-26  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.3697  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2061  efflux transporter, RND family, MFP subunit  35.43 
 
 		 482 aa  119  6e-26  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0171  efflux transporter, RND family, MFP subunit  35.43 
 
 		 438 aa  119  6e-26  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.538499  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1808  efflux transporter, RND family, MFP subunit  35 
 
 		 510 aa  119  7e-26  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.034543  normal  0.527092 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1618  efflux transporter, RND family, MFP subunit  36.04 
 
 		 439 aa  118  9.999999999999999e-26  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.215683  hitchhiker  0.000019246 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0190  RND family efflux transporter MFP subunit  33.61 
 
 		 599 aa  117  9.999999999999999e-26  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3988  RND family efflux transporter MFP subunit  34.73 
 
 		 640 aa  117  9.999999999999999e-26  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1948  heavy metal efflux transporter, MFP subunit, putative  36.04 
 
 		 439 aa  118  9.999999999999999e-26  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3535  RND family efflux transporter MFP subunit  32.62 
 
 		 529 aa  118  9.999999999999999e-26  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6300  efflux transporter, RND family, MFP subunit  35.34 
 
 		 500 aa  117  3e-25  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2184  efflux transporter, RND family, MFP subunit  30 
 
 		 537 aa  116  3.9999999999999997e-25  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.580159  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2325  RND family efflux transporter MFP subunit  35.35 
 
 		 513 aa  116  3.9999999999999997e-25  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.757874  normal  1 
 
 
-
 
NC_008758  Pnap_4512  RND family efflux transporter MFP subunit  35.14 
 
 		 552 aa  115  6.9999999999999995e-25  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.201635  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4233  efflux transporter, RND family, MFP subunit  31.88 
 
 		 568 aa  114  1.0000000000000001e-24  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_3130  secretion protein HlyD  33.94 
 
 		 473 aa  114  2.0000000000000002e-24  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.308652  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0211  membrane-fusion protein-like protein  32.89 
 
 		 650 aa  113  3e-24  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2311  efflux transporter, RND family, MFP subunit  31.03 
 
 		 705 aa  113  3e-24  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1482  RND family efflux transporter MFP subunit  29.54 
 
 		 537 aa  113  3e-24  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0952522  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3973  RND family efflux transporter MFP subunit  34.93 
 
 		 473 aa  112  5e-24  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.181102 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2395  secretion protein HlyD  32.67 
 
 		 417 aa  112  7.000000000000001e-24  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.84223  hitchhiker  0.00226856 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2394  secretion protein HlyD  31.84 
 
 		 410 aa  112  7.000000000000001e-24  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.372512  normal  0.032408 
 
 
-
 
NC_007971  Rmet_6135  proton antiporter metal efflux protein SilB  34.38 
 
 		 521 aa  112  8.000000000000001e-24  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.418414  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2436  RND family efflux transporter MFP subunit  28.75 
 
 		 581 aa  111  1.0000000000000001e-23  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.287598  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0412  secretion protein HlyD  28.46 
 
 		 537 aa  110  2.0000000000000002e-23  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2362  chemiosmotic efflux system B protein B  30.77 
 
 		 377 aa  109  4.0000000000000004e-23  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4658  secretion protein HlyD  30.94 
 
 		 478 aa  109  5e-23  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.211901 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0474  RND family efflux transporter MFP subunit  33.74 
 
 		 545 aa  108  7.000000000000001e-23  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0677608  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1334  secretion protein HlyD  33.95 
 
 		 497 aa  107  1e-22  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1260  efflux transporter, RND family, MFP subunit  34.38 
 
 		 497 aa  108  1e-22  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4111  efflux transporter, RND family, MFP subunit  30.43 
 
 		 494 aa  107  1e-22  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0021  RND family efflux transporter MFP subunit  30.65 
 
 		 488 aa  107  2e-22  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.249144  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2549  secretion protein HlyD  33.04 
 
 		 490 aa  107  2e-22  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0023  RND family efflux transporter MFP subunit  30.65 
 
 		 488 aa  107  2e-22  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1626  putative cation efflux system transmembrane protein  34.84 
 
 		 542 aa  107  2e-22  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.182447 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0021  RND family efflux transporter MFP subunit  30.65 
 
 		 488 aa  107  2e-22  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.561063  hitchhiker  0.00444957 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5032  copper and silver tricomponent efflux membrane fusion protein CusB (CzcB-like)  30.77 
 
 		 505 aa  107  3e-22  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.190443 
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4385  RND family efflux transporter MFP subunit  31.94 
 
 		 451 aa  107  3e-22  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.484161  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5181  RND family efflux transporter MFP subunit  33.19 
 
 		 505 aa  105  8e-22  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007960  Nham_4358  secretion protein HlyD  29.82 
 
 		 472 aa  105  9e-22  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013732  Slin_6879  efflux transporter, RND family, MFP subunit  32.59 
 
 		 607 aa  105  1e-21  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.537519  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3074  efflux transporter, RND family, MFP subunit  31.15 
 
 		 497 aa  105  1e-21  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4115  RND family efflux transporter MFP subunit  35.81 
 
 		 507 aa  103  2e-21  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.997894 
 
 
-
 
NC_011986  Avi_9868  Membrane-fusion protein  30.88 
 
 		 475 aa  104  2e-21  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3344  RND family efflux transporter MFP subunit  32.76 
 
 		 506 aa  103  3e-21  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1779  secretion protein HlyD  30.67 
 
 		 427 aa  103  3e-21  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.0975048  n/a   
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_4832  RND family efflux transporter MFP subunit  34.08 
 
 		 472 aa  103  4e-21  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.0873289 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4766  secretion protein HlyD  33.64 
 
 		 507 aa  102  6e-21  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3401  RND family efflux transporter MFP subunit  33.64 
 
 		 507 aa  102  6e-21  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3812  RND family efflux transporter MFP subunit  33.02 
 
 		 498 aa  102  6e-21  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.999648  normal  0.340628 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5386  CzcB family heavy metal RND efflux membrane fusion protein  32.58 
 
 		 490 aa  102  7e-21  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.91149 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2893  efflux transporter, RND family, MFP subunit  34.43 
 
 		 507 aa  102  7e-21  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.997771  n/a   
 
 
-
 
NC_007960  Nham_4405  secretion protein HlyD  31.2 
 
 		 550 aa  102  8e-21  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.164815  n/a   
 
 
-
 
NC_010070  Bmul_6283  RND family efflux transporter MFP subunit  32.41 
 
 		 509 aa  100  2e-20  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0732635  normal  0.436599 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5687  RND family efflux transporter MFP subunit  33.64 
 
 		 509 aa  99.8  4e-20  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0349806  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2564  efflux transporter, RND family, MFP subunit  31.22 
 
 		 509 aa  99.4  5e-20  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.430144 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2247  RND family efflux transporter MFP subunit  29.37 
 
 		 737 aa  99.8  5e-20  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>