More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dole_2954 on replicon NC_009943
Organism: Desulfococcus oleovorans Hxd3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009943  Dole_2954  integrase family protein  100 
 
 		 409 aa  846    Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3398  phage integrase family site specific recombinase  40.48 
 
 		 407 aa  253  3e-66  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2865  site-specific recombinase XerD-like  32.63 
 
 		 417 aa  201  1.9999999999999998e-50  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.11888  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1037  phage integrase family protein  33.42 
 
 		 372 aa  181  2e-44  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.197081  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2427  phage integrase family protein  31.3 
 
 		 414 aa  170  4e-41  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0089  phage integrase family protein  29.95 
 
 		 400 aa  128  2.0000000000000002e-28  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1633  Phage integrase  28.2 
 
 		 368 aa  125  1e-27  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.576304  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0636  integrase family protein  29.73 
 
 		 397 aa  120  3e-26  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00117125  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2564  phage integrase family protein  27.03 
 
 		 417 aa  103  8e-21  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.326638  hitchhiker  0.000921348 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3995  phage integrase family protein  26.75 
 
 		 415 aa  102  9e-21  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  unclonable  0.0000158235  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0322  phage integrase family protein  26.4 
 
 		 379 aa  101  2e-20  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  decreased coverage  0.00211784  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0438  hypothetical protein  30.67 
 
 		 337 aa  95.9  1e-18  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3565  phage integrase family protein  28.62 
 
 		 402 aa  94.4  3e-18  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.0000473566  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2499  phage integrase family protein  27.11 
 
 		 381 aa  89.7  8e-17  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  decreased coverage  0.005662  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0419  integrase family protein  26.75 
 
 		 414 aa  86.7  6e-16  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.00000230336  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0447  phage integrase  26.21 
 
 		 381 aa  84.7  0.000000000000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0926  phage integrase family protein  26.21 
 
 		 381 aa  84.7  0.000000000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3047  phage integrase  25.81 
 
 		 381 aa  84.7  0.000000000000003  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.182322  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0930  site-specific recombinase, phage integrase family protein  23.93 
 
 		 385 aa  84.3  0.000000000000004  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0736  site-specific tyrosine recombinase XerC  29.39 
 
 		 294 aa  84  0.000000000000005  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1062  integrase family protein  25.16 
 
 		 391 aa  82.8  0.000000000000009  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.489924  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0716  integrase  24.93 
 
 		 394 aa  81.6  0.00000000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0825  site-specific tyrosine recombinase XerC  29.91 
 
 		 277 aa  80.1  0.00000000000007  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.0104756  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0367  site-specific tyrosine recombinase XerD  26.91 
 
 		 298 aa  79.3  0.0000000000001  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1126  phage integrase family protein  26.23 
 
 		 367 aa  79.3  0.0000000000001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.665365  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003284  integrase  27.3 
 
 		 401 aa  78.2  0.0000000000002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1796  Phage integrase  23.19 
 
 		 390 aa  78.2  0.0000000000002  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1428  integrase family protein  23.38 
 
 		 421 aa  77.8  0.0000000000003  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0805  site-specific recombinase/integrase  30.04 
 
 		 396 aa  77.4  0.0000000000004  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.0116297  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3474  site-specific tyrosine recombinase XerC  27.85 
 
 		 296 aa  77.4  0.0000000000004  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.486058 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0478  integrase family protein  29.58 
 
 		 312 aa  77  0.0000000000005  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1247  putative phage related integrase  26.19 
 
 		 434 aa  77  0.0000000000006  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.578843 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0861  integrase/recombinase XerC  30.4 
 
 		 304 aa  76.3  0.000000000001  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1584  phage integrase family protein  24.28 
 
 		 376 aa  75.9  0.000000000001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2535  phage integrase  29.23 
 
 		 463 aa  75.5  0.000000000001  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3201  integrase family protein  26.09 
 
 		 351 aa  75.9  0.000000000001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.689071 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_2359  integrase family protein  25.13 
 
 		 398 aa  75.9  0.000000000001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.522134  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3213  integrase family protein  25.4 
 
 		 388 aa  75.9  0.000000000001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_09590  tyrosine recombinase XerD  32.35 
 
 		 302 aa  75.1  0.000000000002  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  0.0503565 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0810  site-specific recombinase/integrase  28.29 
 
 		 482 aa  75.5  0.000000000002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.0879139  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1878  tyrosine recombinase XerD  30.08 
 
 		 292 aa  75.5  0.000000000002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2346  tyrosine recombinase XerC  28.63 
 
 		 302 aa  75.5  0.000000000002  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.126195  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3730  integrase family protein  23.58 
 
 		 381 aa  75.5  0.000000000002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.0000165595  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0926  phage integrase family site specific recombinase  21.78 
 
 		 354 aa  75.1  0.000000000002  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  decreased coverage  0.00000719898  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0211  integrase family protein  28.99 
 
 		 384 aa  75.1  0.000000000002  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000967186 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04122  site-specific tyrosine recombinase XerC  31.35 
 
 		 305 aa  75.1  0.000000000002  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2332  tyrosine recombinase XerD  30.4 
 
 		 292 aa  75.1  0.000000000002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2544  tyrosine recombinase XerC  29.66 
 
 		 318 aa  74.3  0.000000000003  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.774585  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0198  tyrosine recombinase XerC subunit  27.73 
 
 		 291 aa  74.7  0.000000000003  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0021573 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2157  phage integrase  28.7 
 
 		 363 aa  74.3  0.000000000003  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0421336  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2069  phage integrase  25.91 
 
 		 359 aa  74.3  0.000000000003  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.244007  hitchhiker  0.000737798 
 
 
-
 
NC_011664  Sbal223_4399  integrase family protein  23.89 
 
 		 376 aa  73.6  0.000000000005  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.685705  normal  0.0426652 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2497  integrase family protein  27.97 
 
 		 308 aa  73.9  0.000000000005  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3721  phage integrase family protein  23.25 
 
 		 376 aa  73.6  0.000000000005  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0255  phage integrase  28.37 
 
 		 430 aa  73.9  0.000000000005  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1337  integrase family protein  24.46 
 
 		 392 aa  73.6  0.000000000005  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0155558  n/a   
 
 
-
 
NC_004349  SO_A0044  phage integrase family site specific recombinase  23.89 
 
 		 376 aa  73.6  0.000000000006  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  normal  0.374231  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1750  tyrosine recombinase XerD  28.05 
 
 		 294 aa  73.2  0.000000000007  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1668  tyrosine recombinase XerD subunit  27.82 
 
 		 295 aa  73.2  0.000000000007  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.179488  normal  0.0195248 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2257  site-specific tyrosine recombinase XerD  26.53 
 
 		 299 aa  73.2  0.000000000007  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.977256  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_08760  tyrosine recombinase XerD  30.05 
 
 		 309 aa  72.8  0.000000000009  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.940341  unclonable  0.00000000128305 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0831  integrase family protein  23.96 
 
 		 378 aa  73.2  0.000000000009  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1142  tyrosine recombinase XerD  29.7 
 
 		 295 aa  73.2  0.000000000009  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2383  tyrosine recombinase XerD  29.74 
 
 		 295 aa  72.8  0.00000000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2589  DNA integration/recombination/invertion protein  25 
 
 		 369 aa  72.8  0.00000000001  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2455  phage integrase  23.93 
 
 		 370 aa  72.8  0.00000000001  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5040  prophage CP-933T integrase  29.61 
 
 		 371 aa  72.4  0.00000000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.530892  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1281  integrase family protein  27.88 
 
 		 429 aa  72.4  0.00000000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0441454  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1320  tyrosine recombinase XerD  29.76 
 
 		 302 aa  72.4  0.00000000001  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0678  tyrosine recombinase XerD  28.34 
 
 		 294 aa  72.4  0.00000000001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.0265142 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2854  integrase family protein  25.81 
 
 		 351 aa  71.6  0.00000000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.820272 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1592  phage integrase  24.76 
 
 		 377 aa  71.6  0.00000000002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0669  phage integrase family protein  31.02 
 
 		 343 aa  72  0.00000000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0395  phage integrase family protein  26.2 
 
 		 397 aa  72  0.00000000002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.887583 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0519  phage integrase family protein  25.95 
 
 		 300 aa  72  0.00000000002  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.24612  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3122  phage integrase family protein  29.58 
 
 		 393 aa  72  0.00000000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1185  tyrosine recombinase XerD  29.57 
 
 		 310 aa  70.9  0.00000000003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.497096  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2271  phage integrase family protein  27.53 
 
 		 321 aa  71.2  0.00000000003  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3920  site-specific tyrosine recombinase XerD  26.72 
 
 		 296 aa  70.9  0.00000000004  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  decreased coverage  0.00000317777  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3592  phage integrase family protein  29.03 
 
 		 419 aa  70.9  0.00000000004  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4012  tyrosine recombinase XerC  29.09 
 
 		 294 aa  70.9  0.00000000004  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00152232  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3715  integrase family protein  28.14 
 
 		 298 aa  70.9  0.00000000004  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1914  integrase/recombinase  25.91 
 
 		 304 aa  70.9  0.00000000004  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.00100079  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2794  integrase family protein  27.2 
 
 		 330 aa  70.9  0.00000000004  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1383  integrase family protein  26.56 
 
 		 299 aa  70.9  0.00000000004  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.00162011  normal  0.640047 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0318  site-specific tyrosine recombinase XerC  26.44 
 
 		 300 aa  70.5  0.00000000005  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2959  phage integrase family protein  26.41 
 
 		 444 aa  70.5  0.00000000005  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0924112  normal  0.542634 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1428  phage integrase  27.95 
 
 		 317 aa  70.5  0.00000000005  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.473602  normal  0.0585003 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_53570  putative integrase  27.03 
 
 		 258 aa  70.5  0.00000000005  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000326616  decreased coverage  0.0000890956 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00203  tyrosine recombinase  29.29 
 
 		 306 aa  70.5  0.00000000006  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1751  tyrosine recombinase XerD  28.27 
 
 		 294 aa  70.5  0.00000000006  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG0217  phage integrase family site specific recombinase  24.83 
 
 		 384 aa  70.1  0.00000000007  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.35128  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2734  DNA integration/recombination/invertion protein  24.25 
 
 		 369 aa  70.1  0.00000000007  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.117201  hitchhiker  0.0000120563 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0047  tyrosine recombinase XerC  28.4 
 
 		 298 aa  69.7  0.00000000008  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0470  tyrosine recombinase XerC  29.69 
 
 		 293 aa  69.7  0.00000000009  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0207  site-specific tyrosine recombinase XerC  27.85 
 
 		 303 aa  68.9  0.0000000001  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.279091  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0497  tyrosine recombinase XerC  24.38 
 
 		 324 aa  68.9  0.0000000001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.237269  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0676  tyrosine recombinase XerD subunit  27.85 
 
 		 296 aa  69.3  0.0000000001  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1902  phage integrase  30.81 
 
 		 293 aa  69.3  0.0000000001  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.162765  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3507  phage integrase family protein  28.51 
 
 		 345 aa  68.9  0.0000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000000000014558 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>