More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dd703_2778 on replicon NC_012880
Organism: Dickeya dadantii Ech703



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013421  Pecwa_1211  diguanylate cyclase with PAS/PAC and GAF sensors  85.86 
 
 
504 aa  914    Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3064  diguanylate cyclase with PAS/PAC and GAF sensors  86.65 
 
 
504 aa  918    Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.55248  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2778  diguanylate cyclase with PAS/PAC and GAF sensors  100 
 
 
506 aa  1050    Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1075  diguanylate cyclase with PAS/PAC and GAF sensors  93.08 
 
 
505 aa  974    Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0574  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  39.9 
 
 
772 aa  279  1e-73  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.122166  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3445  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  35.26 
 
 
1094 aa  265  1e-69  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2678  diguanylate cyclase with GAF sensor  41 
 
 
515 aa  262  1e-68  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3267  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  36.02 
 
 
947 aa  260  5.0000000000000005e-68  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.059115  hitchhiker  0.000153402 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0796  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  37.47 
 
 
765 aa  248  2e-64  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.341606 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02131  GGDEF domain-containing PAS signal transduction protein  39.64 
 
 
794 aa  247  3e-64  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4654  sensory box protein  34.08 
 
 
762 aa  247  3e-64  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.787491  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0909  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  36.68 
 
 
781 aa  240  4e-62  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.015368  normal  0.142992 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0187  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  31.59 
 
 
469 aa  236  5.0000000000000005e-61  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3580  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  32.28 
 
 
873 aa  235  1.0000000000000001e-60  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7654  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  32.84 
 
 
892 aa  234  4.0000000000000004e-60  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.577778 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2253  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  37.2 
 
 
780 aa  231  2e-59  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6793  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  30.77 
 
 
935 aa  230  5e-59  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.400617  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0015  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  30.89 
 
 
847 aa  227  4e-58  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00058  C-di-GMP phosphodiesterase A  30.69 
 
 
747 aa  225  1e-57  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0145768  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3230  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  33.4 
 
 
872 aa  224  3e-57  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4670  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  31.42 
 
 
864 aa  218  2e-55  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0530  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  29.8 
 
 
784 aa  211  3e-53  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3932  cAMP phosphodiesterase  28 
 
 
861 aa  193  7e-48  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_25190  cyclic di-GMP signal transduction protein  28.85 
 
 
1196 aa  188  2e-46  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.882538  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6273  GGDEF family protein  35.14 
 
 
629 aa  186  8e-46  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0235  GAF/GGDEF domain-containing protein  33.23 
 
 
391 aa  184  5.0000000000000004e-45  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0328746  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0215  GAF/GGDEF domain-containing protein  33.23 
 
 
391 aa  184  5.0000000000000004e-45  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2785  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  49.42 
 
 
648 aa  181  2e-44  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1983  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  34.13 
 
 
1353 aa  181  2.9999999999999997e-44  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.103002  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1346  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  35.59 
 
 
947 aa  180  5.999999999999999e-44  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0052  multi-sensor hybrid histidine kinase  42.08 
 
 
1054 aa  177  5e-43  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3258  sensory box protein  41.78 
 
 
1206 aa  176  9e-43  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2237  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  40 
 
 
556 aa  172  1e-41  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4550  diguanylate cyclase  30.9 
 
 
496 aa  171  2e-41  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0415  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  45.03 
 
 
1486 aa  170  5e-41  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2247  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  28.7 
 
 
873 aa  170  5e-41  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0449323  normal  0.368764 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3241  diguanylate cyclase  39.41 
 
 
572 aa  170  5e-41  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0207551  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3503  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  26.5 
 
 
1101 aa  169  9e-41  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1039  multi-sensor hybrid histidine kinase  32.67 
 
 
798 aa  169  1e-40  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1077  sensory box/GGDEF family protein  45.51 
 
 
808 aa  168  2e-40  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2044  sensory box/GGDEF family protein  47.09 
 
 
762 aa  167  2.9999999999999998e-40  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3298  sensory box protein  47.09 
 
 
1494 aa  167  5e-40  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.217559 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3424  GGDEF domain-containing protein  44.56 
 
 
1502 aa  166  1.0000000000000001e-39  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0717  hypothetical protein  49.38 
 
 
1245 aa  165  2.0000000000000002e-39  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1116  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  42 
 
 
494 aa  165  2.0000000000000002e-39  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.464201 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3975  GGDEF  42.7 
 
 
523 aa  165  2.0000000000000002e-39  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.456822  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0957  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  37.82 
 
 
633 aa  165  2.0000000000000002e-39  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5381  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  33.92 
 
 
604 aa  164  3e-39  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.788293 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1905  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  46.82 
 
 
568 aa  164  4.0000000000000004e-39  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00246734  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0341  sensory box protein  43.98 
 
 
1515 aa  163  7e-39  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0902  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase  48.15 
 
 
718 aa  163  7e-39  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.651526  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3648  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  43.37 
 
 
1511 aa  162  1e-38  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_07500  hypothetical protein  48.77 
 
 
1245 aa  162  1e-38  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.411522  normal  0.391796 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1055  sensory box protein  42.36 
 
 
462 aa  161  2e-38  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2589  hypothetical protein  49.04 
 
 
759 aa  161  2e-38  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.394973  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3633  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  43.98 
 
 
1504 aa  162  2e-38  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2634  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  46.7 
 
 
768 aa  161  3e-38  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0311  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  43.46 
 
 
1504 aa  160  4e-38  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4029  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  46.02 
 
 
1244 aa  160  4e-38  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2023  multi-sensor hybrid histidine kinase  28.88 
 
 
1021 aa  160  4e-38  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0168563  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0617  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  39.91 
 
 
830 aa  160  4e-38  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2824  multi-sensor hybrid histidine kinase  32.89 
 
 
1018 aa  160  4e-38  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal  0.0209449 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3606  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  44.63 
 
 
757 aa  160  4e-38  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3829  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  43.46 
 
 
1505 aa  160  5e-38  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5479  sensory box/GGDEF family protein  44.83 
 
 
892 aa  160  7e-38  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0030  hypothetical protein  30.02 
 
 
976 aa  160  7e-38  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3222  multi-sensor hybrid histidine kinase  31.68 
 
 
798 aa  159  8e-38  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.150716 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0029  hypothetical protein  45.03 
 
 
976 aa  159  1e-37  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2281  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  43.27 
 
 
450 aa  159  1e-37  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0881  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  46.39 
 
 
498 aa  158  2e-37  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3950  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  42.41 
 
 
1508 aa  158  2e-37  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4026  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  42.41 
 
 
1508 aa  158  2e-37  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4145  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  42.41 
 
 
1508 aa  158  2e-37  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0675  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  44.75 
 
 
925 aa  159  2e-37  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4052  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  42.41 
 
 
1508 aa  158  2e-37  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1887  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  39.71 
 
 
1092 aa  158  2e-37  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3604  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  46.39 
 
 
498 aa  158  2e-37  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.352008 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3137  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  44.19 
 
 
855 aa  157  4e-37  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.045119  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1329  diguanylate cyclase  38.33 
 
 
565 aa  157  4e-37  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2216  sensory box protein  38.03 
 
 
752 aa  157  5.0000000000000005e-37  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5527  sensory box/GGDEF family protein  44.25 
 
 
604 aa  157  6e-37  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3481  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  45.88 
 
 
488 aa  157  6e-37  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5481  sensory box/GGDEF family protein  44.25 
 
 
735 aa  156  7e-37  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0242915  hitchhiker  1.94028e-17 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3406  diguanylate cyclase with PAS/PAC and GAF sensors  45.88 
 
 
493 aa  156  8e-37  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0408  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  38.5 
 
 
862 aa  156  8e-37  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2937  signal transduction protein  40.52 
 
 
1141 aa  156  8e-37  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000239358  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2620  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  28.94 
 
 
743 aa  156  9e-37  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.116694  normal  0.658047 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2213  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  42.86 
 
 
742 aa  156  9e-37  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0024682 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0630  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  43.07 
 
 
699 aa  156  9e-37  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2048  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  39.23 
 
 
827 aa  155  1e-36  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.589876  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3018  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  39.83 
 
 
475 aa  155  1e-36  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2297  response regulator receiver /GGDEF/PAS/PAC domain-containing protein  36.19 
 
 
1025 aa  155  1e-36  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.93563  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2380  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  44.69 
 
 
756 aa  155  2e-36  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0638  diguanylate cyclase  42.25 
 
 
737 aa  154  2e-36  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.0991066 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1478  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  44.69 
 
 
740 aa  155  2e-36  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0828  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  42.78 
 
 
705 aa  155  2e-36  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.263072  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5471  sensory box/GGDEF family protein  43.68 
 
 
814 aa  154  2.9999999999999998e-36  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.00599956  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0876  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  46.24 
 
 
709 aa  154  2.9999999999999998e-36  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0730078  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2039  diguanylate cyclase  47.22 
 
 
432 aa  154  2.9999999999999998e-36  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  decreased coverage  0.0000319282  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3675  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  42.61 
 
 
652 aa  154  2.9999999999999998e-36  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.864277  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>