More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cphy_1644 on replicon NC_010001
Organism: Clostridium phytofermentans ISDg



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010001  Cphy_1644  D-alanine--D-alanine ligase domain-containing protein  100 
 
 		 347 aa  710    Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1410  D-alanine--D-alanine ligase  46.13 
 
 		 728 aa  292  7e-78  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.801372  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1506  D-alanine--D-alanine ligase  46.13 
 
 		 728 aa  291  8e-78  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.736453  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2449  D-alanine--D-alanine ligase  45.82 
 
 		 727 aa  290  2e-77  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1418  D-alanine--D-alanine ligase  45.54 
 
 		 731 aa  287  2e-76  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0602  D-alanine--D-alanine ligase  36.94 
 
 		 338 aa  231  1e-59  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0629  D-ala D-ala ligase  36.75 
 
 		 338 aa  229  5e-59  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_570  D-alanine--D-alanine ligase  35.54 
 
 		 338 aa  228  2e-58  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1775  D-alanine--D-alanine ligase domain protein  36.92 
 
 		 331 aa  211  2e-53  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.286204  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0712  D-alanine--D-alanine ligase domain-containing protein  35.08 
 
 		 326 aa  194  2e-48  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.396337  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3042  D-alanine--D-alanine ligase  32.2 
 
 		 349 aa  176  4e-43  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0081  D-alanine--D-alanine ligase  37.16 
 
 		 310 aa  175  8e-43  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.201322  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0135  D-alanine--D-alanine ligase  33.53 
 
 		 336 aa  174  1.9999999999999998e-42  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.71803  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2749  D-alanine--D-alanine ligase  31.34 
 
 		 338 aa  171  2e-41  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1008  D-alanine--D-alanine ligase  32.14 
 
 		 743 aa  156  5.0000000000000005e-37  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2612  D-alanine--D-alanine ligase  34.69 
 
 		 317 aa  140  3e-32  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.000431315  unclonable  0.00000000000418412 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0420  D-alanine/D-alanine ligase  32.87 
 
 		 299 aa  139  7e-32  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.0000379989  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2162  D-alanine--D-alanine ligase domain-containing protein  29.41 
 
 		 339 aa  137  3.0000000000000003e-31  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.856856  normal  0.227534 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2977  D-alanine--D-alanine ligase  30.36 
 
 		 327 aa  135  9.999999999999999e-31  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1551  D-alanine--D-alanine ligase  31.16 
 
 		 344 aa  135  9.999999999999999e-31  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.0372534 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0358  methyltransferase type 11  32.96 
 
 		 637 aa  134  1.9999999999999998e-30  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000290663  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0655  D-alanine--D-alanine ligase  31.21 
 
 		 663 aa  128  2.0000000000000002e-28  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.24382  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4510  D-alanine--D-alanine ligase  29.14 
 
 		 318 aa  127  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.926971  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1339  D-alanine--D-alanine ligase  29.14 
 
 		 318 aa  127  3e-28  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.266833  normal  0.0340242 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3971  D-alanine--D-alanine ligase  29.07 
 
 		 310 aa  126  4.0000000000000003e-28  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0382  D-alanine/D-alanine ligase  28.17 
 
 		 308 aa  126  5e-28  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.0398495  normal  0.161369 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3126  D-alanine--D-alanine ligase  31.92 
 
 		 327 aa  126  5e-28  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0203  D-alanine--D-alanine ligase  28.17 
 
 		 308 aa  126  5e-28  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.43186  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0946  D-alanine--D-alanine ligase  28.83 
 
 		 318 aa  126  6e-28  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.427679  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4385  D-alanine--D-alanine ligase  29.14 
 
 		 318 aa  126  7e-28  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0215233  normal  0.165436 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2426  D-alanine--D-alanine ligase  31.1 
 
 		 309 aa  124  2e-27  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.142396  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4671  D-alanine--D-alanine ligase  29.43 
 
 		 324 aa  122  9e-27  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0129578  normal  0.448814 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3066  D-alanine--D-alanine ligase  29.94 
 
 		 316 aa  122  9.999999999999999e-27  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0203  D-alanyl-alanine synthetase A  30.94 
 
 		 364 aa  122  9.999999999999999e-27  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0084  D-alanine--D-alanine ligase  34.57 
 
 		 340 aa  121  1.9999999999999998e-26  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0850  D-alanine--D-alanine ligase  30.3 
 
 		 314 aa  120  3e-26  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.868675  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1472  D-alanine--D-alanine ligase  31.42 
 
 		 326 aa  120  3.9999999999999996e-26  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.269509  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1108  D-alanine--D-alanine ligase  30.54 
 
 		 308 aa  119  6e-26  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0604  D-alanine--D-alanine ligase  31.8 
 
 		 320 aa  119  7e-26  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_13270  D-alanine--D-alanine ligase  27.63 
 
 		 315 aa  119  7e-26  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.122637  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0772  D-alanine--D-alanine ligase  28.08 
 
 		 309 aa  119  7.999999999999999e-26  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.170719  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1240  D-alanine--D-alanine ligase  27.95 
 
 		 306 aa  118  9.999999999999999e-26  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_6426  D-alanine/D-alanine ligase  27.57 
 
 		 317 aa  119  9.999999999999999e-26  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4982  D-alanine--D-alanine ligase  29.67 
 
 		 319 aa  117  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.380222  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0524  D-alanine--D-alanine ligase  29.6 
 
 		 329 aa  117  1.9999999999999998e-25  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.860729 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_28460  D-alanine--D-alanine ligase  28.66 
 
 		 317 aa  118  1.9999999999999998e-25  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.289482  hitchhiker  0.00300353 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0183  D-alanine--D-alanine ligase  29.05 
 
 		 337 aa  117  1.9999999999999998e-25  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  hitchhiker  0.0000736036  normal  0.566039 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3887  D-alanine--D-alanine ligase  28.76 
 
 		 308 aa  117  1.9999999999999998e-25  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0809283  normal  0.435651 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2077  D-alanine--D-alanine ligase  28.86 
 
 		 308 aa  118  1.9999999999999998e-25  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.335568  hitchhiker  0.00112188 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0897  D-alanine-D-alanine ligase A  29.01 
 
 		 346 aa  117  3e-25  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.121426  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_09600  D-alanine-D-alanine ligase A  29.39 
 
 		 346 aa  117  3e-25  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1149  D-alanine--D-alanine ligase  31.87 
 
 		 306 aa  117  3e-25  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.927057  normal  0.917542 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2088  D-alanine--D-alanine ligase  31.15 
 
 		 304 aa  117  3e-25  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0464  D-alanine--D-alanine ligase  30.65 
 
 		 319 aa  117  3e-25  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.132669 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0452  D-alanine/D-alanine ligase  30.46 
 
 		 324 aa  116  3.9999999999999997e-25  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0742321  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0816  D-alanine--D-alanine ligase  31.64 
 
 		 302 aa  117  3.9999999999999997e-25  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2039  D-alanyl-alanine synthetase A  30.88 
 
 		 364 aa  117  3.9999999999999997e-25  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.0000143922  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0924  D-alanine--D-alanine ligase  27.35 
 
 		 313 aa  116  3.9999999999999997e-25  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.783773  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3943  D-alanine--D-alanine ligase  29.63 
 
 		 312 aa  116  5e-25  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_57320  D-alanine--D-alanine ligase  29.67 
 
 		 319 aa  116  5e-25  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3582  D-alanine/D-alanine ligase  27.57 
 
 		 316 aa  116  6.9999999999999995e-25  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.301963  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2236  D-alanine--D-alanine ligase  27.27 
 
 		 326 aa  115  8.999999999999998e-25  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0429667  normal  0.174652 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6870  D-alanine--D-alanine ligase  28.79 
 
 		 342 aa  115  1.0000000000000001e-24  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2266  D-alanine--D-alanine ligase  30.31 
 
 		 302 aa  115  1.0000000000000001e-24  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.297566  hitchhiker  0.00504643 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1084  D-alanyl-alanine synthetase A  29.93 
 
 		 367 aa  115  1.0000000000000001e-24  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0823  D-alanine--D-alanine ligase  29.76 
 
 		 334 aa  115  1.0000000000000001e-24  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.595745 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0360  D-alanine/D-alanine ligase  26.15 
 
 		 330 aa  115  1.0000000000000001e-24  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0494  D-alanine--D-alanine ligase  31.23 
 
 		 305 aa  115  1.0000000000000001e-24  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.922593  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1784  D-alanine--D-alanine ligase  29.87 
 
 		 325 aa  114  2.0000000000000002e-24  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.0240622  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04365  D-alanine--D-alanine ligase  28.57 
 
 		 318 aa  115  2.0000000000000002e-24  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.628824  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0415  D-alanine--D-alanine ligase  28.66 
 
 		 627 aa  114  2.0000000000000002e-24  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1796  D-alanine--D-alanine ligase  29.79 
 
 		 312 aa  114  2.0000000000000002e-24  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2199  D-alanine--D-alanine ligase  31.27 
 
 		 305 aa  114  3e-24  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.171774  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1588  D-alanyl-alanine synthetase A  30.67 
 
 		 316 aa  114  3e-24  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.0000341303  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1501  hypothetical protein  26.59 
 
 		 348 aa  114  3e-24  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3914  D-alanine--D-alanine ligase  27.42 
 
 		 308 aa  113  5e-24  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.536039  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1938  D-alanyl-alanine synthetase A  29.84 
 
 		 376 aa  113  6e-24  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00320777  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4160  D-alanine/D-alanine ligase  28.76 
 
 		 333 aa  112  7.000000000000001e-24  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.190227  normal  0.261244 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_2046  D-alanine--D-alanine ligase  29.93 
 
 		 320 aa  112  7.000000000000001e-24  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  hitchhiker  0.0000802497  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3425  D-alanine--D-alanine ligase  31.08 
 
 		 304 aa  112  8.000000000000001e-24  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.346126  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3496  D-alanine--D-alanine ligase  32.02 
 
 		 301 aa  112  9e-24  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.303259  normal  0.188396 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3830  D-alanine--D-alanine ligase  27.42 
 
 		 308 aa  112  9e-24  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0511  D-alanine/D-alanine ligase  29.59 
 
 		 305 aa  112  1.0000000000000001e-23  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0689  D-alanyl-alanine synthetase A  29.83 
 
 		 303 aa  112  1.0000000000000001e-23  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  unclonable  0.00000234965  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1878  D-alanine--D-alanine ligase  28.57 
 
 		 308 aa  111  1.0000000000000001e-23  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.063714 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3087  D-alanine--D-alanine ligase  28.57 
 
 		 331 aa  111  1.0000000000000001e-23  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.807087  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0360  D-alanine--D-alanine ligase  31.37 
 
 		 308 aa  112  1.0000000000000001e-23  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0137  D-alanine/D-alanine ligase  30.23 
 
 		 288 aa  112  1.0000000000000001e-23  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.000000588497  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_09160  D-alanyl-alanine synthetase A  29.96 
 
 		 365 aa  110  2.0000000000000002e-23  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.616014 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2978  D-alanine--D-alanine ligase  28.97 
 
 		 332 aa  111  2.0000000000000002e-23  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  hitchhiker  0.00577366  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0136  D-alanine/D-alanine ligase  30 
 
 		 302 aa  110  2.0000000000000002e-23  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.444809  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2858  D-alanine--D-alanine ligase  28.63 
 
 		 316 aa  111  2.0000000000000002e-23  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.0000136858  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1967  D-alanine--D-alanine ligase  29.56 
 
 		 320 aa  111  2.0000000000000002e-23  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  hitchhiker  0.000254256  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0232  D-alanyl-alanine synthetase A  27.64 
 
 		 362 aa  110  2.0000000000000002e-23  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4406  D-alanine--D-alanine ligase  27.25 
 
 		 319 aa  110  3e-23  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.206514  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2722  D-alanine--D-alanine ligase  28.57 
 
 		 331 aa  110  3e-23  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1664  D-alanine--D-lactate ligase  27.07 
 
 		 341 aa  110  3e-23  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1136  D-alanine--D-alanine ligase  28.09 
 
 		 313 aa  110  3e-23  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3423  D-alanine--D-alanine ligase  28.17 
 
 		 346 aa  110  3e-23  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.206359  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3668  D-alanine--D-alanine ligase  28.97 
 
 		 332 aa  110  3e-23  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.497942  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>