More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tmel_0081 on replicon NC_009616
Organism: Thermosipho melanesiensis BI429



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009616  Tmel_0081  D-alanine--D-alanine ligase  100 
 
 
310 aa  629  1e-179  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.201322  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1506  D-alanine--D-alanine ligase  33.88 
 
 
728 aa  187  1e-46  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.736453  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1410  D-alanine--D-alanine ligase  33.88 
 
 
728 aa  187  2e-46  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.801372  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2449  D-alanine--D-alanine ligase  33.88 
 
 
727 aa  186  4e-46  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1418  D-alanine--D-alanine ligase  33.99 
 
 
731 aa  186  5e-46  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1644  D-alanine--D-alanine ligase domain-containing protein  37.16 
 
 
347 aa  175  7e-43  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2749  D-alanine--D-alanine ligase  35.79 
 
 
338 aa  173  3.9999999999999995e-42  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_570  D-alanine--D-alanine ligase  35.95 
 
 
338 aa  166  4e-40  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0602  D-alanine--D-alanine ligase  34.64 
 
 
338 aa  159  5e-38  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0629  D-ala D-ala ligase  33.77 
 
 
338 aa  158  1e-37  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1008  D-alanine--D-alanine ligase  37.14 
 
 
743 aa  146  5e-34  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0358  methyltransferase type 11  37.5 
 
 
637 aa  145  1e-33  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000290663  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0655  D-alanine--D-alanine ligase  34.4 
 
 
663 aa  142  9.999999999999999e-33  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.24382  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3042  D-alanine--D-alanine ligase  34.09 
 
 
349 aa  140  3e-32  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1551  D-alanine--D-alanine ligase  31.85 
 
 
344 aa  140  3e-32  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.0372534 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0712  D-alanine--D-alanine ligase domain-containing protein  31.77 
 
 
326 aa  140  3e-32  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.396337  normal 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0420  D-alanine/D-alanine ligase  35.93 
 
 
299 aa  139  7e-32  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.0000379989  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2266  D-alanine--D-alanine ligase  31.19 
 
 
302 aa  135  6.0000000000000005e-31  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.297566  hitchhiker  0.00504643 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1775  D-alanine--D-alanine ligase domain protein  30.2 
 
 
331 aa  134  1.9999999999999998e-30  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.286204  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0689  D-alanyl-alanine synthetase A  32.39 
 
 
303 aa  131  1.0000000000000001e-29  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  unclonable  0.00000234965  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1240  D-alanine--D-alanine ligase  29.37 
 
 
306 aa  130  2.0000000000000002e-29  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0122  D-alanine--D-alanine ligase  33.2 
 
 
310 aa  130  3e-29  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  decreased coverage  0.000652321  normal  0.029871 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0665  D-alanyl-alanine synthetase A  32.39 
 
 
303 aa  130  3e-29  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000619225  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0135  D-alanine--D-alanine ligase  29.07 
 
 
336 aa  129  6e-29  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.71803  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2162  D-alanine--D-alanine ligase domain-containing protein  29.48 
 
 
339 aa  129  9.000000000000001e-29  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.856856  normal  0.227534 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1426  D-alanine--D-alanine ligase  29.14 
 
 
313 aa  127  2.0000000000000002e-28  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1108  D-alanine--D-alanine ligase  29.81 
 
 
308 aa  125  7e-28  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2858  D-alanine--D-alanine ligase  27.42 
 
 
316 aa  125  8.000000000000001e-28  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.0000136858  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4463  D-alanine--D-alanine ligase  32.34 
 
 
317 aa  125  1e-27  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.816615  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1784  D-alanine--D-alanine ligase  31.92 
 
 
325 aa  125  1e-27  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.0240622  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0085  D-alanine--D-alanine ligase  26.4 
 
 
306 aa  125  1e-27  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.34447  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0638  D-alanine--D-alanine ligase  28.04 
 
 
306 aa  124  2e-27  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.00195193  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3508  D-alanine/D-alanine ligase  26.07 
 
 
306 aa  123  3e-27  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00134071  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1140  D-alanine--D-alanine ligase  29.85 
 
 
309 aa  123  3e-27  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.000909084  normal 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0360  D-alanine--D-alanine ligase  30.77 
 
 
308 aa  123  3e-27  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0098  D-alanine--D-alanine ligase  26.07 
 
 
306 aa  123  3e-27  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000000699622  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3565  D-alanine--D-alanine ligase  26.07 
 
 
306 aa  123  3e-27  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.00231129  hitchhiker  0.00551648 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0772  D-alanine--D-alanine ligase  28.84 
 
 
309 aa  123  4e-27  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.170719  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0094  D-alanine--D-alanine ligase  25.74 
 
 
306 aa  122  7e-27  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000101829  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_4102  D-alanine--D-alanine ligase  30.61 
 
 
311 aa  122  7e-27  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.422713 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2188  D-alanine--D-alanine ligase  30.16 
 
 
314 aa  122  8e-27  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.441149  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0100  D-alanine--D-alanine ligase  26.07 
 
 
306 aa  121  9.999999999999999e-27  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0814155  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0585  D-alanine--D-alanine ligase  27.92 
 
 
313 aa  121  1.9999999999999998e-26  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.034882  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0850  D-alanine--D-alanine ligase  30.77 
 
 
314 aa  120  1.9999999999999998e-26  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.868675  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0097  D-alanine--D-alanine ligase  25.41 
 
 
306 aa  120  3e-26  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00164222  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2198  D-alanine/D-alanine ligase  31.87 
 
 
313 aa  120  3e-26  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0703567  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00093  D-alanylalanine synthetase  25.74 
 
 
306 aa  120  3.9999999999999996e-26  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.149308  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00092  hypothetical protein  25.74 
 
 
306 aa  120  3.9999999999999996e-26  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.144888  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0464  D-alanine--D-alanine ligase  32.68 
 
 
319 aa  119  4.9999999999999996e-26  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.132669 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2450  D-alanine--D-alanine ligase  32.84 
 
 
325 aa  119  4.9999999999999996e-26  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0817571  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4982  D-alanine--D-alanine ligase  30.58 
 
 
319 aa  119  7e-26  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.380222  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0526  D-alanine--D-alanine ligase  28.21 
 
 
332 aa  119  7e-26  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000337974  hitchhiker  0.0000125004 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3496  D-alanine--D-alanine ligase  30 
 
 
301 aa  119  7.999999999999999e-26  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.303259  normal  0.188396 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0823  D-alanine--D-alanine ligase  31.73 
 
 
334 aa  119  7.999999999999999e-26  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.595745 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0610  D-alanyl-alanine synthetase A  31.46 
 
 
359 aa  119  9e-26  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0604  D-alanine--D-alanine ligase  31.82 
 
 
320 aa  118  9.999999999999999e-26  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2671  D-alanine--D-alanine ligase  32.98 
 
 
313 aa  117  1.9999999999999998e-25  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2222  hypothetical protein  28.62 
 
 
354 aa  117  1.9999999999999998e-25  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0147  D-alanine--D-alanine ligase  25 
 
 
306 aa  117  1.9999999999999998e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.000287396  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0142  D-alanine--D-alanine ligase  25 
 
 
306 aa  117  1.9999999999999998e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.0090881  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3126  D-alanine--D-alanine ligase  30.28 
 
 
327 aa  117  1.9999999999999998e-25  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2978  D-alanine--D-alanine ligase  30.52 
 
 
332 aa  117  1.9999999999999998e-25  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  hitchhiker  0.00577366  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3668  D-alanine--D-alanine ligase  30.52 
 
 
332 aa  117  1.9999999999999998e-25  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.497942  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3423  D-alanine--D-alanine ligase  32.78 
 
 
346 aa  117  3e-25  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.206359  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_57320  D-alanine--D-alanine ligase  30.22 
 
 
319 aa  116  3.9999999999999997e-25  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2977  D-alanine--D-alanine ligase  27.49 
 
 
327 aa  116  5e-25  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3590  D-alanine--D-alanine ligase  29.55 
 
 
306 aa  116  5e-25  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.224564  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1149  D-alanine--D-alanine ligase  30.11 
 
 
306 aa  116  5e-25  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.927057  normal  0.917542 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3778  D-alanine--D-alanine ligase  27.33 
 
 
306 aa  116  6e-25  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.078673  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0142  D-alanine--D-alanine ligase  24.69 
 
 
306 aa  115  6.9999999999999995e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.696174  hitchhiker  0.00000371528 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2088  D-alanine--D-alanine ligase  28.92 
 
 
304 aa  115  6.9999999999999995e-25  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0146  D-alanine--D-alanine ligase  24.69 
 
 
306 aa  115  7.999999999999999e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.302602  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0524  D-alanine--D-alanine ligase  30.49 
 
 
329 aa  115  1.0000000000000001e-24  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.860729 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_14120  D-alanine--D-alanine ligase  26.97 
 
 
313 aa  115  1.0000000000000001e-24  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2199  D-alanine--D-alanine ligase  31.25 
 
 
305 aa  115  1.0000000000000001e-24  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.171774  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2491  D-alanine--D-alanine ligase  31.4 
 
 
306 aa  115  1.0000000000000001e-24  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1077  D-alanine--D-alanine ligase  30.65 
 
 
338 aa  115  1.0000000000000001e-24  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0742794  normal  0.822876 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0488  D-alanine--D-alanine ligase  33.33 
 
 
313 aa  115  1.0000000000000001e-24  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0391876  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1472  D-alanine--D-alanine ligase  31.95 
 
 
326 aa  114  2.0000000000000002e-24  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.269509  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1796  D-alanine--D-alanine ligase  27.3 
 
 
312 aa  114  2.0000000000000002e-24  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1074  D-alanine/D-alanine ligase  27.99 
 
 
302 aa  114  2.0000000000000002e-24  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.254672  normal  0.307992 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1724  hypothetical protein  26.77 
 
 
343 aa  114  2.0000000000000002e-24  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.92014  normal  0.965208 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1588  D-alanyl-alanine synthetase A  33.1 
 
 
316 aa  114  3e-24  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.0000341303  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3468  D-alanine--D-alanine ligase  31.08 
 
 
313 aa  114  3e-24  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00570253  hitchhiker  0.00196625 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0661  D-alanine/D-alanine ligase  27.53 
 
 
311 aa  114  3e-24  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2722  D-alanine--D-alanine ligase  30.25 
 
 
331 aa  113  3e-24  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0490  D-alanine--D-alanine ligase  31.41 
 
 
313 aa  113  4.0000000000000004e-24  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.107691  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4917  D-alanine/D-alanine ligase  28.32 
 
 
309 aa  113  4.0000000000000004e-24  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.912808  normal  0.0828736 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03256  D-alanine--D-alanine ligase  30.8 
 
 
322 aa  113  4.0000000000000004e-24  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.130136  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0465  D-alanine--D-alanine ligase  31.41 
 
 
313 aa  113  4.0000000000000004e-24  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0881757  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0924  D-alanine--D-alanine ligase  30.94 
 
 
313 aa  113  5e-24  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.783773  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4572  D-alanine--D-alanine ligase  29.53 
 
 
331 aa  112  6e-24  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0596533  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2834  D-alanine--D-alanine ligase  31.77 
 
 
313 aa  112  7.000000000000001e-24  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  hitchhiker  0.00118098  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3087  D-alanine--D-alanine ligase  29.83 
 
 
331 aa  112  8.000000000000001e-24  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.807087  normal 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0084  D-alanine--D-alanine ligase  33.89 
 
 
340 aa  112  9e-24  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04365  D-alanine--D-alanine ligase  30 
 
 
318 aa  112  9e-24  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.628824  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3523  D-alanine--D-alanine ligase  32.37 
 
 
312 aa  111  1.0000000000000001e-23  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0183  D-alanine--D-alanine ligase  28.73 
 
 
337 aa  111  1.0000000000000001e-23  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  hitchhiker  0.0000736036  normal  0.566039 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2190  D-alanine--D-alanine ligase  26.75 
 
 
311 aa  111  1.0000000000000001e-23  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.10394  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0763  D-alanine--D-alanine ligase  25.31 
 
 
306 aa  112  1.0000000000000001e-23  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00284913  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>