More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cphy_0084 on replicon NC_010001
Organism: Clostridium phytofermentans ISDg



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010001  Cphy_0084  D-alanine--D-alanine ligase  100 
 
 		 340 aa  684    Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3455  D-alanine/D-alanine ligase  40.95 
 
 		 336 aa  268  8.999999999999999e-71  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0409597  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0897  D-alanine-D-alanine ligase A  43.79 
 
 		 346 aa  256  6e-67  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.121426  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_09600  D-alanine-D-alanine ligase A  43.49 
 
 		 346 aa  253  3e-66  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6870  D-alanine--D-alanine ligase  38.55 
 
 		 342 aa  233  2.0000000000000002e-60  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2649  D-alanine--D-alanine ligase  38.6 
 
 		 303 aa  226  5.0000000000000005e-58  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2199  D-alanine--D-alanine ligase  38.53 
 
 		 305 aa  221  9.999999999999999e-57  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.171774  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3971  D-alanine--D-alanine ligase  39.12 
 
 		 310 aa  218  1e-55  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1074  D-alanine/D-alanine ligase  38.55 
 
 		 302 aa  218  2e-55  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.254672  normal  0.307992 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0494  D-alanine--D-alanine ligase  39.76 
 
 		 305 aa  211  2e-53  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.922593  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0511  D-alanine/D-alanine ligase  39.47 
 
 		 305 aa  209  6e-53  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0661  D-alanine/D-alanine ligase  38.6 
 
 		 311 aa  209  8e-53  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3066  D-alanine--D-alanine ligase  37.65 
 
 		 316 aa  207  2e-52  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3914  D-alanine--D-alanine ligase  36.55 
 
 		 308 aa  207  2e-52  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.536039  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3830  D-alanine--D-alanine ligase  36.55 
 
 		 308 aa  207  2e-52  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_4102  D-alanine--D-alanine ligase  38.15 
 
 		 311 aa  207  2e-52  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.422713 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_3114  D-alanine/D-alanine ligase  37.03 
 
 		 307 aa  206  7e-52  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.188134  hitchhiker  0.0000000168198 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_14120  D-alanine--D-alanine ligase  35.94 
 
 		 313 aa  204  2e-51  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0366  D-alanine--D-alanine ligase  37.72 
 
 		 308 aa  202  8e-51  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0415  D-alanine--D-alanine ligase  37.94 
 
 		 627 aa  202  9e-51  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3887  D-alanine--D-alanine ligase  36.26 
 
 		 308 aa  201  1.9999999999999998e-50  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0809283  normal  0.435651 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0420  D-alanine/D-alanine ligase  35.21 
 
 		 299 aa  200  3e-50  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.0000379989  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1108  D-alanine--D-alanine ligase  35.55 
 
 		 308 aa  197  1.0000000000000001e-49  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0667  D-alanine/D-alanine ligase  37.28 
 
 		 313 aa  197  3e-49  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.621467  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1136  D-alanine--D-alanine ligase  35.34 
 
 		 313 aa  194  1e-48  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0816  D-alanine--D-alanine ligase  36.84 
 
 		 302 aa  195  1e-48  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0136  D-alanine/D-alanine ligase  35.96 
 
 		 302 aa  194  2e-48  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.444809  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1878  D-alanine--D-alanine ligase  35.57 
 
 		 308 aa  193  3e-48  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.063714 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0585  D-alanine--D-alanine ligase  33.03 
 
 		 313 aa  191  1e-47  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.034882  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2148  D-alanine--D-alanine ligase  35.24 
 
 		 314 aa  192  1e-47  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.628633  normal  0.0222251 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00093  D-alanylalanine synthetase  37.1 
 
 		 306 aa  191  2e-47  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.149308  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3943  D-alanine--D-alanine ligase  33.62 
 
 		 312 aa  190  2e-47  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3496  D-alanine--D-alanine ligase  34.81 
 
 		 301 aa  191  2e-47  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.303259  normal  0.188396 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00092  hypothetical protein  37.1 
 
 		 306 aa  191  2e-47  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.144888  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3508  D-alanine/D-alanine ligase  37.1 
 
 		 306 aa  190  4e-47  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00134071  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0098  D-alanine--D-alanine ligase  37.1 
 
 		 306 aa  190  4e-47  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000000699622  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0094  D-alanine--D-alanine ligase  37.1 
 
 		 306 aa  189  4e-47  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000101829  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0097  D-alanine--D-alanine ligase  37.1 
 
 		 306 aa  190  4e-47  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00164222  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3565  D-alanine--D-alanine ligase  37.1 
 
 		 306 aa  190  4e-47  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.00231129  hitchhiker  0.00551648 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0872  D-alanine/D-alanine ligase  33.63 
 
 		 306 aa  189  4e-47  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0100  D-alanine--D-alanine ligase  36.81 
 
 		 306 aa  189  5e-47  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0814155  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0085  D-alanine--D-alanine ligase  36.81 
 
 		 306 aa  189  7e-47  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.34447  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0638  D-alanine--D-alanine ligase  35.84 
 
 		 306 aa  188  1e-46  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.00195193  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3774  D-alanine--D-alanine ligase  40.4 
 
 		 308 aa  187  2e-46  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0850  D-alanine--D-alanine ligase  36.18 
 
 		 314 aa  187  3e-46  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.868675  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0147  D-alanine--D-alanine ligase  35.65 
 
 		 306 aa  186  3e-46  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.000287396  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1796  D-alanine--D-alanine ligase  34.29 
 
 		 312 aa  186  4e-46  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1588  D-alanyl-alanine synthetase A  35.49 
 
 		 316 aa  186  4e-46  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.0000341303  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0952  D-alanine/D-alanine ligase  34.01 
 
 		 311 aa  186  5e-46  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2266  D-alanine--D-alanine ligase  34.81 
 
 		 302 aa  186  6e-46  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.297566  hitchhiker  0.00504643 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1244  D-alanine/D-alanine ligase  34.86 
 
 		 316 aa  185  8e-46  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  0.00234913  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0142  D-alanine--D-alanine ligase  35.36 
 
 		 306 aa  185  1.0000000000000001e-45  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.696174  hitchhiker  0.00000371528 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1155  D-alanine--D-alanine ligase  35.16 
 
 		 309 aa  185  1.0000000000000001e-45  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.112058  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0142  D-alanine--D-alanine ligase  35.07 
 
 		 306 aa  184  2.0000000000000003e-45  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.0090881  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3590  D-alanine--D-alanine ligase  34.78 
 
 		 306 aa  184  2.0000000000000003e-45  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.224564  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_28460  D-alanine--D-alanine ligase  32.95 
 
 		 317 aa  184  2.0000000000000003e-45  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.289482  hitchhiker  0.00300353 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3286  D-alanine--D-alanine ligase  35.88 
 
 		 310 aa  184  2.0000000000000003e-45  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0360  D-alanine/D-alanine ligase  36.58 
 
 		 330 aa  183  3e-45  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0146  D-alanine--D-alanine ligase  35.07 
 
 		 306 aa  183  3e-45  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.302602  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2491  D-alanine--D-alanine ligase  35.21 
 
 		 306 aa  183  4.0000000000000006e-45  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1426  D-alanine--D-alanine ligase  32.76 
 
 		 313 aa  181  1e-44  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0360  D-alanine--D-alanine ligase  34.21 
 
 		 308 aa  181  1e-44  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3468  D-alanine--D-alanine ligase  37.32 
 
 		 313 aa  181  1e-44  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00570253  hitchhiker  0.00196625 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0763  D-alanine--D-alanine ligase  34.78 
 
 		 306 aa  181  2e-44  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00284913  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_5088  D-alanine--D-alanine ligase  33.04 
 
 		 329 aa  181  2e-44  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0488  D-alanine--D-alanine ligase  37.32 
 
 		 313 aa  181  2e-44  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0391876  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3167  D-alanine--D-alanine ligase  34.96 
 
 		 315 aa  181  2e-44  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3385  D-alanine--D-alanine ligase  36.71 
 
 		 306 aa  180  2.9999999999999997e-44  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.0172099  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0947  D-alanine--D-alanine ligase  34.6 
 
 		 302 aa  180  2.9999999999999997e-44  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0325942  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2916  D-alanine--D-alanine ligase  36.71 
 
 		 306 aa  180  2.9999999999999997e-44  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.253667  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3516  D-alanine--D-alanine ligase  36.71 
 
 		 306 aa  180  2.9999999999999997e-44  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.730478  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0750  D-alanine--D-alanine ligase  34.68 
 
 		 310 aa  180  2.9999999999999997e-44  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1149  D-alanine--D-alanine ligase  34.8 
 
 		 306 aa  180  2.9999999999999997e-44  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.927057  normal  0.917542 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3778  D-alanine--D-alanine ligase  34.78 
 
 		 306 aa  180  4e-44  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.078673  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_9048  D-alanine/D-alanine ligase  32.2 
 
 		 315 aa  179  5.999999999999999e-44  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.499515  normal  0.480227 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_2153  D-alanine--D-alanine ligase  33.33 
 
 		 333 aa  179  7e-44  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0465  D-alanine--D-alanine ligase  36.15 
 
 		 313 aa  179  9e-44  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0881757  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2741  D-alanine--D-alanine ligase  34.41 
 
 		 304 aa  178  9e-44  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.199895  hitchhiker  0.00000666317 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2582  D-alanine--D-alanine ligase  34.71 
 
 		 304 aa  178  1e-43  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2671  D-alanine--D-alanine ligase  35.86 
 
 		 313 aa  177  2e-43  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4160  D-alanine/D-alanine ligase  32.56 
 
 		 333 aa  177  2e-43  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.190227  normal  0.261244 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2074  D-alanine--D-alanine ligase  35.1 
 
 		 304 aa  177  2e-43  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.1873 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1240  D-alanine--D-alanine ligase  34.02 
 
 		 306 aa  177  2e-43  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2721  D-alanyl-alanine synthetase A  35.85 
 
 		 361 aa  177  2e-43  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.0289964  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0490  D-alanine--D-alanine ligase  35.86 
 
 		 313 aa  177  3e-43  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.107691  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1472  D-alanine--D-alanine ligase  34.4 
 
 		 326 aa  176  4e-43  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.269509  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4490  D-alanine--D-alanine ligase  36.07 
 
 		 311 aa  176  4e-43  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2356  D-alanine--D-alanine ligase  35.17 
 
 		 304 aa  176  5e-43  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0526  D-alanine--D-alanine ligase  34.31 
 
 		 332 aa  176  6e-43  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000337974  hitchhiker  0.0000125004 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2628  D-alanine--D-alanine ligase  34.59 
 
 		 304 aa  175  8e-43  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.292335  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0122  D-alanine--D-alanine ligase  34.12 
 
 		 310 aa  175  8e-43  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  decreased coverage  0.000652321  normal  0.029871 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2524  D-alanine--D-alanine ligase  34.12 
 
 		 311 aa  175  8e-43  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0109792  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0011  D-alanine--D-alanine ligase  34.73 
 
 		 365 aa  176  8e-43  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.133339  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2666  D-alanine--D-alanine ligase  34.59 
 
 		 304 aa  175  8e-43  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.555621  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1140  D-alanine--D-alanine ligase  32.86 
 
 		 309 aa  175  9e-43  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.000909084  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2627  D-alanine--D-alanine ligase  34.3 
 
 		 304 aa  175  9.999999999999999e-43  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000105454 
 
 
-
 
NC_005945  BAS2435  D-alanine--D-alanine ligase  34.3 
 
 		 304 aa  174  1.9999999999999998e-42  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.470821  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2198  D-alanine/D-alanine ligase  32.45 
 
 		 313 aa  174  1.9999999999999998e-42  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0703567  normal  1 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2610  D-alanine--D-alanine ligase  34.3 
 
 		 304 aa  174  1.9999999999999998e-42  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.5132  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0823  D-alanine--D-alanine ligase  33.33 
 
 		 334 aa  174  1.9999999999999998e-42  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.595745 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>