More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Oter_2162 on replicon NC_010571
Organism: Opitutus terrae PB90-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010571  Oter_2162  D-alanine--D-alanine ligase domain-containing protein  100 
 
 
339 aa  692    Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.856856  normal  0.227534 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1551  D-alanine--D-alanine ligase  34.68 
 
 
344 aa  193  3e-48  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.0372534 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2449  D-alanine--D-alanine ligase  34.23 
 
 
727 aa  144  3e-33  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1410  D-alanine--D-alanine ligase  34.23 
 
 
728 aa  143  4e-33  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.801372  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1506  D-alanine--D-alanine ligase  34.23 
 
 
728 aa  143  5e-33  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.736453  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1418  D-alanine--D-alanine ligase  33.85 
 
 
731 aa  142  9e-33  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0713  D-alanine--D-alanine ligase domain-containing protein  33.33 
 
 
357 aa  139  4.999999999999999e-32  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.323281  normal 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1644  D-alanine--D-alanine ligase domain-containing protein  29.41 
 
 
347 aa  137  3.0000000000000003e-31  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0655  D-alanine--D-alanine ligase  29.85 
 
 
663 aa  132  1.0000000000000001e-29  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.24382  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0358  methyltransferase type 11  32.2 
 
 
637 aa  129  5.0000000000000004e-29  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000290663  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1891  GCN5-related N-acetyltransferase  28.61 
 
 
527 aa  129  7.000000000000001e-29  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0081  D-alanine--D-alanine ligase  29.48 
 
 
310 aa  129  1.0000000000000001e-28  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.201322  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6870  D-alanine--D-alanine ligase  30.8 
 
 
342 aa  118  9.999999999999999e-26  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3043  D-alanine-D-alanine ligase and related ATP-grasp enzyme-like  29.81 
 
 
351 aa  117  3e-25  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2222  hypothetical protein  28.57 
 
 
354 aa  110  4.0000000000000004e-23  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1501  hypothetical protein  29.28 
 
 
348 aa  106  6e-22  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2749  D-alanine--D-alanine ligase  24.85 
 
 
338 aa  103  6e-21  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1774  protein of unknown function DUF201  26.53 
 
 
340 aa  102  8e-21  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.119478  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1008  D-alanine--D-alanine ligase  27.4 
 
 
743 aa  99.8  7e-20  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0602  D-alanine--D-alanine ligase  28.46 
 
 
338 aa  99.4  9e-20  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3455  D-alanine/D-alanine ligase  26.79 
 
 
336 aa  98.6  1e-19  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0409597  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_570  D-alanine--D-alanine ligase  26.3 
 
 
338 aa  96.3  6e-19  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0135  D-alanine--D-alanine ligase  27.3 
 
 
336 aa  96.3  7e-19  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.71803  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1796  D-alanine--D-alanine ligase  26.74 
 
 
312 aa  95.9  9e-19  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_09600  D-alanine-D-alanine ligase A  24.81 
 
 
346 aa  95.1  1e-18  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0897  D-alanine-D-alanine ligase A  24.81 
 
 
346 aa  94.7  2e-18  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.121426  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0629  D-ala D-ala ligase  25.72 
 
 
338 aa  92.8  7e-18  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0084  D-alanine--D-alanine ligase  28.14 
 
 
340 aa  92  1e-17  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0850  D-alanyl-alanine synthetase A  26.57 
 
 
366 aa  91.3  2e-17  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.237365 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1784  D-alanine--D-alanine ligase  25 
 
 
325 aa  90.5  4e-17  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.0240622  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1775  D-alanine--D-alanine ligase domain protein  28.35 
 
 
331 aa  90.5  4e-17  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.286204  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1724  hypothetical protein  25.52 
 
 
343 aa  90.5  4e-17  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.92014  normal  0.965208 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1155  D-alanine--D-alanine ligase  25.62 
 
 
309 aa  89.7  6e-17  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.112058  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2088  D-alanine--D-alanine ligase  26 
 
 
304 aa  89.4  8e-17  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1140  D-alanine--D-alanine ligase  25.95 
 
 
309 aa  89  1e-16  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.000909084  normal 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1522  D-alanine--D-alanine ligase  26.27 
 
 
301 aa  87.4  3e-16  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0539481  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1312  D-alanine--D-alanine ligase  26.27 
 
 
301 aa  87  4e-16  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.0281442  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1240  D-alanine--D-alanine ligase  27.89 
 
 
306 aa  86.7  6e-16  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3042  D-alanine--D-alanine ligase  26.78 
 
 
349 aa  85.9  8e-16  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2148  D-alanine--D-alanine ligase  25.31 
 
 
314 aa  84.3  0.000000000000002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.628633  normal  0.0222251 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2199  D-alanine--D-alanine ligase  26.4 
 
 
305 aa  84.3  0.000000000000002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.171774  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0337  D-alanine/D-alanine ligase  28.75 
 
 
322 aa  84  0.000000000000004  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1664  D-alanine--D-lactate ligase  25.7 
 
 
341 aa  83.6  0.000000000000005  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2977  D-alanine--D-alanine ligase  27.48 
 
 
327 aa  83.2  0.000000000000005  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0661  D-alanine/D-alanine ligase  27.89 
 
 
324 aa  83.2  0.000000000000006  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.435945  normal  0.336706 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0816  D-alanine--D-alanine ligase  26.59 
 
 
302 aa  83.2  0.000000000000006  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5356  D-alanine/D-alanine ligase  24.82 
 
 
346 aa  82.4  0.000000000000009  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0315218  normal  0.0664489 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_4102  D-alanine--D-alanine ligase  27.67 
 
 
311 aa  82.4  0.000000000000009  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.422713 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1367  D-alanine--D-alanine ligase  26.2 
 
 
367 aa  82  0.00000000000001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0360  D-alanine--D-alanine ligase  25.72 
 
 
308 aa  82  0.00000000000001  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0712  D-alanine--D-alanine ligase domain-containing protein  27.4 
 
 
326 aa  82.4  0.00000000000001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.396337  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2649  D-alanine--D-alanine ligase  28 
 
 
303 aa  82  0.00000000000001  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00328  D-alanylalanine synthetase  25.65 
 
 
364 aa  81.3  0.00000000000002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3227  D-alanine/D-alanine ligase  25.65 
 
 
364 aa  81.3  0.00000000000002  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3251  D-alanyl-alanine synthetase A  25.65 
 
 
364 aa  81.3  0.00000000000002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.10036 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0406  D-alanyl-alanine synthetase A  25.65 
 
 
364 aa  81.3  0.00000000000002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0447  D-alanyl-alanine synthetase A  25.65 
 
 
364 aa  81.3  0.00000000000002  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0453  D-alanyl-alanine synthetase A  25.65 
 
 
364 aa  81.3  0.00000000000002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0410  D-alanyl-alanine synthetase A  25.65 
 
 
364 aa  81.3  0.00000000000002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0298  D-alanyl-alanine synthetase A  26.09 
 
 
364 aa  81.3  0.00000000000002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0476  D-alanyl-alanine synthetase A  26.09 
 
 
364 aa  80.5  0.00000000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0415  D-alanyl-alanine synthetase A  26.09 
 
 
364 aa  80.9  0.00000000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.335332  normal  0.0242928 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0260  D-alanine/D-alanine ligase  24.31 
 
 
305 aa  80.1  0.00000000000005  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.0000015088  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2188  D-alanine--D-alanine ligase  27.11 
 
 
314 aa  80.1  0.00000000000005  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.441149  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0422  D-alanyl-alanine synthetase A  25.3 
 
 
364 aa  79.3  0.00000000000009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.947692  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0434  D-alanyl-alanine synthetase A  25.3 
 
 
364 aa  79.3  0.00000000000009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0552987  normal  0.545444 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0416  D-alanyl-alanine synthetase A  25.3 
 
 
364 aa  79.3  0.00000000000009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.532787  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0667  D-alanine/D-alanine ligase  25.91 
 
 
313 aa  79  0.0000000000001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.621467  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0137  D-alanine/D-alanine ligase  24.42 
 
 
288 aa  79  0.0000000000001  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.000000588497  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_13270  D-alanine--D-alanine ligase  28.22 
 
 
315 aa  79  0.0000000000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.122637  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1414  D-alanine/D-alanine ligase  24.14 
 
 
346 aa  79  0.0000000000001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0689  D-alanyl-alanine synthetase A  27.86 
 
 
303 aa  79  0.0000000000001  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  unclonable  0.00000234965  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4385  D-alanine--D-alanine ligase  25.75 
 
 
318 aa  78.6  0.0000000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0215233  normal  0.165436 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2848  D-alanine--D-alanine ligase  25.64 
 
 
308 aa  78.2  0.0000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.67822  normal  0.0145718 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0946  D-alanine--D-alanine ligase  26.33 
 
 
318 aa  78.2  0.0000000000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.427679  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4160  D-alanine/D-alanine ligase  27.56 
 
 
333 aa  78.2  0.0000000000002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.190227  normal  0.261244 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1339  D-alanine--D-alanine ligase  25.84 
 
 
318 aa  77.4  0.0000000000003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.266833  normal  0.0340242 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0420  D-alanine/D-alanine ligase  25.82 
 
 
299 aa  77.4  0.0000000000003  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.0000379989  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4510  D-alanine--D-alanine ligase  25.75 
 
 
318 aa  77.4  0.0000000000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.926971  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2722  D-alanine--D-alanine ligase  27.15 
 
 
331 aa  77  0.0000000000004  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4182  D-alanine--D-alanine ligase  25.47 
 
 
363 aa  77  0.0000000000005  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.512251  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2612  D-alanine--D-alanine ligase  23.3 
 
 
317 aa  76.6  0.0000000000005  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.000431315  unclonable  0.00000000000418412 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1108  D-alanine--D-alanine ligase  24.52 
 
 
308 aa  76.6  0.0000000000006  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4982  D-alanine--D-alanine ligase  27.02 
 
 
319 aa  76.3  0.0000000000008  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.380222  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1426  D-alanine--D-alanine ligase  26.17 
 
 
313 aa  76.3  0.0000000000008  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0665  D-alanyl-alanine synthetase A  26.67 
 
 
303 aa  75.1  0.000000000001  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000619225  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0523  D-alanine/D-alanine ligase  24.9 
 
 
344 aa  75.9  0.000000000001  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.346273  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0585  D-alanine--D-alanine ligase  26.47 
 
 
313 aa  75.5  0.000000000001  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.034882  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2589  D-alanine--D-alanine ligase  24.91 
 
 
308 aa  75.1  0.000000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1603  D-alanine/D-alanine ligase  25.37 
 
 
362 aa  74.7  0.000000000002  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2491  D-alanine--D-alanine ligase  27.63 
 
 
306 aa  74.7  0.000000000002  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2741  D-alanine--D-alanine ligase  24.59 
 
 
304 aa  75.1  0.000000000002  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.199895  hitchhiker  0.00000666317 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0360  D-alanine/D-alanine ligase  26.23 
 
 
330 aa  74.3  0.000000000003  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3919  D-alanyl-alanine synthetase A  24.55 
 
 
363 aa  74.3  0.000000000003  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.27971  normal  0.219568 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2582  D-alanine--D-alanine ligase  24.59 
 
 
304 aa  73.9  0.000000000003  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3087  D-alanine--D-alanine ligase  27.45 
 
 
331 aa  74.3  0.000000000003  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.807087  normal 
 
 
-
 
NC_004310  BR1271  D-alanyl-alanine synthetase A  23.44 
 
 
353 aa  73.6  0.000000000004  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.537127  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_57320  D-alanine--D-alanine ligase  26.67 
 
 
319 aa  73.6  0.000000000004  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3066  D-alanine--D-alanine ligase  24.9 
 
 
316 aa  73.2  0.000000000006  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_7137  D-alanine--D-lactate ligase  24.11 
 
 
348 aa  73.2  0.000000000006  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.137191  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>