More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PA14_09600 on replicon NC_008463
Organism: Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009656  PSPA7_0897  D-alanine-D-alanine ligase A  98.84 
 
 
346 aa  681    Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.121426  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_09600  D-alanine-D-alanine ligase A  100 
 
 
346 aa  688    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6870  D-alanine--D-alanine ligase  60.24 
 
 
342 aa  402  1e-111  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3455  D-alanine/D-alanine ligase  59.7 
 
 
336 aa  397  1e-109  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0409597  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0084  D-alanine--D-alanine ligase  43.49 
 
 
340 aa  258  7e-68  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3066  D-alanine--D-alanine ligase  44.12 
 
 
316 aa  239  6.999999999999999e-62  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_4102  D-alanine--D-alanine ligase  42.73 
 
 
311 aa  234  2.0000000000000002e-60  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.422713 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2199  D-alanine--D-alanine ligase  41.05 
 
 
305 aa  226  6e-58  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.171774  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3971  D-alanine--D-alanine ligase  42.02 
 
 
310 aa  225  8e-58  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3887  D-alanine--D-alanine ligase  43.29 
 
 
308 aa  223  3e-57  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0809283  normal  0.435651 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1074  D-alanine/D-alanine ligase  41.32 
 
 
302 aa  222  6e-57  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.254672  normal  0.307992 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1426  D-alanine--D-alanine ligase  40.99 
 
 
313 aa  221  9.999999999999999e-57  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3286  D-alanine--D-alanine ligase  42.68 
 
 
310 aa  220  3e-56  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4490  D-alanine--D-alanine ligase  42.51 
 
 
311 aa  218  1e-55  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0494  D-alanine--D-alanine ligase  41.77 
 
 
305 aa  216  2.9999999999999998e-55  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.922593  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0511  D-alanine/D-alanine ligase  41.46 
 
 
305 aa  216  4e-55  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1108  D-alanine--D-alanine ligase  39 
 
 
308 aa  216  5e-55  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3914  D-alanine--D-alanine ligase  41.16 
 
 
308 aa  214  9.999999999999999e-55  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.536039  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1155  D-alanine--D-alanine ligase  38.01 
 
 
309 aa  214  1.9999999999999998e-54  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.112058  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3830  D-alanine--D-alanine ligase  41.16 
 
 
308 aa  213  2.9999999999999995e-54  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2148  D-alanine--D-alanine ligase  36.63 
 
 
314 aa  213  3.9999999999999995e-54  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.628633  normal  0.0222251 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0787  D-alanine--D-alanine ligase  42.25 
 
 
307 aa  212  7e-54  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.722961  normal  0.289278 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2111  D-alanine--D-alanine ligase  42.25 
 
 
307 aa  212  7e-54  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2004  D-alanine--D-alanine ligase  40.73 
 
 
308 aa  211  2e-53  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0136  D-alanine/D-alanine ligase  39.34 
 
 
302 aa  210  3e-53  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.444809  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2074  D-alanine--D-alanine ligase  41.54 
 
 
304 aa  209  5e-53  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal  0.1873 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2649  D-alanine--D-alanine ligase  40.79 
 
 
303 aa  208  9e-53  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_3114  D-alanine/D-alanine ligase  39.64 
 
 
307 aa  207  1e-52  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.188134  hitchhiker  0.0000000168198 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0667  D-alanine/D-alanine ligase  40.06 
 
 
313 aa  208  1e-52  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.621467  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_28460  D-alanine--D-alanine ligase  37.43 
 
 
317 aa  208  1e-52  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.289482  hitchhiker  0.00300353 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0420  D-alanine/D-alanine ligase  35.28 
 
 
299 aa  206  4e-52  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.0000379989  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0946  D-alanine--D-alanine ligase  40.87 
 
 
318 aa  206  5e-52  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.427679  normal 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1360  D-alanine/D-alanine ligase  38.89 
 
 
319 aa  206  5e-52  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2589  D-alanine--D-alanine ligase  39.58 
 
 
308 aa  206  6e-52  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0415  D-alanine--D-alanine ligase  42.06 
 
 
627 aa  206  6e-52  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0066  D-alanine--D-alanine ligase  44.72 
 
 
301 aa  205  7e-52  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0366  D-alanine--D-alanine ligase  41.09 
 
 
308 aa  205  8e-52  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3774  D-alanine--D-alanine ligase  40.85 
 
 
308 aa  205  1e-51  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2524  D-alanine--D-alanine ligase  35.63 
 
 
311 aa  205  1e-51  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0109792  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1796  D-alanine--D-alanine ligase  38.62 
 
 
312 aa  205  1e-51  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2077  D-alanine--D-alanine ligase  40 
 
 
308 aa  204  2e-51  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.335568  hitchhiker  0.00112188 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0697  D-alanine--D-alanine ligase  41.82 
 
 
307 aa  204  2e-51  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.389866 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2612  D-alanine--D-alanine ligase  37.5 
 
 
317 aa  204  2e-51  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.000431315  unclonable  0.00000000000418412 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4572  D-alanine--D-alanine ligase  40.9 
 
 
331 aa  204  2e-51  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0596533  normal 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0526  D-alanine--D-alanine ligase  39.51 
 
 
332 aa  204  2e-51  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000337974  hitchhiker  0.0000125004 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1140  D-alanine--D-alanine ligase  37.61 
 
 
309 aa  204  3e-51  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.000909084  normal 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0816  D-alanine--D-alanine ligase  33.73 
 
 
302 aa  203  4e-51  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_57320  D-alanine--D-alanine ligase  40.43 
 
 
319 aa  202  6e-51  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_14120  D-alanine--D-alanine ligase  38.08 
 
 
313 aa  202  7e-51  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2887  D-alanine--D-alanine ligase  40.99 
 
 
300 aa  202  7e-51  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.130361  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0686  D-alanine--D-alanine ligase  39.2 
 
 
306 aa  202  8e-51  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.280639  decreased coverage  0.000224556 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2741  D-alanine--D-alanine ligase  35.26 
 
 
304 aa  202  8e-51  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.199895  hitchhiker  0.00000666317 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2424  D-alanine--D-alanine ligase  40.66 
 
 
308 aa  201  9.999999999999999e-51  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.060178  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2198  D-alanine/D-alanine ligase  41 
 
 
313 aa  201  9.999999999999999e-51  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0703567  normal 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2582  D-alanine--D-alanine ligase  35.26 
 
 
304 aa  201  9.999999999999999e-51  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0947  D-alanine--D-alanine ligase  40.81 
 
 
302 aa  201  1.9999999999999998e-50  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0325942  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2266  D-alanine--D-alanine ligase  40.9 
 
 
302 aa  201  1.9999999999999998e-50  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.297566  hitchhiker  0.00504643 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4982  D-alanine--D-alanine ligase  40.12 
 
 
319 aa  201  1.9999999999999998e-50  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.380222  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4510  D-alanine--D-alanine ligase  39.63 
 
 
318 aa  200  3e-50  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.926971  normal 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1662  D-alanyl-alanine synthetase A  37.15 
 
 
363 aa  199  5e-50  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1339  D-alanine--D-alanine ligase  39.32 
 
 
318 aa  199  6e-50  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.266833  normal  0.0340242 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2848  D-alanine--D-alanine ligase  38.69 
 
 
308 aa  199  7.999999999999999e-50  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.67822  normal  0.0145718 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2088  D-alanine--D-alanine ligase  40.43 
 
 
304 aa  198  1.0000000000000001e-49  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3590  D-alanine--D-alanine ligase  37.8 
 
 
306 aa  198  1.0000000000000001e-49  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.224564  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00093  D-alanylalanine synthetase  37.8 
 
 
306 aa  197  2.0000000000000003e-49  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.149308  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3496  D-alanine--D-alanine ligase  39.21 
 
 
301 aa  197  2.0000000000000003e-49  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.303259  normal  0.188396 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4671  D-alanine--D-alanine ligase  38.15 
 
 
324 aa  197  2.0000000000000003e-49  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0129578  normal  0.448814 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00092  hypothetical protein  37.8 
 
 
306 aa  197  2.0000000000000003e-49  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.144888  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0661  D-alanine/D-alanine ligase  38.1 
 
 
311 aa  197  3e-49  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4385  D-alanine--D-alanine ligase  39.01 
 
 
318 aa  197  3e-49  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0215233  normal  0.165436 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2627  D-alanine--D-alanine ligase  34.35 
 
 
304 aa  196  4.0000000000000005e-49  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000105454 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0147  D-alanine--D-alanine ligase  37.8 
 
 
306 aa  196  4.0000000000000005e-49  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.000287396  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3778  D-alanine--D-alanine ligase  38.39 
 
 
306 aa  196  4.0000000000000005e-49  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.078673  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2628  D-alanine--D-alanine ligase  34.65 
 
 
304 aa  196  6e-49  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.292335  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2435  D-alanine--D-alanine ligase  34.35 
 
 
304 aa  196  6e-49  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.470821  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2356  D-alanine--D-alanine ligase  34.65 
 
 
304 aa  196  6e-49  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2610  D-alanine--D-alanine ligase  34.35 
 
 
304 aa  196  6e-49  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.5132  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2753  D-alanine--D-alanine ligase  38.86 
 
 
316 aa  196  6e-49  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2666  D-alanine--D-alanine ligase  34.65 
 
 
304 aa  196  6e-49  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.555621  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0142  D-alanine--D-alanine ligase  37.8 
 
 
306 aa  196  7e-49  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.696174  hitchhiker  0.00000371528 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1586  D-alanine--D-alanine ligase  34.49 
 
 
377 aa  196  7e-49  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal  0.0347832 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3668  D-alanine--D-alanine ligase  38.07 
 
 
332 aa  195  7e-49  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.497942  normal 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0872  D-alanine/D-alanine ligase  36.98 
 
 
306 aa  195  8.000000000000001e-49  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0142  D-alanine--D-alanine ligase  37.8 
 
 
306 aa  195  8.000000000000001e-49  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.0090881  normal 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1522  D-alanine--D-alanine ligase  35.67 
 
 
301 aa  195  9e-49  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0539481  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2978  D-alanine--D-alanine ligase  37.76 
 
 
332 aa  195  1e-48  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  hitchhiker  0.00577366  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0097  D-alanine--D-alanine ligase  37.8 
 
 
306 aa  195  1e-48  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00164222  normal 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1312  D-alanine--D-alanine ligase  35.67 
 
 
301 aa  195  1e-48  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.0281442  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0085  D-alanine--D-alanine ligase  37.5 
 
 
306 aa  194  2e-48  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.34447  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3508  D-alanine/D-alanine ligase  37.5 
 
 
306 aa  194  2e-48  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00134071  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0464  D-alanine--D-alanine ligase  38.51 
 
 
319 aa  194  2e-48  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.132669 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3565  D-alanine--D-alanine ligase  37.5 
 
 
306 aa  194  2e-48  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.00231129  hitchhiker  0.00551648 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7439  D-alanine--D-alanine ligase  40.67 
 
 
307 aa  194  2e-48  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0178341  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3167  D-alanine--D-alanine ligase  41.52 
 
 
315 aa  194  2e-48  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_08980  D-alanine--D-alanine ligase  34.29 
 
 
343 aa  194  2e-48  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0100  D-alanine--D-alanine ligase  37.5 
 
 
306 aa  194  2e-48  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0814155  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0146  D-alanine--D-alanine ligase  37.5 
 
 
306 aa  194  2e-48  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.302602  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0098  D-alanine--D-alanine ligase  37.5 
 
 
306 aa  194  2e-48  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000000699622  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0009  D-alanine/D-alanine ligase  35.61 
 
 
338 aa  194  3e-48  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.542001  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0823  D-alanine--D-alanine ligase  38.07 
 
 
334 aa  194  3e-48  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.595745 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>