More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rleg2_2589 on replicon NC_011369
Organism: Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011369  Rleg2_2589  D-alanine--D-alanine ligase  100 
 
 		 308 aa  635    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2848  D-alanine--D-alanine ligase  96.75 
 
 		 308 aa  623  1e-177  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.67822  normal  0.0145718 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2077  D-alanine--D-alanine ligase  79.87 
 
 		 308 aa  523  1e-147  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.335568  hitchhiker  0.00112188 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2004  D-alanine--D-alanine ligase  75.65 
 
 		 308 aa  491  9.999999999999999e-139  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2887  D-alanine--D-alanine ligase  76 
 
 		 300 aa  486  1e-136  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.130361  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1747  D-alanine--D-alanine ligase  75.65 
 
 		 308 aa  476  1e-133  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1385  D-alanine--D-alanine ligase  74.03 
 
 		 308 aa  446  1.0000000000000001e-124  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1428  D-alanine--D-alanine ligase  74.68 
 
 		 308 aa  447  1.0000000000000001e-124  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.631762  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7439  D-alanine--D-alanine ligase  65.25 
 
 		 307 aa  421  1e-117  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0178341  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2353  D-alanine--D-alanine ligase  65.25 
 
 		 307 aa  422  1e-117  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.452645 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3130  D-alanine--D-alanine ligase  65.57 
 
 		 307 aa  422  1e-117  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.330245 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3173  D-alanine--D-alanine ligase  64.92 
 
 		 307 aa  418  1e-116  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0466065  normal  0.598076 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2946  D-alanine--D-alanine ligase  64.92 
 
 		 307 aa  419  1e-116  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.187089 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3492  D-alanine--D-alanine ligase  65.57 
 
 		 307 aa  417  9.999999999999999e-116  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0695  D-alanine--D-alanine ligase  63.93 
 
 		 307 aa  411  1e-114  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.686209  normal  0.293576 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0944  D-alanine--D-alanine ligase  63.11 
 
 		 306 aa  400  9.999999999999999e-111  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  hitchhiker  0.0000259534  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2424  D-alanine--D-alanine ligase  60.98 
 
 		 308 aa  384  1e-105  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.060178  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3301  D-alanine--D-alanine ligase  59.8 
 
 		 308 aa  371  1e-101  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0325  D-alanine--D-alanine ligase  62.62 
 
 		 306 aa  364  1e-100  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0370314  normal  0.477403 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2074  D-alanine--D-alanine ligase  56.72 
 
 		 304 aa  342  5e-93  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.1873 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0947  D-alanine--D-alanine ligase  57.33 
 
 		 302 aa  339  4e-92  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0325942  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2111  D-alanine--D-alanine ligase  56.44 
 
 		 307 aa  332  7.000000000000001e-90  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0787  D-alanine--D-alanine ligase  56.44 
 
 		 307 aa  332  7.000000000000001e-90  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.722961  normal  0.289278 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0697  D-alanine--D-alanine ligase  56.58 
 
 		 307 aa  329  3e-89  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.389866 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2419  D-alanine--D-alanine ligase  54.13 
 
 		 308 aa  325  5e-88  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  hitchhiker  0.000977775  normal  0.223955 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2406  D-alanine--D-alanine ligase  57.43 
 
 		 301 aa  320  9.999999999999999e-87  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.392221 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0686  D-alanine--D-alanine ligase  53.14 
 
 		 306 aa  320  1.9999999999999998e-86  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.280639  decreased coverage  0.000224556 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1204  D-alanine--D-alanine ligase  56.77 
 
 		 301 aa  318  7.999999999999999e-86  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3660  D-alanine--D-alanine ligase  53.85 
 
 		 322 aa  317  2e-85  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.345164 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3167  D-alanine--D-alanine ligase  52.7 
 
 		 315 aa  316  3e-85  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4490  D-alanine--D-alanine ligase  55.48 
 
 		 311 aa  315  5e-85  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2753  D-alanine--D-alanine ligase  51.76 
 
 		 316 aa  310  2.9999999999999997e-83  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0066  D-alanine--D-alanine ligase  52.79 
 
 		 301 aa  292  4e-78  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3943  D-alanine--D-alanine ligase  49.34 
 
 		 312 aa  288  1e-76  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1878  D-alanine--D-alanine ligase  50 
 
 		 308 aa  287  2e-76  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.063714 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1136  D-alanine--D-alanine ligase  47.71 
 
 		 313 aa  283  3.0000000000000004e-75  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0511  D-alanine/D-alanine ligase  47.71 
 
 		 305 aa  271  1e-71  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0494  D-alanine--D-alanine ligase  46.41 
 
 		 305 aa  266  2.9999999999999995e-70  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.922593  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0667  D-alanine/D-alanine ligase  44.98 
 
 		 313 aa  246  3e-64  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.621467  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0095  D-alanine--D-alanine ligase  42.86 
 
 		 315 aa  242  3.9999999999999997e-63  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.798262  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3971  D-alanine--D-alanine ligase  44.63 
 
 		 310 aa  242  6e-63  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_28460  D-alanine--D-alanine ligase  46.15 
 
 		 317 aa  237  2e-61  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.289482  hitchhiker  0.00300353 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2199  D-alanine--D-alanine ligase  43.61 
 
 		 305 aa  233  4.0000000000000004e-60  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.171774  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0415  D-alanine--D-alanine ligase  44.48 
 
 		 627 aa  233  4.0000000000000004e-60  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3066  D-alanine--D-alanine ligase  44.79 
 
 		 316 aa  232  6e-60  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3830  D-alanine--D-alanine ligase  45.1 
 
 		 308 aa  227  2e-58  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3914  D-alanine--D-alanine ligase  44.77 
 
 		 308 aa  226  4e-58  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.536039  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3887  D-alanine--D-alanine ligase  44.69 
 
 		 308 aa  223  4e-57  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0809283  normal  0.435651 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_3114  D-alanine/D-alanine ligase  45.95 
 
 		 307 aa  221  9e-57  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.188134  hitchhiker  0.0000000168198 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3286  D-alanine--D-alanine ligase  43.46 
 
 		 310 aa  221  9.999999999999999e-57  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1360  D-alanine/D-alanine ligase  44.2 
 
 		 319 aa  220  1.9999999999999999e-56  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1240  D-alanine--D-alanine ligase  42.21 
 
 		 306 aa  218  8.999999999999998e-56  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_4102  D-alanine--D-alanine ligase  43.23 
 
 		 311 aa  214  1.9999999999999998e-54  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.422713 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3774  D-alanine--D-alanine ligase  45.42 
 
 		 308 aa  213  2.9999999999999995e-54  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1796  D-alanine--D-alanine ligase  41.08 
 
 		 312 aa  213  2.9999999999999995e-54  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0360  D-alanine--D-alanine ligase  40.32 
 
 		 308 aa  213  3.9999999999999995e-54  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2148  D-alanine--D-alanine ligase  38.54 
 
 		 314 aa  211  1e-53  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.628633  normal  0.0222251 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4160  D-alanine/D-alanine ligase  40.07 
 
 		 333 aa  210  3e-53  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.190227  normal  0.261244 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1155  D-alanine--D-alanine ligase  43.59 
 
 		 309 aa  209  5e-53  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.112058  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_14120  D-alanine--D-alanine ligase  41.29 
 
 		 313 aa  206  3e-52  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1108  D-alanine--D-alanine ligase  40.52 
 
 		 308 aa  206  6e-52  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1426  D-alanine--D-alanine ligase  41.72 
 
 		 313 aa  204  1e-51  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0147  D-alanine--D-alanine ligase  40.13 
 
 		 306 aa  202  5e-51  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.000287396  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0142  D-alanine--D-alanine ligase  40.13 
 
 		 306 aa  202  6e-51  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.696174  hitchhiker  0.00000371528 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0142  D-alanine--D-alanine ligase  40.13 
 
 		 306 aa  202  7e-51  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.0090881  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0897  D-alanine-D-alanine ligase A  39.29 
 
 		 346 aa  201  9.999999999999999e-51  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.121426  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_09600  D-alanine-D-alanine ligase A  39.58 
 
 		 346 aa  201  9.999999999999999e-51  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0146  D-alanine--D-alanine ligase  39.81 
 
 		 306 aa  200  1.9999999999999998e-50  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.302602  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0952  D-alanine/D-alanine ligase  37.66 
 
 		 311 aa  199  5e-50  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0100  D-alanine--D-alanine ligase  39.16 
 
 		 306 aa  198  7.999999999999999e-50  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0814155  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3508  D-alanine/D-alanine ligase  39.16 
 
 		 306 aa  198  1.0000000000000001e-49  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00134071  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0098  D-alanine--D-alanine ligase  39.16 
 
 		 306 aa  198  1.0000000000000001e-49  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000000699622  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3565  D-alanine--D-alanine ligase  39.16 
 
 		 306 aa  198  1.0000000000000001e-49  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.00231129  hitchhiker  0.00551648 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0085  D-alanine--D-alanine ligase  39.16 
 
 		 306 aa  197  1.0000000000000001e-49  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.34447  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3455  D-alanine/D-alanine ligase  37.35 
 
 		 336 aa  197  2.0000000000000003e-49  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0409597  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3590  D-alanine--D-alanine ligase  39.49 
 
 		 306 aa  197  2.0000000000000003e-49  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.224564  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0094  D-alanine--D-alanine ligase  38.83 
 
 		 306 aa  196  3e-49  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000101829  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0763  D-alanine--D-alanine ligase  39.94 
 
 		 306 aa  196  3e-49  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00284913  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0638  D-alanine--D-alanine ligase  38.51 
 
 		 306 aa  196  3e-49  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.00195193  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0097  D-alanine--D-alanine ligase  39.16 
 
 		 306 aa  196  5.000000000000001e-49  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00164222  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1149  D-alanine--D-alanine ligase  39.93 
 
 		 306 aa  196  5.000000000000001e-49  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.927057  normal  0.917542 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00093  D-alanylalanine synthetase  38.83 
 
 		 306 aa  195  9e-49  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.149308  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00092  hypothetical protein  38.83 
 
 		 306 aa  195  9e-49  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.144888  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0850  D-alanine--D-alanine ligase  42.12 
 
 		 314 aa  193  2e-48  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.868675  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1140  D-alanine--D-alanine ligase  39.62 
 
 		 309 aa  193  3e-48  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.000909084  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3778  D-alanine--D-alanine ligase  39.3 
 
 		 306 aa  193  3e-48  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.078673  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4385  D-alanine--D-alanine ligase  40.84 
 
 		 318 aa  191  1e-47  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0215233  normal  0.165436 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0924  D-alanine--D-alanine ligase  41.39 
 
 		 313 aa  191  1e-47  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.783773  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0946  D-alanine--D-alanine ligase  41.16 
 
 		 318 aa  191  1e-47  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.427679  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0604  D-alanine--D-alanine ligase  41.33 
 
 		 320 aa  191  2e-47  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4510  D-alanine--D-alanine ligase  40.65 
 
 		 318 aa  189  4e-47  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.926971  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1339  D-alanine--D-alanine ligase  40.65 
 
 		 318 aa  189  5e-47  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.266833  normal  0.0340242 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3516  D-alanine--D-alanine ligase  40.26 
 
 		 306 aa  189  5e-47  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.730478  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3385  D-alanine--D-alanine ligase  40.26 
 
 		 306 aa  189  5e-47  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.0172099  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2916  D-alanine--D-alanine ligase  40.26 
 
 		 306 aa  189  5e-47  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.253667  normal  1 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0689  D-alanyl-alanine synthetase A  38.56 
 
 		 303 aa  189  5.999999999999999e-47  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  unclonable  0.00000234965  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0816  D-alanine--D-alanine ligase  35.64 
 
 		 302 aa  187  1e-46  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0122  D-alanine--D-alanine ligase  41.92 
 
 		 310 aa  187  2e-46  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  decreased coverage  0.000652321  normal  0.029871 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4671  D-alanine--D-alanine ligase  39.8 
 
 		 324 aa  187  2e-46  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0129578  normal  0.448814 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1077  D-alanine--D-alanine ligase  41.04 
 
 		 338 aa  187  2e-46  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0742794  normal  0.822876 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>