More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene GM21_0511 on replicon NC_012918
Organism: Geobacter sp. M21



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012918  GM21_0511  D-alanine/D-alanine ligase  100 
 
 		 305 aa  603  1.0000000000000001e-171  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0494  D-alanine--D-alanine ligase  96.39 
 
 		 305 aa  585  1e-166  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.922593  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3971  D-alanine--D-alanine ligase  69.16 
 
 		 310 aa  409  1e-113  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0415  D-alanine--D-alanine ligase  68.93 
 
 		 627 aa  394  1e-108  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3066  D-alanine--D-alanine ligase  65.71 
 
 		 316 aa  387  1e-106  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0667  D-alanine/D-alanine ligase  63.64 
 
 		 313 aa  379  1e-104  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.621467  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3286  D-alanine--D-alanine ligase  62.21 
 
 		 310 aa  369  1e-101  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2199  D-alanine--D-alanine ligase  55.74 
 
 		 305 aa  332  4e-90  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.171774  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3887  D-alanine--D-alanine ligase  53.49 
 
 		 308 aa  301  8.000000000000001e-81  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0809283  normal  0.435651 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3914  D-alanine--D-alanine ligase  52.16 
 
 		 308 aa  295  9e-79  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.536039  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3830  D-alanine--D-alanine ligase  52.16 
 
 		 308 aa  293  2e-78  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3774  D-alanine--D-alanine ligase  51.5 
 
 		 308 aa  281  9e-75  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1108  D-alanine--D-alanine ligase  49.84 
 
 		 308 aa  276  3e-73  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4160  D-alanine/D-alanine ligase  49.17 
 
 		 333 aa  275  7e-73  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.190227  normal  0.261244 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2589  D-alanine--D-alanine ligase  47.71 
 
 		 308 aa  271  1e-71  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2148  D-alanine--D-alanine ligase  47.4 
 
 		 314 aa  268  1e-70  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.628633  normal  0.0222251 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2848  D-alanine--D-alanine ligase  45.75 
 
 		 308 aa  261  1e-68  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.67822  normal  0.0145718 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7439  D-alanine--D-alanine ligase  49.51 
 
 		 307 aa  259  5.0000000000000005e-68  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0178341  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3590  D-alanine--D-alanine ligase  47.7 
 
 		 306 aa  258  8e-68  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.224564  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00093  D-alanylalanine synthetase  49.01 
 
 		 306 aa  257  2e-67  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.149308  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00092  hypothetical protein  49.01 
 
 		 306 aa  257  2e-67  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.144888  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3778  D-alanine--D-alanine ligase  47.37 
 
 		 306 aa  254  1.0000000000000001e-66  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.078673  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3508  D-alanine/D-alanine ligase  48.68 
 
 		 306 aa  254  2.0000000000000002e-66  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00134071  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0085  D-alanine--D-alanine ligase  48.68 
 
 		 306 aa  254  2.0000000000000002e-66  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.34447  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3565  D-alanine--D-alanine ligase  48.68 
 
 		 306 aa  254  2.0000000000000002e-66  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.00231129  hitchhiker  0.00551648 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0097  D-alanine--D-alanine ligase  48.68 
 
 		 306 aa  253  2.0000000000000002e-66  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00164222  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0098  D-alanine--D-alanine ligase  48.68 
 
 		 306 aa  254  2.0000000000000002e-66  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000000699622  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0094  D-alanine--D-alanine ligase  48.34 
 
 		 306 aa  252  5.000000000000001e-66  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000101829  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3301  D-alanine--D-alanine ligase  47.21 
 
 		 308 aa  252  5.000000000000001e-66  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0100  D-alanine--D-alanine ligase  48.34 
 
 		 306 aa  252  7e-66  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0814155  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1240  D-alanine--D-alanine ligase  48.01 
 
 		 306 aa  251  8.000000000000001e-66  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_4102  D-alanine--D-alanine ligase  46.47 
 
 		 311 aa  251  9.000000000000001e-66  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.422713 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0763  D-alanine--D-alanine ligase  47.19 
 
 		 306 aa  251  1e-65  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00284913  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3385  D-alanine--D-alanine ligase  46.23 
 
 		 306 aa  250  2e-65  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.0172099  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3516  D-alanine--D-alanine ligase  46.23 
 
 		 306 aa  250  2e-65  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.730478  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2916  D-alanine--D-alanine ligase  46.23 
 
 		 306 aa  250  2e-65  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.253667  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1155  D-alanine--D-alanine ligase  47.65 
 
 		 309 aa  249  4e-65  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.112058  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2887  D-alanine--D-alanine ligase  45.03 
 
 		 300 aa  249  4e-65  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.130361  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0146  D-alanine--D-alanine ligase  48.53 
 
 		 306 aa  249  5e-65  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.302602  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2353  D-alanine--D-alanine ligase  47.23 
 
 		 307 aa  248  6e-65  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.452645 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0360  D-alanine--D-alanine ligase  46.03 
 
 		 308 aa  249  6e-65  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2424  D-alanine--D-alanine ligase  47.7 
 
 		 308 aa  248  8e-65  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.060178  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_57320  D-alanine--D-alanine ligase  50 
 
 		 319 aa  248  9e-65  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0142  D-alanine--D-alanine ligase  48.21 
 
 		 306 aa  247  1e-64  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.0090881  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0142  D-alanine--D-alanine ligase  48.21 
 
 		 306 aa  247  1e-64  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.696174  hitchhiker  0.00000371528 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0147  D-alanine--D-alanine ligase  48.21 
 
 		 306 aa  248  1e-64  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.000287396  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2077  D-alanine--D-alanine ligase  44.12 
 
 		 308 aa  247  2e-64  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.335568  hitchhiker  0.00112188 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4982  D-alanine--D-alanine ligase  49.66 
 
 		 319 aa  247  2e-64  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.380222  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2004  D-alanine--D-alanine ligase  47.08 
 
 		 308 aa  247  2e-64  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4463  D-alanine--D-alanine ligase  46.84 
 
 		 317 aa  246  3e-64  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.816615  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0924  D-alanine--D-alanine ligase  47.95 
 
 		 313 aa  246  4e-64  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.783773  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4100  D-alanine--D-alanine ligase  47 
 
 		 319 aa  244  9.999999999999999e-64  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.555114 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0946  D-alanine--D-alanine ligase  46.92 
 
 		 318 aa  244  9.999999999999999e-64  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.427679  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3173  D-alanine--D-alanine ligase  47.4 
 
 		 307 aa  244  9.999999999999999e-64  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0466065  normal  0.598076 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0638  D-alanine--D-alanine ligase  47.87 
 
 		 306 aa  244  9.999999999999999e-64  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.00195193  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0695  D-alanine--D-alanine ligase  49.01 
 
 		 307 aa  243  1.9999999999999999e-63  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.686209  normal  0.293576 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2491  D-alanine--D-alanine ligase  46.23 
 
 		 306 aa  243  1.9999999999999999e-63  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4385  D-alanine--D-alanine ligase  46.58 
 
 		 318 aa  243  3e-63  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0215233  normal  0.165436 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3167  D-alanine--D-alanine ligase  46.65 
 
 		 315 aa  243  3e-63  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3492  D-alanine--D-alanine ligase  48.36 
 
 		 307 aa  243  3.9999999999999997e-63  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3130  D-alanine--D-alanine ligase  47.08 
 
 		 307 aa  242  3.9999999999999997e-63  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.330245 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_3114  D-alanine/D-alanine ligase  43.05 
 
 		 307 aa  242  5e-63  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.188134  hitchhiker  0.0000000168198 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1149  D-alanine--D-alanine ligase  45.3 
 
 		 306 aa  242  5e-63  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.927057  normal  0.917542 
 
 
-
 
NC_002978  WD0095  D-alanine--D-alanine ligase  44.71 
 
 		 315 aa  241  7.999999999999999e-63  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.798262  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4406  D-alanine--D-alanine ligase  46.33 
 
 		 319 aa  241  7.999999999999999e-63  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.206514  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4671  D-alanine--D-alanine ligase  46.78 
 
 		 324 aa  241  7.999999999999999e-63  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0129578  normal  0.448814 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4510  D-alanine--D-alanine ligase  46.23 
 
 		 318 aa  241  1e-62  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.926971  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0122  D-alanine--D-alanine ligase  47.04 
 
 		 310 aa  241  1e-62  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  decreased coverage  0.000652321  normal  0.029871 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2946  D-alanine--D-alanine ligase  46.75 
 
 		 307 aa  241  1e-62  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.187089 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0947  D-alanine--D-alanine ligase  44.97 
 
 		 302 aa  241  1e-62  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0325942  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1796  D-alanine--D-alanine ligase  44.3 
 
 		 312 aa  241  1e-62  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1339  D-alanine--D-alanine ligase  46.23 
 
 		 318 aa  240  2e-62  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.266833  normal  0.0340242 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0952  D-alanine/D-alanine ligase  40.65 
 
 		 311 aa  239  2.9999999999999997e-62  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0360  D-alanine/D-alanine ligase  45.3 
 
 		 330 aa  239  2.9999999999999997e-62  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3496  D-alanine--D-alanine ligase  46.96 
 
 		 301 aa  238  1e-61  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.303259  normal  0.188396 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0325  D-alanine--D-alanine ligase  47.19 
 
 		 306 aa  237  1e-61  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0370314  normal  0.477403 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4490  D-alanine--D-alanine ligase  46.13 
 
 		 311 aa  237  2e-61  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2419  D-alanine--D-alanine ligase  45.07 
 
 		 308 aa  236  5.0000000000000005e-61  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  hitchhiker  0.000977775  normal  0.223955 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03256  D-alanine--D-alanine ligase  42.95 
 
 		 322 aa  235  7e-61  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.130136  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2074  D-alanine--D-alanine ligase  46.08 
 
 		 304 aa  235  8e-61  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.1873 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_14120  D-alanine--D-alanine ligase  42.81 
 
 		 313 aa  234  1.0000000000000001e-60  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_13270  D-alanine--D-alanine ligase  46.23 
 
 		 315 aa  233  2.0000000000000002e-60  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.122637  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0944  D-alanine--D-alanine ligase  46.38 
 
 		 306 aa  234  2.0000000000000002e-60  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  hitchhiker  0.0000259534  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1747  D-alanine--D-alanine ligase  45.1 
 
 		 308 aa  232  5e-60  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_28460  D-alanine--D-alanine ligase  43.46 
 
 		 317 aa  232  5e-60  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.289482  hitchhiker  0.00300353 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2266  D-alanine--D-alanine ligase  45.45 
 
 		 302 aa  232  7.000000000000001e-60  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.297566  hitchhiker  0.00504643 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3943  D-alanine--D-alanine ligase  44.85 
 
 		 312 aa  230  2e-59  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0686  D-alanine--D-alanine ligase  44.15 
 
 		 306 aa  230  2e-59  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.280639  decreased coverage  0.000224556 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0697  D-alanine--D-alanine ligase  44.41 
 
 		 307 aa  229  3e-59  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.389866 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1140  D-alanine--D-alanine ligase  42.81 
 
 		 309 aa  229  4e-59  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.000909084  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1878  D-alanine--D-alanine ligase  46.69 
 
 		 308 aa  229  4e-59  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.063714 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3126  D-alanine--D-alanine ligase  43.56 
 
 		 327 aa  228  6e-59  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0420  D-alanine/D-alanine ligase  41.69 
 
 		 299 aa  228  7e-59  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.0000379989  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2858  D-alanine--D-alanine ligase  44.97 
 
 		 316 aa  228  1e-58  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.0000136858  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3660  D-alanine--D-alanine ligase  45.13 
 
 		 322 aa  227  2e-58  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.345164 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2977  D-alanine--D-alanine ligase  42.57 
 
 		 327 aa  226  3e-58  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0850  D-alanine--D-alanine ligase  44.29 
 
 		 314 aa  226  4e-58  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.868675  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3455  D-alanine/D-alanine ligase  41.03 
 
 		 336 aa  226  5.0000000000000005e-58  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0409597  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0585  D-alanine--D-alanine ligase  42.86 
 
 		 313 aa  226  5.0000000000000005e-58  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.034882  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3517  D-alanine--D-alanine ligase  43.33 
 
 		 318 aa  226  5.0000000000000005e-58  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>