More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Plav_2424 on replicon NC_009719
Organism: Parvibaculum lavamentivorans DS-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009719  Plav_2424  D-alanine--D-alanine ligase  100 
 
 		 308 aa  633  1e-180  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.060178  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3492  D-alanine--D-alanine ligase  63.4 
 
 		 307 aa  401  1e-111  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7439  D-alanine--D-alanine ligase  64.05 
 
 		 307 aa  394  1e-109  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0178341  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2353  D-alanine--D-alanine ligase  63.07 
 
 		 307 aa  388  1e-107  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.452645 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0695  D-alanine--D-alanine ligase  62.75 
 
 		 307 aa  390  1e-107  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.686209  normal  0.293576 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2077  D-alanine--D-alanine ligase  60.13 
 
 		 308 aa  385  1e-106  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.335568  hitchhiker  0.00112188 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2004  D-alanine--D-alanine ligase  60.26 
 
 		 308 aa  384  1e-106  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3130  D-alanine--D-alanine ligase  63.07 
 
 		 307 aa  387  1e-106  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.330245 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2946  D-alanine--D-alanine ligase  62.09 
 
 		 307 aa  384  1e-105  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.187089 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3173  D-alanine--D-alanine ligase  62.09 
 
 		 307 aa  383  1e-105  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0466065  normal  0.598076 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2589  D-alanine--D-alanine ligase  60.98 
 
 		 308 aa  384  1e-105  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2848  D-alanine--D-alanine ligase  60.66 
 
 		 308 aa  380  1e-104  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.67822  normal  0.0145718 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3301  D-alanine--D-alanine ligase  60.39 
 
 		 308 aa  373  1e-102  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0325  D-alanine--D-alanine ligase  61.97 
 
 		 306 aa  368  1e-101  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0370314  normal  0.477403 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2074  D-alanine--D-alanine ligase  60.33 
 
 		 304 aa  370  1e-101  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.1873 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2887  D-alanine--D-alanine ligase  59 
 
 		 300 aa  362  4e-99  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.130361  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1747  D-alanine--D-alanine ligase  59.67 
 
 		 308 aa  354  1e-96  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0697  D-alanine--D-alanine ligase  59.6 
 
 		 307 aa  352  5e-96  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.389866 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2111  D-alanine--D-alanine ligase  58.94 
 
 		 307 aa  349  4e-95  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0787  D-alanine--D-alanine ligase  58.94 
 
 		 307 aa  349  4e-95  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.722961  normal  0.289278 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0686  D-alanine--D-alanine ligase  58.28 
 
 		 306 aa  347  1e-94  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.280639  decreased coverage  0.000224556 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1385  D-alanine--D-alanine ligase  59.34 
 
 		 308 aa  332  4e-90  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0944  D-alanine--D-alanine ligase  53.92 
 
 		 306 aa  331  8e-90  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  hitchhiker  0.0000259534  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1428  D-alanine--D-alanine ligase  59.34 
 
 		 308 aa  331  9e-90  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.631762  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2753  D-alanine--D-alanine ligase  53.94 
 
 		 316 aa  330  2e-89  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3660  D-alanine--D-alanine ligase  55.05 
 
 		 322 aa  327  1.0000000000000001e-88  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.345164 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0947  D-alanine--D-alanine ligase  54.72 
 
 		 302 aa  327  1.0000000000000001e-88  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0325942  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4490  D-alanine--D-alanine ligase  58.09 
 
 		 311 aa  327  1.0000000000000001e-88  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2419  D-alanine--D-alanine ligase  56.29 
 
 		 308 aa  326  3e-88  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  hitchhiker  0.000977775  normal  0.223955 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2406  D-alanine--D-alanine ligase  56.77 
 
 		 301 aa  313  2.9999999999999996e-84  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.392221 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1204  D-alanine--D-alanine ligase  55.78 
 
 		 301 aa  309  4e-83  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3167  D-alanine--D-alanine ligase  52.68 
 
 		 315 aa  299  3e-80  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3943  D-alanine--D-alanine ligase  50.33 
 
 		 312 aa  295  5e-79  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1878  D-alanine--D-alanine ligase  50.17 
 
 		 308 aa  285  5e-76  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.063714 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0066  D-alanine--D-alanine ligase  55.59 
 
 		 301 aa  285  7e-76  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1136  D-alanine--D-alanine ligase  48.36 
 
 		 313 aa  274  1.0000000000000001e-72  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0095  D-alanine--D-alanine ligase  43.67 
 
 		 315 aa  264  1e-69  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.798262  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0494  D-alanine--D-alanine ligase  48.36 
 
 		 305 aa  251  1e-65  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.922593  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0511  D-alanine/D-alanine ligase  47.7 
 
 		 305 aa  248  8e-65  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2199  D-alanine--D-alanine ligase  44.55 
 
 		 305 aa  241  1e-62  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.171774  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3887  D-alanine--D-alanine ligase  46.23 
 
 		 308 aa  233  4.0000000000000004e-60  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0809283  normal  0.435651 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3066  D-alanine--D-alanine ligase  45.28 
 
 		 316 aa  231  8.000000000000001e-60  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0667  D-alanine/D-alanine ligase  43.83 
 
 		 313 aa  231  1e-59  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.621467  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3971  D-alanine--D-alanine ligase  44.92 
 
 		 310 aa  230  2e-59  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_28460  D-alanine--D-alanine ligase  43.83 
 
 		 317 aa  228  9e-59  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.289482  hitchhiker  0.00300353 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3914  D-alanine--D-alanine ligase  44.26 
 
 		 308 aa  227  2e-58  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.536039  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3830  D-alanine--D-alanine ligase  44.26 
 
 		 308 aa  226  5.0000000000000005e-58  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3286  D-alanine--D-alanine ligase  44.26 
 
 		 310 aa  225  6e-58  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3774  D-alanine--D-alanine ligase  45.25 
 
 		 308 aa  225  7e-58  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0415  D-alanine--D-alanine ligase  44.44 
 
 		 627 aa  224  1e-57  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_3114  D-alanine/D-alanine ligase  42.44 
 
 		 307 aa  219  3.9999999999999997e-56  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.188134  hitchhiker  0.0000000168198 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1360  D-alanine/D-alanine ligase  40.32 
 
 		 319 aa  219  3.9999999999999997e-56  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1796  D-alanine--D-alanine ligase  40 
 
 		 312 aa  219  5e-56  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2148  D-alanine--D-alanine ligase  40.13 
 
 		 314 aa  219  6e-56  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.628633  normal  0.0222251 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0420  D-alanine/D-alanine ligase  38.28 
 
 		 299 aa  219  7e-56  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.0000379989  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1108  D-alanine--D-alanine ligase  43.14 
 
 		 308 aa  218  7e-56  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1140  D-alanine--D-alanine ligase  43.41 
 
 		 309 aa  218  7.999999999999999e-56  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.000909084  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1240  D-alanine--D-alanine ligase  43 
 
 		 306 aa  216  4e-55  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1155  D-alanine--D-alanine ligase  42.63 
 
 		 309 aa  216  5e-55  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.112058  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_14120  D-alanine--D-alanine ligase  41.8 
 
 		 313 aa  210  2e-53  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1426  D-alanine--D-alanine ligase  43.87 
 
 		 313 aa  209  3e-53  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0183  D-alanine--D-alanine ligase  42.9 
 
 		 337 aa  209  7e-53  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  hitchhiker  0.0000736036  normal  0.566039 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0142  D-alanine--D-alanine ligase  42.58 
 
 		 306 aa  207  1e-52  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.0090881  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0146  D-alanine--D-alanine ligase  42.58 
 
 		 306 aa  207  2e-52  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.302602  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3087  D-alanine--D-alanine ligase  43.04 
 
 		 331 aa  206  4e-52  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.807087  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0147  D-alanine--D-alanine ligase  42.26 
 
 		 306 aa  206  5e-52  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.000287396  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0142  D-alanine--D-alanine ligase  42.26 
 
 		 306 aa  206  5e-52  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.696174  hitchhiker  0.00000371528 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0085  D-alanine--D-alanine ligase  41.23 
 
 		 306 aa  205  9e-52  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.34447  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2722  D-alanine--D-alanine ligase  42.72 
 
 		 331 aa  203  2e-51  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3508  D-alanine/D-alanine ligase  40.91 
 
 		 306 aa  203  3e-51  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00134071  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0098  D-alanine--D-alanine ligase  40.91 
 
 		 306 aa  203  3e-51  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000000699622  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3565  D-alanine--D-alanine ligase  40.91 
 
 		 306 aa  203  3e-51  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.00231129  hitchhiker  0.00551648 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0100  D-alanine--D-alanine ligase  40.91 
 
 		 306 aa  203  3e-51  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0814155  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0360  D-alanine--D-alanine ligase  39.16 
 
 		 308 aa  202  4e-51  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0638  D-alanine--D-alanine ligase  40.26 
 
 		 306 aa  201  9.999999999999999e-51  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.00195193  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0094  D-alanine--D-alanine ligase  40.58 
 
 		 306 aa  201  9.999999999999999e-51  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000101829  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0169  D-alanine--D-alanine ligase  41.58 
 
 		 337 aa  201  9.999999999999999e-51  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  hitchhiker  0.0022958  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00093  D-alanylalanine synthetase  40.58 
 
 		 306 aa  200  1.9999999999999998e-50  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.149308  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00092  hypothetical protein  40.58 
 
 		 306 aa  200  1.9999999999999998e-50  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.144888  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0097  D-alanine--D-alanine ligase  40.91 
 
 		 306 aa  201  1.9999999999999998e-50  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00164222  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3590  D-alanine--D-alanine ligase  40.19 
 
 		 306 aa  199  6e-50  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.224564  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4160  D-alanine/D-alanine ligase  38.76 
 
 		 333 aa  199  7e-50  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.190227  normal  0.261244 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1149  D-alanine--D-alanine ligase  39.6 
 
 		 306 aa  199  7e-50  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.927057  normal  0.917542 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_09600  D-alanine-D-alanine ligase A  40.66 
 
 		 346 aa  198  7.999999999999999e-50  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_4102  D-alanine--D-alanine ligase  42.12 
 
 		 311 aa  198  9e-50  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.422713 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0897  D-alanine-D-alanine ligase A  40.36 
 
 		 346 aa  197  2.0000000000000003e-49  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.121426  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0921  D-alanine--D-alanine ligase  41.82 
 
 		 323 aa  197  3e-49  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.26052  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2977  D-alanine--D-alanine ligase  41.94 
 
 		 327 aa  196  3e-49  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3126  D-alanine--D-alanine ligase  41.69 
 
 		 327 aa  196  4.0000000000000005e-49  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3455  D-alanine/D-alanine ligase  38.02 
 
 		 336 aa  196  5.000000000000001e-49  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0409597  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0464  D-alanine--D-alanine ligase  42.17 
 
 		 319 aa  196  5.000000000000001e-49  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.132669 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3778  D-alanine--D-alanine ligase  40.71 
 
 		 306 aa  196  6e-49  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.078673  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1472  D-alanine--D-alanine ligase  41.29 
 
 		 326 aa  193  3e-48  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.269509  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2491  D-alanine--D-alanine ligase  40.8 
 
 		 306 aa  192  5e-48  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1077  D-alanine--D-alanine ligase  40.51 
 
 		 338 aa  191  9e-48  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0742794  normal  0.822876 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0524  D-alanine--D-alanine ligase  44 
 
 		 329 aa  191  1e-47  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.860729 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0772  D-alanine--D-alanine ligase  41.89 
 
 		 309 aa  191  1e-47  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.170719  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2426  D-alanine--D-alanine ligase  41.83 
 
 		 309 aa  190  2.9999999999999997e-47  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.142396  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0763  D-alanine--D-alanine ligase  40.19 
 
 		 306 aa  189  4e-47  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00284913  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4982  D-alanine--D-alanine ligase  41.5 
 
 		 319 aa  189  4e-47  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.380222  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>