More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Saro_1136 on replicon NC_007794
Organism: Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007794  Saro_1136  D-alanine--D-alanine ligase  100 
 
 		 313 aa  639    Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1878  D-alanine--D-alanine ligase  77.2 
 
 		 308 aa  504  1e-141  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.063714 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3943  D-alanine--D-alanine ligase  75.97 
 
 		 312 aa  480  1e-134  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7439  D-alanine--D-alanine ligase  51.32 
 
 		 307 aa  293  2e-78  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0178341  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3130  D-alanine--D-alanine ligase  50.66 
 
 		 307 aa  293  4e-78  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.330245 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2946  D-alanine--D-alanine ligase  50 
 
 		 307 aa  290  2e-77  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.187089 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3173  D-alanine--D-alanine ligase  50.33 
 
 		 307 aa  290  2e-77  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0466065  normal  0.598076 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2004  D-alanine--D-alanine ligase  48.69 
 
 		 308 aa  289  5.0000000000000004e-77  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4490  D-alanine--D-alanine ligase  50.83 
 
 		 311 aa  286  2e-76  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0697  D-alanine--D-alanine ligase  50.67 
 
 		 307 aa  285  5e-76  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.389866 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2074  D-alanine--D-alanine ligase  51.03 
 
 		 304 aa  284  1.0000000000000001e-75  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.1873 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2589  D-alanine--D-alanine ligase  47.71 
 
 		 308 aa  283  3.0000000000000004e-75  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2353  D-alanine--D-alanine ligase  48.68 
 
 		 307 aa  280  2e-74  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.452645 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0686  D-alanine--D-alanine ligase  47.87 
 
 		 306 aa  280  2e-74  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.280639  decreased coverage  0.000224556 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0787  D-alanine--D-alanine ligase  49.5 
 
 		 307 aa  280  3e-74  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.722961  normal  0.289278 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2111  D-alanine--D-alanine ligase  49.5 
 
 		 307 aa  280  3e-74  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3660  D-alanine--D-alanine ligase  48.7 
 
 		 322 aa  278  7e-74  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.345164 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2848  D-alanine--D-alanine ligase  47.06 
 
 		 308 aa  277  1e-73  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.67822  normal  0.0145718 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2077  D-alanine--D-alanine ligase  46.36 
 
 		 308 aa  277  2e-73  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.335568  hitchhiker  0.00112188 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3492  D-alanine--D-alanine ligase  47.87 
 
 		 307 aa  275  5e-73  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2424  D-alanine--D-alanine ligase  48.36 
 
 		 308 aa  274  1.0000000000000001e-72  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.060178  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1747  D-alanine--D-alanine ligase  48.01 
 
 		 308 aa  274  1.0000000000000001e-72  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2419  D-alanine--D-alanine ligase  48.68 
 
 		 308 aa  274  2.0000000000000002e-72  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  hitchhiker  0.000977775  normal  0.223955 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2753  D-alanine--D-alanine ligase  47.17 
 
 		 316 aa  273  2.0000000000000002e-72  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2887  D-alanine--D-alanine ligase  45.97 
 
 		 300 aa  270  2e-71  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.130361  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0325  D-alanine--D-alanine ligase  50.17 
 
 		 306 aa  269  5e-71  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0370314  normal  0.477403 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0947  D-alanine--D-alanine ligase  48.04 
 
 		 302 aa  267  2e-70  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0325942  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0695  D-alanine--D-alanine ligase  45.9 
 
 		 307 aa  266  4e-70  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.686209  normal  0.293576 
 
 
-
 
NC_002978  WD0095  D-alanine--D-alanine ligase  44.22 
 
 		 315 aa  265  8.999999999999999e-70  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.798262  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1385  D-alanine--D-alanine ligase  49.01 
 
 		 308 aa  263  2e-69  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3301  D-alanine--D-alanine ligase  44.85 
 
 		 308 aa  264  2e-69  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3167  D-alanine--D-alanine ligase  48.9 
 
 		 315 aa  263  3e-69  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0066  D-alanine--D-alanine ligase  49.5 
 
 		 301 aa  259  4e-68  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1428  D-alanine--D-alanine ligase  48.34 
 
 		 308 aa  257  2e-67  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.631762  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1140  D-alanine--D-alanine ligase  44.2 
 
 		 309 aa  246  4.9999999999999997e-64  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.000909084  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0944  D-alanine--D-alanine ligase  44.7 
 
 		 306 aa  245  6.999999999999999e-64  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  hitchhiker  0.0000259534  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1204  D-alanine--D-alanine ligase  47 
 
 		 301 aa  239  5.999999999999999e-62  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3971  D-alanine--D-alanine ligase  45.1 
 
 		 310 aa  237  2e-61  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2406  D-alanine--D-alanine ligase  46.33 
 
 		 301 aa  233  3e-60  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.392221 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1240  D-alanine--D-alanine ligase  42.95 
 
 		 306 aa  230  2e-59  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2199  D-alanine--D-alanine ligase  40.79 
 
 		 305 aa  227  2e-58  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.171774  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0667  D-alanine/D-alanine ligase  41.59 
 
 		 313 aa  220  1.9999999999999999e-56  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.621467  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1108  D-alanine--D-alanine ligase  42.31 
 
 		 308 aa  221  1.9999999999999999e-56  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0415  D-alanine--D-alanine ligase  42.38 
 
 		 627 aa  219  5e-56  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0511  D-alanine/D-alanine ligase  43.28 
 
 		 305 aa  219  5e-56  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3066  D-alanine--D-alanine ligase  42.35 
 
 		 316 aa  219  6e-56  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_3114  D-alanine/D-alanine ligase  41.77 
 
 		 307 aa  217  2e-55  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.188134  hitchhiker  0.0000000168198 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0420  D-alanine/D-alanine ligase  39.87 
 
 		 299 aa  216  4e-55  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.0000379989  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0494  D-alanine--D-alanine ligase  42.62 
 
 		 305 aa  213  1.9999999999999998e-54  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.922593  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1588  D-alanyl-alanine synthetase A  38.7 
 
 		 316 aa  211  1e-53  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.0000341303  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0952  D-alanine/D-alanine ligase  35.24 
 
 		 311 aa  209  6e-53  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3286  D-alanine--D-alanine ligase  40.92 
 
 		 310 aa  209  7e-53  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2649  D-alanine--D-alanine ligase  40.51 
 
 		 303 aa  207  2e-52  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2148  D-alanine--D-alanine ligase  36.79 
 
 		 314 aa  206  3e-52  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.628633  normal  0.0222251 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3914  D-alanine--D-alanine ligase  40.53 
 
 		 308 aa  204  1e-51  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.536039  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1426  D-alanine--D-alanine ligase  41.12 
 
 		 313 aa  204  1e-51  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3830  D-alanine--D-alanine ligase  40.53 
 
 		 308 aa  204  2e-51  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_28460  D-alanine--D-alanine ligase  39.56 
 
 		 317 aa  202  5e-51  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.289482  hitchhiker  0.00300353 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4160  D-alanine/D-alanine ligase  39.67 
 
 		 333 aa  202  9e-51  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.190227  normal  0.261244 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0360  D-alanine/D-alanine ligase  40.06 
 
 		 330 aa  200  3e-50  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3887  D-alanine--D-alanine ligase  40.67 
 
 		 308 aa  199  3.9999999999999996e-50  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0809283  normal  0.435651 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0604  D-alanine--D-alanine ligase  42.16 
 
 		 320 aa  198  9e-50  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0136  D-alanine/D-alanine ligase  39.74 
 
 		 302 aa  198  1.0000000000000001e-49  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.444809  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1796  D-alanine--D-alanine ligase  37.74 
 
 		 312 aa  198  1.0000000000000001e-49  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1155  D-alanine--D-alanine ligase  38.78 
 
 		 309 aa  197  2.0000000000000003e-49  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.112058  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0689  D-alanyl-alanine synthetase A  38.26 
 
 		 303 aa  197  3e-49  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  unclonable  0.00000234965  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_4102  D-alanine--D-alanine ligase  40.13 
 
 		 311 aa  196  5.000000000000001e-49  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.422713 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0084  D-alanine--D-alanine ligase  35.34 
 
 		 340 aa  194  1e-48  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0452  D-alanine/D-alanine ligase  40.89 
 
 		 324 aa  193  3e-48  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0742321  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3774  D-alanine--D-alanine ligase  41.39 
 
 		 308 aa  192  6e-48  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0366  D-alanine--D-alanine ligase  38.78 
 
 		 308 aa  191  1e-47  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0665  D-alanyl-alanine synthetase A  37.13 
 
 		 303 aa  191  1e-47  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000619225  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0183  D-alanine--D-alanine ligase  38.19 
 
 		 337 aa  191  2e-47  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  hitchhiker  0.0000736036  normal  0.566039 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1472  D-alanine--D-alanine ligase  41.27 
 
 		 326 aa  190  2e-47  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.269509  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3590  D-alanine--D-alanine ligase  38.56 
 
 		 306 aa  189  4e-47  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.224564  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3087  D-alanine--D-alanine ligase  39.22 
 
 		 331 aa  188  1e-46  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.807087  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1074  D-alanine/D-alanine ligase  37.13 
 
 		 302 aa  187  1e-46  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.254672  normal  0.307992 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_14120  D-alanine--D-alanine ligase  40.13 
 
 		 313 aa  187  1e-46  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0946  D-alanine--D-alanine ligase  41.04 
 
 		 318 aa  187  2e-46  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.427679  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2978  D-alanine--D-alanine ligase  39.3 
 
 		 332 aa  187  2e-46  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  hitchhiker  0.00577366  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4385  D-alanine--D-alanine ligase  41.04 
 
 		 318 aa  187  2e-46  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0215233  normal  0.165436 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3668  D-alanine--D-alanine ligase  39.3 
 
 		 332 aa  187  2e-46  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.497942  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2977  D-alanine--D-alanine ligase  39.23 
 
 		 327 aa  187  2e-46  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1077  D-alanine--D-alanine ligase  38.66 
 
 		 338 aa  187  2e-46  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0742794  normal  0.822876 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04365  D-alanine--D-alanine ligase  40.13 
 
 		 318 aa  187  2e-46  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.628824  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0169  D-alanine--D-alanine ligase  39.09 
 
 		 337 aa  186  3e-46  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  hitchhiker  0.0022958  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1339  D-alanine--D-alanine ligase  41.18 
 
 		 318 aa  186  4e-46  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.266833  normal  0.0340242 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0661  D-alanine/D-alanine ligase  37.75 
 
 		 311 aa  186  4e-46  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4510  D-alanine--D-alanine ligase  40.85 
 
 		 318 aa  186  4e-46  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.926971  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0122  D-alanine--D-alanine ligase  40 
 
 		 310 aa  186  5e-46  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  decreased coverage  0.000652321  normal  0.029871 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3126  D-alanine--D-alanine ligase  39.16 
 
 		 327 aa  185  8e-46  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4671  D-alanine--D-alanine ligase  40.78 
 
 		 324 aa  185  1.0000000000000001e-45  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0129578  normal  0.448814 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3778  D-alanine--D-alanine ligase  37.7 
 
 		 306 aa  184  1.0000000000000001e-45  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.078673  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0823  D-alanine--D-alanine ligase  38.46 
 
 		 334 aa  184  1.0000000000000001e-45  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.595745 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1360  D-alanine/D-alanine ligase  36.88 
 
 		 319 aa  184  2.0000000000000003e-45  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0750  D-alanine--D-alanine ligase  37.46 
 
 		 310 aa  184  2.0000000000000003e-45  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2638  D-alanine--D-alanine ligase  38.46 
 
 		 311 aa  183  3e-45  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.169577  normal  0.482426 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0638  D-alanine--D-alanine ligase  38.51 
 
 		 306 aa  182  4.0000000000000006e-45  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.00195193  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3423  D-alanine--D-alanine ligase  38.66 
 
 		 346 aa  183  4.0000000000000006e-45  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.206359  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2722  D-alanine--D-alanine ligase  38.89 
 
 		 331 aa  183  4.0000000000000006e-45  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>