More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dole_1426 on replicon NC_009943
Organism: Desulfococcus oleovorans Hxd3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009943  Dole_1426  D-alanine--D-alanine ligase  100 
 
 		 313 aa  629  1e-179  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_4102  D-alanine--D-alanine ligase  57.1 
 
 		 311 aa  348  5e-95  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.422713 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_28460  D-alanine--D-alanine ligase  46.65 
 
 		 317 aa  270  2e-71  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.289482  hitchhiker  0.00300353 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1240  D-alanine--D-alanine ligase  47.08 
 
 		 306 aa  266  2.9999999999999995e-70  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1074  D-alanine/D-alanine ligase  47.25 
 
 		 302 aa  263  2e-69  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.254672  normal  0.307992 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1796  D-alanine--D-alanine ligase  42.54 
 
 		 312 aa  255  8e-67  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_3114  D-alanine/D-alanine ligase  45.69 
 
 		 307 aa  253  3e-66  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.188134  hitchhiker  0.0000000168198 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2199  D-alanine--D-alanine ligase  44.3 
 
 		 305 aa  250  2e-65  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.171774  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1108  D-alanine--D-alanine ligase  43.37 
 
 		 308 aa  248  1e-64  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0366  D-alanine--D-alanine ligase  46.1 
 
 		 308 aa  243  3e-63  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2148  D-alanine--D-alanine ligase  41.48 
 
 		 314 aa  241  9e-63  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.628633  normal  0.0222251 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2649  D-alanine--D-alanine ligase  45.45 
 
 		 303 aa  241  2e-62  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3066  D-alanine--D-alanine ligase  44.01 
 
 		 316 aa  239  5.999999999999999e-62  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_14120  D-alanine--D-alanine ligase  44.59 
 
 		 313 aa  239  5.999999999999999e-62  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0136  D-alanine/D-alanine ligase  45.02 
 
 		 302 aa  237  2e-61  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.444809  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1155  D-alanine--D-alanine ligase  42.95 
 
 		 309 aa  235  7e-61  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.112058  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0952  D-alanine/D-alanine ligase  39.49 
 
 		 311 aa  231  1e-59  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1140  D-alanine--D-alanine ligase  42.31 
 
 		 309 aa  230  2e-59  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.000909084  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3971  D-alanine--D-alanine ligase  41.78 
 
 		 310 aa  229  6e-59  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0494  D-alanine--D-alanine ligase  42.9 
 
 		 305 aa  228  7e-59  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.922593  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0667  D-alanine/D-alanine ligase  41.37 
 
 		 313 aa  227  2e-58  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.621467  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0415  D-alanine--D-alanine ligase  43.87 
 
 		 627 aa  226  3e-58  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0511  D-alanine/D-alanine ligase  41.94 
 
 		 305 aa  223  2e-57  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0872  D-alanine/D-alanine ligase  40.58 
 
 		 306 aa  216  5e-55  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2004  D-alanine--D-alanine ligase  41.85 
 
 		 308 aa  215  7e-55  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1360  D-alanine/D-alanine ligase  40.63 
 
 		 319 aa  214  9.999999999999999e-55  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_09600  D-alanine-D-alanine ligase A  40.99 
 
 		 346 aa  214  9.999999999999999e-55  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3286  D-alanine--D-alanine ligase  41.91 
 
 		 310 aa  214  9.999999999999999e-55  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2491  D-alanine--D-alanine ligase  41.37 
 
 		 306 aa  213  2.9999999999999995e-54  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3590  D-alanine--D-alanine ligase  39.41 
 
 		 306 aa  213  4.9999999999999996e-54  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.224564  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0897  D-alanine-D-alanine ligase A  40.7 
 
 		 346 aa  212  5.999999999999999e-54  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.121426  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0146  D-alanine--D-alanine ligase  40.58 
 
 		 306 aa  212  5.999999999999999e-54  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.302602  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0147  D-alanine--D-alanine ligase  40.26 
 
 		 306 aa  211  1e-53  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.000287396  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3778  D-alanine--D-alanine ligase  40.07 
 
 		 306 aa  211  1e-53  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.078673  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0142  D-alanine--D-alanine ligase  40.26 
 
 		 306 aa  210  2e-53  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.696174  hitchhiker  0.00000371528 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0100  D-alanine--D-alanine ligase  40.32 
 
 		 306 aa  210  2e-53  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0814155  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2582  D-alanine--D-alanine ligase  38.46 
 
 		 304 aa  211  2e-53  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0142  D-alanine--D-alanine ligase  40.26 
 
 		 306 aa  210  3e-53  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.0090881  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2424  D-alanine--D-alanine ligase  43.87 
 
 		 308 aa  209  3e-53  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.060178  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2077  D-alanine--D-alanine ligase  42.81 
 
 		 308 aa  209  4e-53  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.335568  hitchhiker  0.00112188 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2741  D-alanine--D-alanine ligase  38.14 
 
 		 304 aa  209  4e-53  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.199895  hitchhiker  0.00000666317 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3087  D-alanine--D-alanine ligase  41.72 
 
 		 331 aa  209  5e-53  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.807087  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2353  D-alanine--D-alanine ligase  44.41 
 
 		 307 aa  209  6e-53  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.452645 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0638  D-alanine--D-alanine ligase  39.02 
 
 		 306 aa  209  7e-53  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.00195193  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0094  D-alanine--D-alanine ligase  39.68 
 
 		 306 aa  208  9e-53  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000101829  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4572  D-alanine--D-alanine ligase  40 
 
 		 331 aa  208  9e-53  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0596533  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00093  D-alanylalanine synthetase  39.68 
 
 		 306 aa  207  1e-52  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.149308  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3508  D-alanine/D-alanine ligase  39.68 
 
 		 306 aa  208  1e-52  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00134071  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00092  hypothetical protein  39.68 
 
 		 306 aa  207  1e-52  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.144888  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3565  D-alanine--D-alanine ligase  39.68 
 
 		 306 aa  208  1e-52  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.00231129  hitchhiker  0.00551648 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2198  D-alanine/D-alanine ligase  42.53 
 
 		 313 aa  208  1e-52  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0703567  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0098  D-alanine--D-alanine ligase  39.68 
 
 		 306 aa  208  1e-52  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000000699622  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7439  D-alanine--D-alanine ligase  43.45 
 
 		 307 aa  207  2e-52  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0178341  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0085  D-alanine--D-alanine ligase  39.68 
 
 		 306 aa  207  2e-52  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.34447  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2627  D-alanine--D-alanine ligase  37.82 
 
 		 304 aa  206  3e-52  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000105454 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2524  D-alanine--D-alanine ligase  37.14 
 
 		 311 aa  206  3e-52  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0109792  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2435  D-alanine--D-alanine ligase  37.82 
 
 		 304 aa  206  5e-52  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.470821  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2610  D-alanine--D-alanine ligase  37.82 
 
 		 304 aa  206  5e-52  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.5132  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0097  D-alanine--D-alanine ligase  39.03 
 
 		 306 aa  205  9e-52  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00164222  normal  1 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2390  D-alanine--D-alanine ligase  37.82 
 
 		 304 aa  204  1e-51  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.593473  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2848  D-alanine--D-alanine ligase  41.4 
 
 		 308 aa  204  1e-51  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.67822  normal  0.0145718 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0763  D-alanine--D-alanine ligase  39.48 
 
 		 306 aa  204  1e-51  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00284913  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1136  D-alanine--D-alanine ligase  41.12 
 
 		 313 aa  204  1e-51  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2589  D-alanine--D-alanine ligase  41.72 
 
 		 308 aa  204  1e-51  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2722  D-alanine--D-alanine ligase  41.48 
 
 		 331 aa  204  2e-51  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2628  D-alanine--D-alanine ligase  37.82 
 
 		 304 aa  204  2e-51  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.292335  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2356  D-alanine--D-alanine ligase  37.82 
 
 		 304 aa  204  2e-51  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2977  D-alanine--D-alanine ligase  40.66 
 
 		 327 aa  203  2e-51  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1878  D-alanine--D-alanine ligase  40.95 
 
 		 308 aa  204  2e-51  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.063714 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2666  D-alanine--D-alanine ligase  37.82 
 
 		 304 aa  204  2e-51  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.555621  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3130  D-alanine--D-alanine ligase  43.45 
 
 		 307 aa  203  3e-51  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.330245 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0585  D-alanine--D-alanine ligase  39.22 
 
 		 313 aa  203  4e-51  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.034882  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3173  D-alanine--D-alanine ligase  43.95 
 
 		 307 aa  203  4e-51  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0466065  normal  0.598076 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4160  D-alanine/D-alanine ligase  40.72 
 
 		 333 aa  202  6e-51  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.190227  normal  0.261244 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2887  D-alanine--D-alanine ligase  40.66 
 
 		 300 aa  202  7e-51  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.130361  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0661  D-alanine/D-alanine ligase  39.81 
 
 		 311 aa  202  8e-51  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3385  D-alanine--D-alanine ligase  39.81 
 
 		 306 aa  201  9.999999999999999e-51  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.0172099  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0420  D-alanine/D-alanine ligase  38.19 
 
 		 299 aa  201  9.999999999999999e-51  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.0000379989  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3516  D-alanine--D-alanine ligase  39.81 
 
 		 306 aa  201  9.999999999999999e-51  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.730478  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0697  D-alanine--D-alanine ligase  41.64 
 
 		 307 aa  201  9.999999999999999e-51  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.389866 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2916  D-alanine--D-alanine ligase  39.81 
 
 		 306 aa  201  9.999999999999999e-51  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.253667  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2978  D-alanine--D-alanine ligase  37.78 
 
 		 332 aa  200  1.9999999999999998e-50  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  hitchhiker  0.00577366  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3668  D-alanine--D-alanine ligase  37.78 
 
 		 332 aa  201  1.9999999999999998e-50  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.497942  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3496  D-alanine--D-alanine ligase  40 
 
 		 301 aa  200  3e-50  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.303259  normal  0.188396 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2088  D-alanine--D-alanine ligase  41.69 
 
 		 304 aa  200  3e-50  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2946  D-alanine--D-alanine ligase  43.13 
 
 		 307 aa  200  3e-50  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.187089 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0921  D-alanine--D-alanine ligase  39.22 
 
 		 323 aa  199  3.9999999999999996e-50  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.26052  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2074  D-alanine--D-alanine ligase  43 
 
 		 304 aa  199  5e-50  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.1873 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3914  D-alanine--D-alanine ligase  40.97 
 
 		 308 aa  199  7e-50  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.536039  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3830  D-alanine--D-alanine ligase  40.97 
 
 		 308 aa  198  7.999999999999999e-50  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4490  D-alanine--D-alanine ligase  42.44 
 
 		 311 aa  198  7.999999999999999e-50  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_13270  D-alanine--D-alanine ligase  40.65 
 
 		 315 aa  198  9e-50  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.122637  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3126  D-alanine--D-alanine ligase  39.34 
 
 		 327 aa  198  1.0000000000000001e-49  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_2121  D-alanyl-alanine synthetase A  38.71 
 
 		 339 aa  198  1.0000000000000001e-49  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0464  D-alanine--D-alanine ligase  40 
 
 		 319 aa  198  1.0000000000000001e-49  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.132669 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0924  D-alanine--D-alanine ligase  40.32 
 
 		 313 aa  197  2.0000000000000003e-49  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.783773  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3887  D-alanine--D-alanine ligase  41.29 
 
 		 308 aa  197  2.0000000000000003e-49  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0809283  normal  0.435651 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4982  D-alanine--D-alanine ligase  40.97 
 
 		 319 aa  197  2.0000000000000003e-49  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.380222  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4463  D-alanine--D-alanine ligase  37.06 
 
 		 317 aa  196  3e-49  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.816615  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1472  D-alanine--D-alanine ligase  38.67 
 
 		 326 aa  196  5.000000000000001e-49  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.269509  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>