More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pcar_2199 on replicon NC_007498
Organism: Pelobacter carbinolicus DSM 2380



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007498  Pcar_2199  D-alanine--D-alanine ligase  100 
 
 		 305 aa  617  1e-176  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.171774  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0511  D-alanine/D-alanine ligase  55.74 
 
 		 305 aa  332  4e-90  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0494  D-alanine--D-alanine ligase  54.43 
 
 		 305 aa  327  2.0000000000000001e-88  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.922593  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3971  D-alanine--D-alanine ligase  53.09 
 
 		 310 aa  317  1e-85  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2148  D-alanine--D-alanine ligase  52.44 
 
 		 314 aa  313  1.9999999999999998e-84  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.628633  normal  0.0222251 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0667  D-alanine/D-alanine ligase  51.13 
 
 		 313 aa  305  9.000000000000001e-82  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.621467  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3066  D-alanine--D-alanine ligase  51.3 
 
 		 316 aa  302  5.000000000000001e-81  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3286  D-alanine--D-alanine ligase  51.97 
 
 		 310 aa  298  1e-79  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1796  D-alanine--D-alanine ligase  49.83 
 
 		 312 aa  298  1e-79  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0415  D-alanine--D-alanine ligase  51.62 
 
 		 627 aa  288  6e-77  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1240  D-alanine--D-alanine ligase  50.16 
 
 		 306 aa  281  9e-75  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3914  D-alanine--D-alanine ligase  50.5 
 
 		 308 aa  277  1e-73  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.536039  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3830  D-alanine--D-alanine ligase  50.17 
 
 		 308 aa  277  2e-73  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1108  D-alanine--D-alanine ligase  47.67 
 
 		 308 aa  275  7e-73  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4160  D-alanine/D-alanine ligase  48.18 
 
 		 333 aa  272  4.0000000000000004e-72  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.190227  normal  0.261244 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0952  D-alanine/D-alanine ligase  43.04 
 
 		 311 aa  272  7e-72  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0420  D-alanine/D-alanine ligase  45.76 
 
 		 299 aa  266  2.9999999999999995e-70  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.0000379989  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0946  D-alanine--D-alanine ligase  49.15 
 
 		 318 aa  259  5.0000000000000005e-68  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.427679  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3887  D-alanine--D-alanine ligase  48.84 
 
 		 308 aa  259  5.0000000000000005e-68  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0809283  normal  0.435651 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3774  D-alanine--D-alanine ligase  47.51 
 
 		 308 aa  257  1e-67  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3778  D-alanine--D-alanine ligase  47 
 
 		 306 aa  255  7e-67  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.078673  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1155  D-alanine--D-alanine ligase  46.82 
 
 		 309 aa  255  7e-67  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.112058  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3590  D-alanine--D-alanine ligase  46.84 
 
 		 306 aa  253  2.0000000000000002e-66  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.224564  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4510  D-alanine--D-alanine ligase  49.32 
 
 		 318 aa  253  2.0000000000000002e-66  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.926971  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4385  D-alanine--D-alanine ligase  48.98 
 
 		 318 aa  253  3e-66  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0215233  normal  0.165436 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0750  D-alanine--D-alanine ligase  45.63 
 
 		 310 aa  253  3e-66  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1339  D-alanine--D-alanine ligase  48.98 
 
 		 318 aa  252  5.000000000000001e-66  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.266833  normal  0.0340242 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0924  D-alanine--D-alanine ligase  48.64 
 
 		 313 aa  252  5.000000000000001e-66  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.783773  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4406  D-alanine--D-alanine ligase  49.17 
 
 		 319 aa  252  6e-66  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.206514  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1426  D-alanine--D-alanine ligase  44.3 
 
 		 313 aa  250  2e-65  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0146  D-alanine--D-alanine ligase  44.82 
 
 		 306 aa  250  2e-65  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.302602  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0763  D-alanine--D-alanine ligase  46.67 
 
 		 306 aa  250  3e-65  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00284913  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4982  D-alanine--D-alanine ligase  48.15 
 
 		 319 aa  249  4e-65  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.380222  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4100  D-alanine--D-alanine ligase  48.84 
 
 		 319 aa  249  5e-65  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.555114 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3126  D-alanine--D-alanine ligase  46.84 
 
 		 327 aa  249  5e-65  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1149  D-alanine--D-alanine ligase  46.46 
 
 		 306 aa  249  5e-65  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.927057  normal  0.917542 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0142  D-alanine--D-alanine ligase  44.48 
 
 		 306 aa  248  9e-65  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.696174  hitchhiker  0.00000371528 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0142  D-alanine--D-alanine ligase  44.48 
 
 		 306 aa  248  9e-65  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.0090881  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0147  D-alanine--D-alanine ligase  44.48 
 
 		 306 aa  248  9e-65  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.000287396  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_57320  D-alanine--D-alanine ligase  48.15 
 
 		 319 aa  248  1e-64  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_13270  D-alanine--D-alanine ligase  48.46 
 
 		 315 aa  247  2e-64  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.122637  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00093  D-alanylalanine synthetase  45 
 
 		 306 aa  246  3e-64  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.149308  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00092  hypothetical protein  45 
 
 		 306 aa  246  3e-64  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.144888  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2491  D-alanine--D-alanine ligase  46.92 
 
 		 306 aa  246  3e-64  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4671  D-alanine--D-alanine ligase  47.12 
 
 		 324 aa  246  4e-64  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0129578  normal  0.448814 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1077  D-alanine--D-alanine ligase  45.6 
 
 		 338 aa  246  4e-64  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0742794  normal  0.822876 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3301  D-alanine--D-alanine ligase  42.67 
 
 		 308 aa  246  4.9999999999999997e-64  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2266  D-alanine--D-alanine ligase  48.46 
 
 		 302 aa  245  6e-64  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.297566  hitchhiker  0.00504643 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4572  D-alanine--D-alanine ligase  46.71 
 
 		 331 aa  245  8e-64  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0596533  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1140  D-alanine--D-alanine ligase  44.04 
 
 		 309 aa  244  9.999999999999999e-64  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.000909084  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3508  D-alanine/D-alanine ligase  44.67 
 
 		 306 aa  243  3e-63  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00134071  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0098  D-alanine--D-alanine ligase  44.67 
 
 		 306 aa  243  3e-63  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000000699622  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3565  D-alanine--D-alanine ligase  44.67 
 
 		 306 aa  243  3e-63  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.00231129  hitchhiker  0.00551648 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0085  D-alanine--D-alanine ligase  44.67 
 
 		 306 aa  243  3e-63  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.34447  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0094  D-alanine--D-alanine ligase  44.67 
 
 		 306 aa  243  3e-63  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000101829  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3496  D-alanine--D-alanine ligase  46.58 
 
 		 301 aa  243  3.9999999999999997e-63  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.303259  normal  0.188396 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3087  D-alanine--D-alanine ligase  45.54 
 
 		 331 aa  242  7e-63  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.807087  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0097  D-alanine--D-alanine ligase  44.67 
 
 		 306 aa  241  9e-63  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00164222  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0100  D-alanine--D-alanine ligase  44.33 
 
 		 306 aa  241  1e-62  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0814155  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2424  D-alanine--D-alanine ligase  44.55 
 
 		 308 aa  241  1e-62  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.060178  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0823  D-alanine--D-alanine ligase  46.03 
 
 		 334 aa  240  2e-62  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.595745 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3423  D-alanine--D-alanine ligase  46.86 
 
 		 346 aa  239  2.9999999999999997e-62  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.206359  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_3114  D-alanine/D-alanine ligase  44.88 
 
 		 307 aa  237  2e-61  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.188134  hitchhiker  0.0000000168198 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2977  D-alanine--D-alanine ligase  43.85 
 
 		 327 aa  237  2e-61  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2722  D-alanine--D-alanine ligase  45.21 
 
 		 331 aa  237  2e-61  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3385  D-alanine--D-alanine ligase  44.33 
 
 		 306 aa  236  3e-61  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.0172099  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3516  D-alanine--D-alanine ligase  44.33 
 
 		 306 aa  236  3e-61  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.730478  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2916  D-alanine--D-alanine ligase  44.33 
 
 		 306 aa  236  3e-61  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.253667  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03256  D-alanine--D-alanine ligase  44.78 
 
 		 322 aa  236  4e-61  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.130136  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_14120  D-alanine--D-alanine ligase  43.56 
 
 		 313 aa  236  4e-61  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2074  D-alanine--D-alanine ligase  43.89 
 
 		 304 aa  236  4e-61  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.1873 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3668  D-alanine--D-alanine ligase  44.7 
 
 		 332 aa  236  4e-61  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.497942  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3415  D-alanine--D-alanine ligase  47.08 
 
 		 325 aa  236  5.0000000000000005e-61  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0675936  normal  0.934291 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0665  D-alanyl-alanine synthetase A  42.52 
 
 		 303 aa  235  6e-61  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000619225  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2978  D-alanine--D-alanine ligase  44.7 
 
 		 332 aa  235  6e-61  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  hitchhiker  0.00577366  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0360  D-alanine--D-alanine ligase  42.33 
 
 		 308 aa  235  8e-61  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_4102  D-alanine--D-alanine ligase  42.05 
 
 		 311 aa  235  8e-61  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.422713 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1472  D-alanine--D-alanine ligase  45.21 
 
 		 326 aa  234  1.0000000000000001e-60  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.269509  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2858  D-alanine--D-alanine ligase  43.48 
 
 		 316 aa  234  1.0000000000000001e-60  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.0000136858  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0638  D-alanine--D-alanine ligase  43.85 
 
 		 306 aa  234  2.0000000000000002e-60  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.00195193  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2088  D-alanine--D-alanine ligase  48.67 
 
 		 304 aa  233  2.0000000000000002e-60  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2188  D-alanine--D-alanine ligase  48.12 
 
 		 314 aa  234  2.0000000000000002e-60  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.441149  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2589  D-alanine--D-alanine ligase  43.61 
 
 		 308 aa  233  4.0000000000000004e-60  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4463  D-alanine--D-alanine ligase  45.33 
 
 		 317 aa  233  4.0000000000000004e-60  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.816615  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0689  D-alanyl-alanine synthetase A  41.72 
 
 		 303 aa  232  5e-60  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  unclonable  0.00000234965  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1878  D-alanine--D-alanine ligase  45 
 
 		 308 aa  232  7.000000000000001e-60  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.063714 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2848  D-alanine--D-alanine ligase  42.95 
 
 		 308 aa  231  8.000000000000001e-60  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.67822  normal  0.0145718 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2887  D-alanine--D-alanine ligase  44.19 
 
 		 300 aa  231  9e-60  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.130361  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2077  D-alanine--D-alanine ligase  42.48 
 
 		 308 aa  231  1e-59  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.335568  hitchhiker  0.00112188 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0850  D-alanine--D-alanine ligase  46.55 
 
 		 314 aa  231  1e-59  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.868675  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0464  D-alanine--D-alanine ligase  42.81 
 
 		 319 aa  231  1e-59  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.132669 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0921  D-alanine--D-alanine ligase  43.87 
 
 		 323 aa  230  2e-59  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.26052  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2329  D-alanine--D-alanine ligase  43.32 
 
 		 318 aa  229  5e-59  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.304126  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0661  D-alanine/D-alanine ligase  42.48 
 
 		 311 aa  229  6e-59  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3492  D-alanine--D-alanine ligase  44.44 
 
 		 307 aa  228  9e-59  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2353  D-alanine--D-alanine ligase  45.48 
 
 		 307 aa  228  9e-59  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.452645 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2612  D-alanine--D-alanine ligase  44.81 
 
 		 317 aa  228  9e-59  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.000431315  unclonable  0.00000000000418412 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0772  D-alanine--D-alanine ligase  43.54 
 
 		 309 aa  228  1e-58  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.170719  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2582  D-alanine--D-alanine ligase  40.34 
 
 		 304 aa  228  1e-58  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2190  D-alanine--D-alanine ligase  46 
 
 		 311 aa  228  1e-58  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.10394  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>