More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene GSU3066 on replicon NC_002939
Organism: Geobacter sulfurreducens PCA



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002939  GSU3066  D-alanine--D-alanine ligase  100 
 
 		 316 aa  628  1e-179  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0415  D-alanine--D-alanine ligase  82.28 
 
 		 627 aa  509  1e-143  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3971  D-alanine--D-alanine ligase  73.79 
 
 		 310 aa  451  1.0000000000000001e-126  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0667  D-alanine/D-alanine ligase  65.58 
 
 		 313 aa  400  9.999999999999999e-111  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.621467  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3286  D-alanine--D-alanine ligase  66.45 
 
 		 310 aa  400  9.999999999999999e-111  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0511  D-alanine/D-alanine ligase  65.71 
 
 		 305 aa  387  1e-106  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0494  D-alanine--D-alanine ligase  64.42 
 
 		 305 aa  385  1e-106  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.922593  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4160  D-alanine/D-alanine ligase  51.9 
 
 		 333 aa  308  5.9999999999999995e-83  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.190227  normal  0.261244 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3887  D-alanine--D-alanine ligase  53.82 
 
 		 308 aa  303  3.0000000000000004e-81  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0809283  normal  0.435651 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2199  D-alanine--D-alanine ligase  51.3 
 
 		 305 aa  302  6.000000000000001e-81  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.171774  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3830  D-alanine--D-alanine ligase  51.99 
 
 		 308 aa  293  3e-78  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3914  D-alanine--D-alanine ligase  51.66 
 
 		 308 aa  291  1e-77  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.536039  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3774  D-alanine--D-alanine ligase  51.82 
 
 		 308 aa  282  6.000000000000001e-75  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3590  D-alanine--D-alanine ligase  49.5 
 
 		 306 aa  273  2.0000000000000002e-72  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.224564  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3778  D-alanine--D-alanine ligase  48.51 
 
 		 306 aa  270  2e-71  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.078673  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2148  D-alanine--D-alanine ligase  46.71 
 
 		 314 aa  266  2.9999999999999995e-70  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.628633  normal  0.0222251 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1240  D-alanine--D-alanine ligase  49.17 
 
 		 306 aa  266  4e-70  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1108  D-alanine--D-alanine ligase  48.84 
 
 		 308 aa  264  1e-69  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1796  D-alanine--D-alanine ligase  45.57 
 
 		 312 aa  261  1e-68  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0763  D-alanine--D-alanine ligase  47.18 
 
 		 306 aa  261  1e-68  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00284913  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00093  D-alanylalanine synthetase  46.86 
 
 		 306 aa  258  1e-67  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.149308  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00092  hypothetical protein  46.86 
 
 		 306 aa  258  1e-67  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.144888  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0360  D-alanine--D-alanine ligase  47.02 
 
 		 308 aa  256  2e-67  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0952  D-alanine/D-alanine ligase  43.41 
 
 		 311 aa  256  3e-67  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_3114  D-alanine/D-alanine ligase  45.39 
 
 		 307 aa  255  7e-67  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.188134  hitchhiker  0.0000000168198 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0638  D-alanine--D-alanine ligase  46.71 
 
 		 306 aa  255  8e-67  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.00195193  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3508  D-alanine/D-alanine ligase  46.53 
 
 		 306 aa  254  9e-67  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00134071  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0085  D-alanine--D-alanine ligase  46.53 
 
 		 306 aa  255  9e-67  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.34447  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0098  D-alanine--D-alanine ligase  46.53 
 
 		 306 aa  254  9e-67  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000000699622  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3565  D-alanine--D-alanine ligase  46.53 
 
 		 306 aa  254  9e-67  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.00231129  hitchhiker  0.00551648 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2916  D-alanine--D-alanine ligase  47.87 
 
 		 306 aa  254  1.0000000000000001e-66  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.253667  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0094  D-alanine--D-alanine ligase  46.2 
 
 		 306 aa  254  1.0000000000000001e-66  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000101829  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3516  D-alanine--D-alanine ligase  47.87 
 
 		 306 aa  254  1.0000000000000001e-66  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.730478  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_4102  D-alanine--D-alanine ligase  47 
 
 		 311 aa  254  1.0000000000000001e-66  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.422713 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3385  D-alanine--D-alanine ligase  47.87 
 
 		 306 aa  254  1.0000000000000001e-66  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.0172099  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2491  D-alanine--D-alanine ligase  46.76 
 
 		 306 aa  253  2.0000000000000002e-66  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0097  D-alanine--D-alanine ligase  47.19 
 
 		 306 aa  254  2.0000000000000002e-66  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00164222  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0100  D-alanine--D-alanine ligase  46.86 
 
 		 306 aa  253  3e-66  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0814155  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1155  D-alanine--D-alanine ligase  46.86 
 
 		 309 aa  252  6e-66  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.112058  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3126  D-alanine--D-alanine ligase  44.92 
 
 		 327 aa  251  8.000000000000001e-66  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0146  D-alanine--D-alanine ligase  45.85 
 
 		 306 aa  251  1e-65  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.302602  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0147  D-alanine--D-alanine ligase  45.85 
 
 		 306 aa  251  1e-65  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.000287396  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4671  D-alanine--D-alanine ligase  46.96 
 
 		 324 aa  250  2e-65  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0129578  normal  0.448814 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0142  D-alanine--D-alanine ligase  45.85 
 
 		 306 aa  250  2e-65  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.0090881  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0142  D-alanine--D-alanine ligase  45.85 
 
 		 306 aa  250  2e-65  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.696174  hitchhiker  0.00000371528 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0360  D-alanine/D-alanine ligase  46.77 
 
 		 330 aa  249  3e-65  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2088  D-alanine--D-alanine ligase  48.49 
 
 		 304 aa  248  9e-65  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0183  D-alanine--D-alanine ligase  45.48 
 
 		 337 aa  248  1e-64  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  hitchhiker  0.0000736036  normal  0.566039 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2266  D-alanine--D-alanine ligase  47.62 
 
 		 302 aa  247  2e-64  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.297566  hitchhiker  0.00504643 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0924  D-alanine--D-alanine ligase  46.42 
 
 		 313 aa  242  6e-63  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.783773  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3087  D-alanine--D-alanine ligase  43.63 
 
 		 331 aa  240  2e-62  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.807087  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_28460  D-alanine--D-alanine ligase  42.43 
 
 		 317 aa  240  2e-62  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.289482  hitchhiker  0.00300353 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2074  D-alanine--D-alanine ligase  46.1 
 
 		 304 aa  239  2.9999999999999997e-62  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.1873 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_57320  D-alanine--D-alanine ligase  46.18 
 
 		 319 aa  239  5e-62  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1426  D-alanine--D-alanine ligase  44.01 
 
 		 313 aa  239  5.999999999999999e-62  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2977  D-alanine--D-alanine ligase  42.62 
 
 		 327 aa  238  6.999999999999999e-62  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0169  D-alanine--D-alanine ligase  43.32 
 
 		 337 aa  238  8e-62  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  hitchhiker  0.0022958  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3496  D-alanine--D-alanine ligase  47.1 
 
 		 301 aa  238  9e-62  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.303259  normal  0.188396 
 
 
-
 
NC_002978  WD0095  D-alanine--D-alanine ligase  42.86 
 
 		 315 aa  238  1e-61  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.798262  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3455  D-alanine/D-alanine ligase  41.28 
 
 		 336 aa  238  1e-61  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0409597  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2722  D-alanine--D-alanine ligase  43.31 
 
 		 331 aa  238  1e-61  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2004  D-alanine--D-alanine ligase  45.13 
 
 		 308 aa  237  2e-61  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0946  D-alanine--D-alanine ligase  45.39 
 
 		 318 aa  236  3e-61  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.427679  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0947  D-alanine--D-alanine ligase  45.54 
 
 		 302 aa  236  4e-61  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0325942  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4572  D-alanine--D-alanine ligase  42.95 
 
 		 331 aa  236  4e-61  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0596533  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_09600  D-alanine-D-alanine ligase A  44.12 
 
 		 346 aa  236  4e-61  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0897  D-alanine-D-alanine ligase A  44.12 
 
 		 346 aa  236  5.0000000000000005e-61  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.121426  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4406  D-alanine--D-alanine ligase  44.34 
 
 		 319 aa  236  6e-61  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.206514  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4385  D-alanine--D-alanine ligase  43.79 
 
 		 318 aa  235  7e-61  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0215233  normal  0.165436 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2198  D-alanine/D-alanine ligase  43.77 
 
 		 313 aa  235  7e-61  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0703567  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4510  D-alanine--D-alanine ligase  44.71 
 
 		 318 aa  235  9e-61  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.926971  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0921  D-alanine--D-alanine ligase  43.89 
 
 		 323 aa  234  1.0000000000000001e-60  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.26052  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1967  D-alanine--D-alanine ligase  46.69 
 
 		 320 aa  234  1.0000000000000001e-60  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  hitchhiker  0.000254256  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0604  D-alanine--D-alanine ligase  47.97 
 
 		 320 aa  234  1.0000000000000001e-60  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_14120  D-alanine--D-alanine ligase  43.42 
 
 		 313 aa  234  1.0000000000000001e-60  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1149  D-alanine--D-alanine ligase  44.3 
 
 		 306 aa  234  1.0000000000000001e-60  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.927057  normal  0.917542 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_2046  D-alanine--D-alanine ligase  46.69 
 
 		 320 aa  233  2.0000000000000002e-60  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  hitchhiker  0.0000802497  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04365  D-alanine--D-alanine ligase  45.6 
 
 		 318 aa  234  2.0000000000000002e-60  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.628824  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0750  D-alanine--D-alanine ligase  46.62 
 
 		 310 aa  234  2.0000000000000002e-60  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0382  D-alanine/D-alanine ligase  44.37 
 
 		 308 aa  233  3e-60  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.0398495  normal  0.161369 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0464  D-alanine--D-alanine ligase  45.14 
 
 		 319 aa  233  3e-60  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.132669 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_13270  D-alanine--D-alanine ligase  45.73 
 
 		 315 aa  233  3e-60  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.122637  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0203  D-alanine--D-alanine ligase  44.37 
 
 		 308 aa  233  3e-60  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.43186  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1339  D-alanine--D-alanine ligase  44.37 
 
 		 318 aa  233  4.0000000000000004e-60  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.266833  normal  0.0340242 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4982  D-alanine--D-alanine ligase  45.18 
 
 		 319 aa  232  5e-60  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.380222  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2589  D-alanine--D-alanine ligase  44.79 
 
 		 308 aa  232  6e-60  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2424  D-alanine--D-alanine ligase  45.28 
 
 		 308 aa  231  8.000000000000001e-60  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.060178  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0850  D-alanine--D-alanine ligase  45.17 
 
 		 314 aa  231  9e-60  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.868675  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4463  D-alanine--D-alanine ligase  43.52 
 
 		 317 aa  231  1e-59  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.816615  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0420  D-alanine/D-alanine ligase  42.14 
 
 		 299 aa  231  1e-59  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.0000379989  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0585  D-alanine--D-alanine ligase  41.72 
 
 		 313 aa  231  1e-59  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.034882  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3668  D-alanine--D-alanine ligase  42.9 
 
 		 332 aa  231  1e-59  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.497942  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4100  D-alanine--D-alanine ligase  45.39 
 
 		 319 aa  230  2e-59  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.555114 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2887  D-alanine--D-alanine ligase  44.3 
 
 		 300 aa  230  3e-59  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.130361  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2978  D-alanine--D-alanine ligase  43.89 
 
 		 332 aa  229  4e-59  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  hitchhiker  0.00577366  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0526  D-alanine--D-alanine ligase  43.23 
 
 		 332 aa  229  4e-59  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000337974  hitchhiker  0.0000125004 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7439  D-alanine--D-alanine ligase  45.95 
 
 		 307 aa  229  4e-59  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0178341  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1472  D-alanine--D-alanine ligase  45.28 
 
 		 326 aa  229  5e-59  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.269509  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3130  D-alanine--D-alanine ligase  45.78 
 
 		 307 aa  229  5e-59  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.330245 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0823  D-alanine--D-alanine ligase  43.37 
 
 		 334 aa  229  6e-59  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.595745 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>