More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Apar_1360 on replicon NC_013203
Organism: Atopobium parvulum DSM 20469



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013203  Apar_1360  D-alanine/D-alanine ligase  100 
 
 		 319 aa  651    Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_14120  D-alanine--D-alanine ligase  47.28 
 
 		 313 aa  274  1.0000000000000001e-72  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_3114  D-alanine/D-alanine ligase  45.48 
 
 		 307 aa  260  2e-68  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.188134  hitchhiker  0.0000000168198 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_28460  D-alanine--D-alanine ligase  45.13 
 
 		 317 aa  259  4e-68  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.289482  hitchhiker  0.00300353 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1796  D-alanine--D-alanine ligase  42.27 
 
 		 312 aa  249  4e-65  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_4102  D-alanine--D-alanine ligase  45.08 
 
 		 311 aa  236  4e-61  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.422713 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2148  D-alanine--D-alanine ligase  42.58 
 
 		 314 aa  236  5.0000000000000005e-61  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.628633  normal  0.0222251 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1155  D-alanine--D-alanine ligase  43.37 
 
 		 309 aa  235  6e-61  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.112058  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0952  D-alanine/D-alanine ligase  40.58 
 
 		 311 aa  233  5e-60  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1140  D-alanine--D-alanine ligase  41.99 
 
 		 309 aa  228  8e-59  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.000909084  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1108  D-alanine--D-alanine ligase  42.35 
 
 		 308 aa  227  2e-58  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2589  D-alanine--D-alanine ligase  44.2 
 
 		 308 aa  220  1.9999999999999999e-56  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0667  D-alanine/D-alanine ligase  41.37 
 
 		 313 aa  221  1.9999999999999999e-56  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.621467  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2424  D-alanine--D-alanine ligase  40.32 
 
 		 308 aa  219  3.9999999999999997e-56  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.060178  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0494  D-alanine--D-alanine ligase  43.95 
 
 		 305 aa  218  1e-55  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.922593  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3066  D-alanine--D-alanine ligase  41.99 
 
 		 316 aa  217  2e-55  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1240  D-alanine--D-alanine ligase  39.94 
 
 		 306 aa  218  2e-55  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3496  D-alanine--D-alanine ligase  41.69 
 
 		 301 aa  216  2.9999999999999998e-55  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.303259  normal  0.188396 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3830  D-alanine--D-alanine ligase  43.69 
 
 		 308 aa  216  2.9999999999999998e-55  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0947  D-alanine--D-alanine ligase  42.31 
 
 		 302 aa  216  5e-55  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0325942  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3971  D-alanine--D-alanine ligase  41.59 
 
 		 310 aa  216  5e-55  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3887  D-alanine--D-alanine ligase  42.21 
 
 		 308 aa  216  5.9999999999999996e-55  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0809283  normal  0.435651 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3301  D-alanine--D-alanine ligase  41.4 
 
 		 308 aa  215  9.999999999999999e-55  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2848  D-alanine--D-alanine ligase  42.11 
 
 		 308 aa  214  9.999999999999999e-55  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.67822  normal  0.0145718 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3914  D-alanine--D-alanine ligase  43.37 
 
 		 308 aa  214  9.999999999999999e-55  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.536039  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3286  D-alanine--D-alanine ligase  41.56 
 
 		 310 aa  215  9.999999999999999e-55  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1426  D-alanine--D-alanine ligase  40.63 
 
 		 313 aa  214  1.9999999999999998e-54  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0511  D-alanine/D-alanine ligase  43.95 
 
 		 305 aa  214  1.9999999999999998e-54  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0183  D-alanine--D-alanine ligase  37.11 
 
 		 337 aa  212  7e-54  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  hitchhiker  0.0000736036  normal  0.566039 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2491  D-alanine--D-alanine ligase  39.87 
 
 		 306 aa  211  9e-54  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2977  D-alanine--D-alanine ligase  37.66 
 
 		 327 aa  211  1e-53  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2004  D-alanine--D-alanine ligase  42.45 
 
 		 308 aa  211  1e-53  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3425  D-alanine--D-alanine ligase  41.12 
 
 		 304 aa  211  1e-53  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.346126  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3415  D-alanine--D-alanine ligase  39.87 
 
 		 325 aa  211  1e-53  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0675936  normal  0.934291 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3126  D-alanine--D-alanine ligase  38.19 
 
 		 327 aa  209  3e-53  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0094  D-alanine--D-alanine ligase  38.96 
 
 		 306 aa  208  8e-53  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000101829  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3423  D-alanine--D-alanine ligase  38.83 
 
 		 346 aa  208  8e-53  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.206359  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0360  D-alanine--D-alanine ligase  37.94 
 
 		 308 aa  208  9e-53  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3508  D-alanine/D-alanine ligase  38.96 
 
 		 306 aa  208  1e-52  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00134071  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0097  D-alanine--D-alanine ligase  38.96 
 
 		 306 aa  208  1e-52  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00164222  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3565  D-alanine--D-alanine ligase  38.96 
 
 		 306 aa  208  1e-52  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.00231129  hitchhiker  0.00551648 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3774  D-alanine--D-alanine ligase  42.58 
 
 		 308 aa  208  1e-52  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0098  D-alanine--D-alanine ligase  38.96 
 
 		 306 aa  208  1e-52  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000000699622  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2353  D-alanine--D-alanine ligase  43.71 
 
 		 307 aa  207  2e-52  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.452645 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0100  D-alanine--D-alanine ligase  39.29 
 
 		 306 aa  207  2e-52  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0814155  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0142  D-alanine--D-alanine ligase  39.41 
 
 		 306 aa  207  2e-52  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.696174  hitchhiker  0.00000371528 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3492  D-alanine--D-alanine ligase  42.41 
 
 		 307 aa  206  3e-52  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0085  D-alanine--D-alanine ligase  38.64 
 
 		 306 aa  207  3e-52  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.34447  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1077  D-alanine--D-alanine ligase  37.82 
 
 		 338 aa  206  3e-52  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0742794  normal  0.822876 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3087  D-alanine--D-alanine ligase  40.73 
 
 		 331 aa  207  3e-52  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.807087  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0147  D-alanine--D-alanine ligase  39.29 
 
 		 306 aa  206  4e-52  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.000287396  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7439  D-alanine--D-alanine ligase  41.51 
 
 		 307 aa  206  4e-52  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0178341  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0169  D-alanine--D-alanine ligase  36.54 
 
 		 337 aa  206  4e-52  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  hitchhiker  0.0022958  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0142  D-alanine--D-alanine ligase  39.09 
 
 		 306 aa  206  6e-52  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.0090881  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2722  D-alanine--D-alanine ligase  40.73 
 
 		 331 aa  206  6e-52  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4490  D-alanine--D-alanine ligase  41.75 
 
 		 311 aa  205  7e-52  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00093  D-alanylalanine synthetase  38.64 
 
 		 306 aa  205  8e-52  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.149308  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0146  D-alanine--D-alanine ligase  39.09 
 
 		 306 aa  205  8e-52  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.302602  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0697  D-alanine--D-alanine ligase  41.03 
 
 		 307 aa  205  8e-52  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.389866 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2077  D-alanine--D-alanine ligase  40.75 
 
 		 308 aa  205  8e-52  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.335568  hitchhiker  0.00112188 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00092  hypothetical protein  38.64 
 
 		 306 aa  205  8e-52  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.144888  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0203  D-alanyl-alanine synthetase A  41.18 
 
 		 364 aa  205  9e-52  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0122  D-alanine--D-alanine ligase  40.45 
 
 		 310 aa  204  1e-51  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  decreased coverage  0.000652321  normal  0.029871 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3173  D-alanine--D-alanine ligase  44.16 
 
 		 307 aa  204  1e-51  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0466065  normal  0.598076 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0464  D-alanine--D-alanine ligase  38.19 
 
 		 319 aa  204  1e-51  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.132669 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2199  D-alanine--D-alanine ligase  38.26 
 
 		 305 aa  204  2e-51  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.171774  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3130  D-alanine--D-alanine ligase  43.53 
 
 		 307 aa  203  3e-51  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.330245 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_09600  D-alanine-D-alanine ligase A  38.89 
 
 		 346 aa  203  3e-51  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2266  D-alanine--D-alanine ligase  39.34 
 
 		 302 aa  202  5e-51  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.297566  hitchhiker  0.00504643 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0897  D-alanine-D-alanine ligase A  38.89 
 
 		 346 aa  202  6e-51  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.121426  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2111  D-alanine--D-alanine ligase  40.51 
 
 		 307 aa  202  8e-51  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0787  D-alanine--D-alanine ligase  40.51 
 
 		 307 aa  202  8e-51  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.722961  normal  0.289278 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2946  D-alanine--D-alanine ligase  43.53 
 
 		 307 aa  201  9.999999999999999e-51  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.187089 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2887  D-alanine--D-alanine ligase  39.81 
 
 		 300 aa  201  1.9999999999999998e-50  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.130361  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1631  D-alanyl-alanine synthetase A  37.08 
 
 		 360 aa  201  1.9999999999999998e-50  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0638  D-alanine--D-alanine ligase  38.11 
 
 		 306 aa  199  3e-50  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.00195193  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1662  D-alanyl-alanine synthetase A  37.32 
 
 		 363 aa  199  5e-50  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0695  D-alanine--D-alanine ligase  41.77 
 
 		 307 aa  199  6e-50  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.686209  normal  0.293576 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0772  D-alanine--D-alanine ligase  39.87 
 
 		 309 aa  199  7e-50  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.170719  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0325  D-alanine--D-alanine ligase  42.41 
 
 		 306 aa  198  1.0000000000000001e-49  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0370314  normal  0.477403 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2978  D-alanine--D-alanine ligase  37.54 
 
 		 332 aa  197  2.0000000000000003e-49  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  hitchhiker  0.00577366  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4160  D-alanine/D-alanine ligase  38.56 
 
 		 333 aa  197  2.0000000000000003e-49  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.190227  normal  0.261244 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1367  D-alanine--D-alanine ligase  34.82 
 
 		 367 aa  197  2.0000000000000003e-49  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1747  D-alanine--D-alanine ligase  39.74 
 
 		 308 aa  197  2.0000000000000003e-49  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0921  D-alanine--D-alanine ligase  37.5 
 
 		 323 aa  197  2.0000000000000003e-49  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.26052  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3668  D-alanine--D-alanine ligase  37.54 
 
 		 332 aa  197  2.0000000000000003e-49  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.497942  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1084  D-alanyl-alanine synthetase A  38.34 
 
 		 367 aa  196  4.0000000000000005e-49  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0686  D-alanine--D-alanine ligase  39.49 
 
 		 306 aa  196  6e-49  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.280639  decreased coverage  0.000224556 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0763  D-alanine--D-alanine ligase  37.13 
 
 		 306 aa  194  1e-48  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00284913  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4463  D-alanine--D-alanine ligase  36.86 
 
 		 317 aa  194  1e-48  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.816615  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0420  D-alanine/D-alanine ligase  36.04 
 
 		 299 aa  194  1e-48  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.0000379989  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4572  D-alanine--D-alanine ligase  37.94 
 
 		 331 aa  194  1e-48  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0596533  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2419  D-alanine--D-alanine ligase  41.67 
 
 		 308 aa  195  1e-48  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  hitchhiker  0.000977775  normal  0.223955 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2842  D-alanine--D-alanine ligase  40.4 
 
 		 331 aa  194  2e-48  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2198  D-alanine/D-alanine ligase  38.51 
 
 		 313 aa  194  2e-48  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0703567  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0415  D-alanine--D-alanine ligase  41.35 
 
 		 627 aa  193  3e-48  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1074  D-alanine/D-alanine ligase  37.42 
 
 		 302 aa  193  3e-48  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.254672  normal  0.307992 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0750  D-alanine--D-alanine ligase  36.01 
 
 		 310 aa  193  4e-48  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0823  D-alanine--D-alanine ligase  38.46 
 
 		 334 aa  193  4e-48  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.595745 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0585  D-alanine--D-alanine ligase  35.02 
 
 		 313 aa  192  5e-48  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.034882  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>