More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pnec_0183 on replicon NC_010531
Organism: Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010531  Pnec_0183  D-alanine--D-alanine ligase  100 
 
 		 337 aa  686    Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  hitchhiker  0.0000736036  normal  0.566039 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0169  D-alanine--D-alanine ligase  89.09 
 
 		 337 aa  607  9.999999999999999e-173  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  hitchhiker  0.0022958  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2722  D-alanine--D-alanine ligase  66.01 
 
 		 331 aa  419  1e-116  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3087  D-alanine--D-alanine ligase  66.01 
 
 		 331 aa  420  1e-116  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.807087  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3126  D-alanine--D-alanine ligase  65.9 
 
 		 327 aa  415  9.999999999999999e-116  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2977  D-alanine--D-alanine ligase  64.26 
 
 		 327 aa  409  1e-113  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2842  D-alanine--D-alanine ligase  64.03 
 
 		 331 aa  394  1e-108  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1077  D-alanine--D-alanine ligase  57.36 
 
 		 338 aa  372  1e-102  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0742794  normal  0.822876 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0524  D-alanine--D-alanine ligase  59.54 
 
 		 329 aa  370  1e-101  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.860729 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1472  D-alanine--D-alanine ligase  56.07 
 
 		 326 aa  365  1e-100  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.269509  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2978  D-alanine--D-alanine ligase  54.72 
 
 		 332 aa  365  1e-100  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  hitchhiker  0.00577366  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3668  D-alanine--D-alanine ligase  54.72 
 
 		 332 aa  366  1e-100  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.497942  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3423  D-alanine--D-alanine ligase  55.05 
 
 		 346 aa  359  3e-98  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.206359  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0921  D-alanine--D-alanine ligase  56.82 
 
 		 323 aa  358  6e-98  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.26052  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3415  D-alanine--D-alanine ligase  57.1 
 
 		 325 aa  355  5e-97  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0675936  normal  0.934291 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0464  D-alanine--D-alanine ligase  57 
 
 		 319 aa  355  5e-97  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.132669 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0823  D-alanine--D-alanine ligase  52.23 
 
 		 334 aa  350  2e-95  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.595745 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4572  D-alanine--D-alanine ligase  53.31 
 
 		 331 aa  342  5e-93  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0596533  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3425  D-alanine--D-alanine ligase  55.85 
 
 		 304 aa  325  5e-88  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.346126  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2266  D-alanine--D-alanine ligase  54.15 
 
 		 302 aa  322  4e-87  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.297566  hitchhiker  0.00504643 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2491  D-alanine--D-alanine ligase  55.18 
 
 		 306 aa  319  5e-86  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0122  D-alanine--D-alanine ligase  53.09 
 
 		 310 aa  311  9e-84  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  decreased coverage  0.000652321  normal  0.029871 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0924  D-alanine--D-alanine ligase  52.41 
 
 		 313 aa  307  1.0000000000000001e-82  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.783773  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0772  D-alanine--D-alanine ligase  51.6 
 
 		 309 aa  306  4.0000000000000004e-82  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.170719  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3496  D-alanine--D-alanine ligase  53.31 
 
 		 301 aa  302  6.000000000000001e-81  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.303259  normal  0.188396 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04365  D-alanine--D-alanine ligase  52.92 
 
 		 318 aa  298  7e-80  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.628824  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0850  D-alanine--D-alanine ligase  51.64 
 
 		 314 aa  298  1e-79  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.868675  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0526  D-alanine--D-alanine ligase  51.13 
 
 		 332 aa  297  1e-79  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000337974  hitchhiker  0.0000125004 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0604  D-alanine--D-alanine ligase  51.61 
 
 		 320 aa  297  2e-79  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4100  D-alanine--D-alanine ligase  53.29 
 
 		 319 aa  296  5e-79  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.555114 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3590  D-alanine--D-alanine ligase  51.8 
 
 		 306 aa  295  1e-78  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.224564  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2858  D-alanine--D-alanine ligase  48.87 
 
 		 316 aa  294  1e-78  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.0000136858  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_57320  D-alanine--D-alanine ligase  50.32 
 
 		 319 aa  293  2e-78  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3778  D-alanine--D-alanine ligase  51.32 
 
 		 306 aa  293  4e-78  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.078673  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4406  D-alanine--D-alanine ligase  52.66 
 
 		 319 aa  292  4e-78  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.206514  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4982  D-alanine--D-alanine ligase  50 
 
 		 319 aa  292  5e-78  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.380222  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_2046  D-alanine--D-alanine ligase  48.72 
 
 		 320 aa  290  2e-77  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  hitchhiker  0.0000802497  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1339  D-alanine--D-alanine ligase  48.92 
 
 		 318 aa  290  3e-77  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.266833  normal  0.0340242 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4510  D-alanine--D-alanine ligase  48.62 
 
 		 318 aa  290  3e-77  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.926971  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4385  D-alanine--D-alanine ligase  48.62 
 
 		 318 aa  289  4e-77  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0215233  normal  0.165436 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1967  D-alanine--D-alanine ligase  48.4 
 
 		 320 aa  288  7e-77  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  hitchhiker  0.000254256  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0360  D-alanine--D-alanine ligase  50.33 
 
 		 308 aa  288  7e-77  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_13270  D-alanine--D-alanine ligase  49.69 
 
 		 315 aa  288  8e-77  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.122637  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0946  D-alanine--D-alanine ligase  50.16 
 
 		 318 aa  288  1e-76  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.427679  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3468  D-alanine--D-alanine ligase  49.69 
 
 		 313 aa  287  2e-76  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00570253  hitchhiker  0.00196625 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4671  D-alanine--D-alanine ligase  50.82 
 
 		 324 aa  286  2.9999999999999996e-76  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0129578  normal  0.448814 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0142  D-alanine--D-alanine ligase  50.66 
 
 		 306 aa  284  2.0000000000000002e-75  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.696174  hitchhiker  0.00000371528 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0488  D-alanine--D-alanine ligase  48.74 
 
 		 313 aa  284  2.0000000000000002e-75  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0391876  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2030  D-alanine--D-alanine ligase  48.53 
 
 		 379 aa  283  2.0000000000000002e-75  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.24983  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0142  D-alanine--D-alanine ligase  50.66 
 
 		 306 aa  283  2.0000000000000002e-75  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.0090881  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0146  D-alanine--D-alanine ligase  50.66 
 
 		 306 aa  281  8.000000000000001e-75  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.302602  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0465  D-alanine--D-alanine ligase  48.43 
 
 		 313 aa  281  1e-74  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0881757  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0490  D-alanine--D-alanine ligase  48.74 
 
 		 313 aa  281  1e-74  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.107691  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0147  D-alanine--D-alanine ligase  50.33 
 
 		 306 aa  281  1e-74  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.000287396  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1749  D-alanine--D-alanine ligase  48.52 
 
 		 366 aa  280  3e-74  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2450  D-alanine--D-alanine ligase  51.78 
 
 		 325 aa  280  3e-74  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0817571  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2671  D-alanine--D-alanine ligase  48.43 
 
 		 313 aa  278  6e-74  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2188  D-alanine--D-alanine ligase  49.66 
 
 		 314 aa  277  2e-73  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.441149  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0638  D-alanine--D-alanine ligase  47.71 
 
 		 306 aa  276  4e-73  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.00195193  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3508  D-alanine/D-alanine ligase  49.67 
 
 		 306 aa  275  8e-73  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00134071  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0094  D-alanine--D-alanine ligase  49.67 
 
 		 306 aa  275  8e-73  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000101829  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3565  D-alanine--D-alanine ligase  49.67 
 
 		 306 aa  275  8e-73  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.00231129  hitchhiker  0.00551648 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0098  D-alanine--D-alanine ligase  49.67 
 
 		 306 aa  275  8e-73  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000000699622  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0085  D-alanine--D-alanine ligase  49.67 
 
 		 306 aa  275  9e-73  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.34447  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3385  D-alanine--D-alanine ligase  50.33 
 
 		 306 aa  274  1.0000000000000001e-72  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.0172099  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2916  D-alanine--D-alanine ligase  50.33 
 
 		 306 aa  274  1.0000000000000001e-72  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.253667  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0100  D-alanine--D-alanine ligase  49.34 
 
 		 306 aa  275  1.0000000000000001e-72  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0814155  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3516  D-alanine--D-alanine ligase  50.33 
 
 		 306 aa  274  1.0000000000000001e-72  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.730478  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2198  D-alanine/D-alanine ligase  48.53 
 
 		 313 aa  273  2.0000000000000002e-72  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0703567  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2834  D-alanine--D-alanine ligase  50 
 
 		 313 aa  273  2.0000000000000002e-72  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  hitchhiker  0.00118098  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0097  D-alanine--D-alanine ligase  49.01 
 
 		 306 aa  273  3e-72  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00164222  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00093  D-alanylalanine synthetase  49.34 
 
 		 306 aa  273  4.0000000000000004e-72  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.149308  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00092  hypothetical protein  49.34 
 
 		 306 aa  273  4.0000000000000004e-72  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.144888  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0763  D-alanine--D-alanine ligase  49.34 
 
 		 306 aa  272  5.000000000000001e-72  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00284913  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1120  D-alanine--D-alanine ligase  49.21 
 
 		 312 aa  272  6e-72  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0532  D-alanine--D-alanine ligase  50 
 
 		 313 aa  271  1e-71  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.000500002  normal  0.541798 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2426  D-alanine--D-alanine ligase  47.85 
 
 		 309 aa  271  2e-71  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.142396  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2549  D-alanine--D-alanine ligase  49.21 
 
 		 312 aa  270  2e-71  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3542  D-alanine--D-alanine ligase  49.21 
 
 		 312 aa  270  2e-71  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3234  D-alanine--D-alanine ligase  49.21 
 
 		 312 aa  270  2e-71  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3548  D-alanine--D-alanine ligase  49.21 
 
 		 312 aa  270  2e-71  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.21895  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0470  D-alanine--D-alanine ligase  49.21 
 
 		 312 aa  270  2e-71  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1329  D-alanine--D-alanine ligase  49.21 
 
 		 312 aa  270  2e-71  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.336933  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3523  D-alanine--D-alanine ligase  49.21 
 
 		 312 aa  270  2.9999999999999997e-71  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0585  D-alanine--D-alanine ligase  46.08 
 
 		 313 aa  270  2.9999999999999997e-71  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.034882  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0079  D-alanine--D-alanine ligase  49.69 
 
 		 313 aa  270  2.9999999999999997e-71  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.704637  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0561  D-alanine--D-alanine ligase  49.69 
 
 		 313 aa  270  2.9999999999999997e-71  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0620941  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3647  D-alanine--D-alanine ligase  49.37 
 
 		 313 aa  268  8.999999999999999e-71  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.498697  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2088  D-alanine--D-alanine ligase  48.05 
 
 		 304 aa  266  5e-70  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2190  D-alanine--D-alanine ligase  48.54 
 
 		 311 aa  264  2e-69  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.10394  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1149  D-alanine--D-alanine ligase  47.56 
 
 		 306 aa  261  8.999999999999999e-69  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.927057  normal  0.917542 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03256  D-alanine--D-alanine ligase  46.54 
 
 		 322 aa  257  2e-67  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.130136  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3517  D-alanine--D-alanine ligase  46.47 
 
 		 318 aa  257  2e-67  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0452  D-alanine/D-alanine ligase  45.28 
 
 		 324 aa  256  5e-67  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0742321  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3066  D-alanine--D-alanine ligase  45.48 
 
 		 316 aa  248  1e-64  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2612  D-alanine--D-alanine ligase  44.48 
 
 		 317 aa  236  3e-61  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.000431315  unclonable  0.00000000000418412 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0203  D-alanine--D-alanine ligase  44.19 
 
 		 308 aa  236  6e-61  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.43186  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0382  D-alanine/D-alanine ligase  44.19 
 
 		 308 aa  236  6e-61  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.0398495  normal  0.161369 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0139  D-alanine--D-alanine ligase  44.74 
 
 		 285 aa  234  1.0000000000000001e-60  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.517972 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0952  D-alanine/D-alanine ligase  42.39 
 
 		 311 aa  234  1.0000000000000001e-60  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>