More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_2406 on replicon NC_008686
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008686  Pden_2406  D-alanine--D-alanine ligase  100 
 
 		 301 aa  610  1e-173  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.392221 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1204  D-alanine--D-alanine ligase  97.67 
 
 		 301 aa  580  1e-164  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2004  D-alanine--D-alanine ligase  58.75 
 
 		 308 aa  343  2e-93  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2589  D-alanine--D-alanine ligase  57.43 
 
 		 308 aa  339  2.9999999999999998e-92  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2077  D-alanine--D-alanine ligase  58.42 
 
 		 308 aa  338  5e-92  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.335568  hitchhiker  0.00112188 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2848  D-alanine--D-alanine ligase  57.43 
 
 		 308 aa  336  2.9999999999999997e-91  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.67822  normal  0.0145718 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7439  D-alanine--D-alanine ligase  56.35 
 
 		 307 aa  331  7.000000000000001e-90  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0178341  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3130  D-alanine--D-alanine ligase  58.63 
 
 		 307 aa  330  1e-89  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.330245 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2946  D-alanine--D-alanine ligase  58.96 
 
 		 307 aa  330  2e-89  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.187089 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3173  D-alanine--D-alanine ligase  58.63 
 
 		 307 aa  328  8e-89  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0466065  normal  0.598076 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2424  D-alanine--D-alanine ligase  56.77 
 
 		 308 aa  328  8e-89  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.060178  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2353  D-alanine--D-alanine ligase  56.03 
 
 		 307 aa  328  9e-89  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.452645 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3492  D-alanine--D-alanine ligase  55.37 
 
 		 307 aa  327  1.0000000000000001e-88  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2887  D-alanine--D-alanine ligase  56.67 
 
 		 300 aa  323  2e-87  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.130361  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0697  D-alanine--D-alanine ligase  56.62 
 
 		 307 aa  320  3e-86  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.389866 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0944  D-alanine--D-alanine ligase  60.13 
 
 		 306 aa  318  6e-86  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  hitchhiker  0.0000259534  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0695  D-alanine--D-alanine ligase  56.03 
 
 		 307 aa  317  1e-85  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.686209  normal  0.293576 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3301  D-alanine--D-alanine ligase  55.45 
 
 		 308 aa  313  2.9999999999999996e-84  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2111  D-alanine--D-alanine ligase  55.96 
 
 		 307 aa  310  1e-83  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0325  D-alanine--D-alanine ligase  57 
 
 		 306 aa  310  1e-83  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0370314  normal  0.477403 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0787  D-alanine--D-alanine ligase  55.96 
 
 		 307 aa  310  1e-83  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.722961  normal  0.289278 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1747  D-alanine--D-alanine ligase  56.11 
 
 		 308 aa  310  2e-83  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4490  D-alanine--D-alanine ligase  55.48 
 
 		 311 aa  300  2e-80  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2419  D-alanine--D-alanine ligase  53.97 
 
 		 308 aa  298  5e-80  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  hitchhiker  0.000977775  normal  0.223955 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0686  D-alanine--D-alanine ligase  52.98 
 
 		 306 aa  296  2e-79  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.280639  decreased coverage  0.000224556 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2074  D-alanine--D-alanine ligase  53.11 
 
 		 304 aa  296  2e-79  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.1873 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1385  D-alanine--D-alanine ligase  56.44 
 
 		 308 aa  292  4e-78  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1428  D-alanine--D-alanine ligase  56.44 
 
 		 308 aa  288  9e-77  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.631762  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3660  D-alanine--D-alanine ligase  51.64 
 
 		 322 aa  281  9e-75  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.345164 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0947  D-alanine--D-alanine ligase  50.33 
 
 		 302 aa  276  4e-73  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0325942  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2753  D-alanine--D-alanine ligase  49.35 
 
 		 316 aa  273  3e-72  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3943  D-alanine--D-alanine ligase  48.04 
 
 		 312 aa  268  1e-70  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0066  D-alanine--D-alanine ligase  50.17 
 
 		 301 aa  261  8.999999999999999e-69  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0095  D-alanine--D-alanine ligase  45 
 
 		 315 aa  256  3e-67  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.798262  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3167  D-alanine--D-alanine ligase  46.67 
 
 		 315 aa  249  3e-65  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1136  D-alanine--D-alanine ligase  46.33 
 
 		 313 aa  249  3e-65  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1878  D-alanine--D-alanine ligase  45 
 
 		 308 aa  245  8e-64  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.063714 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0511  D-alanine/D-alanine ligase  47.32 
 
 		 305 aa  239  4e-62  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3914  D-alanine--D-alanine ligase  46.84 
 
 		 308 aa  237  2e-61  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.536039  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3830  D-alanine--D-alanine ligase  46.84 
 
 		 308 aa  236  3e-61  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0494  D-alanine--D-alanine ligase  46.31 
 
 		 305 aa  236  5.0000000000000005e-61  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.922593  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3971  D-alanine--D-alanine ligase  47.67 
 
 		 310 aa  235  7e-61  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3066  D-alanine--D-alanine ligase  47 
 
 		 316 aa  234  1.0000000000000001e-60  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3887  D-alanine--D-alanine ligase  46.71 
 
 		 308 aa  231  1e-59  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0809283  normal  0.435651 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0415  D-alanine--D-alanine ligase  46.51 
 
 		 627 aa  231  2e-59  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3774  D-alanine--D-alanine ligase  47.51 
 
 		 308 aa  229  3e-59  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0667  D-alanine/D-alanine ligase  44.85 
 
 		 313 aa  222  4.9999999999999996e-57  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.621467  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_28460  D-alanine--D-alanine ligase  42.57 
 
 		 317 aa  222  6e-57  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.289482  hitchhiker  0.00300353 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3778  D-alanine--D-alanine ligase  43.79 
 
 		 306 aa  212  7.999999999999999e-54  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.078673  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3590  D-alanine--D-alanine ligase  42.53 
 
 		 306 aa  211  1e-53  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.224564  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2199  D-alanine--D-alanine ligase  42.14 
 
 		 305 aa  207  1e-52  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.171774  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_14120  D-alanine--D-alanine ligase  42.72 
 
 		 313 aa  206  4e-52  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1426  D-alanine--D-alanine ligase  43.09 
 
 		 313 aa  206  4e-52  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1240  D-alanine--D-alanine ligase  42.95 
 
 		 306 aa  203  3e-51  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1108  D-alanine--D-alanine ligase  41 
 
 		 308 aa  203  4e-51  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1140  D-alanine--D-alanine ligase  41.61 
 
 		 309 aa  201  9e-51  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.000909084  normal  1 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0420  D-alanine/D-alanine ligase  36.03 
 
 		 299 aa  201  1.9999999999999998e-50  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.0000379989  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2148  D-alanine--D-alanine ligase  39.94 
 
 		 314 aa  199  3.9999999999999996e-50  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.628633  normal  0.0222251 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0360  D-alanine--D-alanine ligase  39.67 
 
 		 308 aa  199  6e-50  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1155  D-alanine--D-alanine ligase  41.97 
 
 		 309 aa  199  6e-50  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.112058  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_3114  D-alanine/D-alanine ligase  44 
 
 		 307 aa  199  6e-50  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.188134  hitchhiker  0.0000000168198 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3286  D-alanine--D-alanine ligase  43.67 
 
 		 310 aa  199  7e-50  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0604  D-alanine--D-alanine ligase  43.14 
 
 		 320 aa  197  1.0000000000000001e-49  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4160  D-alanine/D-alanine ligase  40.92 
 
 		 333 aa  193  2e-48  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.190227  normal  0.261244 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1796  D-alanine--D-alanine ligase  39.29 
 
 		 312 aa  192  7e-48  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0763  D-alanine--D-alanine ligase  39.87 
 
 		 306 aa  191  2e-47  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00284913  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0638  D-alanine--D-alanine ligase  39.27 
 
 		 306 aa  190  2.9999999999999997e-47  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.00195193  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04365  D-alanine--D-alanine ligase  42.43 
 
 		 318 aa  190  2.9999999999999997e-47  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.628824  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3455  D-alanine/D-alanine ligase  38.3 
 
 		 336 aa  189  4e-47  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0409597  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2916  D-alanine--D-alanine ligase  39.67 
 
 		 306 aa  188  9e-47  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.253667  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3385  D-alanine--D-alanine ligase  39.67 
 
 		 306 aa  188  9e-47  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.0172099  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3516  D-alanine--D-alanine ligase  39.67 
 
 		 306 aa  188  9e-47  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.730478  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0464  D-alanine--D-alanine ligase  40.2 
 
 		 319 aa  187  2e-46  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.132669 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_4102  D-alanine--D-alanine ligase  40.45 
 
 		 311 aa  186  3e-46  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.422713 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_2046  D-alanine--D-alanine ligase  39.33 
 
 		 320 aa  186  4e-46  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  hitchhiker  0.0000802497  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0661  D-alanine/D-alanine ligase  38.38 
 
 		 311 aa  185  7e-46  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1967  D-alanine--D-alanine ligase  39 
 
 		 320 aa  184  1.0000000000000001e-45  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  hitchhiker  0.000254256  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3508  D-alanine/D-alanine ligase  39.48 
 
 		 306 aa  183  3e-45  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00134071  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0085  D-alanine--D-alanine ligase  39.48 
 
 		 306 aa  183  3e-45  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.34447  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0098  D-alanine--D-alanine ligase  39.48 
 
 		 306 aa  183  3e-45  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000000699622  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3565  D-alanine--D-alanine ligase  39.48 
 
 		 306 aa  183  3e-45  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.00231129  hitchhiker  0.00551648 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0524  D-alanine--D-alanine ligase  39.46 
 
 		 329 aa  182  6e-45  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.860729 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0094  D-alanine--D-alanine ligase  39.16 
 
 		 306 aa  182  7e-45  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000101829  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0100  D-alanine--D-alanine ligase  38.83 
 
 		 306 aa  181  9.000000000000001e-45  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0814155  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0147  D-alanine--D-alanine ligase  38.61 
 
 		 306 aa  182  9.000000000000001e-45  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.000287396  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0097  D-alanine--D-alanine ligase  39.48 
 
 		 306 aa  181  1e-44  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00164222  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0142  D-alanine--D-alanine ligase  38.61 
 
 		 306 aa  181  1e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.696174  hitchhiker  0.00000371528 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0142  D-alanine--D-alanine ligase  38.54 
 
 		 306 aa  181  1e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.0090881  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0952  D-alanine/D-alanine ligase  34.73 
 
 		 311 aa  181  1e-44  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00093  D-alanylalanine synthetase  39.16 
 
 		 306 aa  181  2e-44  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.149308  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00092  hypothetical protein  39.16 
 
 		 306 aa  181  2e-44  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.144888  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2638  D-alanine--D-alanine ligase  40.66 
 
 		 311 aa  181  2e-44  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.169577  normal  0.482426 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0146  D-alanine--D-alanine ligase  38.28 
 
 		 306 aa  180  2.9999999999999997e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.302602  normal  1 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0183  D-alanine--D-alanine ligase  38.26 
 
 		 337 aa  179  4.999999999999999e-44  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  hitchhiker  0.0000736036  normal  0.566039 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2858  D-alanine--D-alanine ligase  38.94 
 
 		 316 aa  179  5.999999999999999e-44  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.0000136858  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0924  D-alanine--D-alanine ligase  39.73 
 
 		 313 aa  178  8e-44  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.783773  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2329  D-alanine--D-alanine ligase  39.68 
 
 		 318 aa  178  8e-44  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.304126  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_09600  D-alanine-D-alanine ligase A  37.96 
 
 		 346 aa  178  8e-44  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1339  D-alanine--D-alanine ligase  39.2 
 
 		 318 aa  178  9e-44  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.266833  normal  0.0340242 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2188  D-alanine--D-alanine ligase  41.92 
 
 		 314 aa  178  9e-44  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.441149  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>