More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_1204 on replicon NC_008686
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008686  Pden_1204  D-alanine--D-alanine ligase  100 
 
 
301 aa  610  1e-173  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2406  D-alanine--D-alanine ligase  97.67 
 
 
301 aa  579  1e-164  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.392221 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2004  D-alanine--D-alanine ligase  58.75 
 
 
308 aa  344  1e-93  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2589  D-alanine--D-alanine ligase  56.77 
 
 
308 aa  337  1.9999999999999998e-91  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2077  D-alanine--D-alanine ligase  57.1 
 
 
308 aa  335  7e-91  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.335568  hitchhiker  0.00112188 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2848  D-alanine--D-alanine ligase  56.77 
 
 
308 aa  333  2e-90  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.67822  normal  0.0145718 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7439  D-alanine--D-alanine ligase  55.7 
 
 
307 aa  331  1e-89  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0178341  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2946  D-alanine--D-alanine ligase  57.65 
 
 
307 aa  329  4e-89  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.187089 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3130  D-alanine--D-alanine ligase  57 
 
 
307 aa  328  5.0000000000000004e-89  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.330245 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3173  D-alanine--D-alanine ligase  57.33 
 
 
307 aa  327  1.0000000000000001e-88  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0466065  normal  0.598076 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2353  D-alanine--D-alanine ligase  55.7 
 
 
307 aa  328  1.0000000000000001e-88  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.452645 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3492  D-alanine--D-alanine ligase  55.37 
 
 
307 aa  327  2.0000000000000001e-88  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2424  D-alanine--D-alanine ligase  56.11 
 
 
308 aa  324  1e-87  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.060178  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2887  D-alanine--D-alanine ligase  56.67 
 
 
300 aa  323  3e-87  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.130361  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0697  D-alanine--D-alanine ligase  55.63 
 
 
307 aa  318  1e-85  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.389866 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0695  D-alanine--D-alanine ligase  55.05 
 
 
307 aa  315  8e-85  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.686209  normal  0.293576 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0944  D-alanine--D-alanine ligase  59.14 
 
 
306 aa  314  9.999999999999999e-85  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  hitchhiker  0.0000259534  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0787  D-alanine--D-alanine ligase  55.63 
 
 
307 aa  311  1e-83  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.722961  normal  0.289278 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2111  D-alanine--D-alanine ligase  55.63 
 
 
307 aa  311  1e-83  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1747  D-alanine--D-alanine ligase  56.11 
 
 
308 aa  310  2e-83  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0325  D-alanine--D-alanine ligase  56.68 
 
 
306 aa  309  2.9999999999999997e-83  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0370314  normal  0.477403 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3301  D-alanine--D-alanine ligase  54.46 
 
 
308 aa  308  6.999999999999999e-83  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4490  D-alanine--D-alanine ligase  54.82 
 
 
311 aa  299  4e-80  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2419  D-alanine--D-alanine ligase  52.98 
 
 
308 aa  297  2e-79  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  hitchhiker  0.000977775  normal  0.223955 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2074  D-alanine--D-alanine ligase  52.79 
 
 
304 aa  296  2e-79  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal  0.1873 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0686  D-alanine--D-alanine ligase  51.99 
 
 
306 aa  294  1e-78  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.280639  decreased coverage  0.000224556 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1385  D-alanine--D-alanine ligase  56.44 
 
 
308 aa  293  2e-78  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1428  D-alanine--D-alanine ligase  56.44 
 
 
308 aa  288  5.0000000000000004e-77  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.631762  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3660  D-alanine--D-alanine ligase  50.99 
 
 
322 aa  280  3e-74  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.345164 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0947  D-alanine--D-alanine ligase  50.33 
 
 
302 aa  277  2e-73  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0325942  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3943  D-alanine--D-alanine ligase  47.39 
 
 
312 aa  271  1e-71  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2753  D-alanine--D-alanine ligase  48.39 
 
 
316 aa  269  4e-71  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0066  D-alanine--D-alanine ligase  50.5 
 
 
301 aa  262  4.999999999999999e-69  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0095  D-alanine--D-alanine ligase  45.33 
 
 
315 aa  256  4e-67  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.798262  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1136  D-alanine--D-alanine ligase  47 
 
 
313 aa  255  7e-67  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3167  D-alanine--D-alanine ligase  46.6 
 
 
315 aa  249  5e-65  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1878  D-alanine--D-alanine ligase  44.67 
 
 
308 aa  245  6e-64  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.063714 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0511  D-alanine/D-alanine ligase  47.65 
 
 
305 aa  241  1e-62  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3971  D-alanine--D-alanine ligase  48.33 
 
 
310 aa  240  2e-62  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0494  D-alanine--D-alanine ligase  47.32 
 
 
305 aa  240  2e-62  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.922593  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3066  D-alanine--D-alanine ligase  47.33 
 
 
316 aa  239  5.999999999999999e-62  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3914  D-alanine--D-alanine ligase  46.51 
 
 
308 aa  237  2e-61  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.536039  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3830  D-alanine--D-alanine ligase  46.51 
 
 
308 aa  236  5.0000000000000005e-61  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0415  D-alanine--D-alanine ligase  46.84 
 
 
627 aa  233  2.0000000000000002e-60  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3887  D-alanine--D-alanine ligase  46.38 
 
 
308 aa  229  3e-59  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0809283  normal  0.435651 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3774  D-alanine--D-alanine ligase  47.18 
 
 
308 aa  229  5e-59  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0667  D-alanine/D-alanine ligase  44.52 
 
 
313 aa  221  8e-57  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.621467  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_28460  D-alanine--D-alanine ligase  43.09 
 
 
317 aa  217  2e-55  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.289482  hitchhiker  0.00300353 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3778  D-alanine--D-alanine ligase  43.14 
 
 
306 aa  209  4e-53  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.078673  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3590  D-alanine--D-alanine ligase  41.88 
 
 
306 aa  209  7e-53  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.224564  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1108  D-alanine--D-alanine ligase  41.67 
 
 
308 aa  207  2e-52  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2199  D-alanine--D-alanine ligase  41.2 
 
 
305 aa  205  9e-52  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.171774  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1240  D-alanine--D-alanine ligase  42.53 
 
 
306 aa  204  1e-51  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1426  D-alanine--D-alanine ligase  42.76 
 
 
313 aa  204  2e-51  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_14120  D-alanine--D-alanine ligase  42.39 
 
 
313 aa  202  7e-51  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0420  D-alanine/D-alanine ligase  36.36 
 
 
299 aa  200  1.9999999999999998e-50  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.0000379989  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3286  D-alanine--D-alanine ligase  43.38 
 
 
310 aa  201  1.9999999999999998e-50  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1140  D-alanine--D-alanine ligase  40.65 
 
 
309 aa  200  3e-50  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.000909084  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0604  D-alanine--D-alanine ligase  43.73 
 
 
320 aa  200  3e-50  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1155  D-alanine--D-alanine ligase  41.97 
 
 
309 aa  199  7e-50  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.112058  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2148  D-alanine--D-alanine ligase  39.94 
 
 
314 aa  197  1.0000000000000001e-49  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.628633  normal  0.0222251 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_3114  D-alanine/D-alanine ligase  42.81 
 
 
307 aa  197  2.0000000000000003e-49  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.188134  hitchhiker  0.0000000168198 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0360  D-alanine--D-alanine ligase  39.33 
 
 
308 aa  196  3e-49  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4160  D-alanine/D-alanine ligase  41.06 
 
 
333 aa  196  5.000000000000001e-49  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.190227  normal  0.261244 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1796  D-alanine--D-alanine ligase  40.06 
 
 
312 aa  190  2e-47  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04365  D-alanine--D-alanine ligase  42.67 
 
 
318 aa  191  2e-47  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.628824  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0763  D-alanine--D-alanine ligase  39.53 
 
 
306 aa  190  2.9999999999999997e-47  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00284913  normal 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_2046  D-alanine--D-alanine ligase  39.67 
 
 
320 aa  189  7e-47  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  hitchhiker  0.0000802497  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0638  D-alanine--D-alanine ligase  38.94 
 
 
306 aa  187  1e-46  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.00195193  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3455  D-alanine/D-alanine ligase  37.99 
 
 
336 aa  188  1e-46  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0409597  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1967  D-alanine--D-alanine ligase  39.33 
 
 
320 aa  187  2e-46  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  hitchhiker  0.000254256  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0464  D-alanine--D-alanine ligase  39.87 
 
 
319 aa  187  3e-46  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.132669 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_4102  D-alanine--D-alanine ligase  41.1 
 
 
311 aa  186  5e-46  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.422713 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2916  D-alanine--D-alanine ligase  39 
 
 
306 aa  186  6e-46  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.253667  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3385  D-alanine--D-alanine ligase  39 
 
 
306 aa  186  6e-46  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.0172099  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3516  D-alanine--D-alanine ligase  39 
 
 
306 aa  186  6e-46  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.730478  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0661  D-alanine/D-alanine ligase  38.38 
 
 
311 aa  184  2.0000000000000003e-45  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0524  D-alanine--D-alanine ligase  39.8 
 
 
329 aa  183  3e-45  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.860729 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3508  D-alanine/D-alanine ligase  39.16 
 
 
306 aa  181  1e-44  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00134071  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3565  D-alanine--D-alanine ligase  39.16 
 
 
306 aa  181  1e-44  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.00231129  hitchhiker  0.00551648 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2638  D-alanine--D-alanine ligase  40.66 
 
 
311 aa  181  1e-44  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.169577  normal  0.482426 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0098  D-alanine--D-alanine ligase  39.16 
 
 
306 aa  181  1e-44  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000000699622  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0085  D-alanine--D-alanine ligase  39.09 
 
 
306 aa  181  1e-44  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.34447  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0952  D-alanine/D-alanine ligase  35.05 
 
 
311 aa  181  2e-44  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0360  D-alanine/D-alanine ligase  40.2 
 
 
330 aa  181  2e-44  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0094  D-alanine--D-alanine ligase  38.83 
 
 
306 aa  179  2.9999999999999997e-44  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000101829  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1077  D-alanine--D-alanine ligase  39.41 
 
 
338 aa  180  2.9999999999999997e-44  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0742794  normal  0.822876 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0183  D-alanine--D-alanine ligase  38.13 
 
 
337 aa  180  2.9999999999999997e-44  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  hitchhiker  0.0000736036  normal  0.566039 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0147  D-alanine--D-alanine ligase  38.28 
 
 
306 aa  180  2.9999999999999997e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.000287396  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0142  D-alanine--D-alanine ligase  38.28 
 
 
306 aa  179  4e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.696174  hitchhiker  0.00000371528 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2858  D-alanine--D-alanine ligase  38.94 
 
 
316 aa  179  4e-44  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.0000136858  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0097  D-alanine--D-alanine ligase  39.16 
 
 
306 aa  179  4e-44  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00164222  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0142  D-alanine--D-alanine ligase  38.21 
 
 
306 aa  179  4e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.0090881  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0100  D-alanine--D-alanine ligase  38.51 
 
 
306 aa  179  4e-44  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0814155  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00093  D-alanylalanine synthetase  38.76 
 
 
306 aa  178  9e-44  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.149308  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00092  hypothetical protein  38.76 
 
 
306 aa  178  9e-44  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.144888  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0146  D-alanine--D-alanine ligase  37.95 
 
 
306 aa  177  2e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.302602  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2088  D-alanine--D-alanine ligase  41.81 
 
 
304 aa  177  2e-43  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_09600  D-alanine-D-alanine ligase A  37.96 
 
 
346 aa  177  2e-43  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0921  D-alanine--D-alanine ligase  38.19 
 
 
323 aa  177  2e-43  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.26052  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>