More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SbBS512_E0298 on replicon NC_010658
Organism: Shigella boydii CDC 3083-94



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
CP001509  ECD_00328  D-alanylalanine synthetase  99.73 
 
 		 364 aa  746    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3227  D-alanine/D-alanine ligase  99.73 
 
 		 364 aa  746    Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0434  D-alanyl-alanine synthetase A  89.56 
 
 		 364 aa  680    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0552987  normal  0.545444 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0415  D-alanyl-alanine synthetase A  89.01 
 
 		 364 aa  676    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.335332  normal  0.0242928 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0406  D-alanyl-alanine synthetase A  99.73 
 
 		 364 aa  746    Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0447  D-alanyl-alanine synthetase A  99.73 
 
 		 364 aa  746    Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0298  D-alanyl-alanine synthetase A  100 
 
 		 364 aa  748    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3251  D-alanyl-alanine synthetase A  99.73 
 
 		 364 aa  746    Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.10036 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0476  D-alanyl-alanine synthetase A  89.29 
 
 		 364 aa  677    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0453  D-alanyl-alanine synthetase A  99.73 
 
 		 364 aa  746    Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0422  D-alanyl-alanine synthetase A  89.56 
 
 		 364 aa  680    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.947692  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0410  D-alanyl-alanine synthetase A  99.73 
 
 		 364 aa  746    Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0416  D-alanyl-alanine synthetase A  89.56 
 
 		 364 aa  680    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.532787  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0850  D-alanyl-alanine synthetase A  82.69 
 
 		 366 aa  624  1e-177  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.237365 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3345  D-alanine/D-alanine ligase  70.33 
 
 		 366 aa  548  1e-155  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3243  D-alanine/D-alanine ligase  69.78 
 
 		 366 aa  545  1e-154  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1367  D-alanine--D-alanine ligase  70.88 
 
 		 367 aa  544  1e-153  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0173  D-alanyl-alanine synthetase A  64.56 
 
 		 364 aa  484  1e-135  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0388  D-ala D-ala ligase  62.75 
 
 		 375 aa  471  1.0000000000000001e-131  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.822373  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02772  D-alanyl-alanine synthetase A  62.33 
 
 		 369 aa  460  9.999999999999999e-129  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4182  D-alanine--D-alanine ligase  58.54 
 
 		 363 aa  448  1e-125  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.512251  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3919  D-alanyl-alanine synthetase A  58.01 
 
 		 363 aa  449  1e-125  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.27971  normal  0.219568 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4592  D-alanine--D-alanine ligase  48.04 
 
 		 393 aa  344  1e-93  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.79248  normal  0.646635 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1636  D-alanine/D-alanine ligase  46.3 
 
 		 383 aa  324  1e-87  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0283  D-alanyl-alanine synthetase A  46.98 
 
 		 376 aa  323  2e-87  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.0108652  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0232  D-alanyl-alanine synthetase A  44.84 
 
 		 362 aa  319  6e-86  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1603  D-alanine/D-alanine ligase  43.68 
 
 		 362 aa  317  2e-85  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2721  D-alanyl-alanine synthetase A  45.53 
 
 		 361 aa  316  3e-85  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.0289964  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0011  D-alanine--D-alanine ligase  45.4 
 
 		 365 aa  315  5e-85  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.133339  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3791  D-alanine--D-alanine ligase  45.38 
 
 		 370 aa  315  6e-85  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.100262  normal  0.807199 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1090  D-alanine--D-alanine ligase  44.14 
 
 		 371 aa  312  6.999999999999999e-84  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5065  D-alanyl-alanine synthetase A  43.73 
 
 		 361 aa  311  7.999999999999999e-84  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.250957  normal  0.846892 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0260  D-alanyl-alanine synthetase A  43.88 
 
 		 361 aa  311  1e-83  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.649407  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0265  D-alanyl-alanine synthetase A  43.47 
 
 		 361 aa  311  2e-83  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0279  D-alanyl-alanine synthetase A  43.47 
 
 		 361 aa  311  2e-83  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0257  D-alanyl-alanine synthetase A  43.55 
 
 		 361 aa  310  2.9999999999999997e-83  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0217  D-alanyl-alanine synthetase A  43.55 
 
 		 361 aa  310  2.9999999999999997e-83  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0219  D-alanyl-alanine synthetase A  43.55 
 
 		 361 aa  310  2.9999999999999997e-83  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0223  D-alanyl-alanine synthetase A  43.21 
 
 		 362 aa  307  2.0000000000000002e-82  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0610  D-alanyl-alanine synthetase A  42.78 
 
 		 359 aa  306  3e-82  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5374  D-alanyl-alanine synthetase A  46.94 
 
 		 367 aa  306  5.0000000000000004e-82  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0896032 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4217  D-alanyl-alanine synthetase A  44.68 
 
 		 366 aa  304  1.0000000000000001e-81  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.494789 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0107  D-alanyl-alanine synthetase A  44.63 
 
 		 375 aa  305  1.0000000000000001e-81  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  0.0129798  hitchhiker  0.000000000349499 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0203  D-alanyl-alanine synthetase A  43.44 
 
 		 364 aa  304  2.0000000000000002e-81  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0360  D-alanyl-alanine synthetase A  45.5 
 
 		 367 aa  301  9e-81  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1084  D-alanyl-alanine synthetase A  43.67 
 
 		 367 aa  300  2e-80  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2101  D-alanyl-alanine synthetase A  44.69 
 
 		 357 aa  301  2e-80  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.0423676 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2342  D-alanyl-alanine synthetase A  44.26 
 
 		 358 aa  300  4e-80  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.958781 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2158  D-alanyl-alanine synthetase A  42.74 
 
 		 356 aa  298  7e-80  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2120  D-alanyl-alanine synthetase A  42.74 
 
 		 356 aa  298  7e-80  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.183623  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1938  D-alanyl-alanine synthetase A  42.9 
 
 		 376 aa  295  7e-79  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00320777  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2310  D-alanine/D-alanine ligase  44.59 
 
 		 389 aa  295  9e-79  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.0189199  hitchhiker  0.00305681 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0104  D-alanyl-alanine synthetase A  44.93 
 
 		 352 aa  295  9e-79  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.0436954 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1595  D-alanyl-alanine synthetase A  43.55 
 
 		 372 aa  294  1e-78  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.0878073  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1631  D-alanyl-alanine synthetase A  43.92 
 
 		 360 aa  294  2e-78  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0477  D-alanyl-alanine synthetase A  40.5 
 
 		 378 aa  294  2e-78  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.0000107455  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3354  D-alanyl-alanine synthetase A  44.38 
 
 		 351 aa  294  2e-78  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_10770  D-alanine--D-alanine ligase  43.97 
 
 		 376 aa  293  3e-78  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.309547  normal  0.44685 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1272  D-alanine--D-alanine ligase  41.98 
 
 		 368 aa  293  3e-78  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.390278  normal  1 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1427  D-alanyl-alanine synthetase A  42.31 
 
 		 373 aa  293  3e-78  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3506  D-alanine--D-alanine ligase  42.78 
 
 		 361 aa  293  3e-78  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.109153  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1271  D-alanyl-alanine synthetase A  42.02 
 
 		 353 aa  292  5e-78  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.537127  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1232  D-alanyl-alanine synthetase A  42.02 
 
 		 366 aa  292  5e-78  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.0514331  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2039  D-alanyl-alanine synthetase A  40.21 
 
 		 364 aa  292  6e-78  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.0000143922  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1929  D-alanyl-alanine synthetase A  44.38 
 
 		 371 aa  291  1e-77  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1909  D-alanyl-alanine synthetase A  44.38 
 
 		 371 aa  291  1e-77  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.667964  normal  0.68001 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1975  D-alanyl-alanine synthetase A  44.38 
 
 		 371 aa  291  1e-77  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.916646  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2763  D-alanyl-alanine synthetase A  43.84 
 
 		 351 aa  290  2e-77  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.118485  hitchhiker  0.00665374 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0337  D-alanine/D-alanine ligase  46.44 
 
 		 322 aa  290  2e-77  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1490  D-alanyl-alanine synthetase A  42.03 
 
 		 372 aa  289  4e-77  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5988  D-alanyl-alanine synthetase A  43.98 
 
 		 355 aa  289  4e-77  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2143  D-alanyl-alanine synthetase A  43.8 
 
 		 367 aa  288  1e-76  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.233091  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4219  D-alanyl-alanine synthetase A  42.86 
 
 		 367 aa  287  2e-76  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.899986  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_08980  D-alanine--D-alanine ligase  41.69 
 
 		 343 aa  285  5.999999999999999e-76  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1690  D-alanyl-alanine synthetase A  41.67 
 
 		 357 aa  284  2.0000000000000002e-75  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.820491  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_1233  D-ala D-ala ligase N-terminal domain protein  42.11 
 
 		 380 aa  283  3.0000000000000004e-75  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000148623 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2514  D-alanyl-alanine synthetase A  43.99 
 
 		 382 aa  283  3.0000000000000004e-75  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.94876  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2251  D-alanyl-alanine synthetase A  42.86 
 
 		 382 aa  282  6.000000000000001e-75  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000796375 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0272  D-alanine/D-alanine ligase  41.89 
 
 		 351 aa  281  1e-74  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.472493  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_2121  D-alanyl-alanine synthetase A  43.18 
 
 		 339 aa  280  2e-74  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2285  D-alanine/D-alanine ligase  42.36 
 
 		 377 aa  280  3e-74  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.249142  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0905  D-alanyl-alanine synthetase A  42.08 
 
 		 360 aa  279  4e-74  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1680  D-alanine/D-alanine ligase  42.27 
 
 		 389 aa  279  7e-74  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.344983  hitchhiker  0.00583012 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0922  D-alanyl-alanine synthetase A  43.59 
 
 		 382 aa  278  1e-73  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.160134 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_08790  D-alanine--D-alanine ligase  41.87 
 
 		 379 aa  278  1e-73  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.0347411  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_11160  D-alanine--D-alanine ligase  42.36 
 
 		 400 aa  277  2e-73  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.0940695  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1130  D-alanyl-alanine synthetase A  43.96 
 
 		 367 aa  276  4e-73  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.177002 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12996  D-alanyl-alanine synthetase A  43.82 
 
 		 373 aa  276  5e-73  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.00428062  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1199  D-alanyl-alanine synthetase A  42.66 
 
 		 349 aa  275  1.0000000000000001e-72  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8008  D-alanine--D-alanine ligase  41.11 
 
 		 369 aa  273  3e-72  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1162  D-alanine--D-alanine ligase  41.46 
 
 		 360 aa  273  4.0000000000000004e-72  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  unclonable  0.0000000524603 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3609  D-alanyl-alanine synthetase A  40.79 
 
 		 383 aa  273  4.0000000000000004e-72  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1112  D-alanyl-alanine synthetase A  39.85 
 
 		 395 aa  271  1e-71  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1662  D-alanyl-alanine synthetase A  40.68 
 
 		 363 aa  271  1e-71  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3291  D-alanine--D-alanine ligase  41.21 
 
 		 373 aa  271  1e-71  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.304475  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2375  D-alanyl-alanine synthetase A  42.03 
 
 		 347 aa  270  2.9999999999999997e-71  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.875604  normal  0.964847 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2792  D-alanine/D-alanine ligase  42.7 
 
 		 386 aa  270  2.9999999999999997e-71  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.349975  normal  0.237488 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_09160  D-alanyl-alanine synthetase A  41.24 
 
 		 365 aa  270  2.9999999999999997e-71  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.616014 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0661  D-alanine/D-alanine ligase  42.13 
 
 		 324 aa  270  4e-71  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.435945  normal  0.336706 
 
 
-
 
NC_002967  TDE2385  D-alanyl-alanine synthetase A  38.96 
 
 		 368 aa  269  5e-71  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>