More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sfum_0712 on replicon NC_008554
Organism: Syntrophobacter fumaroxidans MPOB



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008554  Sfum_0712  D-alanine--D-alanine ligase domain-containing protein  100 
 
 		 326 aa  658    Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.396337  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3042  D-alanine--D-alanine ligase  56.92 
 
 		 349 aa  392  1e-108  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1775  D-alanine--D-alanine ligase domain protein  51.86 
 
 		 331 aa  327  1.0000000000000001e-88  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.286204  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0629  D-ala D-ala ligase  39.7 
 
 		 338 aa  239  5.999999999999999e-62  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_570  D-alanine--D-alanine ligase  39.39 
 
 		 338 aa  233  3e-60  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0602  D-alanine--D-alanine ligase  36.97 
 
 		 338 aa  218  1e-55  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1506  D-alanine--D-alanine ligase  38.27 
 
 		 728 aa  210  3e-53  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.736453  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1410  D-alanine--D-alanine ligase  39.14 
 
 		 728 aa  210  3e-53  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.801372  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2449  D-alanine--D-alanine ligase  39.14 
 
 		 727 aa  208  1e-52  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1418  D-alanine--D-alanine ligase  38.77 
 
 		 731 aa  206  6e-52  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1644  D-alanine--D-alanine ligase domain-containing protein  35.08 
 
 		 347 aa  194  2e-48  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0135  D-alanine--D-alanine ligase  34.44 
 
 		 336 aa  171  2e-41  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.71803  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2749  D-alanine--D-alanine ligase  30.72 
 
 		 338 aa  147  2.0000000000000003e-34  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0081  D-alanine--D-alanine ligase  31.77 
 
 		 310 aa  140  3e-32  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.201322  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0358  methyltransferase type 11  30.03 
 
 		 637 aa  126  4.0000000000000003e-28  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000290663  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1008  D-alanine--D-alanine ligase  30.15 
 
 		 743 aa  122  7e-27  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0655  D-alanine--D-alanine ligase  28.94 
 
 		 663 aa  115  1.0000000000000001e-24  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.24382  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3087  D-alanine--D-alanine ligase  30.65 
 
 		 331 aa  110  4.0000000000000004e-23  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.807087  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2722  D-alanine--D-alanine ligase  30.24 
 
 		 331 aa  108  1e-22  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1784  D-alanine--D-alanine ligase  27.76 
 
 		 325 aa  102  6e-21  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.0240622  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2612  D-alanine--D-alanine ligase  28.68 
 
 		 317 aa  102  7e-21  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.000431315  unclonable  0.00000000000418412 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1551  D-alanine--D-alanine ligase  27.82 
 
 		 344 aa  102  8e-21  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.0372534 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1472  D-alanine--D-alanine ligase  32.14 
 
 		 326 aa  101  2e-20  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.269509  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0585  D-alanine--D-alanine ligase  26.76 
 
 		 313 aa  100  3e-20  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.034882  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2842  D-alanine--D-alanine ligase  28.63 
 
 		 331 aa  100  4e-20  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0604  D-alanine--D-alanine ligase  31.42 
 
 		 320 aa  99.8  6e-20  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2858  D-alanine--D-alanine ligase  29.32 
 
 		 316 aa  99.4  8e-20  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.0000136858  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2978  D-alanine--D-alanine ligase  30.68 
 
 		 332 aa  99.4  8e-20  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  hitchhiker  0.00577366  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0122  D-alanine--D-alanine ligase  30.2 
 
 		 310 aa  98.6  1e-19  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  decreased coverage  0.000652321  normal  0.029871 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3423  D-alanine--D-alanine ligase  28.92 
 
 		 346 aa  98.6  1e-19  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.206359  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2977  D-alanine--D-alanine ligase  27.53 
 
 		 327 aa  98.2  2e-19  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3668  D-alanine--D-alanine ligase  30.4 
 
 		 332 aa  98.2  2e-19  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.497942  normal  1 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0689  D-alanyl-alanine synthetase A  28.97 
 
 		 303 aa  97.4  3e-19  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  unclonable  0.00000234965  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1204  D-alanine--D-alanine ligase  30.3 
 
 		 301 aa  97.4  3e-19  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0823  D-alanine--D-alanine ligase  31.2 
 
 		 334 aa  97.4  3e-19  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.595745 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2406  D-alanine--D-alanine ligase  29.92 
 
 		 301 aa  96.7  5e-19  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.392221 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0183  D-alanine--D-alanine ligase  27.24 
 
 		 337 aa  96.3  6e-19  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  hitchhiker  0.0000736036  normal  0.566039 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0665  D-alanyl-alanine synthetase A  28.62 
 
 		 303 aa  95.9  9e-19  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000619225  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1077  D-alanine--D-alanine ligase  29.96 
 
 		 338 aa  95.9  9e-19  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0742794  normal  0.822876 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1108  D-alanine--D-alanine ligase  29 
 
 		 308 aa  95.1  1e-18  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0203  D-alanine--D-alanine ligase  29.06 
 
 		 308 aa  94.7  2e-18  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.43186  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0921  D-alanine--D-alanine ligase  28.97 
 
 		 323 aa  94.4  2e-18  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.26052  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0382  D-alanine/D-alanine ligase  29.06 
 
 		 308 aa  94.7  2e-18  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.0398495  normal  0.161369 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4982  D-alanine--D-alanine ligase  29.67 
 
 		 319 aa  93.2  6e-18  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.380222  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2148  D-alanine--D-alanine ligase  26.14 
 
 		 314 aa  92.8  7e-18  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.628633  normal  0.0222251 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0169  D-alanine--D-alanine ligase  27.27 
 
 		 337 aa  92.8  8e-18  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  hitchhiker  0.0022958  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4160  D-alanine/D-alanine ligase  28.62 
 
 		 333 aa  91.7  1e-17  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.190227  normal  0.261244 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0420  D-alanine/D-alanine ligase  25.26 
 
 		 299 aa  91.3  2e-17  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.0000379989  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0772  D-alanine--D-alanine ligase  27.16 
 
 		 309 aa  91.3  2e-17  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.170719  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2491  D-alanine--D-alanine ligase  27.94 
 
 		 306 aa  91.7  2e-17  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3455  D-alanine/D-alanine ligase  29.57 
 
 		 336 aa  91.3  2e-17  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0409597  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_2046  D-alanine--D-alanine ligase  29.82 
 
 		 320 aa  90.9  2e-17  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  hitchhiker  0.0000802497  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4572  D-alanine--D-alanine ligase  29.37 
 
 		 331 aa  90.5  3e-17  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0596533  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2074  D-alanine--D-alanine ligase  29.08 
 
 		 304 aa  90.5  3e-17  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.1873 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1360  D-alanine/D-alanine ligase  29.47 
 
 		 319 aa  90.5  4e-17  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_57320  D-alanine--D-alanine ligase  28.94 
 
 		 319 aa  90.5  4e-17  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1967  D-alanine--D-alanine ligase  29.82 
 
 		 320 aa  90.1  5e-17  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  hitchhiker  0.000254256  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2424  D-alanine--D-alanine ligase  29.55 
 
 		 308 aa  89.7  5e-17  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.060178  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2589  D-alanine--D-alanine ligase  28.81 
 
 		 308 aa  89.7  6e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1662  D-alanyl-alanine synthetase A  28 
 
 		 363 aa  89.7  6e-17  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3126  D-alanine--D-alanine ligase  26.32 
 
 		 327 aa  89.4  7e-17  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0085  D-alanine--D-alanine ligase  28.57 
 
 		 306 aa  89.4  8e-17  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.34447  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0097  D-alanine--D-alanine ligase  28.74 
 
 		 306 aa  89.4  8e-17  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00164222  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3508  D-alanine/D-alanine ligase  28.57 
 
 		 306 aa  89  1e-16  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00134071  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0947  D-alanine--D-alanine ligase  29.84 
 
 		 302 aa  89  1e-16  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0325942  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0100  D-alanine--D-alanine ligase  28.57 
 
 		 306 aa  89  1e-16  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0814155  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3565  D-alanine--D-alanine ligase  28.57 
 
 		 306 aa  89  1e-16  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.00231129  hitchhiker  0.00551648 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0098  D-alanine--D-alanine ligase  28.57 
 
 		 306 aa  89  1e-16  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000000699622  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2450  D-alanine--D-alanine ligase  30.42 
 
 		 325 aa  89  1e-16  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0817571  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3415  D-alanine--D-alanine ligase  28.06 
 
 		 325 aa  88.6  1e-16  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0675936  normal  0.934291 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4385  D-alanine--D-alanine ligase  27.5 
 
 		 318 aa  87.8  2e-16  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0215233  normal  0.165436 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0094  D-alanine--D-alanine ligase  28.35 
 
 		 306 aa  88.2  2e-16  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000101829  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2077  D-alanine--D-alanine ligase  28.85 
 
 		 308 aa  88.2  2e-16  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.335568  hitchhiker  0.00112188 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2004  D-alanine--D-alanine ligase  27.53 
 
 		 308 aa  88.2  2e-16  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0924  D-alanine--D-alanine ligase  26.87 
 
 		 313 aa  87.4  3e-16  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.783773  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00093  D-alanylalanine synthetase  28.17 
 
 		 306 aa  86.7  4e-16  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.149308  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00092  hypothetical protein  28.17 
 
 		 306 aa  86.7  4e-16  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.144888  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04365  D-alanine--D-alanine ligase  27.15 
 
 		 318 aa  87  4e-16  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.628824  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0946  D-alanine--D-alanine ligase  27.5 
 
 		 318 aa  87  4e-16  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.427679  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4182  D-alanine--D-alanine ligase  28.25 
 
 		 363 aa  86.7  5e-16  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.512251  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4671  D-alanine--D-alanine ligase  25.85 
 
 		 324 aa  86.7  5e-16  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0129578  normal  0.448814 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1339  D-alanine--D-alanine ligase  27.5 
 
 		 318 aa  86.7  6e-16  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.266833  normal  0.0340242 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3919  D-alanyl-alanine synthetase A  29.37 
 
 		 363 aa  86.3  6e-16  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.27971  normal  0.219568 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0667  D-alanine/D-alanine ligase  28.03 
 
 		 313 aa  86.7  6e-16  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.621467  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0524  D-alanine--D-alanine ligase  29.51 
 
 		 329 aa  86.3  7e-16  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.860729 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4510  D-alanine--D-alanine ligase  27.5 
 
 		 318 aa  85.9  8e-16  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.926971  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0850  D-alanine--D-alanine ligase  28.98 
 
 		 314 aa  85.5  0.000000000000001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.868675  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2266  D-alanine--D-alanine ligase  30.36 
 
 		 302 aa  85.5  0.000000000000001  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.297566  hitchhiker  0.00504643 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0695  D-alanine--D-alanine ligase  28.82 
 
 		 307 aa  85.5  0.000000000000001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.686209  normal  0.293576 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0464  D-alanine--D-alanine ligase  29.64 
 
 		 319 aa  85.5  0.000000000000001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.132669 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3971  D-alanine--D-alanine ligase  28.04 
 
 		 310 aa  85.1  0.000000000000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2222  hypothetical protein  26.77 
 
 		 354 aa  85.1  0.000000000000002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0816  D-alanine--D-alanine ligase  26.95 
 
 		 302 aa  85.1  0.000000000000002  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0638  D-alanine--D-alanine ligase  28.24 
 
 		 306 aa  84.3  0.000000000000002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.00195193  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0147  D-alanine--D-alanine ligase  28.74 
 
 		 306 aa  84.3  0.000000000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.000287396  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7439  D-alanine--D-alanine ligase  29.51 
 
 		 307 aa  84.3  0.000000000000003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0178341  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0142  D-alanine--D-alanine ligase  28.74 
 
 		 306 aa  84.3  0.000000000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.0090881  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0142  D-alanine--D-alanine ligase  28.74 
 
 		 306 aa  84  0.000000000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.696174  hitchhiker  0.00000371528 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0146  D-alanine--D-alanine ligase  28.74 
 
 		 306 aa  84  0.000000000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.302602  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1155  D-alanine--D-alanine ligase  26.58 
 
 		 309 aa  84  0.000000000000003  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.112058  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>