More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Noc_2222 on replicon NC_007484
Organism: Nitrosococcus oceani ATCC 19707



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007484  Noc_2222  hypothetical protein  100 
 
 
354 aa  728    Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1724  hypothetical protein  49.1 
 
 
343 aa  316  3e-85  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.92014  normal  0.965208 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0358  methyltransferase type 11  45.22 
 
 
637 aa  296  3e-79  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000290663  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1501  hypothetical protein  44.25 
 
 
348 aa  280  2e-74  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0655  D-alanine--D-alanine ligase  45.37 
 
 
663 aa  280  3e-74  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.24382  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1506  D-alanine--D-alanine ligase  32.8 
 
 
728 aa  134  1.9999999999999998e-30  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.736453  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1410  D-alanine--D-alanine ligase  32.8 
 
 
728 aa  134  1.9999999999999998e-30  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.801372  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1418  D-alanine--D-alanine ligase  33.76 
 
 
731 aa  132  1.0000000000000001e-29  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1551  D-alanine--D-alanine ligase  29.49 
 
 
344 aa  128  2.0000000000000002e-28  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.0372534 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2449  D-alanine--D-alanine ligase  32.15 
 
 
727 aa  127  3e-28  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0081  D-alanine--D-alanine ligase  28.62 
 
 
310 aa  117  3e-25  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.201322  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1008  D-alanine--D-alanine ligase  27.9 
 
 
743 aa  112  1.0000000000000001e-23  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2162  D-alanine--D-alanine ligase domain-containing protein  28.57 
 
 
339 aa  110  4.0000000000000004e-23  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.856856  normal  0.227534 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2749  D-alanine--D-alanine ligase  31.14 
 
 
338 aa  109  8.000000000000001e-23  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1644  D-alanine--D-alanine ligase domain-containing protein  26.18 
 
 
347 aa  107  2e-22  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0135  D-alanine--D-alanine ligase  28.47 
 
 
336 aa  107  4e-22  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.71803  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1775  D-alanine--D-alanine ligase domain protein  31.79 
 
 
331 aa  102  9e-21  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.286204  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_570  D-alanine--D-alanine ligase  29.34 
 
 
338 aa  102  1e-20  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0629  D-ala D-ala ligase  28.53 
 
 
338 aa  100  5e-20  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0602  D-alanine--D-alanine ligase  29.19 
 
 
338 aa  97.8  2e-19  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3042  D-alanine--D-alanine ligase  27.6 
 
 
349 aa  89  1e-16  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1774  protein of unknown function DUF201  25.6 
 
 
340 aa  86.3  7e-16  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.119478  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0712  D-alanine--D-alanine ligase domain-containing protein  26.77 
 
 
326 aa  85.1  0.000000000000002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.396337  normal 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2390  D-alanine--D-alanine ligase  26.64 
 
 
304 aa  82.4  0.00000000000001  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.593473  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2356  D-alanine--D-alanine ligase  26.64 
 
 
304 aa  82  0.00000000000001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2188  D-alanine--D-alanine ligase  27.5 
 
 
314 aa  82.4  0.00000000000001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.441149  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1784  D-alanine--D-alanine ligase  25.19 
 
 
325 aa  82  0.00000000000001  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.0240622  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0360  D-alanine--D-alanine ligase  26.64 
 
 
308 aa  82.4  0.00000000000001  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2666  D-alanine--D-alanine ligase  26.17 
 
 
304 aa  82  0.00000000000002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.555621  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2628  D-alanine--D-alanine ligase  26.17 
 
 
304 aa  82  0.00000000000002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.292335  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2435  D-alanine--D-alanine ligase  26.51 
 
 
304 aa  82  0.00000000000002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.470821  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2610  D-alanine--D-alanine ligase  26.51 
 
 
304 aa  82  0.00000000000002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.5132  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4691  D-alanine--D-alanine ligase  27.78 
 
 
323 aa  81.6  0.00000000000002  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2612  D-alanine--D-alanine ligase  27.45 
 
 
317 aa  80.5  0.00000000000004  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.000431315  unclonable  0.00000000000418412 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2627  D-alanine--D-alanine ligase  26.17 
 
 
304 aa  80.1  0.00000000000006  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000105454 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0325  D-alanine--D-alanine ligase  26.37 
 
 
306 aa  79.7  0.00000000000007  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0370314  normal  0.477403 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0494  D-alanine--D-alanine ligase  28.37 
 
 
305 aa  79.7  0.00000000000007  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.922593  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3423  D-alanine--D-alanine ligase  24.91 
 
 
346 aa  78.6  0.0000000000002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.206359  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3126  D-alanine--D-alanine ligase  27.13 
 
 
327 aa  78.6  0.0000000000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0511  D-alanine/D-alanine ligase  28.72 
 
 
305 aa  78.2  0.0000000000002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3660  D-alanine--D-alanine ligase  26.59 
 
 
322 aa  78.6  0.0000000000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.345164 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2524  D-alanine--D-alanine ligase  26.64 
 
 
311 aa  77.8  0.0000000000002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0109792  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2582  D-alanine--D-alanine ligase  25.99 
 
 
304 aa  77.8  0.0000000000003  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1204  D-alanine--D-alanine ligase  24.57 
 
 
301 aa  77.8  0.0000000000003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2406  D-alanine--D-alanine ligase  24.83 
 
 
301 aa  77  0.0000000000004  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.392221 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0713  D-alanine--D-alanine ligase domain-containing protein  26.98 
 
 
357 aa  77  0.0000000000005  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.323281  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1077  D-alanine--D-alanine ligase  25.18 
 
 
338 aa  76.6  0.0000000000006  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0742794  normal  0.822876 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2077  D-alanine--D-alanine ligase  24.5 
 
 
308 aa  76.3  0.0000000000008  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.335568  hitchhiker  0.00112188 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1891  GCN5-related N-acetyltransferase  23.5 
 
 
527 aa  76.3  0.0000000000009  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG0767  D-alanyl-alanine synthetase A  26.24 
 
 
348 aa  75.9  0.000000000001  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2589  D-alanine--D-alanine ligase  24.76 
 
 
308 aa  75.5  0.000000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3590  D-alanine--D-alanine ligase  25.94 
 
 
306 aa  75.5  0.000000000001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.224564  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_6426  D-alanine/D-alanine ligase  24.83 
 
 
317 aa  74.7  0.000000000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2741  D-alanine--D-alanine ligase  25 
 
 
304 aa  74.3  0.000000000003  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.199895  hitchhiker  0.00000666317 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_2153  D-alanine--D-alanine ligase  24.27 
 
 
333 aa  73.9  0.000000000004  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2848  D-alanine--D-alanine ligase  24.45 
 
 
308 aa  73.2  0.000000000006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.67822  normal  0.0145718 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2978  D-alanine--D-alanine ligase  23.02 
 
 
332 aa  72.8  0.000000000008  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  hitchhiker  0.00577366  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2722  D-alanine--D-alanine ligase  25.59 
 
 
331 aa  72.8  0.000000000009  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3668  D-alanine--D-alanine ligase  23.02 
 
 
332 aa  72.8  0.000000000009  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.497942  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2199  D-alanine--D-alanine ligase  28.19 
 
 
305 aa  72.4  0.00000000001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.171774  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3087  D-alanine--D-alanine ligase  24.35 
 
 
331 aa  72.4  0.00000000001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.807087  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3066  D-alanine--D-alanine ligase  25.09 
 
 
316 aa  71.2  0.00000000002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2977  D-alanine--D-alanine ligase  25.9 
 
 
327 aa  71.6  0.00000000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3492  D-alanine--D-alanine ligase  23.45 
 
 
307 aa  72  0.00000000002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0136  D-alanine/D-alanine ligase  26.88 
 
 
302 aa  70.9  0.00000000003  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.444809  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0183  D-alanine--D-alanine ligase  26.15 
 
 
337 aa  70.9  0.00000000003  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  hitchhiker  0.0000736036  normal  0.566039 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_7137  D-alanine--D-lactate ligase  26.45 
 
 
348 aa  70.1  0.00000000005  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.137191  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1472  D-alanine--D-alanine ligase  24.68 
 
 
326 aa  70.1  0.00000000005  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.269509  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_5406  D-alanine--D-alanine ligase  25.23 
 
 
315 aa  70.1  0.00000000006  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0823  D-alanine--D-alanine ligase  26.12 
 
 
334 aa  69.7  0.00000000007  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.595745 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2496  phosphoribosylglycinamide synthetase  28.16 
 
 
344 aa  69.3  0.0000000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0524  D-alanine--D-alanine ligase  24.71 
 
 
329 aa  68.6  0.0000000001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.860729 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7439  D-alanine--D-alanine ligase  23.45 
 
 
307 aa  68.9  0.0000000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0178341  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_9380  D-alanine--D-alanine ligase  25.33 
 
 
318 aa  69.3  0.0000000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2842  D-alanine--D-alanine ligase  25 
 
 
331 aa  68.2  0.0000000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1414  D-alanine/D-alanine ligase  25.6 
 
 
346 aa  68.2  0.0000000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3455  D-alanine/D-alanine ligase  28.46 
 
 
336 aa  68.6  0.0000000002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0409597  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0169  D-alanine--D-alanine ligase  25.3 
 
 
337 aa  68.6  0.0000000002  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  hitchhiker  0.0022958  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2088  D-alanine--D-alanine ligase  23.86 
 
 
304 aa  67.4  0.0000000003  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1643  D-alanine--D-alanine ligase  26.09 
 
 
298 aa  67.4  0.0000000003  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0142  D-alanine--D-alanine ligase  25.19 
 
 
306 aa  67.4  0.0000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.0090881  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3415  D-alanine--D-alanine ligase  24.54 
 
 
325 aa  67.4  0.0000000004  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0675936  normal  0.934291 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0452  D-alanine/D-alanine ligase  23.69 
 
 
324 aa  67  0.0000000005  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0742321  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0085  D-alanine--D-alanine ligase  24.81 
 
 
306 aa  66.6  0.0000000006  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.34447  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0689  D-alanyl-alanine synthetase A  26.71 
 
 
303 aa  66.6  0.0000000006  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  unclonable  0.00000234965  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3301  D-alanine--D-alanine ligase  25.58 
 
 
308 aa  66.6  0.0000000006  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2004  D-alanine--D-alanine ligase  23.58 
 
 
308 aa  66.6  0.0000000006  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0665  D-alanyl-alanine synthetase A  26.62 
 
 
303 aa  66.6  0.0000000006  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000619225  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1140  D-alanine--D-alanine ligase  23.56 
 
 
309 aa  66.2  0.0000000008  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.000909084  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0097  D-alanine--D-alanine ligase  26.69 
 
 
306 aa  66.2  0.0000000008  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00164222  normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2971  D-alanine--D-alanine ligase  28.5 
 
 
361 aa  66.2  0.0000000008  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal  0.157266 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1796  D-alanine--D-alanine ligase  24.22 
 
 
312 aa  65.9  0.000000001  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0464  D-alanine--D-alanine ligase  26.1 
 
 
319 aa  65.9  0.000000001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.132669 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0146  D-alanine--D-alanine ligase  24.81 
 
 
306 aa  65.5  0.000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.302602  normal 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0382  D-alanine/D-alanine ligase  25.94 
 
 
308 aa  65.9  0.000000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.0398495  normal  0.161369 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0142  D-alanine--D-alanine ligase  24.81 
 
 
306 aa  65.5  0.000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.696174  hitchhiker  0.00000371528 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4572  D-alanine--D-alanine ligase  25.65 
 
 
331 aa  65.9  0.000000001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0596533  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0203  D-alanine--D-alanine ligase  25.94 
 
 
308 aa  65.9  0.000000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.43186  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4917  D-alanine/D-alanine ligase  26.45 
 
 
309 aa  65.5  0.000000001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.912808  normal  0.0828736 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0147  D-alanine--D-alanine ligase  24.81 
 
 
306 aa  65.5  0.000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.000287396  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>