More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene DhcVS_570 on replicon NC_013552
Organism: Dehalococcoides sp. VS



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002936  DET0629  D-ala D-ala ligase  90.21 
 
 		 338 aa  634    Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_570  D-alanine--D-alanine ligase  100 
 
 		 338 aa  692    Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0602  D-alanine--D-alanine ligase  87.24 
 
 		 338 aa  621  1e-177  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1506  D-alanine--D-alanine ligase  40.37 
 
 		 728 aa  241  2e-62  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.736453  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1410  D-alanine--D-alanine ligase  40.37 
 
 		 728 aa  241  2e-62  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.801372  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2449  D-alanine--D-alanine ligase  40.37 
 
 		 727 aa  240  2.9999999999999997e-62  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1775  D-alanine--D-alanine ligase domain protein  40.18 
 
 		 331 aa  233  3e-60  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.286204  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0712  D-alanine--D-alanine ligase domain-containing protein  39.39 
 
 		 326 aa  233  3e-60  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.396337  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1418  D-alanine--D-alanine ligase  39.14 
 
 		 731 aa  231  1e-59  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1644  D-alanine--D-alanine ligase domain-containing protein  35.54 
 
 		 347 aa  228  1e-58  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3042  D-alanine--D-alanine ligase  37.27 
 
 		 349 aa  217  2.9999999999999998e-55  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0135  D-alanine--D-alanine ligase  36.94 
 
 		 336 aa  208  1e-52  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.71803  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0081  D-alanine--D-alanine ligase  35.95 
 
 		 310 aa  166  4e-40  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.201322  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0358  methyltransferase type 11  33.83 
 
 		 637 aa  160  3e-38  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000290663  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0655  D-alanine--D-alanine ligase  32.94 
 
 		 663 aa  154  2.9999999999999998e-36  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.24382  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2749  D-alanine--D-alanine ligase  29.41 
 
 		 338 aa  142  7e-33  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1588  D-alanyl-alanine synthetase A  35.64 
 
 		 316 aa  137  3.0000000000000003e-31  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.0000341303  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1784  D-alanine--D-alanine ligase  31.72 
 
 		 325 aa  136  6.0000000000000005e-31  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.0240622  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0494  D-alanine--D-alanine ligase  32.21 
 
 		 305 aa  134  1.9999999999999998e-30  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.922593  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1796  D-alanine--D-alanine ligase  32.34 
 
 		 312 aa  130  3e-29  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2148  D-alanine--D-alanine ligase  29.45 
 
 		 314 aa  130  3e-29  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.628633  normal  0.0222251 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0511  D-alanine/D-alanine ligase  32.78 
 
 		 305 aa  129  6e-29  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1551  D-alanine--D-alanine ligase  29.03 
 
 		 344 aa  129  1.0000000000000001e-28  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.0372534 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1938  D-alanyl-alanine synthetase A  30.69 
 
 		 376 aa  129  1.0000000000000001e-28  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00320777  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0661  D-alanine/D-alanine ligase  33.44 
 
 		 311 aa  127  3e-28  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1108  D-alanine--D-alanine ligase  31.79 
 
 		 308 aa  127  3e-28  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1008  D-alanine--D-alanine ligase  28.7 
 
 		 743 aa  126  7e-28  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1155  D-alanine--D-alanine ligase  32.07 
 
 		 309 aa  125  1e-27  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.112058  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0667  D-alanine/D-alanine ligase  31.53 
 
 		 313 aa  124  3e-27  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.621467  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0203  D-alanyl-alanine synthetase A  29.14 
 
 		 364 aa  124  3e-27  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0122  D-alanine--D-alanine ligase  34.87 
 
 		 310 aa  122  7e-27  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  decreased coverage  0.000652321  normal  0.029871 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3887  D-alanine--D-alanine ligase  29.14 
 
 		 308 aa  122  9.999999999999999e-27  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0809283  normal  0.435651 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0420  D-alanine/D-alanine ligase  31.33 
 
 		 299 aa  122  9.999999999999999e-27  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.0000379989  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3971  D-alanine--D-alanine ligase  29.59 
 
 		 310 aa  122  9.999999999999999e-27  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2627  D-alanine--D-alanine ligase  32.21 
 
 		 304 aa  120  1.9999999999999998e-26  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000105454 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5793  D-alanine--D-lactate ligase  33.46 
 
 		 346 aa  121  1.9999999999999998e-26  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0328939  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS2435  D-alanine--D-alanine ligase  32.21 
 
 		 304 aa  120  3e-26  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.470821  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2610  D-alanine--D-alanine ligase  32.21 
 
 		 304 aa  120  3e-26  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.5132  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1414  D-alanine/D-alanine ligase  31.85 
 
 		 346 aa  120  3e-26  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0173  D-alanyl-alanine synthetase A  32.1 
 
 		 364 aa  120  3e-26  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0610  D-alanyl-alanine synthetase A  30.69 
 
 		 359 aa  120  3.9999999999999996e-26  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2628  D-alanine--D-alanine ligase  31.46 
 
 		 304 aa  119  6e-26  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.292335  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0137  D-alanine/D-alanine ligase  30.42 
 
 		 288 aa  119  6e-26  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.000000588497  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2390  D-alanine--D-alanine ligase  31.84 
 
 		 304 aa  119  6e-26  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.593473  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2666  D-alanine--D-alanine ligase  31.46 
 
 		 304 aa  119  6e-26  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.555621  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2582  D-alanine--D-alanine ligase  31.84 
 
 		 304 aa  119  6e-26  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0816  D-alanine--D-alanine ligase  30.61 
 
 		 302 aa  119  7e-26  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3914  D-alanine--D-alanine ligase  29.24 
 
 		 308 aa  119  9.999999999999999e-26  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.536039  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2356  D-alanine--D-alanine ligase  31.84 
 
 		 304 aa  119  9.999999999999999e-26  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2741  D-alanine--D-alanine ligase  31.84 
 
 		 304 aa  119  9.999999999999999e-26  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.199895  hitchhiker  0.00000666317 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3830  D-alanine--D-alanine ligase  29.24 
 
 		 308 aa  119  9.999999999999999e-26  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1074  D-alanine/D-alanine ligase  31.33 
 
 		 302 aa  118  1.9999999999999998e-25  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.254672  normal  0.307992 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0850  D-alanine--D-alanine ligase  31.29 
 
 		 314 aa  117  1.9999999999999998e-25  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.868675  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1878  D-alanine--D-alanine ligase  30.43 
 
 		 308 aa  118  1.9999999999999998e-25  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.063714 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04365  D-alanine--D-alanine ligase  31.86 
 
 		 318 aa  117  1.9999999999999998e-25  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.628824  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0264  D-alanyl-alanine synthetase A  34.69 
 
 		 377 aa  117  1.9999999999999998e-25  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1240  D-alanine--D-alanine ligase  30.98 
 
 		 306 aa  117  3e-25  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1084  D-alanyl-alanine synthetase A  28.11 
 
 		 367 aa  117  3e-25  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2266  D-alanine--D-alanine ligase  33.99 
 
 		 302 aa  117  3e-25  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.297566  hitchhiker  0.00504643 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1522  D-alanine--D-alanine ligase  30.08 
 
 		 301 aa  117  3e-25  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0539481  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1312  D-alanine--D-alanine ligase  30.89 
 
 		 301 aa  117  3e-25  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.0281442  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0232  D-alanyl-alanine synthetase A  28 
 
 		 362 aa  117  3.9999999999999997e-25  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1140  D-alanine--D-alanine ligase  29.21 
 
 		 309 aa  117  3.9999999999999997e-25  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.000909084  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4917  D-alanine/D-alanine ligase  29.58 
 
 		 309 aa  116  3.9999999999999997e-25  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.912808  normal  0.0828736 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6870  D-alanine--D-alanine ligase  33.33 
 
 		 342 aa  116  5e-25  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2491  D-alanine--D-alanine ligase  33.73 
 
 		 306 aa  116  5e-25  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0823  D-alanine--D-alanine ligase  30.98 
 
 		 334 aa  116  6e-25  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.595745 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1162  D-alanine--D-alanine ligase  30.08 
 
 		 360 aa  116  6.9999999999999995e-25  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  unclonable  0.0000000524603 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4182  D-alanine--D-alanine ligase  33.21 
 
 		 363 aa  115  7.999999999999999e-25  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.512251  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0360  D-alanine--D-alanine ligase  30.74 
 
 		 308 aa  115  7.999999999999999e-25  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2199  D-alanine--D-alanine ligase  29.93 
 
 		 305 aa  115  8.999999999999998e-25  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.171774  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3774  D-alanine--D-alanine ligase  28.9 
 
 		 308 aa  115  1.0000000000000001e-24  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3126  D-alanine--D-alanine ligase  28.81 
 
 		 327 aa  115  1.0000000000000001e-24  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1472  D-alanine--D-alanine ligase  32.41 
 
 		 326 aa  115  1.0000000000000001e-24  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.269509  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3066  D-alanine--D-alanine ligase  28.23 
 
 		 316 aa  114  2.0000000000000002e-24  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2977  D-alanine--D-alanine ligase  30.56 
 
 		 327 aa  114  2.0000000000000002e-24  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0772  D-alanine--D-alanine ligase  30.1 
 
 		 309 aa  114  2.0000000000000002e-24  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.170719  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0283  D-alanyl-alanine synthetase A  31.14 
 
 		 376 aa  114  3e-24  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.0108652  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3919  D-alanyl-alanine synthetase A  32.96 
 
 		 363 aa  114  3e-24  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.27971  normal  0.219568 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3423  D-alanine--D-alanine ligase  29.82 
 
 		 346 aa  114  3e-24  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.206359  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_3114  D-alanine/D-alanine ligase  30.77 
 
 		 307 aa  114  3e-24  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.188134  hitchhiker  0.0000000168198 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1272  D-alanine--D-alanine ligase  30.37 
 
 		 368 aa  114  3e-24  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.390278  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2665  D-alanyl-alanine synthetase A  29.34 
 
 		 364 aa  113  4.0000000000000004e-24  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2535  D-alanyl-alanine synthetase A  29.34 
 
 		 364 aa  113  4.0000000000000004e-24  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2524  D-alanine--D-alanine ligase  31.46 
 
 		 311 aa  113  4.0000000000000004e-24  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0109792  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2039  D-alanyl-alanine synthetase A  30.15 
 
 		 364 aa  114  4.0000000000000004e-24  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.0000143922  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1077  D-alanine--D-alanine ligase  31.56 
 
 		 338 aa  113  4.0000000000000004e-24  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0742794  normal  0.822876 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1367  D-alanine--D-alanine ligase  30.88 
 
 		 367 aa  113  4.0000000000000004e-24  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2329  D-alanine--D-alanine ligase  29.14 
 
 		 318 aa  113  4.0000000000000004e-24  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.304126  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00328  D-alanylalanine synthetase  29.86 
 
 		 364 aa  113  5e-24  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3227  D-alanine/D-alanine ligase  29.86 
 
 		 364 aa  113  5e-24  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0453  D-alanyl-alanine synthetase A  29.86 
 
 		 364 aa  113  5e-24  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0447  D-alanyl-alanine synthetase A  29.86 
 
 		 364 aa  113  5e-24  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3251  D-alanyl-alanine synthetase A  29.86 
 
 		 364 aa  113  5e-24  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.10036 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3455  D-alanine/D-alanine ligase  29.17 
 
 		 336 aa  113  5e-24  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0409597  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0406  D-alanyl-alanine synthetase A  29.86 
 
 		 364 aa  113  5e-24  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0410  D-alanyl-alanine synthetase A  29.86 
 
 		 364 aa  113  5e-24  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1480  D-alanyl-alanine synthetase A  29.5 
 
 		 360 aa  113  5e-24  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  0.351068 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3668  D-alanine--D-alanine ligase  29.92 
 
 		 332 aa  113  5e-24  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.497942  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3943  D-alanine--D-alanine ligase  30.87 
 
 		 312 aa  113  5e-24  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>