More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Nmar_1008 on replicon NC_010085
Organism: Nitrosopumilus maritimus SCM1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010085  Nmar_1008  D-alanine--D-alanine ligase  100 
 
 		 743 aa  1540    Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1418  D-alanine--D-alanine ligase  34.64 
 
 		 731 aa  184  5.0000000000000004e-45  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1410  D-alanine--D-alanine ligase  34.64 
 
 		 728 aa  174  5.999999999999999e-42  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.801372  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1506  D-alanine--D-alanine ligase  34.34 
 
 		 728 aa  173  1e-41  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.736453  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2449  D-alanine--D-alanine ligase  34.04 
 
 		 727 aa  171  4e-41  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1644  D-alanine--D-alanine ligase domain-containing protein  32.14 
 
 		 347 aa  156  1e-36  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0081  D-alanine--D-alanine ligase  37.14 
 
 		 310 aa  146  1e-33  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.201322  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2749  D-alanine--D-alanine ligase  31.97 
 
 		 338 aa  141  3e-32  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0358  methyltransferase type 11  34.59 
 
 		 637 aa  136  1.9999999999999998e-30  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000290663  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0629  D-ala D-ala ligase  29.07 
 
 		 338 aa  130  9.000000000000001e-29  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1551  D-alanine--D-alanine ligase  30.62 
 
 		 344 aa  130  1.0000000000000001e-28  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.0372534 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0135  D-alanine--D-alanine ligase  28.4 
 
 		 336 aa  127  8.000000000000001e-28  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.71803  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1775  D-alanine--D-alanine ligase domain protein  30.69 
 
 		 331 aa  127  8.000000000000001e-28  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.286204  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0638  D-alanine--D-alanine ligase  30.65 
 
 		 306 aa  125  2e-27  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.00195193  normal  1 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_570  D-alanine--D-alanine ligase  28.7 
 
 		 338 aa  126  2e-27  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6870  D-alanine--D-alanine ligase  28.4 
 
 		 342 aa  125  4e-27  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0420  D-alanine/D-alanine ligase  30.59 
 
 		 299 aa  124  5e-27  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.0000379989  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1426  D-alanine--D-alanine ligase  30.15 
 
 		 313 aa  124  7e-27  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0585  D-alanine--D-alanine ligase  28.2 
 
 		 313 aa  123  9.999999999999999e-27  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.034882  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1155  D-alanine--D-alanine ligase  30.22 
 
 		 309 aa  123  9.999999999999999e-27  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.112058  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0655  D-alanine--D-alanine ligase  31.51 
 
 		 663 aa  123  1.9999999999999998e-26  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.24382  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0712  D-alanine--D-alanine ligase domain-containing protein  30.15 
 
 		 326 aa  122  1.9999999999999998e-26  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.396337  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0921  D-alanine--D-alanine ligase  29.37 
 
 		 323 aa  121  3.9999999999999996e-26  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.26052  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3455  D-alanine/D-alanine ligase  25.96 
 
 		 336 aa  121  3.9999999999999996e-26  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0409597  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_13270  D-alanine--D-alanine ligase  30.84 
 
 		 315 aa  121  4.9999999999999996e-26  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.122637  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0452  D-alanine/D-alanine ligase  29.84 
 
 		 324 aa  121  6e-26  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0742321  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2977  D-alanine--D-alanine ligase  31.37 
 
 		 327 aa  120  9e-26  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0602  D-alanine--D-alanine ligase  29.07 
 
 		 338 aa  119  9.999999999999999e-26  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0464  D-alanine--D-alanine ligase  33.08 
 
 		 319 aa  120  9.999999999999999e-26  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.132669 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3126  D-alanine--D-alanine ligase  31.76 
 
 		 327 aa  119  3e-25  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1108  D-alanine--D-alanine ligase  29.21 
 
 		 308 aa  117  6e-25  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1784  D-alanine--D-alanine ligase  33.06 
 
 		 325 aa  117  6.9999999999999995e-25  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.0240622  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3042  D-alanine--D-alanine ligase  29.89 
 
 		 349 aa  117  6.9999999999999995e-25  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2088  D-alanine--D-alanine ligase  30.92 
 
 		 304 aa  117  6.9999999999999995e-25  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1074  D-alanine/D-alanine ligase  26.21 
 
 		 302 aa  117  1.0000000000000001e-24  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.254672  normal  0.307992 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3590  D-alanine--D-alanine ligase  31.82 
 
 		 306 aa  116  1.0000000000000001e-24  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.224564  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0084  D-alanine--D-alanine ligase  30.49 
 
 		 340 aa  116  2.0000000000000002e-24  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0360  D-alanine--D-alanine ligase  26.95 
 
 		 308 aa  115  2.0000000000000002e-24  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1136  D-alanine--D-alanine ligase  31.17 
 
 		 313 aa  114  5e-24  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4982  D-alanine--D-alanine ligase  31.75 
 
 		 319 aa  114  5e-24  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.380222  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0094  D-alanine--D-alanine ligase  29.01 
 
 		 306 aa  114  6e-24  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000101829  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_4102  D-alanine--D-alanine ligase  27.69 
 
 		 311 aa  114  7.000000000000001e-24  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.422713 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3508  D-alanine/D-alanine ligase  29.12 
 
 		 306 aa  114  8.000000000000001e-24  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00134071  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3565  D-alanine--D-alanine ligase  29.12 
 
 		 306 aa  114  8.000000000000001e-24  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.00231129  hitchhiker  0.00551648 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0098  D-alanine--D-alanine ligase  29.12 
 
 		 306 aa  114  8.000000000000001e-24  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000000699622  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0100  D-alanine--D-alanine ligase  30.27 
 
 		 306 aa  114  8.000000000000001e-24  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0814155  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0085  D-alanine--D-alanine ligase  29.12 
 
 		 306 aa  114  9e-24  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.34447  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1240  D-alanine--D-alanine ligase  28.98 
 
 		 306 aa  113  1.0000000000000001e-23  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0097  D-alanine--D-alanine ligase  28.74 
 
 		 306 aa  113  1.0000000000000001e-23  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00164222  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_57320  D-alanine--D-alanine ligase  31.75 
 
 		 319 aa  113  1.0000000000000001e-23  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2148  D-alanine--D-alanine ligase  26.98 
 
 		 314 aa  113  1.0000000000000001e-23  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.628633  normal  0.0222251 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1796  D-alanine--D-alanine ligase  28.71 
 
 		 312 aa  113  2.0000000000000002e-23  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2199  D-alanine--D-alanine ligase  28.39 
 
 		 305 aa  113  2.0000000000000002e-23  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.171774  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_28460  D-alanine--D-alanine ligase  28.43 
 
 		 317 aa  113  2.0000000000000002e-23  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.289482  hitchhiker  0.00300353 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3971  D-alanine--D-alanine ligase  28.3 
 
 		 310 aa  112  2.0000000000000002e-23  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0689  D-alanyl-alanine synthetase A  28.43 
 
 		 303 aa  112  2.0000000000000002e-23  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  unclonable  0.00000234965  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0142  D-alanine--D-alanine ligase  28.74 
 
 		 306 aa  112  3e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.696174  hitchhiker  0.00000371528 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2222  hypothetical protein  27.9 
 
 		 354 aa  112  3e-23  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0146  D-alanine--D-alanine ligase  29.34 
 
 		 306 aa  112  3e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.302602  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0142  D-alanine--D-alanine ligase  28.74 
 
 		 306 aa  112  3e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.0090881  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1077  D-alanine--D-alanine ligase  32.92 
 
 		 338 aa  111  4.0000000000000004e-23  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0742794  normal  0.822876 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2188  D-alanine--D-alanine ligase  28.63 
 
 		 314 aa  112  4.0000000000000004e-23  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.441149  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0147  D-alanine--D-alanine ligase  28.74 
 
 		 306 aa  111  4.0000000000000004e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.000287396  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3066  D-alanine--D-alanine ligase  28.68 
 
 		 316 aa  111  5e-23  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2491  D-alanine--D-alanine ligase  32.77 
 
 		 306 aa  111  5e-23  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1140  D-alanine--D-alanine ligase  27.71 
 
 		 309 aa  111  5e-23  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.000909084  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4917  D-alanine/D-alanine ligase  28.8 
 
 		 309 aa  111  6e-23  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.912808  normal  0.0828736 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00093  D-alanylalanine synthetase  28.74 
 
 		 306 aa  110  7.000000000000001e-23  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.149308  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00092  hypothetical protein  28.74 
 
 		 306 aa  110  7.000000000000001e-23  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.144888  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_3114  D-alanine/D-alanine ligase  27.04 
 
 		 307 aa  110  8.000000000000001e-23  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.188134  hitchhiker  0.0000000168198 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0122  D-alanine--D-alanine ligase  29.52 
 
 		 310 aa  110  1e-22  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  decreased coverage  0.000652321  normal  0.029871 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_14120  D-alanine--D-alanine ligase  27.16 
 
 		 313 aa  110  1e-22  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0924  D-alanine--D-alanine ligase  29.78 
 
 		 313 aa  110  1e-22  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.783773  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0823  D-alanine--D-alanine ligase  29.71 
 
 		 334 aa  110  1e-22  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.595745 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2612  D-alanine--D-alanine ligase  29.28 
 
 		 317 aa  109  2e-22  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.000431315  unclonable  0.00000000000418412 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0946  D-alanine--D-alanine ligase  30.03 
 
 		 318 aa  109  2e-22  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.427679  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0136  D-alanine/D-alanine ligase  29.66 
 
 		 302 aa  109  2e-22  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.444809  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1339  D-alanine--D-alanine ligase  30.03 
 
 		 318 aa  108  3e-22  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.266833  normal  0.0340242 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4671  D-alanine--D-alanine ligase  30.13 
 
 		 324 aa  108  3e-22  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0129578  normal  0.448814 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0850  D-alanine--D-alanine ligase  29.91 
 
 		 314 aa  108  3e-22  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.868675  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0524  D-alanine--D-alanine ligase  33.19 
 
 		 329 aa  108  3e-22  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.860729 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1938  D-alanyl-alanine synthetase A  28.78 
 
 		 376 aa  108  3e-22  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00320777  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0283  D-alanyl-alanine synthetase A  29.69 
 
 		 376 aa  108  4e-22  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.0108652  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1472  D-alanine--D-alanine ligase  30.16 
 
 		 326 aa  108  4e-22  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.269509  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2329  D-alanine--D-alanine ligase  28.48 
 
 		 318 aa  108  4e-22  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.304126  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3778  D-alanine--D-alanine ligase  29.62 
 
 		 306 aa  108  5e-22  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.078673  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3423  D-alanine--D-alanine ligase  29.76 
 
 		 346 aa  107  6e-22  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.206359  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4406  D-alanine--D-alanine ligase  31.03 
 
 		 319 aa  107  7e-22  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.206514  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4510  D-alanine--D-alanine ligase  29.7 
 
 		 318 aa  107  7e-22  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.926971  normal  1 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0661  D-alanine/D-alanine ligase  28.4 
 
 		 311 aa  107  8e-22  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4385  D-alanine--D-alanine ligase  30.03 
 
 		 318 aa  107  9e-22  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0215233  normal  0.165436 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_39720  D-alanine--D-alanine ligase  27.67 
 
 		 316 aa  107  9e-22  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0360  D-alanine/D-alanine ligase  26.79 
 
 		 330 aa  107  9e-22  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1724  hypothetical protein  29.39 
 
 		 343 aa  107  9e-22  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.92014  normal  0.965208 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4100  D-alanine--D-alanine ligase  30.65 
 
 		 319 aa  107  1e-21  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.555114 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2858  D-alanine--D-alanine ligase  28.14 
 
 		 316 aa  106  1e-21  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.0000136858  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3087  D-alanine--D-alanine ligase  30.17 
 
 		 331 aa  106  1e-21  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.807087  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2978  D-alanine--D-alanine ligase  28.87 
 
 		 332 aa  107  1e-21  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  hitchhiker  0.00577366  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3415  D-alanine--D-alanine ligase  32.51 
 
 		 325 aa  107  1e-21  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0675936  normal  0.934291 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3668  D-alanine--D-alanine ligase  28.87 
 
 		 332 aa  107  1e-21  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.497942  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>