More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dbac_1775 on replicon NC_013173
Organism: Desulfomicrobium baculatum DSM 4028



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013173  Dbac_1775  D-alanine--D-alanine ligase domain protein  100 
 
 		 331 aa  674    Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.286204  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3042  D-alanine--D-alanine ligase  53.64 
 
 		 349 aa  352  7e-96  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0712  D-alanine--D-alanine ligase domain-containing protein  51.86 
 
 		 326 aa  335  3.9999999999999995e-91  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.396337  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2449  D-alanine--D-alanine ligase  43.73 
 
 		 727 aa  247  2e-64  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1506  D-alanine--D-alanine ligase  42.9 
 
 		 728 aa  244  9.999999999999999e-64  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.736453  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1410  D-alanine--D-alanine ligase  42.9 
 
 		 728 aa  244  1.9999999999999999e-63  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.801372  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0629  D-ala D-ala ligase  40.65 
 
 		 338 aa  242  7e-63  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1418  D-alanine--D-alanine ligase  43.12 
 
 		 731 aa  240  2e-62  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_570  D-alanine--D-alanine ligase  40.48 
 
 		 338 aa  239  4e-62  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0602  D-alanine--D-alanine ligase  39.39 
 
 		 338 aa  232  8.000000000000001e-60  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1644  D-alanine--D-alanine ligase domain-containing protein  36.92 
 
 		 347 aa  216  5.9999999999999996e-55  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0135  D-alanine--D-alanine ligase  35.15 
 
 		 336 aa  169  7e-41  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.71803  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2749  D-alanine--D-alanine ligase  33.24 
 
 		 338 aa  157  2e-37  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0081  D-alanine--D-alanine ligase  30.2 
 
 		 310 aa  139  7.999999999999999e-32  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.201322  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1008  D-alanine--D-alanine ligase  30.69 
 
 		 743 aa  131  2.0000000000000002e-29  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1551  D-alanine--D-alanine ligase  30.52 
 
 		 344 aa  120  3.9999999999999996e-26  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.0372534 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0358  methyltransferase type 11  29.06 
 
 		 637 aa  117  3e-25  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000290663  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1784  D-alanine--D-alanine ligase  29.04 
 
 		 325 aa  110  3e-23  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.0240622  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0655  D-alanine--D-alanine ligase  30.63 
 
 		 663 aa  108  1e-22  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.24382  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2222  hypothetical protein  31.79 
 
 		 354 aa  107  3e-22  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3167  D-alanine--D-alanine ligase  31.8 
 
 		 315 aa  105  8e-22  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2353  D-alanine--D-alanine ligase  33.22 
 
 		 307 aa  105  1e-21  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.452645 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3887  D-alanine--D-alanine ligase  31.44 
 
 		 308 aa  102  1e-20  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0809283  normal  0.435651 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7439  D-alanine--D-alanine ligase  31.1 
 
 		 307 aa  102  1e-20  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0178341  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2266  D-alanine--D-alanine ligase  33.33 
 
 		 302 aa  101  2e-20  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.297566  hitchhiker  0.00504643 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_2046  D-alanine--D-alanine ligase  31.39 
 
 		 320 aa  101  2e-20  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  hitchhiker  0.0000802497  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1967  D-alanine--D-alanine ligase  32.05 
 
 		 320 aa  100  3e-20  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  hitchhiker  0.000254256  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0872  D-alanine/D-alanine ligase  30.17 
 
 		 306 aa  99.8  6e-20  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3914  D-alanine--D-alanine ligase  31.46 
 
 		 308 aa  98.2  2e-19  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.536039  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4160  D-alanine/D-alanine ligase  30.68 
 
 		 333 aa  96.7  4e-19  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.190227  normal  0.261244 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2188  D-alanine--D-alanine ligase  32.16 
 
 		 314 aa  96.7  5e-19  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.441149  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0360  D-alanine--D-alanine ligase  28.04 
 
 		 308 aa  96.7  5e-19  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2162  D-alanine--D-alanine ligase domain-containing protein  29.12 
 
 		 339 aa  96.3  6e-19  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.856856  normal  0.227534 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3830  D-alanine--D-alanine ligase  31.35 
 
 		 308 aa  96.3  6e-19  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3130  D-alanine--D-alanine ligase  29.9 
 
 		 307 aa  93.6  4e-18  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.330245 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3455  D-alanine/D-alanine ligase  32.82 
 
 		 336 aa  92.8  7e-18  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0409597  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2406  D-alanine--D-alanine ligase  29.24 
 
 		 301 aa  92.8  7e-18  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.392221 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2946  D-alanine--D-alanine ligase  31.08 
 
 		 307 aa  92  1e-17  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.187089 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2199  D-alanine--D-alanine ligase  30.27 
 
 		 305 aa  92  1e-17  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.171774  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2004  D-alanine--D-alanine ligase  28.97 
 
 		 308 aa  92  1e-17  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3066  D-alanine--D-alanine ligase  31.72 
 
 		 316 aa  91.3  2e-17  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3943  D-alanine--D-alanine ligase  30.95 
 
 		 312 aa  91.7  2e-17  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2424  D-alanine--D-alanine ligase  30 
 
 		 308 aa  91.7  2e-17  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.060178  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1204  D-alanine--D-alanine ligase  28.88 
 
 		 301 aa  91.3  2e-17  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3173  D-alanine--D-alanine ligase  30.2 
 
 		 307 aa  90.1  4e-17  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0466065  normal  0.598076 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3774  D-alanine--D-alanine ligase  31.33 
 
 		 308 aa  90.5  4e-17  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1149  D-alanine--D-alanine ligase  29.48 
 
 		 306 aa  90.1  4e-17  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.927057  normal  0.917542 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3126  D-alanine--D-alanine ligase  29.64 
 
 		 327 aa  89.7  6e-17  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0585  D-alanine--D-alanine ligase  28.62 
 
 		 313 aa  89.7  7e-17  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.034882  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1878  D-alanine--D-alanine ligase  31.21 
 
 		 308 aa  89.7  7e-17  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.063714 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0947  D-alanine--D-alanine ligase  27.9 
 
 		 302 aa  89  9e-17  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0325942  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1414  D-alanine/D-alanine ligase  32.16 
 
 		 346 aa  89  9e-17  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0661  D-alanine/D-alanine ligase  29.21 
 
 		 311 aa  88.6  1e-16  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3286  D-alanine--D-alanine ligase  33.47 
 
 		 310 aa  88.6  1e-16  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0604  D-alanine--D-alanine ligase  30.48 
 
 		 320 aa  88.2  2e-16  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1588  D-alanyl-alanine synthetase A  27.96 
 
 		 316 aa  87.8  2e-16  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.0000341303  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0464  D-alanine--D-alanine ligase  33.2 
 
 		 319 aa  88.2  2e-16  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.132669 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0816  D-alanine--D-alanine ligase  25.77 
 
 		 302 aa  88.2  2e-16  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2088  D-alanine--D-alanine ligase  29.9 
 
 		 304 aa  87.8  3e-16  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2977  D-alanine--D-alanine ligase  29.62 
 
 		 327 aa  87.8  3e-16  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2858  D-alanine--D-alanine ligase  29.84 
 
 		 316 aa  87.4  3e-16  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.0000136858  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1136  D-alanine--D-alanine ligase  28.81 
 
 		 313 aa  87  4e-16  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04365  D-alanine--D-alanine ligase  29.39 
 
 		 318 aa  87  4e-16  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.628824  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1155  D-alanine--D-alanine ligase  28 
 
 		 309 aa  87  4e-16  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.112058  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0084  D-alanine--D-alanine ligase  28.78 
 
 		 340 aa  86.7  5e-16  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3423  D-alanine--D-alanine ligase  28.23 
 
 		 346 aa  86.3  7e-16  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.206359  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0667  D-alanine/D-alanine ligase  28.14 
 
 		 313 aa  85.9  8e-16  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.621467  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2589  D-alanine--D-alanine ligase  27.3 
 
 		 308 aa  85.9  8e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3492  D-alanine--D-alanine ligase  29.47 
 
 		 307 aa  85.5  0.000000000000001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2848  D-alanine--D-alanine ligase  27.3 
 
 		 308 aa  85.5  0.000000000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.67822  normal  0.0145718 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0122  D-alanine--D-alanine ligase  29.58 
 
 		 310 aa  85.1  0.000000000000002  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  decreased coverage  0.000652321  normal  0.029871 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2148  D-alanine--D-alanine ligase  25.99 
 
 		 314 aa  84.7  0.000000000000002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.628633  normal  0.0222251 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3668  D-alanine--D-alanine ligase  30.04 
 
 		 332 aa  84.3  0.000000000000003  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.497942  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0787  D-alanine--D-alanine ligase  33.79 
 
 		 307 aa  83.6  0.000000000000004  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.722961  normal  0.289278 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2111  D-alanine--D-alanine ligase  33.79 
 
 		 307 aa  83.6  0.000000000000004  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1472  D-alanine--D-alanine ligase  29.96 
 
 		 326 aa  83.2  0.000000000000005  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.269509  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2978  D-alanine--D-alanine ligase  30.08 
 
 		 332 aa  83.2  0.000000000000006  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  hitchhiker  0.00577366  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1108  D-alanine--D-alanine ligase  28.52 
 
 		 308 aa  83.2  0.000000000000006  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5793  D-alanine--D-lactate ligase  27.37 
 
 		 346 aa  82.8  0.000000000000007  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0328939  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2077  D-alanine--D-alanine ligase  27.65 
 
 		 308 aa  82.4  0.000000000000009  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.335568  hitchhiker  0.00112188 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2722  D-alanine--D-alanine ligase  27.82 
 
 		 331 aa  82  0.00000000000001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0011  D-alanine--D-alanine ligase  27.76 
 
 		 365 aa  82.4  0.00000000000001  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.133339  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4463  D-alanine--D-alanine ligase  28.3 
 
 		 317 aa  82  0.00000000000001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.816615  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0689  D-alanyl-alanine synthetase A  28.71 
 
 		 303 aa  82.4  0.00000000000001  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  unclonable  0.00000234965  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3087  D-alanine--D-alanine ligase  27.82 
 
 		 331 aa  82.4  0.00000000000001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.807087  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0695  D-alanine--D-alanine ligase  29.68 
 
 		 307 aa  82  0.00000000000001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.686209  normal  0.293576 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3468  D-alanine--D-alanine ligase  31.62 
 
 		 313 aa  82  0.00000000000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00570253  hitchhiker  0.00196625 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0921  D-alanine--D-alanine ligase  29.71 
 
 		 323 aa  82  0.00000000000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.26052  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2074  D-alanine--D-alanine ligase  29.43 
 
 		 304 aa  82  0.00000000000001  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.1873 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_09600  D-alanine-D-alanine ligase A  31.27 
 
 		 346 aa  82.4  0.00000000000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0897  D-alanine-D-alanine ligase A  31.6 
 
 		 346 aa  82.4  0.00000000000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.121426  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0494  D-alanine--D-alanine ligase  30.12 
 
 		 305 aa  81.6  0.00000000000002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.922593  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4671  D-alanine--D-alanine ligase  31.77 
 
 		 324 aa  81.3  0.00000000000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0129578  normal  0.448814 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0488  D-alanine--D-alanine ligase  31.99 
 
 		 313 aa  81.6  0.00000000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0391876  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1724  hypothetical protein  28.89 
 
 		 343 aa  81.3  0.00000000000002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.92014  normal  0.965208 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2329  D-alanine--D-alanine ligase  30.43 
 
 		 318 aa  80.9  0.00000000000003  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.304126  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0169  D-alanine--D-alanine ligase  26.64 
 
 		 337 aa  80.5  0.00000000000003  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  hitchhiker  0.0022958  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0100  D-alanine--D-alanine ligase  30.4 
 
 		 306 aa  80.9  0.00000000000003  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0814155  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0142  D-alanine--D-alanine ligase  29.67 
 
 		 306 aa  80.5  0.00000000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.0090881  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3415  D-alanine--D-alanine ligase  28.66 
 
 		 325 aa  80.5  0.00000000000004  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0675936  normal  0.934291 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>