More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dde_3042 on replicon NC_007519
Organism: Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007519  Dde_3042  D-alanine--D-alanine ligase  100 
 
 		 349 aa  711    Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0712  D-alanine--D-alanine ligase domain-containing protein  56.92 
 
 		 326 aa  395  1e-109  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.396337  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1775  D-alanine--D-alanine ligase domain protein  53.64 
 
 		 331 aa  348  7e-95  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.286204  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0629  D-ala D-ala ligase  37.27 
 
 		 338 aa  220  3e-56  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1410  D-alanine--D-alanine ligase  39.51 
 
 		 728 aa  219  3.9999999999999997e-56  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.801372  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1506  D-alanine--D-alanine ligase  39.51 
 
 		 728 aa  219  5e-56  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.736453  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_570  D-alanine--D-alanine ligase  37.27 
 
 		 338 aa  217  2e-55  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2449  D-alanine--D-alanine ligase  39.51 
 
 		 727 aa  218  2e-55  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1418  D-alanine--D-alanine ligase  39.2 
 
 		 731 aa  212  7e-54  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0602  D-alanine--D-alanine ligase  36.67 
 
 		 338 aa  209  8e-53  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1644  D-alanine--D-alanine ligase domain-containing protein  32.2 
 
 		 347 aa  181  2e-44  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0135  D-alanine--D-alanine ligase  33.72 
 
 		 336 aa  157  2e-37  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.71803  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0081  D-alanine--D-alanine ligase  33.83 
 
 		 310 aa  140  3e-32  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.201322  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2749  D-alanine--D-alanine ligase  28.87 
 
 		 338 aa  138  2e-31  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0358  methyltransferase type 11  31.43 
 
 		 637 aa  129  5.0000000000000004e-29  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000290663  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1008  D-alanine--D-alanine ligase  28.66 
 
 		 743 aa  120  4.9999999999999996e-26  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2077  D-alanine--D-alanine ligase  31.01 
 
 		 308 aa  119  9.999999999999999e-26  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.335568  hitchhiker  0.00112188 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0655  D-alanine--D-alanine ligase  30.53 
 
 		 663 aa  116  5e-25  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.24382  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1551  D-alanine--D-alanine ligase  29.37 
 
 		 344 aa  114  3e-24  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.0372534 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_2046  D-alanine--D-alanine ligase  32.19 
 
 		 320 aa  112  1.0000000000000001e-23  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  hitchhiker  0.0000802497  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0665  D-alanyl-alanine synthetase A  31.03 
 
 		 303 aa  112  1.0000000000000001e-23  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000619225  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2612  D-alanine--D-alanine ligase  30.4 
 
 		 317 aa  111  2.0000000000000002e-23  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.000431315  unclonable  0.00000000000418412 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3423  D-alanine--D-alanine ligase  34.13 
 
 		 346 aa  111  2.0000000000000002e-23  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.206359  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1967  D-alanine--D-alanine ligase  32.19 
 
 		 320 aa  111  2.0000000000000002e-23  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  hitchhiker  0.000254256  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0689  D-alanyl-alanine synthetase A  30.69 
 
 		 303 aa  110  3e-23  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  unclonable  0.00000234965  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0122  D-alanine--D-alanine ligase  35.18 
 
 		 310 aa  109  6e-23  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  decreased coverage  0.000652321  normal  0.029871 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6870  D-alanine--D-alanine ligase  32.97 
 
 		 342 aa  108  2e-22  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0604  D-alanine--D-alanine ligase  33.55 
 
 		 320 aa  108  2e-22  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2424  D-alanine--D-alanine ligase  31.96 
 
 		 308 aa  108  2e-22  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.060178  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1784  D-alanine--D-alanine ligase  26.95 
 
 		 325 aa  107  4e-22  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.0240622  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1204  D-alanine--D-alanine ligase  30.53 
 
 		 301 aa  106  7e-22  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3345  D-alanine/D-alanine ligase  31.07 
 
 		 366 aa  105  1e-21  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2491  D-alanine--D-alanine ligase  34.27 
 
 		 306 aa  104  2e-21  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2406  D-alanine--D-alanine ligase  30.6 
 
 		 301 aa  103  3e-21  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.392221 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2722  D-alanine--D-alanine ligase  34.22 
 
 		 331 aa  103  6e-21  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0464  D-alanine--D-alanine ligase  35.94 
 
 		 319 aa  103  6e-21  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.132669 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3087  D-alanine--D-alanine ligase  34.35 
 
 		 331 aa  102  8e-21  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.807087  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0823  D-alanine--D-alanine ligase  33.47 
 
 		 334 aa  102  9e-21  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.595745 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2978  D-alanine--D-alanine ligase  32.27 
 
 		 332 aa  102  1e-20  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  hitchhiker  0.00577366  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3167  D-alanine--D-alanine ligase  31.68 
 
 		 315 aa  102  1e-20  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7439  D-alanine--D-alanine ligase  30.6 
 
 		 307 aa  101  2e-20  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0178341  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1472  D-alanine--D-alanine ligase  33.07 
 
 		 326 aa  101  2e-20  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.269509  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3668  D-alanine--D-alanine ligase  31.87 
 
 		 332 aa  100  3e-20  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.497942  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0850  D-alanyl-alanine synthetase A  31.41 
 
 		 366 aa  100  4e-20  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.237365 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04365  D-alanine--D-alanine ligase  30.89 
 
 		 318 aa  100  4e-20  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.628824  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1155  D-alanine--D-alanine ligase  28.13 
 
 		 309 aa  100  4e-20  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.112058  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3286  D-alanine--D-alanine ligase  32.68 
 
 		 310 aa  100  4e-20  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4160  D-alanine/D-alanine ligase  31.19 
 
 		 333 aa  100  4e-20  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.190227  normal  0.261244 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2353  D-alanine--D-alanine ligase  30.14 
 
 		 307 aa  100  5e-20  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.452645 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12996  D-alanyl-alanine synthetase A  30.23 
 
 		 373 aa  100  5e-20  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.00428062  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2589  D-alanine--D-alanine ligase  29.84 
 
 		 308 aa  100  5e-20  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3943  D-alanine--D-alanine ligase  29.82 
 
 		 312 aa  99.8  6e-20  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0183  D-alanine--D-alanine ligase  30.04 
 
 		 337 aa  99.8  7e-20  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  hitchhiker  0.0000736036  normal  0.566039 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0947  D-alanine--D-alanine ligase  30.79 
 
 		 302 aa  99.8  7e-20  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0325942  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0921  D-alanine--D-alanine ligase  31.37 
 
 		 323 aa  99.8  7e-20  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.26052  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0382  D-alanine/D-alanine ligase  30.28 
 
 		 308 aa  98.6  1e-19  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.0398495  normal  0.161369 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0203  D-alanine--D-alanine ligase  30.28 
 
 		 308 aa  98.6  1e-19  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.43186  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1878  D-alanine--D-alanine ligase  31.13 
 
 		 308 aa  98.6  1e-19  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.063714 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2842  D-alanine--D-alanine ligase  32.05 
 
 		 331 aa  97.8  2e-19  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2004  D-alanine--D-alanine ligase  29.65 
 
 		 308 aa  98.2  2e-19  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2977  D-alanine--D-alanine ligase  31.29 
 
 		 327 aa  97.4  3e-19  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2848  D-alanine--D-alanine ligase  29.52 
 
 		 308 aa  97.8  3e-19  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.67822  normal  0.0145718 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3590  D-alanine--D-alanine ligase  32.05 
 
 		 306 aa  97.4  3e-19  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.224564  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE2385  D-alanyl-alanine synthetase A  29.47 
 
 		 368 aa  96.3  7e-19  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0420  D-alanine/D-alanine ligase  27.33 
 
 		 299 aa  96.3  7e-19  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.0000379989  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1367  D-alanine--D-alanine ligase  29.8 
 
 		 367 aa  96.3  7e-19  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0524  D-alanine--D-alanine ligase  34.69 
 
 		 329 aa  95.9  1e-18  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.860729 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1108  D-alanine--D-alanine ligase  29.47 
 
 		 308 aa  95.9  1e-18  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0142  D-alanine--D-alanine ligase  30.23 
 
 		 306 aa  95.1  2e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.0090881  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3066  D-alanine--D-alanine ligase  29.63 
 
 		 316 aa  94.7  2e-18  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0787  D-alanine--D-alanine ligase  32.76 
 
 		 307 aa  95.1  2e-18  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.722961  normal  0.289278 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4182  D-alanine--D-alanine ligase  32.58 
 
 		 363 aa  94.7  2e-18  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.512251  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0667  D-alanine/D-alanine ligase  30.77 
 
 		 313 aa  94.7  2e-18  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.621467  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3919  D-alanyl-alanine synthetase A  32.96 
 
 		 363 aa  94.7  2e-18  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.27971  normal  0.219568 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2111  D-alanine--D-alanine ligase  32.76 
 
 		 307 aa  95.1  2e-18  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0610  D-alanyl-alanine synthetase A  28.95 
 
 		 359 aa  94.4  2e-18  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2887  D-alanine--D-alanine ligase  28.75 
 
 		 300 aa  94.7  2e-18  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.130361  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0169  D-alanine--D-alanine ligase  30.86 
 
 		 337 aa  95.1  2e-18  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  hitchhiker  0.0022958  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4988  D-alanine/D-alanine ligase  30.74 
 
 		 364 aa  94.4  3e-18  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.467567  normal  0.084905 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0360  D-alanine--D-alanine ligase  28.42 
 
 		 308 aa  94  4e-18  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0147  D-alanine--D-alanine ligase  29.84 
 
 		 306 aa  93.6  4e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.000287396  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0146  D-alanine--D-alanine ligase  29.84 
 
 		 306 aa  93.6  5e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.302602  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1136  D-alanine--D-alanine ligase  28.25 
 
 		 313 aa  93.2  5e-18  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3126  D-alanine--D-alanine ligase  29.96 
 
 		 327 aa  93.2  5e-18  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0142  D-alanine--D-alanine ligase  29.84 
 
 		 306 aa  93.6  5e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.696174  hitchhiker  0.00000371528 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0452  D-alanine/D-alanine ligase  31.48 
 
 		 324 aa  93.6  5e-18  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0742321  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0526  D-alanine--D-alanine ligase  28.71 
 
 		 332 aa  93.2  6e-18  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000337974  hitchhiker  0.0000125004 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2266  D-alanine--D-alanine ligase  34.26 
 
 		 302 aa  93.2  6e-18  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.297566  hitchhiker  0.00504643 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1077  D-alanine--D-alanine ligase  30.31 
 
 		 338 aa  93.2  6e-18  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0742794  normal  0.822876 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4584  D-alanine--D-alanine ligase  31.23 
 
 		 326 aa  92.8  9e-18  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.984407  hitchhiker  0.000547053 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0298  D-alanyl-alanine synthetase A  29.75 
 
 		 364 aa  92  1e-17  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2222  hypothetical protein  27.41 
 
 		 354 aa  92  1e-17  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3778  D-alanine--D-alanine ligase  33.08 
 
 		 306 aa  92  1e-17  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.078673  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0816  D-alanine--D-alanine ligase  26.46 
 
 		 302 aa  92  1e-17  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3455  D-alanine/D-alanine ligase  28.24 
 
 		 336 aa  92  1e-17  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0409597  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4572  D-alanine--D-alanine ligase  31.89 
 
 		 331 aa  92  1e-17  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0596533  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3227  D-alanine/D-alanine ligase  29.75 
 
 		 364 aa  91.7  2e-17  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0406  D-alanyl-alanine synthetase A  29.75 
 
 		 364 aa  91.7  2e-17  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0085  D-alanine--D-alanine ligase  29.46 
 
 		 306 aa  92  2e-17  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.34447  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0476  D-alanyl-alanine synthetase A  29.96 
 
 		 364 aa  91.7  2e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>