More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Strop_4584 on replicon NC_009380
Organism: Salinispora tropica CNB-440



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009380  Strop_4584  D-alanine--D-alanine ligase  100 
 
 		 326 aa  630  1e-179  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.984407  hitchhiker  0.000547053 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_5102  D-alanine--D-alanine ligase  94.17 
 
 		 327 aa  557  1e-157  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.842129  unclonable  0.0000000223224 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3582  D-alanine/D-alanine ligase  64.44 
 
 		 316 aa  395  1e-109  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.301963  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_6426  D-alanine/D-alanine ligase  64.54 
 
 		 317 aa  394  1e-109  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_9380  D-alanine--D-alanine ligase  64.35 
 
 		 318 aa  382  1e-105  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_9048  D-alanine/D-alanine ligase  63.87 
 
 		 315 aa  368  1e-101  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.499515  normal  0.480227 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_5088  D-alanine--D-alanine ligase  61.61 
 
 		 329 aa  365  1e-100  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_39720  D-alanine--D-alanine ligase  59.49 
 
 		 316 aa  361  8e-99  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_7091  D-alanine--D-alanine ligase  58.6 
 
 		 314 aa  342  4e-93  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.581394  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4976  D-alanine/D-alanine ligase  63.16 
 
 		 319 aa  342  5e-93  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4691  D-alanine--D-alanine ligase  58.68 
 
 		 323 aa  336  2.9999999999999997e-91  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1640  D-alanine--D-alanine ligase  58.71 
 
 		 329 aa  324  1e-87  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_5406  D-alanine--D-alanine ligase  52.88 
 
 		 315 aa  313  3.9999999999999997e-84  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_37970  D-alanine--D-alanine ligase  59.61 
 
 		 317 aa  312  5.999999999999999e-84  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6711  D-alanine--D-alanine ligase  55.56 
 
 		 321 aa  306  3e-82  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_2550  D-alanine--D-alanine ligase  56.8 
 
 		 319 aa  304  1.0000000000000001e-81  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.352521  normal  0.520823 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_2153  D-alanine--D-alanine ligase  54.11 
 
 		 333 aa  304  1.0000000000000001e-81  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_3371  D-alanine/D-alanine ligase  56.83 
 
 		 349 aa  300  2e-80  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.0642922  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_4215  D-alanine--D-alanine ligase  59.11 
 
 		 313 aa  293  3e-78  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2236  D-alanine--D-alanine ligase  54.84 
 
 		 326 aa  291  8e-78  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0429667  normal  0.174652 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2148  D-alanine--D-alanine ligase  37.42 
 
 		 314 aa  219  6e-56  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.628633  normal  0.0222251 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1108  D-alanine--D-alanine ligase  41.64 
 
 		 308 aa  214  9.999999999999999e-55  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0952  D-alanine/D-alanine ligase  37.13 
 
 		 311 aa  214  1.9999999999999998e-54  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_14120  D-alanine--D-alanine ligase  40.94 
 
 		 313 aa  210  2e-53  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2329  D-alanine--D-alanine ligase  41.1 
 
 		 318 aa  209  3e-53  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.304126  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3590  D-alanine--D-alanine ligase  39.67 
 
 		 306 aa  209  6e-53  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.224564  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_28460  D-alanine--D-alanine ligase  39.81 
 
 		 317 aa  206  4e-52  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.289482  hitchhiker  0.00300353 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0638  D-alanine--D-alanine ligase  39.03 
 
 		 306 aa  204  2e-51  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.00195193  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3914  D-alanine--D-alanine ligase  41.4 
 
 		 308 aa  203  3e-51  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.536039  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0183  D-alanine--D-alanine ligase  39.09 
 
 		 337 aa  202  6e-51  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  hitchhiker  0.0000736036  normal  0.566039 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3830  D-alanine--D-alanine ligase  41.08 
 
 		 308 aa  202  8e-51  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1155  D-alanine--D-alanine ligase  37.42 
 
 		 309 aa  201  9.999999999999999e-51  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.112058  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1140  D-alanine--D-alanine ligase  39.29 
 
 		 309 aa  201  1.9999999999999998e-50  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.000909084  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3778  D-alanine--D-alanine ligase  39.33 
 
 		 306 aa  200  3e-50  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.078673  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1796  D-alanine--D-alanine ligase  36.89 
 
 		 312 aa  200  3e-50  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4463  D-alanine--D-alanine ligase  35.69 
 
 		 317 aa  198  1.0000000000000001e-49  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.816615  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1149  D-alanine--D-alanine ligase  38.24 
 
 		 306 aa  197  2.0000000000000003e-49  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.927057  normal  0.917542 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0420  D-alanine/D-alanine ligase  32.04 
 
 		 299 aa  197  3e-49  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.0000379989  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0142  D-alanine--D-alanine ligase  38.61 
 
 		 306 aa  196  3e-49  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.696174  hitchhiker  0.00000371528 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0147  D-alanine--D-alanine ligase  38.61 
 
 		 306 aa  196  3e-49  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.000287396  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0142  D-alanine--D-alanine ligase  38.61 
 
 		 306 aa  196  4.0000000000000005e-49  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.0090881  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0169  D-alanine--D-alanine ligase  37.46 
 
 		 337 aa  196  7e-49  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  hitchhiker  0.0022958  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3887  D-alanine--D-alanine ligase  41.08 
 
 		 308 aa  195  7e-49  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0809283  normal  0.435651 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0146  D-alanine--D-alanine ligase  38.28 
 
 		 306 aa  195  1e-48  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.302602  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_3114  D-alanine/D-alanine ligase  39.74 
 
 		 307 aa  194  2e-48  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.188134  hitchhiker  0.0000000168198 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2491  D-alanine--D-alanine ligase  39.33 
 
 		 306 aa  192  7e-48  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00093  D-alanylalanine synthetase  37.46 
 
 		 306 aa  192  8e-48  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.149308  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00092  hypothetical protein  37.46 
 
 		 306 aa  192  8e-48  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.144888  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3971  D-alanine--D-alanine ligase  37.9 
 
 		 310 aa  192  9e-48  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3508  D-alanine/D-alanine ligase  37.46 
 
 		 306 aa  191  1e-47  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00134071  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0098  D-alanine--D-alanine ligase  37.46 
 
 		 306 aa  191  1e-47  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000000699622  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0094  D-alanine--D-alanine ligase  37.46 
 
 		 306 aa  191  1e-47  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000101829  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0100  D-alanine--D-alanine ligase  37.79 
 
 		 306 aa  191  1e-47  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0814155  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3565  D-alanine--D-alanine ligase  37.46 
 
 		 306 aa  191  1e-47  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.00231129  hitchhiker  0.00551648 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0360  D-alanine--D-alanine ligase  36.51 
 
 		 308 aa  191  1e-47  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0085  D-alanine--D-alanine ligase  37.46 
 
 		 306 aa  191  1e-47  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.34447  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3516  D-alanine--D-alanine ligase  38.16 
 
 		 306 aa  190  2e-47  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.730478  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3774  D-alanine--D-alanine ligase  41.08 
 
 		 308 aa  191  2e-47  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3385  D-alanine--D-alanine ligase  38.16 
 
 		 306 aa  190  2e-47  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.0172099  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2916  D-alanine--D-alanine ligase  38.16 
 
 		 306 aa  190  2e-47  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.253667  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0763  D-alanine--D-alanine ligase  37.74 
 
 		 306 aa  190  2.9999999999999997e-47  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00284913  normal  1 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1588  D-alanyl-alanine synthetase A  33.54 
 
 		 316 aa  190  2.9999999999999997e-47  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.0000341303  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_03490  ATP-grasp enzyme, D-alanine-D-alanine ligase  37.8 
 
 		 327 aa  189  4e-47  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  0.160227 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0850  D-alanine--D-alanine ligase  38.89 
 
 		 314 aa  189  4e-47  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.868675  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0097  D-alanine--D-alanine ligase  37.46 
 
 		 306 aa  190  4e-47  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00164222  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4917  D-alanine/D-alanine ligase  39.4 
 
 		 309 aa  189  5.999999999999999e-47  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.912808  normal  0.0828736 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2199  D-alanine--D-alanine ligase  37.78 
 
 		 305 aa  189  8e-47  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.171774  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2977  D-alanine--D-alanine ligase  38.11 
 
 		 327 aa  188  1e-46  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0122  D-alanine--D-alanine ligase  38.64 
 
 		 310 aa  188  1e-46  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  decreased coverage  0.000652321  normal  0.029871 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3087  D-alanine--D-alanine ligase  38.51 
 
 		 331 aa  188  1e-46  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.807087  normal  1 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0319  D-alanine--D-alanine ligase  36.47 
 
 		 333 aa  187  2e-46  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.0126271  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4982  D-alanine--D-alanine ligase  40.67 
 
 		 319 aa  187  3e-46  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.380222  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4671  D-alanine--D-alanine ligase  39.33 
 
 		 324 aa  187  3e-46  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0129578  normal  0.448814 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4572  D-alanine--D-alanine ligase  39.46 
 
 		 331 aa  186  3e-46  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0596533  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2722  D-alanine--D-alanine ligase  38.51 
 
 		 331 aa  186  4e-46  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1244  D-alanine/D-alanine ligase  41.85 
 
 		 316 aa  185  8e-46  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  0.00234913  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0667  D-alanine/D-alanine ligase  38.12 
 
 		 313 aa  183  3e-45  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.621467  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0924  D-alanine--D-alanine ligase  40.33 
 
 		 313 aa  184  3e-45  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.783773  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1240  D-alanine--D-alanine ligase  38.91 
 
 		 306 aa  183  4.0000000000000006e-45  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_57320  D-alanine--D-alanine ligase  40.33 
 
 		 319 aa  183  4.0000000000000006e-45  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4385  D-alanine--D-alanine ligase  38.19 
 
 		 318 aa  182  5.0000000000000004e-45  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0215233  normal  0.165436 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1077  D-alanine--D-alanine ligase  37.04 
 
 		 338 aa  182  9.000000000000001e-45  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0742794  normal  0.822876 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03256  D-alanine--D-alanine ligase  37.7 
 
 		 322 aa  182  9.000000000000001e-45  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.130136  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4510  D-alanine--D-alanine ligase  37.86 
 
 		 318 aa  181  1e-44  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.926971  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0511  D-alanine/D-alanine ligase  37.58 
 
 		 305 aa  181  1e-44  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0382  D-alanine/D-alanine ligase  38.17 
 
 		 308 aa  181  1e-44  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.0398495  normal  0.161369 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3517  D-alanine--D-alanine ligase  39.13 
 
 		 318 aa  182  1e-44  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3286  D-alanine--D-alanine ligase  39.94 
 
 		 310 aa  181  1e-44  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0203  D-alanine--D-alanine ligase  38.17 
 
 		 308 aa  181  1e-44  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.43186  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2858  D-alanine--D-alanine ligase  35.81 
 
 		 316 aa  181  2e-44  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.0000136858  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1339  D-alanine--D-alanine ligase  37.54 
 
 		 318 aa  180  2.9999999999999997e-44  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.266833  normal  0.0340242 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2266  D-alanine--D-alanine ligase  38.11 
 
 		 302 aa  180  2.9999999999999997e-44  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.297566  hitchhiker  0.00504643 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3415  D-alanine--D-alanine ligase  39.02 
 
 		 325 aa  179  4e-44  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0675936  normal  0.934291 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_13270  D-alanine--D-alanine ligase  40 
 
 		 315 aa  179  8e-44  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.122637  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0750  D-alanine--D-alanine ligase  35.76 
 
 		 310 aa  178  9e-44  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3066  D-alanine--D-alanine ligase  35.87 
 
 		 316 aa  178  1e-43  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0772  D-alanine--D-alanine ligase  39.1 
 
 		 309 aa  178  1e-43  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.170719  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0494  D-alanine--D-alanine ligase  37.58 
 
 		 305 aa  177  2e-43  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.922593  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2842  D-alanine--D-alanine ligase  38.51 
 
 		 331 aa  177  2e-43  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3455  D-alanine/D-alanine ligase  35.84 
 
 		 336 aa  177  2e-43  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0409597  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>