More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmar_0135 on replicon NC_013501
Organism: Rhodothermus marinus DSM 4252



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013501  Rmar_0135  D-alanine--D-alanine ligase  100 
 
 		 336 aa  676    Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.71803  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_570  D-alanine--D-alanine ligase  36.94 
 
 		 338 aa  208  1e-52  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0629  D-ala D-ala ligase  37.24 
 
 		 338 aa  199  7.999999999999999e-50  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0602  D-alanine--D-alanine ligase  36.64 
 
 		 338 aa  197  2.0000000000000003e-49  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1418  D-alanine--D-alanine ligase  36.96 
 
 		 731 aa  180  2.9999999999999997e-44  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1410  D-alanine--D-alanine ligase  36.53 
 
 		 728 aa  177  2e-43  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.801372  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1506  D-alanine--D-alanine ligase  36.65 
 
 		 728 aa  177  2e-43  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.736453  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2449  D-alanine--D-alanine ligase  36.22 
 
 		 727 aa  176  5e-43  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1644  D-alanine--D-alanine ligase domain-containing protein  33.53 
 
 		 347 aa  174  1.9999999999999998e-42  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0712  D-alanine--D-alanine ligase domain-containing protein  34.44 
 
 		 326 aa  171  2e-41  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.396337  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1775  D-alanine--D-alanine ligase domain protein  35.15 
 
 		 331 aa  167  2e-40  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.286204  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3042  D-alanine--D-alanine ligase  33.72 
 
 		 349 aa  155  1e-36  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0358  methyltransferase type 11  33.01 
 
 		 637 aa  150  3e-35  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000290663  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0655  D-alanine--D-alanine ligase  29.81 
 
 		 663 aa  134  3e-30  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.24382  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2749  D-alanine--D-alanine ligase  29.2 
 
 		 338 aa  132  6.999999999999999e-30  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0081  D-alanine--D-alanine ligase  29.07 
 
 		 310 aa  129  6e-29  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.201322  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1008  D-alanine--D-alanine ligase  28.4 
 
 		 743 aa  127  3e-28  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1551  D-alanine--D-alanine ligase  29.14 
 
 		 344 aa  116  6.9999999999999995e-25  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.0372534 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1796  D-alanine--D-alanine ligase  29.77 
 
 		 312 aa  112  1.0000000000000001e-23  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1784  D-alanine--D-alanine ligase  30.08 
 
 		 325 aa  110  4.0000000000000004e-23  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.0240622  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2612  D-alanine--D-alanine ligase  29.08 
 
 		 317 aa  110  5e-23  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.000431315  unclonable  0.00000000000418412 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2148  D-alanine--D-alanine ligase  29.47 
 
 		 314 aa  108  2e-22  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.628633  normal  0.0222251 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1938  D-alanyl-alanine synthetase A  28.78 
 
 		 376 aa  107  3e-22  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00320777  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2222  hypothetical protein  28.47 
 
 		 354 aa  107  4e-22  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3126  D-alanine--D-alanine ligase  32.34 
 
 		 327 aa  105  8e-22  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0610  D-alanyl-alanine synthetase A  31.54 
 
 		 359 aa  103  5e-21  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1108  D-alanine--D-alanine ligase  29.59 
 
 		 308 aa  102  7e-21  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0283  D-alanyl-alanine synthetase A  30.52 
 
 		 376 aa  101  1e-20  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.0108652  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_57320  D-alanine--D-alanine ligase  32.95 
 
 		 319 aa  102  1e-20  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0122  D-alanine--D-alanine ligase  33.01 
 
 		 310 aa  101  2e-20  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  decreased coverage  0.000652321  normal  0.029871 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0667  D-alanine/D-alanine ligase  26.26 
 
 		 313 aa  100  2e-20  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.621467  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0924  D-alanine--D-alanine ligase  30.68 
 
 		 313 aa  100  3e-20  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.783773  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1501  hypothetical protein  30.19 
 
 		 348 aa  100  3e-20  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0816  D-alanine--D-alanine ligase  28.57 
 
 		 302 aa  100  3e-20  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5793  D-alanine--D-lactate ligase  32.91 
 
 		 346 aa  100  5e-20  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0328939  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1426  D-alanine--D-alanine ligase  29.27 
 
 		 313 aa  99  9e-20  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2977  D-alanine--D-alanine ligase  31.06 
 
 		 327 aa  98.6  1e-19  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1240  D-alanine--D-alanine ligase  34.56 
 
 		 306 aa  98.6  1e-19  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1662  D-alanyl-alanine synthetase A  28.39 
 
 		 363 aa  99  1e-19  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4982  D-alanine--D-alanine ligase  32.18 
 
 		 319 aa  97.8  2e-19  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.380222  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1414  D-alanine/D-alanine ligase  27.44 
 
 		 346 aa  97.4  3e-19  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2665  D-alanyl-alanine synthetase A  28.63 
 
 		 364 aa  97.8  3e-19  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2535  D-alanyl-alanine synthetase A  28.63 
 
 		 364 aa  97.4  3e-19  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_3114  D-alanine/D-alanine ligase  33.49 
 
 		 307 aa  97.4  3e-19  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.188134  hitchhiker  0.0000000168198 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0946  D-alanine--D-alanine ligase  30.98 
 
 		 318 aa  97.1  4e-19  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.427679  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1272  D-alanine--D-alanine ligase  30.77 
 
 		 368 aa  97.1  4e-19  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.390278  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1339  D-alanine--D-alanine ligase  30.12 
 
 		 318 aa  96.7  5e-19  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.266833  normal  0.0340242 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1529  D-alanyl-alanine synthetase A  33.2 
 
 		 363 aa  96.7  6e-19  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1724  hypothetical protein  29.84 
 
 		 343 aa  96.3  7e-19  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.92014  normal  0.965208 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2162  D-alanine--D-alanine ligase domain-containing protein  27.3 
 
 		 339 aa  96.3  7e-19  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.856856  normal  0.227534 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4510  D-alanine--D-alanine ligase  30.59 
 
 		 318 aa  95.9  8e-19  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.926971  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6870  D-alanine--D-alanine ligase  31.3 
 
 		 342 aa  95.9  8e-19  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4385  D-alanine--D-alanine ligase  29.96 
 
 		 318 aa  95.9  8e-19  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0215233  normal  0.165436 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1090  D-alanine--D-alanine ligase  30 
 
 		 371 aa  95.9  9e-19  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0169  D-alanine--D-alanine ligase  29.92 
 
 		 337 aa  95.1  1e-18  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  hitchhiker  0.0022958  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4671  D-alanine--D-alanine ligase  31.13 
 
 		 324 aa  95.1  1e-18  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0129578  normal  0.448814 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2721  D-alanyl-alanine synthetase A  31.25 
 
 		 361 aa  95.9  1e-18  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.0289964  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2188  D-alanine--D-alanine ligase  32.23 
 
 		 314 aa  95.1  1e-18  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.441149  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0407  D-alanine/D-alanine ligase  29.41 
 
 		 358 aa  95.1  2e-18  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2199  D-alanine--D-alanine ligase  30.24 
 
 		 305 aa  95.1  2e-18  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.171774  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3425  D-alanine--D-alanine ligase  30.34 
 
 		 304 aa  95.1  2e-18  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.346126  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1631  D-alanyl-alanine synthetase A  30.92 
 
 		 360 aa  94.7  2e-18  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0437  D-alanine/D-alanine ligase  29.15 
 
 		 345 aa  94.7  2e-18  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1360  D-alanine/D-alanine ligase  32.55 
 
 		 319 aa  94.4  3e-18  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0585  D-alanine--D-alanine ligase  33.01 
 
 		 313 aa  94  3e-18  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.034882  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_13270  D-alanine--D-alanine ligase  31.27 
 
 		 315 aa  94.4  3e-18  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.122637  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4691  D-alanine--D-alanine ligase  29.32 
 
 		 323 aa  94  3e-18  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1891  GCN5-related N-acetyltransferase  26.96 
 
 		 527 aa  93.6  4e-18  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3243  D-alanine/D-alanine ligase  27.46 
 
 		 366 aa  93.2  5e-18  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_2046  D-alanine--D-alanine ligase  28.68 
 
 		 320 aa  93.6  5e-18  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  hitchhiker  0.0000802497  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_7137  D-alanine--D-lactate ligase  29.25 
 
 		 348 aa  93.2  5e-18  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.137191  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3791  D-alanine--D-alanine ligase  30.68 
 
 		 370 aa  93.6  5e-18  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.100262  normal  0.807199 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1967  D-alanine--D-alanine ligase  28.68 
 
 		 320 aa  93.6  5e-18  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  hitchhiker  0.000254256  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0772  D-alanine--D-alanine ligase  34.74 
 
 		 309 aa  93.6  5e-18  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.170719  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0136  D-alanine/D-alanine ligase  29.58 
 
 		 302 aa  93.2  5e-18  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.444809  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE2385  D-alanyl-alanine synthetase A  28.02 
 
 		 368 aa  93.2  6e-18  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1077  D-alanine--D-alanine ligase  30.42 
 
 		 338 aa  92.8  7e-18  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0742794  normal  0.822876 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3345  D-alanine/D-alanine ligase  28.46 
 
 		 366 aa  92.4  8e-18  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4406  D-alanine--D-alanine ligase  31.01 
 
 		 319 aa  92.4  9e-18  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.206514  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3668  D-alanine--D-alanine ligase  33.81 
 
 		 332 aa  92.4  9e-18  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.497942  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2978  D-alanine--D-alanine ligase  33.81 
 
 		 332 aa  92.4  1e-17  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  hitchhiker  0.00577366  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4160  D-alanine/D-alanine ligase  30.29 
 
 		 333 aa  92.4  1e-17  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.190227  normal  0.261244 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1664  D-alanine--D-lactate ligase  28.33 
 
 		 341 aa  91.7  1e-17  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_28460  D-alanine--D-alanine ligase  31.34 
 
 		 317 aa  92  1e-17  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.289482  hitchhiker  0.00300353 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4100  D-alanine--D-alanine ligase  29.66 
 
 		 319 aa  92  1e-17  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.555114 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0183  D-alanine--D-alanine ligase  29.27 
 
 		 337 aa  92  1e-17  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  hitchhiker  0.0000736036  normal  0.566039 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1312  D-alanine--D-alanine ligase  28.22 
 
 		 301 aa  92.4  1e-17  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.0281442  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2496  phosphoribosylglycinamide synthetase  30.88 
 
 		 344 aa  92  1e-17  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0137  D-alanine/D-alanine ligase  27.24 
 
 		 288 aa  91.7  2e-17  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.000000588497  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0850  D-alanyl-alanine synthetase A  28.73 
 
 		 366 aa  91.3  2e-17  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.237365 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3423  D-alanine--D-alanine ligase  29.11 
 
 		 346 aa  91.7  2e-17  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.206359  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2266  D-alanine--D-alanine ligase  31.65 
 
 		 302 aa  91.7  2e-17  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.297566  hitchhiker  0.00504643 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0823  D-alanine--D-alanine ligase  30.38 
 
 		 334 aa  91.3  2e-17  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.595745 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1522  D-alanine--D-alanine ligase  27.8 
 
 		 301 aa  90.9  2e-17  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0539481  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2582  D-alanine--D-alanine ligase  26.6 
 
 		 304 aa  91.3  2e-17  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0897  D-alanine-D-alanine ligase A  30 
 
 		 346 aa  90.9  3e-17  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.121426  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2450  D-alanine--D-alanine ligase  30.08 
 
 		 325 aa  90.9  3e-17  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0817571  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1140  D-alanine--D-alanine ligase  26.79 
 
 		 309 aa  90.5  4e-17  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.000909084  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2039  D-alanyl-alanine synthetase A  26.67 
 
 		 364 aa  90.5  4e-17  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.0000143922  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3286  D-alanine--D-alanine ligase  29.49 
 
 		 310 aa  90.5  4e-17  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>