259 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sfum_0713 on replicon NC_008554
Organism: Syntrophobacter fumaroxidans MPOB



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008554  Sfum_0713  D-alanine--D-alanine ligase domain-containing protein  100 
 
 
357 aa  719    Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.323281  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1891  GCN5-related N-acetyltransferase  51.67 
 
 
527 aa  323  3e-87  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3043  D-alanine-D-alanine ligase and related ATP-grasp enzyme-like  43.11 
 
 
351 aa  254  2.0000000000000002e-66  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1774  protein of unknown function DUF201  37.42 
 
 
340 aa  184  1.0000000000000001e-45  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.119478  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2162  D-alanine--D-alanine ligase domain-containing protein  33.33 
 
 
339 aa  145  1e-33  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.856856  normal  0.227534 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1551  D-alanine--D-alanine ligase  29.57 
 
 
344 aa  113  4.0000000000000004e-24  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.0372534 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1506  D-alanine--D-alanine ligase  33.13 
 
 
728 aa  108  1e-22  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.736453  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1410  D-alanine--D-alanine ligase  32.83 
 
 
728 aa  107  4e-22  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.801372  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2449  D-alanine--D-alanine ligase  32.83 
 
 
727 aa  105  1e-21  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1418  D-alanine--D-alanine ligase  31.15 
 
 
731 aa  104  2e-21  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1008  D-alanine--D-alanine ligase  28.29 
 
 
743 aa  102  1e-20  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1644  D-alanine--D-alanine ligase domain-containing protein  25.24 
 
 
347 aa  96.7  5e-19  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0655  D-alanine--D-alanine ligase  30.26 
 
 
663 aa  93.2  6e-18  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.24382  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1140  D-alanine--D-alanine ligase  27.41 
 
 
309 aa  88.6  1e-16  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.000909084  normal 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0358  methyltransferase type 11  26.92 
 
 
637 aa  85.9  0.000000000000001  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000290663  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0135  D-alanine--D-alanine ligase  28.66 
 
 
336 aa  84.7  0.000000000000002  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.71803  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4917  D-alanine/D-alanine ligase  25.53 
 
 
309 aa  85.1  0.000000000000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.912808  normal  0.0828736 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0081  D-alanine--D-alanine ligase  27.27 
 
 
310 aa  84.7  0.000000000000002  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.201322  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2749  D-alanine--D-alanine ligase  26.78 
 
 
338 aa  83.6  0.000000000000005  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1501  hypothetical protein  28.04 
 
 
348 aa  83.6  0.000000000000005  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0420  D-alanine/D-alanine ligase  25.55 
 
 
299 aa  83.2  0.000000000000007  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.0000379989  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0772  D-alanine--D-alanine ligase  29.96 
 
 
309 aa  83.2  0.000000000000007  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.170719  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0137  D-alanine/D-alanine ligase  26.38 
 
 
288 aa  82.8  0.000000000000008  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.000000588497  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2222  hypothetical protein  26.98 
 
 
354 aa  80.1  0.00000000000006  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_570  D-alanine--D-alanine ligase  27 
 
 
338 aa  77.4  0.0000000000004  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0136  D-alanine/D-alanine ligase  28.16 
 
 
302 aa  76.6  0.0000000000005  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.444809  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0629  D-ala D-ala ligase  25.78 
 
 
338 aa  75.1  0.000000000002  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0360  D-alanine/D-alanine ligase  26.22 
 
 
330 aa  75.1  0.000000000002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6132  D-alanine-D-alanine ligase and related ATP-grasp protein-like protein  27.44 
 
 
359 aa  74.7  0.000000000003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6870  D-alanine--D-alanine ligase  25.61 
 
 
342 aa  73.6  0.000000000005  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0712  D-alanine--D-alanine ligase domain-containing protein  25.82 
 
 
326 aa  72.4  0.00000000001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.396337  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3423  D-alanine--D-alanine ligase  24.68 
 
 
346 aa  71.2  0.00000000002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.206359  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0602  D-alanine--D-alanine ligase  24.85 
 
 
338 aa  71.6  0.00000000002  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2612  D-alanine--D-alanine ligase  25.91 
 
 
317 aa  71.2  0.00000000002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.000431315  unclonable  0.00000000000418412 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2329  D-alanine--D-alanine ligase  26.51 
 
 
318 aa  71.2  0.00000000003  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.304126  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_39720  D-alanine--D-alanine ligase  27.6 
 
 
316 aa  69.3  0.00000000009  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1108  D-alanine--D-alanine ligase  25.84 
 
 
308 aa  68.9  0.0000000001  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3914  D-alanine--D-alanine ligase  26.4 
 
 
308 aa  67.8  0.0000000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.536039  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2148  D-alanine--D-alanine ligase  26.46 
 
 
314 aa  68.2  0.0000000002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.628633  normal  0.0222251 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3774  D-alanine--D-alanine ligase  27.42 
 
 
308 aa  68.6  0.0000000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1240  D-alanine--D-alanine ligase  29.51 
 
 
306 aa  68.6  0.0000000002  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3830  D-alanine--D-alanine ligase  26.71 
 
 
308 aa  68.6  0.0000000002  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2977  D-alanine--D-alanine ligase  26.38 
 
 
327 aa  67.8  0.0000000003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0750  D-alanine--D-alanine ligase  26.38 
 
 
310 aa  67  0.0000000004  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3042  D-alanine--D-alanine ligase  25.32 
 
 
349 aa  67  0.0000000005  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3126  D-alanine--D-alanine ligase  26.48 
 
 
327 aa  67  0.0000000005  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1775  D-alanine--D-alanine ligase domain protein  25.4 
 
 
331 aa  67  0.0000000005  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.286204  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2426  D-alanine--D-alanine ligase  25 
 
 
309 aa  66.6  0.0000000007  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.142396  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0897  D-alanine-D-alanine ligase A  26.47 
 
 
346 aa  66.6  0.0000000007  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.121426  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0689  D-alanyl-alanine synthetase A  24.61 
 
 
303 aa  66.2  0.0000000007  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  unclonable  0.00000234965  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2353  D-alanine--D-alanine ligase  26.01 
 
 
307 aa  66.2  0.0000000007  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.452645 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_09600  D-alanine-D-alanine ligase A  26.47 
 
 
346 aa  66.6  0.0000000007  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3943  D-alanine--D-alanine ligase  26.55 
 
 
312 aa  66.2  0.0000000007  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2582  D-alanine--D-alanine ligase  26 
 
 
304 aa  65.9  0.000000001  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0452  D-alanine/D-alanine ligase  28.88 
 
 
324 aa  65.5  0.000000001  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0742321  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1724  hypothetical protein  28.99 
 
 
343 aa  65.5  0.000000001  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.92014  normal  0.965208 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_03490  ATP-grasp enzyme, D-alanine-D-alanine ligase  25.84 
 
 
327 aa  65.5  0.000000001  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  normal  0.160227 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3887  D-alanine--D-alanine ligase  24.92 
 
 
308 aa  64.7  0.000000002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0809283  normal  0.435651 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3455  D-alanine/D-alanine ligase  25.61 
 
 
336 aa  65.1  0.000000002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0409597  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2077  D-alanine--D-alanine ligase  23.97 
 
 
308 aa  65.1  0.000000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.335568  hitchhiker  0.00112188 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2628  D-alanine--D-alanine ligase  25.91 
 
 
304 aa  64.3  0.000000003  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.292335  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2741  D-alanine--D-alanine ligase  26 
 
 
304 aa  64.7  0.000000003  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.199895  hitchhiker  0.00000666317 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1643  D-alanine--D-alanine ligase  23.28 
 
 
298 aa  64.3  0.000000003  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2666  D-alanine--D-alanine ligase  25.91 
 
 
304 aa  64.3  0.000000003  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.555621  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0944  D-alanine--D-alanine ligase  23.38 
 
 
306 aa  63.5  0.000000005  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  hitchhiker  0.0000259534  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2424  D-alanine--D-alanine ligase  25.84 
 
 
308 aa  63.2  0.000000007  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.060178  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0947  D-alanine--D-alanine ligase  24.7 
 
 
302 aa  62.8  0.000000008  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0325942  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2435  D-alanine--D-alanine ligase  25.91 
 
 
304 aa  62.8  0.000000009  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.470821  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2610  D-alanine--D-alanine ligase  25.91 
 
 
304 aa  62.8  0.000000009  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.5132  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00093  D-alanylalanine synthetase  24.5 
 
 
306 aa  62.8  0.00000001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.149308  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2491  D-alanine--D-alanine ligase  27.34 
 
 
306 aa  62  0.00000001  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00092  hypothetical protein  24.5 
 
 
306 aa  62.8  0.00000001  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.144888  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2627  D-alanine--D-alanine ligase  26.23 
 
 
304 aa  62.4  0.00000001  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000105454 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2390  D-alanine--D-alanine ligase  25.91 
 
 
304 aa  62  0.00000002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.593473  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2356  D-alanine--D-alanine ligase  26.21 
 
 
304 aa  61.6  0.00000002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_2550  D-alanine--D-alanine ligase  25.08 
 
 
319 aa  61.6  0.00000002  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.352521  normal  0.520823 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2978  D-alanine--D-alanine ligase  26.09 
 
 
332 aa  62  0.00000002  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  hitchhiker  0.00577366  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0100  D-alanine--D-alanine ligase  24.5 
 
 
306 aa  61.6  0.00000002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0814155  normal 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2524  D-alanine--D-alanine ligase  25.2 
 
 
311 aa  61.6  0.00000002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0109792  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0667  D-alanine/D-alanine ligase  23.68 
 
 
313 aa  62  0.00000002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.621467  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_9048  D-alanine/D-alanine ligase  25.85 
 
 
315 aa  61.6  0.00000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.499515  normal  0.480227 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3508  D-alanine/D-alanine ligase  24.5 
 
 
306 aa  61.2  0.00000003  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00134071  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0085  D-alanine--D-alanine ligase  24.5 
 
 
306 aa  61.2  0.00000003  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.34447  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0098  D-alanine--D-alanine ligase  24.5 
 
 
306 aa  61.2  0.00000003  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000000699622  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3565  D-alanine--D-alanine ligase  24.5 
 
 
306 aa  61.2  0.00000003  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.00231129  hitchhiker  0.00551648 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3668  D-alanine--D-alanine ligase  26.09 
 
 
332 aa  61.2  0.00000003  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.497942  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4160  D-alanine/D-alanine ligase  24.61 
 
 
333 aa  61.2  0.00000003  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.190227  normal  0.261244 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1784  D-alanine--D-alanine ligase  23.55 
 
 
325 aa  60.5  0.00000004  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.0240622  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0665  D-alanyl-alanine synthetase A  24.38 
 
 
303 aa  60.8  0.00000004  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000619225  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1077  D-alanine--D-alanine ligase  24.79 
 
 
338 aa  60.8  0.00000004  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0742794  normal  0.822876 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0094  D-alanine--D-alanine ligase  24.1 
 
 
306 aa  60.5  0.00000004  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000101829  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4691  D-alanine--D-alanine ligase  26.04 
 
 
323 aa  60.5  0.00000004  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_13270  D-alanine--D-alanine ligase  28.57 
 
 
315 aa  60.8  0.00000004  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.122637  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1428  D-alanine--D-alanine ligase  22.19 
 
 
308 aa  60.5  0.00000005  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.631762  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0146  D-alanine--D-alanine ligase  24.9 
 
 
306 aa  60.1  0.00000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.302602  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0142  D-alanine--D-alanine ligase  24.9 
 
 
306 aa  60.1  0.00000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.696174  hitchhiker  0.00000371528 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0142  D-alanine--D-alanine ligase  24.9 
 
 
306 aa  60.1  0.00000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.0090881  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4976  D-alanine/D-alanine ligase  28.87 
 
 
319 aa  60.1  0.00000006  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2199  D-alanine--D-alanine ligase  26.88 
 
 
305 aa  59.7  0.00000007  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.171774  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0147  D-alanine--D-alanine ligase  24.9 
 
 
306 aa  60.1  0.00000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.000287396  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>