More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Jden_2550 on replicon NC_013174
Organism: Jonesia denitrificans DSM 20603



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013174  Jden_2550  D-alanine--D-alanine ligase  100 
 
 		 319 aa  631  1e-180  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.352521  normal  0.520823 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_37970  D-alanine--D-alanine ligase  68.14 
 
 		 317 aa  414  1e-114  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_3371  D-alanine/D-alanine ligase  65.57 
 
 		 349 aa  379  1e-104  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.0642922  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_4215  D-alanine--D-alanine ligase  67.22 
 
 		 313 aa  373  1e-102  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4691  D-alanine--D-alanine ligase  61.44 
 
 		 323 aa  349  3e-95  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4976  D-alanine/D-alanine ligase  61.36 
 
 		 319 aa  330  2e-89  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3582  D-alanine/D-alanine ligase  57.14 
 
 		 316 aa  327  2.0000000000000001e-88  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.301963  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_9380  D-alanine--D-alanine ligase  58.14 
 
 		 318 aa  325  5e-88  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_39720  D-alanine--D-alanine ligase  54.07 
 
 		 316 aa  320  1.9999999999999998e-86  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_9048  D-alanine/D-alanine ligase  54.63 
 
 		 315 aa  318  6e-86  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.499515  normal  0.480227 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1640  D-alanine--D-alanine ligase  58.31 
 
 		 329 aa  312  3.9999999999999997e-84  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4584  D-alanine--D-alanine ligase  56.8 
 
 		 326 aa  304  1.0000000000000001e-81  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.984407  hitchhiker  0.000547053 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_7091  D-alanine--D-alanine ligase  52.73 
 
 		 314 aa  298  1e-79  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.581394  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_5088  D-alanine--D-alanine ligase  52.68 
 
 		 329 aa  292  6e-78  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2236  D-alanine--D-alanine ligase  53.57 
 
 		 326 aa  290  2e-77  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0429667  normal  0.174652 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_5406  D-alanine--D-alanine ligase  51.12 
 
 		 315 aa  290  2e-77  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_5102  D-alanine--D-alanine ligase  57.34 
 
 		 327 aa  284  1.0000000000000001e-75  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.842129  unclonable  0.0000000223224 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_6426  D-alanine/D-alanine ligase  48.42 
 
 		 317 aa  279  4e-74  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6711  D-alanine--D-alanine ligase  55.14 
 
 		 321 aa  275  6e-73  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_2153  D-alanine--D-alanine ligase  51.32 
 
 		 333 aa  270  2e-71  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2148  D-alanine--D-alanine ligase  36.51 
 
 		 314 aa  205  8e-52  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.628633  normal  0.0222251 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0319  D-alanine--D-alanine ligase  38.65 
 
 		 333 aa  204  2e-51  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.0126271  normal  1 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_03490  ATP-grasp enzyme, D-alanine-D-alanine ligase  42.36 
 
 		 327 aa  201  9.999999999999999e-51  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  0.160227 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_14120  D-alanine--D-alanine ligase  40.58 
 
 		 313 aa  199  3.9999999999999996e-50  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_28460  D-alanine--D-alanine ligase  36.22 
 
 		 317 aa  197  1.0000000000000001e-49  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.289482  hitchhiker  0.00300353 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3914  D-alanine--D-alanine ligase  39.86 
 
 		 308 aa  197  1.0000000000000001e-49  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.536039  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3830  D-alanine--D-alanine ligase  39.86 
 
 		 308 aa  197  2.0000000000000003e-49  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1155  D-alanine--D-alanine ligase  36.04 
 
 		 309 aa  196  3e-49  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.112058  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1108  D-alanine--D-alanine ligase  38.89 
 
 		 308 aa  196  4.0000000000000005e-49  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1240  D-alanine--D-alanine ligase  38.82 
 
 		 306 aa  194  1e-48  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_3114  D-alanine/D-alanine ligase  38.91 
 
 		 307 aa  193  3e-48  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.188134  hitchhiker  0.0000000168198 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0952  D-alanine/D-alanine ligase  33.66 
 
 		 311 aa  193  3e-48  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1140  D-alanine--D-alanine ligase  36.48 
 
 		 309 aa  190  2.9999999999999997e-47  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.000909084  normal  1 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1588  D-alanyl-alanine synthetase A  34.5 
 
 		 316 aa  190  2.9999999999999997e-47  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.0000341303  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1360  D-alanine/D-alanine ligase  36.89 
 
 		 319 aa  189  4e-47  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3887  D-alanine--D-alanine ligase  39.19 
 
 		 308 aa  189  7e-47  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0809283  normal  0.435651 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1796  D-alanine--D-alanine ligase  36.04 
 
 		 312 aa  188  1e-46  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3774  D-alanine--D-alanine ligase  40.2 
 
 		 308 aa  187  2e-46  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3301  D-alanine--D-alanine ligase  38.66 
 
 		 308 aa  186  4e-46  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3286  D-alanine--D-alanine ligase  38.39 
 
 		 310 aa  184  1.0000000000000001e-45  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0695  D-alanine--D-alanine ligase  41.1 
 
 		 307 aa  184  2.0000000000000003e-45  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.686209  normal  0.293576 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2329  D-alanine--D-alanine ligase  39.86 
 
 		 318 aa  184  2.0000000000000003e-45  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.304126  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0667  D-alanine/D-alanine ligase  38.87 
 
 		 313 aa  182  5.0000000000000004e-45  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.621467  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3492  D-alanine--D-alanine ligase  41.37 
 
 		 307 aa  182  5.0000000000000004e-45  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0183  D-alanine--D-alanine ligase  39.6 
 
 		 337 aa  182  7e-45  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  hitchhiker  0.0000736036  normal  0.566039 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2589  D-alanine--D-alanine ligase  37.38 
 
 		 308 aa  182  8.000000000000001e-45  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3971  D-alanine--D-alanine ligase  36.73 
 
 		 310 aa  182  1e-44  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4385  D-alanine--D-alanine ligase  39.39 
 
 		 318 aa  179  7e-44  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0215233  normal  0.165436 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2199  D-alanine--D-alanine ligase  35.35 
 
 		 305 aa  179  8e-44  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.171774  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0750  D-alanine--D-alanine ligase  35.03 
 
 		 310 aa  179  8e-44  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0947  D-alanine--D-alanine ligase  39.03 
 
 		 302 aa  178  9e-44  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0325942  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0420  D-alanine/D-alanine ligase  31.17 
 
 		 299 aa  177  2e-43  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.0000379989  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3066  D-alanine--D-alanine ligase  38.31 
 
 		 316 aa  177  3e-43  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2077  D-alanine--D-alanine ligase  37.75 
 
 		 308 aa  177  3e-43  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.335568  hitchhiker  0.00112188 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4510  D-alanine--D-alanine ligase  39.06 
 
 		 318 aa  176  4e-43  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.926971  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0169  D-alanine--D-alanine ligase  38.59 
 
 		 337 aa  176  5e-43  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  hitchhiker  0.0022958  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1339  D-alanine--D-alanine ligase  38.72 
 
 		 318 aa  175  7e-43  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.266833  normal  0.0340242 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4671  D-alanine--D-alanine ligase  38.23 
 
 		 324 aa  175  8e-43  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0129578  normal  0.448814 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2753  D-alanine--D-alanine ligase  40.98 
 
 		 316 aa  175  8e-43  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1149  D-alanine--D-alanine ligase  37.11 
 
 		 306 aa  175  9e-43  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.927057  normal  0.917542 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0946  D-alanine--D-alanine ligase  39.73 
 
 		 318 aa  175  9.999999999999999e-43  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.427679  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0697  D-alanine--D-alanine ligase  40.13 
 
 		 307 aa  175  9.999999999999999e-43  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.389866 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2848  D-alanine--D-alanine ligase  35.74 
 
 		 308 aa  174  1.9999999999999998e-42  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.67822  normal  0.0145718 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_09600  D-alanine-D-alanine ligase A  37.42 
 
 		 346 aa  174  1.9999999999999998e-42  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2491  D-alanine--D-alanine ligase  38.08 
 
 		 306 aa  173  2.9999999999999996e-42  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1074  D-alanine/D-alanine ligase  39.46 
 
 		 302 aa  174  2.9999999999999996e-42  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.254672  normal  0.307992 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0897  D-alanine-D-alanine ligase A  36.09 
 
 		 346 aa  172  5e-42  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.121426  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0850  D-alanine--D-alanine ligase  36.9 
 
 		 314 aa  172  5.999999999999999e-42  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.868675  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7439  D-alanine--D-alanine ligase  39.09 
 
 		 307 aa  172  6.999999999999999e-42  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0178341  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3590  D-alanine--D-alanine ligase  36.08 
 
 		 306 aa  172  7.999999999999999e-42  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.224564  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0787  D-alanine--D-alanine ligase  39.35 
 
 		 307 aa  171  1e-41  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.722961  normal  0.289278 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2111  D-alanine--D-alanine ligase  39.35 
 
 		 307 aa  171  1e-41  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0360  D-alanine--D-alanine ligase  35.37 
 
 		 308 aa  171  1e-41  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2004  D-alanine--D-alanine ligase  37.1 
 
 		 308 aa  170  2e-41  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0511  D-alanine/D-alanine ligase  35.74 
 
 		 305 aa  170  3e-41  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2353  D-alanine--D-alanine ligase  39.09 
 
 		 307 aa  170  3e-41  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.452645 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3385  D-alanine--D-alanine ligase  38.06 
 
 		 306 aa  170  3e-41  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.0172099  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3516  D-alanine--D-alanine ligase  38.06 
 
 		 306 aa  170  3e-41  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.730478  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2916  D-alanine--D-alanine ligase  38.06 
 
 		 306 aa  170  3e-41  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.253667  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2649  D-alanine--D-alanine ligase  40.2 
 
 		 303 aa  169  4e-41  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0494  D-alanine--D-alanine ligase  36.07 
 
 		 305 aa  169  5e-41  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.922593  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0924  D-alanine--D-alanine ligase  37.46 
 
 		 313 aa  169  5e-41  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.783773  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3778  D-alanine--D-alanine ligase  35.71 
 
 		 306 aa  169  8e-41  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.078673  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_07996  D-alanylalanine synthetase  31.5 
 
 		 324 aa  169  8e-41  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.598131  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4463  D-alanine--D-alanine ligase  33.78 
 
 		 317 aa  168  9e-41  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.816615  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1077  D-alanine--D-alanine ligase  38.13 
 
 		 338 aa  168  9e-41  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0742794  normal  0.822876 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3496  D-alanine--D-alanine ligase  37.83 
 
 		 301 aa  167  2e-40  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.303259  normal  0.188396 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0366  D-alanine--D-alanine ligase  38.93 
 
 		 308 aa  167  2e-40  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0142  D-alanine--D-alanine ligase  37.41 
 
 		 306 aa  167  2e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.0090881  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4490  D-alanine--D-alanine ligase  40.2 
 
 		 311 aa  167  2e-40  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2887  D-alanine--D-alanine ligase  36.93 
 
 		 300 aa  167  2.9999999999999998e-40  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.130361  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2946  D-alanine--D-alanine ligase  39.09 
 
 		 307 aa  166  4e-40  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.187089 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2424  D-alanine--D-alanine ligase  36.79 
 
 		 308 aa  166  5e-40  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.060178  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6870  D-alanine--D-alanine ligase  33.94 
 
 		 342 aa  166  5.9999999999999996e-40  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_4102  D-alanine--D-alanine ligase  36.59 
 
 		 311 aa  166  5.9999999999999996e-40  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.422713 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00093  D-alanylalanine synthetase  35.71 
 
 		 306 aa  166  6.9999999999999995e-40  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.149308  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00092  hypothetical protein  35.71 
 
 		 306 aa  166  6.9999999999999995e-40  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.144888  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3173  D-alanine--D-alanine ligase  39.09 
 
 		 307 aa  165  6.9999999999999995e-40  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0466065  normal  0.598076 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0142  D-alanine--D-alanine ligase  37.07 
 
 		 306 aa  166  6.9999999999999995e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.696174  hitchhiker  0.00000371528 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4982  D-alanine--D-alanine ligase  36.61 
 
 		 319 aa  165  8e-40  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.380222  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>