More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Namu_5406 on replicon NC_013235
Organism: Nakamurella multipartita DSM 44233



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013235  Namu_5406  D-alanine--D-alanine ligase  100 
 
 		 315 aa  627  1e-179  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_39720  D-alanine--D-alanine ligase  62.06 
 
 		 316 aa  397  1e-109  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_7091  D-alanine--D-alanine ligase  62.18 
 
 		 314 aa  369  1e-101  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.581394  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_5088  D-alanine--D-alanine ligase  58.22 
 
 		 329 aa  358  9e-98  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4691  D-alanine--D-alanine ligase  56.09 
 
 		 323 aa  343  2e-93  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3582  D-alanine/D-alanine ligase  54.66 
 
 		 316 aa  338  8e-92  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.301963  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_9380  D-alanine--D-alanine ligase  56.41 
 
 		 318 aa  335  5.999999999999999e-91  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_9048  D-alanine/D-alanine ligase  53.72 
 
 		 315 aa  323  2e-87  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.499515  normal  0.480227 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4584  D-alanine--D-alanine ligase  52.88 
 
 		 326 aa  322  4e-87  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.984407  hitchhiker  0.000547053 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_6426  D-alanine/D-alanine ligase  51.94 
 
 		 317 aa  312  3.9999999999999997e-84  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_5102  D-alanine--D-alanine ligase  53.55 
 
 		 327 aa  311  1e-83  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.842129  unclonable  0.0000000223224 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4976  D-alanine/D-alanine ligase  54.61 
 
 		 319 aa  306  2.0000000000000002e-82  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_2550  D-alanine--D-alanine ligase  51.12 
 
 		 319 aa  301  1e-80  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.352521  normal  0.520823 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1640  D-alanine--D-alanine ligase  53.05 
 
 		 329 aa  297  1e-79  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_37970  D-alanine--D-alanine ligase  52.27 
 
 		 317 aa  295  9e-79  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_2153  D-alanine--D-alanine ligase  50.64 
 
 		 333 aa  292  4e-78  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2236  D-alanine--D-alanine ligase  51.77 
 
 		 326 aa  290  2e-77  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0429667  normal  0.174652 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_4215  D-alanine--D-alanine ligase  49.68 
 
 		 313 aa  285  5e-76  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_3371  D-alanine/D-alanine ligase  49.68 
 
 		 349 aa  282  5.000000000000001e-75  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.0642922  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6711  D-alanine--D-alanine ligase  49.19 
 
 		 321 aa  268  1e-70  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0319  D-alanine--D-alanine ligase  37.72 
 
 		 333 aa  214  9.999999999999999e-55  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.0126271  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2148  D-alanine--D-alanine ligase  36.74 
 
 		 314 aa  213  3.9999999999999995e-54  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.628633  normal  0.0222251 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1108  D-alanine--D-alanine ligase  39.35 
 
 		 308 aa  200  3e-50  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0952  D-alanine/D-alanine ligase  35.74 
 
 		 311 aa  193  3e-48  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_28460  D-alanine--D-alanine ligase  39.87 
 
 		 317 aa  193  4e-48  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.289482  hitchhiker  0.00300353 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1796  D-alanine--D-alanine ligase  36.62 
 
 		 312 aa  192  7e-48  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3887  D-alanine--D-alanine ligase  40.07 
 
 		 308 aa  191  1e-47  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0809283  normal  0.435651 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3914  D-alanine--D-alanine ligase  39.41 
 
 		 308 aa  191  1e-47  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.536039  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1240  D-alanine--D-alanine ligase  39.17 
 
 		 306 aa  191  1e-47  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3830  D-alanine--D-alanine ligase  39.41 
 
 		 308 aa  191  2e-47  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1588  D-alanyl-alanine synthetase A  33.54 
 
 		 316 aa  190  2.9999999999999997e-47  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.0000341303  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_14120  D-alanine--D-alanine ligase  39.42 
 
 		 313 aa  190  2.9999999999999997e-47  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_03490  ATP-grasp enzyme, D-alanine-D-alanine ligase  38.89 
 
 		 327 aa  189  4e-47  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  0.160227 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2199  D-alanine--D-alanine ligase  38.06 
 
 		 305 aa  187  2e-46  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.171774  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1140  D-alanine--D-alanine ligase  35.69 
 
 		 309 aa  187  3e-46  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.000909084  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3590  D-alanine--D-alanine ligase  35.16 
 
 		 306 aa  186  4e-46  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.224564  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3492  D-alanine--D-alanine ligase  39.75 
 
 		 307 aa  186  4e-46  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2329  D-alanine--D-alanine ligase  35.6 
 
 		 318 aa  186  5e-46  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.304126  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1155  D-alanine--D-alanine ligase  37.18 
 
 		 309 aa  183  3e-45  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.112058  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2491  D-alanine--D-alanine ligase  38.93 
 
 		 306 aa  182  5.0000000000000004e-45  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3971  D-alanine--D-alanine ligase  36.62 
 
 		 310 aa  181  2e-44  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0183  D-alanine--D-alanine ligase  35.16 
 
 		 337 aa  181  2e-44  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  hitchhiker  0.0000736036  normal  0.566039 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3126  D-alanine--D-alanine ligase  38.31 
 
 		 327 aa  179  4e-44  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0142  D-alanine--D-alanine ligase  34.84 
 
 		 306 aa  179  4.999999999999999e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.0090881  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0146  D-alanine--D-alanine ligase  34.84 
 
 		 306 aa  179  5.999999999999999e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.302602  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0360  D-alanine--D-alanine ligase  33.99 
 
 		 308 aa  179  5.999999999999999e-44  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0750  D-alanine--D-alanine ligase  36.21 
 
 		 310 aa  178  9e-44  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0084  D-alanine--D-alanine ligase  33.33 
 
 		 340 aa  178  1e-43  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3774  D-alanine--D-alanine ligase  38.33 
 
 		 308 aa  178  1e-43  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0147  D-alanine--D-alanine ligase  34.52 
 
 		 306 aa  178  1e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.000287396  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0085  D-alanine--D-alanine ligase  34.41 
 
 		 306 aa  178  1e-43  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.34447  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00093  D-alanylalanine synthetase  34.08 
 
 		 306 aa  177  2e-43  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.149308  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00092  hypothetical protein  34.08 
 
 		 306 aa  177  2e-43  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.144888  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0142  D-alanine--D-alanine ligase  34.52 
 
 		 306 aa  177  2e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.696174  hitchhiker  0.00000371528 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0097  D-alanine--D-alanine ligase  34.41 
 
 		 306 aa  177  2e-43  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00164222  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0638  D-alanine--D-alanine ligase  33.55 
 
 		 306 aa  177  3e-43  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.00195193  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3778  D-alanine--D-alanine ligase  34.52 
 
 		 306 aa  177  3e-43  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.078673  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3508  D-alanine/D-alanine ligase  34.08 
 
 		 306 aa  176  5e-43  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00134071  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0098  D-alanine--D-alanine ligase  34.08 
 
 		 306 aa  176  5e-43  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000000699622  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3565  D-alanine--D-alanine ligase  34.08 
 
 		 306 aa  176  5e-43  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.00231129  hitchhiker  0.00551648 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0100  D-alanine--D-alanine ligase  34.41 
 
 		 306 aa  176  6e-43  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0814155  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0094  D-alanine--D-alanine ligase  34.08 
 
 		 306 aa  176  6e-43  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000101829  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2649  D-alanine--D-alanine ligase  39.41 
 
 		 303 aa  175  8e-43  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0169  D-alanine--D-alanine ligase  34.52 
 
 		 337 aa  175  9e-43  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  hitchhiker  0.0022958  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3286  D-alanine--D-alanine ligase  35.53 
 
 		 310 aa  174  9.999999999999999e-43  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_3114  D-alanine/D-alanine ligase  38.06 
 
 		 307 aa  174  1.9999999999999998e-42  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.188134  hitchhiker  0.0000000168198 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3130  D-alanine--D-alanine ligase  38.17 
 
 		 307 aa  174  1.9999999999999998e-42  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.330245 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2946  D-alanine--D-alanine ligase  37.85 
 
 		 307 aa  173  3.9999999999999995e-42  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.187089 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3173  D-alanine--D-alanine ligase  38.17 
 
 		 307 aa  173  3.9999999999999995e-42  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0466065  normal  0.598076 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2977  D-alanine--D-alanine ligase  36.57 
 
 		 327 aa  172  5.999999999999999e-42  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4671  D-alanine--D-alanine ligase  36.54 
 
 		 324 aa  172  7.999999999999999e-42  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0129578  normal  0.448814 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2612  D-alanine--D-alanine ligase  35.13 
 
 		 317 aa  172  7.999999999999999e-42  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.000431315  unclonable  0.00000000000418412 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0009  D-alanine/D-alanine ligase  36.74 
 
 		 338 aa  172  7.999999999999999e-42  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.542001  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4160  D-alanine/D-alanine ligase  36.16 
 
 		 333 aa  172  9e-42  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.190227  normal  0.261244 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3066  D-alanine--D-alanine ligase  36.04 
 
 		 316 aa  171  1e-41  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2916  D-alanine--D-alanine ligase  34.87 
 
 		 306 aa  170  2e-41  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.253667  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3496  D-alanine--D-alanine ligase  37.41 
 
 		 301 aa  170  2e-41  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.303259  normal  0.188396 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3385  D-alanine--D-alanine ligase  34.87 
 
 		 306 aa  170  2e-41  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.0172099  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1360  D-alanine/D-alanine ligase  36.19 
 
 		 319 aa  171  2e-41  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3516  D-alanine--D-alanine ligase  34.87 
 
 		 306 aa  170  2e-41  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.730478  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1426  D-alanine--D-alanine ligase  36.42 
 
 		 313 aa  170  3e-41  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0667  D-alanine/D-alanine ligase  34.18 
 
 		 313 aa  169  4e-41  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.621467  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2722  D-alanine--D-alanine ligase  37.84 
 
 		 331 aa  169  5e-41  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2582  D-alanine--D-alanine ligase  33.66 
 
 		 304 aa  169  5e-41  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_57320  D-alanine--D-alanine ligase  37.9 
 
 		 319 aa  169  6e-41  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2741  D-alanine--D-alanine ligase  33.33 
 
 		 304 aa  169  7e-41  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.199895  hitchhiker  0.00000666317 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2353  D-alanine--D-alanine ligase  37.85 
 
 		 307 aa  168  9e-41  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.452645 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1244  D-alanine/D-alanine ligase  38.46 
 
 		 316 aa  168  1e-40  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  0.00234913  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4510  D-alanine--D-alanine ligase  36.36 
 
 		 318 aa  168  1e-40  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.926971  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4385  D-alanine--D-alanine ligase  36.04 
 
 		 318 aa  168  1e-40  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0215233  normal  0.165436 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4406  D-alanine--D-alanine ligase  36.74 
 
 		 319 aa  167  2e-40  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.206514  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0136  D-alanine/D-alanine ligase  38.02 
 
 		 302 aa  167  2e-40  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.444809  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4982  D-alanine--D-alanine ligase  36.42 
 
 		 319 aa  167  2e-40  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.380222  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3087  D-alanine--D-alanine ligase  37.41 
 
 		 331 aa  167  2.9999999999999998e-40  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.807087  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4572  D-alanine--D-alanine ligase  35.69 
 
 		 331 aa  167  2.9999999999999998e-40  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0596533  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1074  D-alanine/D-alanine ligase  36.54 
 
 		 302 aa  167  2.9999999999999998e-40  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.254672  normal  0.307992 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2190  D-alanine--D-alanine ligase  37.46 
 
 		 311 aa  166  2.9999999999999998e-40  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.10394  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4100  D-alanine--D-alanine ligase  37.06 
 
 		 319 aa  166  5e-40  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.555114 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2627  D-alanine--D-alanine ligase  33.33 
 
 		 304 aa  166  5e-40  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000105454 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0420  D-alanine/D-alanine ligase  29.97 
 
 		 299 aa  166  5.9999999999999996e-40  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.0000379989  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>