More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tfu_1640 on replicon NC_007333
Organism: Thermobifida fusca YX



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007333  Tfu_1640  D-alanine--D-alanine ligase  100 
 
 		 329 aa  645    Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2236  D-alanine--D-alanine ligase  70.82 
 
 		 326 aa  437  1e-121  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0429667  normal  0.174652 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3582  D-alanine/D-alanine ligase  66.14 
 
 		 316 aa  397  1e-109  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.301963  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6711  D-alanine--D-alanine ligase  63.49 
 
 		 321 aa  372  1e-102  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_9380  D-alanine--D-alanine ligase  64.56 
 
 		 318 aa  374  1e-102  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4976  D-alanine/D-alanine ligase  65.05 
 
 		 319 aa  367  1e-100  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4691  D-alanine--D-alanine ligase  59.81 
 
 		 323 aa  346  3e-94  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_9048  D-alanine/D-alanine ligase  58.06 
 
 		 315 aa  341  8e-93  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.499515  normal  0.480227 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_39720  D-alanine--D-alanine ligase  56.45 
 
 		 316 aa  337  1.9999999999999998e-91  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4584  D-alanine--D-alanine ligase  58.71 
 
 		 326 aa  333  2e-90  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.984407  hitchhiker  0.000547053 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_2550  D-alanine--D-alanine ligase  58.31 
 
 		 319 aa  325  5e-88  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.352521  normal  0.520823 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_5088  D-alanine--D-alanine ligase  56.86 
 
 		 329 aa  321  8e-87  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_4215  D-alanine--D-alanine ligase  59.08 
 
 		 313 aa  320  3e-86  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_5102  D-alanine--D-alanine ligase  58.06 
 
 		 327 aa  308  9e-83  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.842129  unclonable  0.0000000223224 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_3371  D-alanine/D-alanine ligase  56.45 
 
 		 349 aa  308  9e-83  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.0642922  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_2153  D-alanine--D-alanine ligase  53.63 
 
 		 333 aa  307  1.0000000000000001e-82  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_37970  D-alanine--D-alanine ligase  56.49 
 
 		 317 aa  308  1.0000000000000001e-82  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_7091  D-alanine--D-alanine ligase  54.81 
 
 		 314 aa  301  8.000000000000001e-81  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.581394  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_5406  D-alanine--D-alanine ligase  53.05 
 
 		 315 aa  299  3e-80  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_6426  D-alanine/D-alanine ligase  51.94 
 
 		 317 aa  297  2e-79  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_28460  D-alanine--D-alanine ligase  39.35 
 
 		 317 aa  195  7e-49  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.289482  hitchhiker  0.00300353 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2199  D-alanine--D-alanine ligase  38.73 
 
 		 305 aa  193  4e-48  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.171774  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0319  D-alanine--D-alanine ligase  39.46 
 
 		 333 aa  192  8e-48  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.0126271  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1108  D-alanine--D-alanine ligase  38.39 
 
 		 308 aa  191  1e-47  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_14120  D-alanine--D-alanine ligase  40.06 
 
 		 313 aa  189  8e-47  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3590  D-alanine--D-alanine ligase  37.25 
 
 		 306 aa  186  3e-46  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.224564  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1588  D-alanyl-alanine synthetase A  34.11 
 
 		 316 aa  184  1.0000000000000001e-45  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.0000341303  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0952  D-alanine/D-alanine ligase  34.01 
 
 		 311 aa  183  4.0000000000000006e-45  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2329  D-alanine--D-alanine ligase  40.6 
 
 		 318 aa  183  4.0000000000000006e-45  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.304126  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3914  D-alanine--D-alanine ligase  39.23 
 
 		 308 aa  182  7e-45  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.536039  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_3114  D-alanine/D-alanine ligase  39.35 
 
 		 307 aa  182  8.000000000000001e-45  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.188134  hitchhiker  0.0000000168198 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1155  D-alanine--D-alanine ligase  38.46 
 
 		 309 aa  182  9.000000000000001e-45  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.112058  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0183  D-alanine--D-alanine ligase  35.96 
 
 		 337 aa  181  1e-44  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  hitchhiker  0.0000736036  normal  0.566039 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2148  D-alanine--D-alanine ligase  34.19 
 
 		 314 aa  181  1e-44  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.628633  normal  0.0222251 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3830  D-alanine--D-alanine ligase  38.91 
 
 		 308 aa  181  1e-44  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2491  D-alanine--D-alanine ligase  37.12 
 
 		 306 aa  180  2.9999999999999997e-44  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3971  D-alanine--D-alanine ligase  39.74 
 
 		 310 aa  180  4e-44  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_03490  ATP-grasp enzyme, D-alanine-D-alanine ligase  37.58 
 
 		 327 aa  179  5.999999999999999e-44  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  0.160227 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1244  D-alanine/D-alanine ligase  40.19 
 
 		 316 aa  178  1e-43  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  0.00234913  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1360  D-alanine/D-alanine ligase  36.66 
 
 		 319 aa  177  3e-43  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3778  D-alanine--D-alanine ligase  36.58 
 
 		 306 aa  176  4e-43  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.078673  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0169  D-alanine--D-alanine ligase  34.81 
 
 		 337 aa  176  6e-43  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  hitchhiker  0.0022958  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2266  D-alanine--D-alanine ligase  40.06 
 
 		 302 aa  175  9e-43  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.297566  hitchhiker  0.00504643 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3066  D-alanine--D-alanine ligase  36.33 
 
 		 316 aa  174  1.9999999999999998e-42  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0142  D-alanine--D-alanine ligase  37.33 
 
 		 306 aa  173  3.9999999999999995e-42  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.696174  hitchhiker  0.00000371528 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1140  D-alanine--D-alanine ligase  36.69 
 
 		 309 aa  173  3.9999999999999995e-42  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.000909084  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0142  D-alanine--D-alanine ligase  37.33 
 
 		 306 aa  173  3.9999999999999995e-42  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.0090881  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0511  D-alanine/D-alanine ligase  37.69 
 
 		 305 aa  172  6.999999999999999e-42  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0147  D-alanine--D-alanine ligase  37.33 
 
 		 306 aa  172  6.999999999999999e-42  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.000287396  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3385  D-alanine--D-alanine ligase  36.91 
 
 		 306 aa  171  2e-41  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.0172099  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2916  D-alanine--D-alanine ligase  36.91 
 
 		 306 aa  171  2e-41  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.253667  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0146  D-alanine--D-alanine ligase  37 
 
 		 306 aa  171  2e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.302602  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3516  D-alanine--D-alanine ligase  36.91 
 
 		 306 aa  171  2e-41  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.730478  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3774  D-alanine--D-alanine ligase  38.59 
 
 		 308 aa  170  3e-41  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0360  D-alanine--D-alanine ligase  35.35 
 
 		 308 aa  170  3e-41  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0763  D-alanine--D-alanine ligase  35.91 
 
 		 306 aa  170  4e-41  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00284913  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0850  D-alanine--D-alanine ligase  35.47 
 
 		 314 aa  170  4e-41  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.868675  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2649  D-alanine--D-alanine ligase  38.16 
 
 		 303 aa  169  4e-41  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4671  D-alanine--D-alanine ligase  36.39 
 
 		 324 aa  169  5e-41  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0129578  normal  0.448814 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0667  D-alanine/D-alanine ligase  35.58 
 
 		 313 aa  169  7e-41  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.621467  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3286  D-alanine--D-alanine ligase  38.98 
 
 		 310 aa  168  9e-41  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0946  D-alanine--D-alanine ligase  37.19 
 
 		 318 aa  168  1e-40  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.427679  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1077  D-alanine--D-alanine ligase  35.06 
 
 		 338 aa  168  1e-40  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0742794  normal  0.822876 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1074  D-alanine/D-alanine ligase  38.02 
 
 		 302 aa  167  2e-40  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.254672  normal  0.307992 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00093  D-alanylalanine synthetase  35.91 
 
 		 306 aa  167  2.9999999999999998e-40  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.149308  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3508  D-alanine/D-alanine ligase  35.91 
 
 		 306 aa  166  2.9999999999999998e-40  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00134071  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0085  D-alanine--D-alanine ligase  37.12 
 
 		 306 aa  167  2.9999999999999998e-40  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.34447  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0098  D-alanine--D-alanine ligase  35.91 
 
 		 306 aa  166  2.9999999999999998e-40  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000000699622  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00092  hypothetical protein  35.91 
 
 		 306 aa  167  2.9999999999999998e-40  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.144888  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0382  D-alanine/D-alanine ligase  37.13 
 
 		 308 aa  166  2.9999999999999998e-40  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.0398495  normal  0.161369 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4510  D-alanine--D-alanine ligase  36.56 
 
 		 318 aa  167  2.9999999999999998e-40  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.926971  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3565  D-alanine--D-alanine ligase  35.91 
 
 		 306 aa  166  2.9999999999999998e-40  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.00231129  hitchhiker  0.00551648 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2074  D-alanine--D-alanine ligase  37.14 
 
 		 304 aa  167  2.9999999999999998e-40  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.1873 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0203  D-alanine--D-alanine ligase  37.13 
 
 		 308 aa  166  2.9999999999999998e-40  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.43186  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3496  D-alanine--D-alanine ligase  35.95 
 
 		 301 aa  166  4e-40  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.303259  normal  0.188396 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1796  D-alanine--D-alanine ligase  36.25 
 
 		 312 aa  166  4e-40  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0494  D-alanine--D-alanine ligase  36.45 
 
 		 305 aa  166  4e-40  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.922593  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0094  D-alanine--D-alanine ligase  35.91 
 
 		 306 aa  166  5e-40  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000101829  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4917  D-alanine/D-alanine ligase  36.81 
 
 		 309 aa  166  5e-40  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.912808  normal  0.0828736 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0100  D-alanine--D-alanine ligase  36.24 
 
 		 306 aa  166  5.9999999999999996e-40  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0814155  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1149  D-alanine--D-alanine ligase  35.14 
 
 		 306 aa  166  8e-40  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.927057  normal  0.917542 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1084  D-alanyl-alanine synthetase A  31.71 
 
 		 367 aa  164  1.0000000000000001e-39  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0122  D-alanine--D-alanine ligase  36.22 
 
 		 310 aa  165  1.0000000000000001e-39  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  decreased coverage  0.000652321  normal  0.029871 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4385  D-alanine--D-alanine ligase  36.25 
 
 		 318 aa  165  1.0000000000000001e-39  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0215233  normal  0.165436 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1240  D-alanine--D-alanine ligase  37.46 
 
 		 306 aa  165  1.0000000000000001e-39  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3887  D-alanine--D-alanine ligase  36.66 
 
 		 308 aa  165  1.0000000000000001e-39  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0809283  normal  0.435651 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0924  D-alanine--D-alanine ligase  37.58 
 
 		 313 aa  164  2.0000000000000002e-39  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.783773  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0097  D-alanine--D-alanine ligase  36.33 
 
 		 306 aa  164  2.0000000000000002e-39  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00164222  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1339  D-alanine--D-alanine ligase  35.94 
 
 		 318 aa  163  3e-39  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.266833  normal  0.0340242 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3425  D-alanine--D-alanine ligase  37.38 
 
 		 304 aa  163  4.0000000000000004e-39  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.346126  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4982  D-alanine--D-alanine ligase  36.91 
 
 		 319 aa  163  4.0000000000000004e-39  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.380222  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0366  D-alanine--D-alanine ligase  38.59 
 
 		 308 aa  162  8.000000000000001e-39  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3415  D-alanine--D-alanine ligase  35.67 
 
 		 325 aa  162  9e-39  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0675936  normal  0.934291 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2988  D-alanine--D-alanine ligase  35.47 
 
 		 328 aa  161  2e-38  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0524  D-alanine--D-alanine ligase  36.42 
 
 		 329 aa  160  2e-38  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.860729 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_57320  D-alanine--D-alanine ligase  36.24 
 
 		 319 aa  160  2e-38  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_4102  D-alanine--D-alanine ligase  35.81 
 
 		 311 aa  160  3e-38  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.422713 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0203  D-alanyl-alanine synthetase A  30.29 
 
 		 364 aa  160  3e-38  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0638  D-alanine--D-alanine ligase  34.56 
 
 		 306 aa  159  5e-38  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.00195193  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0415  D-alanine--D-alanine ligase  37.3 
 
 		 627 aa  159  5e-38  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>