More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Noca_4691 on replicon NC_008699
Organism: Nocardioides sp. JS614



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008699  Noca_4691  D-alanine--D-alanine ligase  100 
 
 		 323 aa  630  1e-180  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3582  D-alanine/D-alanine ligase  60.97 
 
 		 316 aa  364  1e-100  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.301963  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_39720  D-alanine--D-alanine ligase  61.09 
 
 		 316 aa  367  1e-100  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_9380  D-alanine--D-alanine ligase  63.67 
 
 		 318 aa  366  1e-100  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4976  D-alanine/D-alanine ligase  62.87 
 
 		 319 aa  351  1e-95  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_2550  D-alanine--D-alanine ligase  61.44 
 
 		 319 aa  349  3e-95  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.352521  normal  0.520823 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_9048  D-alanine/D-alanine ligase  60 
 
 		 315 aa  348  9e-95  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.499515  normal  0.480227 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1640  D-alanine--D-alanine ligase  59.81 
 
 		 329 aa  339  2.9999999999999998e-92  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_5406  D-alanine--D-alanine ligase  56.09 
 
 		 315 aa  337  1.9999999999999998e-91  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4584  D-alanine--D-alanine ligase  58.68 
 
 		 326 aa  336  2.9999999999999997e-91  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.984407  hitchhiker  0.000547053 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_7091  D-alanine--D-alanine ligase  58.9 
 
 		 314 aa  335  7.999999999999999e-91  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.581394  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_37970  D-alanine--D-alanine ligase  60.13 
 
 		 317 aa  330  2e-89  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_5088  D-alanine--D-alanine ligase  57.62 
 
 		 329 aa  327  1.0000000000000001e-88  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_4215  D-alanine--D-alanine ligase  62.54 
 
 		 313 aa  324  1e-87  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_5102  D-alanine--D-alanine ligase  59.35 
 
 		 327 aa  319  3e-86  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.842129  unclonable  0.0000000223224 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_6426  D-alanine/D-alanine ligase  54.19 
 
 		 317 aa  313  1.9999999999999998e-84  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2236  D-alanine--D-alanine ligase  58.06 
 
 		 326 aa  314  1.9999999999999998e-84  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0429667  normal  0.174652 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_3371  D-alanine/D-alanine ligase  56.15 
 
 		 349 aa  306  4.0000000000000004e-82  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.0642922  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6711  D-alanine--D-alanine ligase  56.05 
 
 		 321 aa  306  5.0000000000000004e-82  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_2153  D-alanine--D-alanine ligase  52.88 
 
 		 333 aa  289  5.0000000000000004e-77  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_28460  D-alanine--D-alanine ligase  39.87 
 
 		 317 aa  209  4e-53  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.289482  hitchhiker  0.00300353 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2329  D-alanine--D-alanine ligase  41.03 
 
 		 318 aa  202  4e-51  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.304126  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2148  D-alanine--D-alanine ligase  35.39 
 
 		 314 aa  200  3e-50  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.628633  normal  0.0222251 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0183  D-alanine--D-alanine ligase  40.07 
 
 		 337 aa  199  7e-50  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  hitchhiker  0.0000736036  normal  0.566039 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0319  D-alanine--D-alanine ligase  39.7 
 
 		 333 aa  199  7e-50  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.0126271  normal  1 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1588  D-alanyl-alanine synthetase A  33.23 
 
 		 316 aa  198  1.0000000000000001e-49  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.0000341303  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_03490  ATP-grasp enzyme, D-alanine-D-alanine ligase  40.25 
 
 		 327 aa  198  1.0000000000000001e-49  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  0.160227 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3590  D-alanine--D-alanine ligase  36.57 
 
 		 306 aa  196  4.0000000000000005e-49  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.224564  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2074  D-alanine--D-alanine ligase  38.98 
 
 		 304 aa  194  2e-48  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.1873 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1108  D-alanine--D-alanine ligase  36.98 
 
 		 308 aa  192  9e-48  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3492  D-alanine--D-alanine ligase  40.38 
 
 		 307 aa  190  2e-47  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_3114  D-alanine/D-alanine ligase  38.11 
 
 		 307 aa  191  2e-47  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.188134  hitchhiker  0.0000000168198 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0850  D-alanine--D-alanine ligase  37.33 
 
 		 314 aa  190  2.9999999999999997e-47  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.868675  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1077  D-alanine--D-alanine ligase  37.85 
 
 		 338 aa  189  4e-47  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0742794  normal  0.822876 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2649  D-alanine--D-alanine ligase  39.49 
 
 		 303 aa  189  4e-47  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4671  D-alanine--D-alanine ligase  37.26 
 
 		 324 aa  189  5e-47  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0129578  normal  0.448814 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0169  D-alanine--D-alanine ligase  36.99 
 
 		 337 aa  189  5e-47  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  hitchhiker  0.0022958  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2491  D-alanine--D-alanine ligase  37.87 
 
 		 306 aa  189  7e-47  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_14120  D-alanine--D-alanine ligase  38.14 
 
 		 313 aa  188  9e-47  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2077  D-alanine--D-alanine ligase  38.36 
 
 		 308 aa  188  1e-46  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.335568  hitchhiker  0.00112188 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3423  D-alanine--D-alanine ligase  38.51 
 
 		 346 aa  187  3e-46  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.206359  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3914  D-alanine--D-alanine ligase  39.75 
 
 		 308 aa  186  4e-46  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.536039  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0667  D-alanine/D-alanine ligase  36.98 
 
 		 313 aa  186  4e-46  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.621467  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0511  D-alanine/D-alanine ligase  36.98 
 
 		 305 aa  186  5e-46  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0009  D-alanine/D-alanine ligase  36.71 
 
 		 338 aa  185  8e-46  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.542001  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2612  D-alanine--D-alanine ligase  35.74 
 
 		 317 aa  185  1.0000000000000001e-45  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.000431315  unclonable  0.00000000000418412 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3971  D-alanine--D-alanine ligase  36.99 
 
 		 310 aa  184  2.0000000000000003e-45  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3830  D-alanine--D-alanine ligase  39.43 
 
 		 308 aa  184  2.0000000000000003e-45  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2199  D-alanine--D-alanine ligase  35.48 
 
 		 305 aa  184  2.0000000000000003e-45  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.171774  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4510  D-alanine--D-alanine ligase  37.5 
 
 		 318 aa  184  2.0000000000000003e-45  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.926971  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3887  D-alanine--D-alanine ligase  39.49 
 
 		 308 aa  184  2.0000000000000003e-45  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0809283  normal  0.435651 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2589  D-alanine--D-alanine ligase  38.73 
 
 		 308 aa  183  3e-45  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0946  D-alanine--D-alanine ligase  37.06 
 
 		 318 aa  183  3e-45  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.427679  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0952  D-alanine/D-alanine ligase  31.48 
 
 		 311 aa  182  5.0000000000000004e-45  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0360  D-alanine--D-alanine ligase  34.75 
 
 		 308 aa  182  5.0000000000000004e-45  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0464  D-alanine--D-alanine ligase  38.49 
 
 		 319 aa  182  5.0000000000000004e-45  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.132669 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2988  D-alanine--D-alanine ligase  37.8 
 
 		 328 aa  182  6e-45  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4385  D-alanine--D-alanine ligase  36.99 
 
 		 318 aa  182  6e-45  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0215233  normal  0.165436 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1339  D-alanine--D-alanine ligase  36.86 
 
 		 318 aa  181  1e-44  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.266833  normal  0.0340242 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2190  D-alanine--D-alanine ligase  38.61 
 
 		 311 aa  181  1e-44  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.10394  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1155  D-alanine--D-alanine ligase  35.58 
 
 		 309 aa  181  1e-44  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.112058  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0452  D-alanine/D-alanine ligase  37.3 
 
 		 324 aa  181  2e-44  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0742321  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0494  D-alanine--D-alanine ligase  35.94 
 
 		 305 aa  181  2e-44  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.922593  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3066  D-alanine--D-alanine ligase  36.84 
 
 		 316 aa  180  2.9999999999999997e-44  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1472  D-alanine--D-alanine ligase  37.34 
 
 		 326 aa  180  2.9999999999999997e-44  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.269509  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1074  D-alanine/D-alanine ligase  38.02 
 
 		 302 aa  180  2.9999999999999997e-44  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.254672  normal  0.307992 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1240  D-alanine--D-alanine ligase  38.39 
 
 		 306 aa  180  2.9999999999999997e-44  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2004  D-alanine--D-alanine ligase  37.03 
 
 		 308 aa  180  4e-44  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0526  D-alanine--D-alanine ligase  34.53 
 
 		 332 aa  179  5.999999999999999e-44  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000337974  hitchhiker  0.0000125004 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0689  D-alanyl-alanine synthetase A  34.39 
 
 		 303 aa  179  8e-44  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  unclonable  0.00000234965  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3087  D-alanine--D-alanine ligase  36.84 
 
 		 331 aa  179  8e-44  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.807087  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2722  D-alanine--D-alanine ligase  36.84 
 
 		 331 aa  178  1e-43  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_57320  D-alanine--D-alanine ligase  36.94 
 
 		 319 aa  178  1e-43  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3286  D-alanine--D-alanine ligase  40 
 
 		 310 aa  178  1e-43  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1149  D-alanine--D-alanine ligase  34.97 
 
 		 306 aa  178  1e-43  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.927057  normal  0.917542 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2424  D-alanine--D-alanine ligase  37.26 
 
 		 308 aa  177  2e-43  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.060178  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0897  D-alanine-D-alanine ligase A  37.39 
 
 		 346 aa  177  2e-43  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.121426  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0750  D-alanine--D-alanine ligase  36.48 
 
 		 310 aa  177  2e-43  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3455  D-alanine/D-alanine ligase  35.17 
 
 		 336 aa  177  2e-43  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0409597  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0147  D-alanine--D-alanine ligase  36.13 
 
 		 306 aa  176  3e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.000287396  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0947  D-alanine--D-alanine ligase  38.26 
 
 		 302 aa  177  3e-43  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0325942  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3130  D-alanine--D-alanine ligase  38.61 
 
 		 307 aa  177  3e-43  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.330245 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_09600  D-alanine-D-alanine ligase A  37.91 
 
 		 346 aa  176  4e-43  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3425  D-alanine--D-alanine ligase  38.31 
 
 		 304 aa  176  4e-43  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.346126  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0142  D-alanine--D-alanine ligase  36.13 
 
 		 306 aa  176  4e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.696174  hitchhiker  0.00000371528 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0142  D-alanine--D-alanine ligase  36.13 
 
 		 306 aa  176  4e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.0090881  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0924  D-alanine--D-alanine ligase  36.72 
 
 		 313 aa  176  5e-43  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.783773  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2977  D-alanine--D-alanine ligase  37.1 
 
 		 327 aa  176  5e-43  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3668  D-alanine--D-alanine ligase  35.48 
 
 		 332 aa  176  5e-43  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.497942  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4982  D-alanine--D-alanine ligase  36.83 
 
 		 319 aa  176  6e-43  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.380222  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2848  D-alanine--D-alanine ligase  37.14 
 
 		 308 aa  176  6e-43  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.67822  normal  0.0145718 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2978  D-alanine--D-alanine ligase  35.48 
 
 		 332 aa  176  6e-43  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  hitchhiker  0.00577366  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0638  D-alanine--D-alanine ligase  34.84 
 
 		 306 aa  176  7e-43  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.00195193  normal  1 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0665  D-alanyl-alanine synthetase A  34.29 
 
 		 303 aa  175  8e-43  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000619225  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0146  D-alanine--D-alanine ligase  35.81 
 
 		 306 aa  174  9.999999999999999e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.302602  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2266  D-alanine--D-alanine ligase  37.66 
 
 		 302 aa  174  9.999999999999999e-43  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.297566  hitchhiker  0.00504643 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0763  D-alanine--D-alanine ligase  35.92 
 
 		 306 aa  174  9.999999999999999e-43  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00284913  normal  1 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1244  D-alanine/D-alanine ligase  40.45 
 
 		 316 aa  174  1.9999999999999998e-42  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  0.00234913  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0823  D-alanine--D-alanine ligase  36.28 
 
 		 334 aa  174  1.9999999999999998e-42  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.595745 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3415  D-alanine--D-alanine ligase  36.2 
 
 		 325 aa  174  1.9999999999999998e-42  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0675936  normal  0.934291 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>