More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Amir_7091 on replicon NC_013093
Organism: Actinosynnema mirum DSM 43827



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013093  Amir_7091  D-alanine--D-alanine ligase  100 
 
 
314 aa  619  1e-176  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.581394  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_39720  D-alanine--D-alanine ligase  74.84 
 
 
316 aa  484  1e-136  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_5406  D-alanine--D-alanine ligase  62.18 
 
 
315 aa  374  1e-103  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_5088  D-alanine--D-alanine ligase  61.44 
 
 
329 aa  369  1e-101  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_9380  D-alanine--D-alanine ligase  61.61 
 
 
318 aa  364  1e-99  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3582  D-alanine/D-alanine ligase  59.55 
 
 
316 aa  358  5e-98  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.301963  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4584  D-alanine--D-alanine ligase  58.6 
 
 
326 aa  356  1.9999999999999998e-97  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.984407  hitchhiker  0.000547053 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4691  D-alanine--D-alanine ligase  58.9 
 
 
323 aa  351  1e-95  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_5102  D-alanine--D-alanine ligase  57.96 
 
 
327 aa  338  9.999999999999999e-92  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.842129  unclonable  0.0000000223224 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_9048  D-alanine/D-alanine ligase  57.47 
 
 
315 aa  334  9e-91  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.499515  normal  0.480227 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4976  D-alanine/D-alanine ligase  59.74 
 
 
319 aa  328  9e-89  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_6426  D-alanine/D-alanine ligase  54.69 
 
 
317 aa  323  2e-87  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_2550  D-alanine--D-alanine ligase  52.73 
 
 
319 aa  313  2.9999999999999996e-84  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.352521  normal  0.520823 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_3371  D-alanine/D-alanine ligase  56.31 
 
 
349 aa  308  8e-83  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.0642922  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1640  D-alanine--D-alanine ligase  54.81 
 
 
329 aa  306  2.0000000000000002e-82  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_37970  D-alanine--D-alanine ligase  54.4 
 
 
317 aa  307  2.0000000000000002e-82  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_4215  D-alanine--D-alanine ligase  54.58 
 
 
313 aa  291  1e-77  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2236  D-alanine--D-alanine ligase  52.75 
 
 
326 aa  290  2e-77  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0429667  normal  0.174652 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_2153  D-alanine--D-alanine ligase  49.35 
 
 
333 aa  281  1e-74  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6711  D-alanine--D-alanine ligase  50.16 
 
 
321 aa  266  2.9999999999999995e-70  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2148  D-alanine--D-alanine ligase  36.33 
 
 
314 aa  206  3e-52  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.628633  normal  0.0222251 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3887  D-alanine--D-alanine ligase  43.37 
 
 
308 aa  205  8e-52  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0809283  normal  0.435651 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1588  D-alanyl-alanine synthetase A  34.29 
 
 
316 aa  204  2e-51  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.0000341303  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2329  D-alanine--D-alanine ligase  40.91 
 
 
318 aa  204  2e-51  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.304126  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3830  D-alanine--D-alanine ligase  40.32 
 
 
308 aa  201  9.999999999999999e-51  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3914  D-alanine--D-alanine ligase  40 
 
 
308 aa  201  1.9999999999999998e-50  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.536039  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1155  D-alanine--D-alanine ligase  37.22 
 
 
309 aa  197  2.0000000000000003e-49  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.112058  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1108  D-alanine--D-alanine ligase  40.89 
 
 
308 aa  197  3e-49  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_03490  ATP-grasp enzyme, D-alanine-D-alanine ligase  37.58 
 
 
327 aa  196  5.000000000000001e-49  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  normal  0.160227 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_3114  D-alanine/D-alanine ligase  41.08 
 
 
307 aa  194  2e-48  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.188134  hitchhiker  0.0000000168198 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3774  D-alanine--D-alanine ligase  41.47 
 
 
308 aa  193  3e-48  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2199  D-alanine--D-alanine ligase  38.02 
 
 
305 aa  192  6e-48  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.171774  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1140  D-alanine--D-alanine ligase  37.79 
 
 
309 aa  190  2.9999999999999997e-47  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.000909084  normal 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1240  D-alanine--D-alanine ligase  39.74 
 
 
306 aa  189  5e-47  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0952  D-alanine/D-alanine ligase  34.31 
 
 
311 aa  189  5.999999999999999e-47  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0319  D-alanine--D-alanine ligase  37.08 
 
 
333 aa  187  2e-46  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.0126271  normal 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2988  D-alanine--D-alanine ligase  38.89 
 
 
328 aa  187  2e-46  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_28460  D-alanine--D-alanine ligase  37.7 
 
 
317 aa  187  2e-46  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.289482  hitchhiker  0.00300353 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0420  D-alanine/D-alanine ligase  31.61 
 
 
299 aa  184  1.0000000000000001e-45  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.0000379989  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_14120  D-alanine--D-alanine ligase  39.23 
 
 
313 aa  180  2.9999999999999997e-44  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2491  D-alanine--D-alanine ligase  37.92 
 
 
306 aa  179  4e-44  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0511  D-alanine/D-alanine ligase  37.3 
 
 
305 aa  177  1e-43  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1796  D-alanine--D-alanine ligase  35.81 
 
 
312 aa  178  1e-43  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1244  D-alanine/D-alanine ligase  40.84 
 
 
316 aa  177  3e-43  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  0.00234913  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3590  D-alanine--D-alanine ligase  33.66 
 
 
306 aa  176  5e-43  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.224564  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1426  D-alanine--D-alanine ligase  37.42 
 
 
313 aa  175  8e-43  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4671  D-alanine--D-alanine ligase  36.89 
 
 
324 aa  175  9e-43  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0129578  normal  0.448814 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2977  D-alanine--D-alanine ligase  36.93 
 
 
327 aa  175  9.999999999999999e-43  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0360  D-alanine--D-alanine ligase  33.65 
 
 
308 aa  175  9.999999999999999e-43  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0137  D-alanine/D-alanine ligase  31.35 
 
 
288 aa  175  9.999999999999999e-43  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.000000588497  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0494  D-alanine--D-alanine ligase  36.66 
 
 
305 aa  174  1.9999999999999998e-42  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.922593  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0183  D-alanine--D-alanine ligase  34.84 
 
 
337 aa  173  2.9999999999999996e-42  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  hitchhiker  0.0000736036  normal  0.566039 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4917  D-alanine/D-alanine ligase  38.96 
 
 
309 aa  173  3.9999999999999995e-42  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.912808  normal  0.0828736 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0638  D-alanine--D-alanine ligase  34.64 
 
 
306 aa  173  3.9999999999999995e-42  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.00195193  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3126  D-alanine--D-alanine ligase  38.64 
 
 
327 aa  172  1e-41  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0122  D-alanine--D-alanine ligase  36.57 
 
 
310 aa  170  2e-41  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  decreased coverage  0.000652321  normal  0.029871 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0142  D-alanine--D-alanine ligase  35.62 
 
 
306 aa  171  2e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.0090881  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2266  D-alanine--D-alanine ligase  37.25 
 
 
302 aa  171  2e-41  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.297566  hitchhiker  0.00504643 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3087  D-alanine--D-alanine ligase  38.31 
 
 
331 aa  171  2e-41  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.807087  normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1074  D-alanine/D-alanine ligase  37.7 
 
 
302 aa  170  2e-41  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.254672  normal  0.307992 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0750  D-alanine--D-alanine ligase  34.5 
 
 
310 aa  170  3e-41  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1077  D-alanine--D-alanine ligase  35.88 
 
 
338 aa  170  4e-41  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0742794  normal  0.822876 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2722  D-alanine--D-alanine ligase  38.31 
 
 
331 aa  169  4e-41  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0142  D-alanine--D-alanine ligase  35.29 
 
 
306 aa  169  5e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.696174  hitchhiker  0.00000371528 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3778  D-alanine--D-alanine ligase  33.99 
 
 
306 aa  169  6e-41  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.078673  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0147  D-alanine--D-alanine ligase  35.29 
 
 
306 aa  169  8e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.000287396  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0667  D-alanine/D-alanine ligase  34.62 
 
 
313 aa  168  9e-41  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.621467  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3496  D-alanine--D-alanine ligase  36.81 
 
 
301 aa  168  1e-40  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.303259  normal  0.188396 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2612  D-alanine--D-alanine ligase  34.5 
 
 
317 aa  168  1e-40  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.000431315  unclonable  0.00000000000418412 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0823  D-alanine--D-alanine ligase  36.79 
 
 
334 aa  168  1e-40  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.595745 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0146  D-alanine--D-alanine ligase  34.97 
 
 
306 aa  167  2e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.302602  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_57320  D-alanine--D-alanine ligase  36.96 
 
 
319 aa  167  2e-40  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2074  D-alanine--D-alanine ligase  38.05 
 
 
304 aa  166  2.9999999999999998e-40  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal  0.1873 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0009  D-alanine/D-alanine ligase  34.94 
 
 
338 aa  167  2.9999999999999998e-40  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.542001  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1360  D-alanine/D-alanine ligase  35.92 
 
 
319 aa  166  4e-40  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3286  D-alanine--D-alanine ligase  36.22 
 
 
310 aa  166  5.9999999999999996e-40  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0085  D-alanine--D-alanine ligase  34.73 
 
 
306 aa  165  6.9999999999999995e-40  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.34447  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0169  D-alanine--D-alanine ligase  33.77 
 
 
337 aa  166  6.9999999999999995e-40  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  hitchhiker  0.0022958  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4510  D-alanine--D-alanine ligase  35.39 
 
 
318 aa  165  8e-40  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.926971  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4982  D-alanine--D-alanine ligase  35.97 
 
 
319 aa  165  8e-40  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.380222  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0946  D-alanine--D-alanine ligase  35.16 
 
 
318 aa  165  1.0000000000000001e-39  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.427679  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0136  D-alanine/D-alanine ligase  35.9 
 
 
302 aa  164  1.0000000000000001e-39  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.444809  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4385  D-alanine--D-alanine ligase  35.06 
 
 
318 aa  165  1.0000000000000001e-39  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0215233  normal  0.165436 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_4102  D-alanine--D-alanine ligase  37.38 
 
 
311 aa  165  1.0000000000000001e-39  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.422713 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00093  D-alanylalanine synthetase  34.41 
 
 
306 aa  164  2.0000000000000002e-39  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.149308  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1472  D-alanine--D-alanine ligase  36.81 
 
 
326 aa  164  2.0000000000000002e-39  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.269509  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00092  hypothetical protein  34.41 
 
 
306 aa  164  2.0000000000000002e-39  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.144888  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3508  D-alanine/D-alanine ligase  34.64 
 
 
306 aa  163  3e-39  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00134071  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3565  D-alanine--D-alanine ligase  34.64 
 
 
306 aa  163  3e-39  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.00231129  hitchhiker  0.00551648 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0098  D-alanine--D-alanine ligase  34.64 
 
 
306 aa  163  3e-39  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000000699622  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0094  D-alanine--D-alanine ligase  34.64 
 
 
306 aa  163  3e-39  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000101829  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3423  D-alanine--D-alanine ligase  36.61 
 
 
346 aa  163  3e-39  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.206359  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_13270  D-alanine--D-alanine ligase  35.18 
 
 
315 aa  163  3e-39  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.122637  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3971  D-alanine--D-alanine ligase  33.87 
 
 
310 aa  163  3e-39  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0097  D-alanine--D-alanine ligase  34.64 
 
 
306 aa  163  3e-39  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00164222  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3492  D-alanine--D-alanine ligase  39.56 
 
 
307 aa  163  4.0000000000000004e-39  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3668  D-alanine--D-alanine ligase  35.67 
 
 
332 aa  163  4.0000000000000004e-39  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.497942  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0763  D-alanine--D-alanine ligase  34.85 
 
 
306 aa  163  5.0000000000000005e-39  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00284913  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2978  D-alanine--D-alanine ligase  35.2 
 
 
332 aa  162  5.0000000000000005e-39  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  hitchhiker  0.00577366  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0100  D-alanine--D-alanine ligase  34.64 
 
 
306 aa  162  6e-39  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0814155  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>