More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Xcel_3371 on replicon NC_013530
Organism: Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013530  Xcel_3371  D-alanine/D-alanine ligase  100 
 
 		 349 aa  682    Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.0642922  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_37970  D-alanine--D-alanine ligase  71.57 
 
 		 317 aa  418  1e-116  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_2550  D-alanine--D-alanine ligase  65.57 
 
 		 319 aa  391  1e-108  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.352521  normal  0.520823 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_4215  D-alanine--D-alanine ligase  66.34 
 
 		 313 aa  370  1e-101  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_9048  D-alanine/D-alanine ligase  60 
 
 		 315 aa  343  2e-93  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.499515  normal  0.480227 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_9380  D-alanine--D-alanine ligase  60.13 
 
 		 318 aa  343  4e-93  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3582  D-alanine/D-alanine ligase  57.28 
 
 		 316 aa  330  2e-89  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.301963  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4976  D-alanine/D-alanine ligase  59.74 
 
 		 319 aa  329  4e-89  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4691  D-alanine--D-alanine ligase  56.15 
 
 		 323 aa  322  5e-87  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4584  D-alanine--D-alanine ligase  56.83 
 
 		 326 aa  320  1.9999999999999998e-86  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.984407  hitchhiker  0.000547053 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_39720  D-alanine--D-alanine ligase  54.37 
 
 		 316 aa  320  1.9999999999999998e-86  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1640  D-alanine--D-alanine ligase  56.45 
 
 		 329 aa  313  2.9999999999999996e-84  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_5088  D-alanine--D-alanine ligase  54.85 
 
 		 329 aa  306  5.0000000000000004e-82  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_6426  D-alanine/D-alanine ligase  55.16 
 
 		 317 aa  304  1.0000000000000001e-81  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_7091  D-alanine--D-alanine ligase  56.31 
 
 		 314 aa  303  3.0000000000000004e-81  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.581394  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2236  D-alanine--D-alanine ligase  55.16 
 
 		 326 aa  302  6.000000000000001e-81  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0429667  normal  0.174652 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_5102  D-alanine--D-alanine ligase  56.7 
 
 		 327 aa  294  1e-78  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.842129  unclonable  0.0000000223224 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6711  D-alanine--D-alanine ligase  54.84 
 
 		 321 aa  290  3e-77  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_5406  D-alanine--D-alanine ligase  49.84 
 
 		 315 aa  290  3e-77  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_2153  D-alanine--D-alanine ligase  53.87 
 
 		 333 aa  276  3e-73  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1108  D-alanine--D-alanine ligase  41.64 
 
 		 308 aa  211  1e-53  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0319  D-alanine--D-alanine ligase  39.46 
 
 		 333 aa  204  2e-51  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.0126271  normal  1 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0420  D-alanine/D-alanine ligase  33.98 
 
 		 299 aa  203  3e-51  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.0000379989  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2329  D-alanine--D-alanine ligase  40.58 
 
 		 318 aa  203  3e-51  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.304126  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_28460  D-alanine--D-alanine ligase  40.65 
 
 		 317 aa  203  5e-51  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.289482  hitchhiker  0.00300353 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3830  D-alanine--D-alanine ligase  39.03 
 
 		 308 aa  195  8.000000000000001e-49  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0952  D-alanine/D-alanine ligase  34.85 
 
 		 311 aa  194  1e-48  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3914  D-alanine--D-alanine ligase  38.71 
 
 		 308 aa  194  2e-48  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.536039  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_14120  D-alanine--D-alanine ligase  40.58 
 
 		 313 aa  193  3e-48  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_03490  ATP-grasp enzyme, D-alanine-D-alanine ligase  39.7 
 
 		 327 aa  193  3e-48  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  0.160227 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3887  D-alanine--D-alanine ligase  40 
 
 		 308 aa  192  5e-48  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0809283  normal  0.435651 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0366  D-alanine--D-alanine ligase  40.97 
 
 		 308 aa  192  6e-48  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3971  D-alanine--D-alanine ligase  38.66 
 
 		 310 aa  191  1e-47  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1588  D-alanyl-alanine synthetase A  35.02 
 
 		 316 aa  191  1e-47  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.0000341303  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0750  D-alanine--D-alanine ligase  36.28 
 
 		 310 aa  191  1e-47  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1155  D-alanine--D-alanine ligase  37.99 
 
 		 309 aa  190  2.9999999999999997e-47  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.112058  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2649  D-alanine--D-alanine ligase  39.68 
 
 		 303 aa  190  2.9999999999999997e-47  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1360  D-alanine/D-alanine ligase  38.26 
 
 		 319 aa  187  2e-46  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2148  D-alanine--D-alanine ligase  34.85 
 
 		 314 aa  186  6e-46  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.628633  normal  0.0222251 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4160  D-alanine/D-alanine ligase  39.35 
 
 		 333 aa  185  1.0000000000000001e-45  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.190227  normal  0.261244 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3590  D-alanine--D-alanine ligase  36.18 
 
 		 306 aa  185  1.0000000000000001e-45  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.224564  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1796  D-alanine--D-alanine ligase  37.42 
 
 		 312 aa  184  1.0000000000000001e-45  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3774  D-alanine--D-alanine ligase  39.35 
 
 		 308 aa  184  2.0000000000000003e-45  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0763  D-alanine--D-alanine ligase  37.34 
 
 		 306 aa  183  4.0000000000000006e-45  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00284913  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00093  D-alanylalanine synthetase  37.3 
 
 		 306 aa  182  5.0000000000000004e-45  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.149308  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00092  hypothetical protein  37.3 
 
 		 306 aa  182  5.0000000000000004e-45  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.144888  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0100  D-alanine--D-alanine ligase  37.62 
 
 		 306 aa  182  5.0000000000000004e-45  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0814155  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3508  D-alanine/D-alanine ligase  37.3 
 
 		 306 aa  182  6e-45  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00134071  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0667  D-alanine/D-alanine ligase  38.85 
 
 		 313 aa  182  6e-45  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.621467  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3565  D-alanine--D-alanine ligase  37.3 
 
 		 306 aa  182  6e-45  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.00231129  hitchhiker  0.00551648 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_3114  D-alanine/D-alanine ligase  39.74 
 
 		 307 aa  182  6e-45  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.188134  hitchhiker  0.0000000168198 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0098  D-alanine--D-alanine ligase  37.3 
 
 		 306 aa  182  6e-45  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000000699622  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0142  D-alanine--D-alanine ligase  38.26 
 
 		 306 aa  182  7e-45  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.696174  hitchhiker  0.00000371528 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0085  D-alanine--D-alanine ligase  37.3 
 
 		 306 aa  182  7e-45  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.34447  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0147  D-alanine--D-alanine ligase  38.26 
 
 		 306 aa  182  7e-45  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.000287396  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0142  D-alanine--D-alanine ligase  38.26 
 
 		 306 aa  182  8.000000000000001e-45  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.0090881  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1240  D-alanine--D-alanine ligase  39.55 
 
 		 306 aa  181  1e-44  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2199  D-alanine--D-alanine ligase  36.45 
 
 		 305 aa  181  1e-44  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.171774  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1074  D-alanine/D-alanine ligase  39.35 
 
 		 302 aa  181  1e-44  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.254672  normal  0.307992 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0094  D-alanine--D-alanine ligase  37.3 
 
 		 306 aa  182  1e-44  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000101829  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0146  D-alanine--D-alanine ligase  37.94 
 
 		 306 aa  181  1e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.302602  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0097  D-alanine--D-alanine ligase  37.3 
 
 		 306 aa  181  2e-44  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00164222  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2491  D-alanine--D-alanine ligase  38.49 
 
 		 306 aa  180  2.9999999999999997e-44  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0360  D-alanine--D-alanine ligase  34.75 
 
 		 308 aa  179  7e-44  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3066  D-alanine--D-alanine ligase  38.59 
 
 		 316 aa  177  2e-43  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2988  D-alanine--D-alanine ligase  37.99 
 
 		 328 aa  177  2e-43  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3778  D-alanine--D-alanine ligase  36.16 
 
 		 306 aa  177  2e-43  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.078673  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1140  D-alanine--D-alanine ligase  37.01 
 
 		 309 aa  177  2e-43  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.000909084  normal  1 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0183  D-alanine--D-alanine ligase  38.78 
 
 		 337 aa  177  2e-43  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  hitchhiker  0.0000736036  normal  0.566039 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1149  D-alanine--D-alanine ligase  35.06 
 
 		 306 aa  177  2e-43  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.927057  normal  0.917542 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3286  D-alanine--D-alanine ligase  40.45 
 
 		 310 aa  177  3e-43  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3385  D-alanine--D-alanine ligase  36.93 
 
 		 306 aa  176  6e-43  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.0172099  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2916  D-alanine--D-alanine ligase  36.93 
 
 		 306 aa  176  6e-43  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.253667  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3516  D-alanine--D-alanine ligase  36.93 
 
 		 306 aa  176  6e-43  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.730478  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_4102  D-alanine--D-alanine ligase  40.19 
 
 		 311 aa  176  6e-43  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.422713 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2426  D-alanine--D-alanine ligase  37.79 
 
 		 309 aa  175  9.999999999999999e-43  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.142396  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0638  D-alanine--D-alanine ligase  36.45 
 
 		 306 aa  175  9.999999999999999e-43  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.00195193  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4671  D-alanine--D-alanine ligase  38.46 
 
 		 324 aa  175  9.999999999999999e-43  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0129578  normal  0.448814 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4917  D-alanine/D-alanine ligase  38.64 
 
 		 309 aa  175  9.999999999999999e-43  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.912808  normal  0.0828736 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0511  D-alanine/D-alanine ligase  37.9 
 
 		 305 aa  175  9.999999999999999e-43  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0946  D-alanine--D-alanine ligase  38.46 
 
 		 318 aa  174  1.9999999999999998e-42  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.427679  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3423  D-alanine--D-alanine ligase  36.74 
 
 		 346 aa  173  3.9999999999999995e-42  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.206359  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0850  D-alanine--D-alanine ligase  36.25 
 
 		 314 aa  173  3.9999999999999995e-42  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.868675  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1077  D-alanine--D-alanine ligase  34.84 
 
 		 338 aa  173  3.9999999999999995e-42  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0742794  normal  0.822876 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4982  D-alanine--D-alanine ligase  37.46 
 
 		 319 aa  172  6.999999999999999e-42  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.380222  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0494  D-alanine--D-alanine ligase  38.06 
 
 		 305 aa  171  2e-41  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.922593  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03256  D-alanine--D-alanine ligase  37.54 
 
 		 322 aa  171  2e-41  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.130136  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0897  D-alanine-D-alanine ligase A  37.35 
 
 		 346 aa  171  2e-41  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.121426  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3455  D-alanine/D-alanine ligase  36.92 
 
 		 336 aa  171  2e-41  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0409597  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1426  D-alanine--D-alanine ligase  39.68 
 
 		 313 aa  170  3e-41  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_09600  D-alanine-D-alanine ligase A  37.35 
 
 		 346 aa  170  3e-41  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1339  D-alanine--D-alanine ligase  37.79 
 
 		 318 aa  170  4e-41  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.266833  normal  0.0340242 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4385  D-alanine--D-alanine ligase  37.79 
 
 		 318 aa  170  4e-41  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0215233  normal  0.165436 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4510  D-alanine--D-alanine ligase  37.79 
 
 		 318 aa  170  4e-41  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.926971  normal  1 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1244  D-alanine/D-alanine ligase  41.03 
 
 		 316 aa  170  4e-41  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  0.00234913  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_57320  D-alanine--D-alanine ligase  38 
 
 		 319 aa  169  5e-41  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2077  D-alanine--D-alanine ligase  37.93 
 
 		 308 aa  169  5e-41  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.335568  hitchhiker  0.00112188 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3167  D-alanine--D-alanine ligase  39.76 
 
 		 315 aa  169  5e-41  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2589  D-alanine--D-alanine ligase  37.31 
 
 		 308 aa  169  6e-41  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0924  D-alanine--D-alanine ligase  37.46 
 
 		 313 aa  169  6e-41  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.783773  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>