More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bcav_4215 on replicon NC_012669
Organism: Beutenbergia cavernae DSM 12333



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012669  Bcav_4215  D-alanine--D-alanine ligase  100 
 
 		 313 aa  605  9.999999999999999e-173  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_37970  D-alanine--D-alanine ligase  68.3 
 
 		 317 aa  385  1e-106  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_2550  D-alanine--D-alanine ligase  67.22 
 
 		 319 aa  382  1e-105  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.352521  normal  0.520823 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_3371  D-alanine/D-alanine ligase  66.99 
 
 		 349 aa  365  1e-100  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.0642922  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3582  D-alanine/D-alanine ligase  58.71 
 
 		 316 aa  332  7.000000000000001e-90  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.301963  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4691  D-alanine--D-alanine ligase  62.54 
 
 		 323 aa  331  1e-89  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_9048  D-alanine/D-alanine ligase  58.61 
 
 		 315 aa  327  1.0000000000000001e-88  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.499515  normal  0.480227 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_9380  D-alanine--D-alanine ligase  59.15 
 
 		 318 aa  325  6e-88  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1640  D-alanine--D-alanine ligase  59.08 
 
 		 329 aa  320  3e-86  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4976  D-alanine/D-alanine ligase  62.54 
 
 		 319 aa  317  1e-85  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4584  D-alanine--D-alanine ligase  59.11 
 
 		 326 aa  299  3e-80  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.984407  hitchhiker  0.000547053 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_39720  D-alanine--D-alanine ligase  53.23 
 
 		 316 aa  297  2e-79  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2236  D-alanine--D-alanine ligase  59.11 
 
 		 326 aa  296  4e-79  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0429667  normal  0.174652 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_5088  D-alanine--D-alanine ligase  54.49 
 
 		 329 aa  292  6e-78  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_5406  D-alanine--D-alanine ligase  49.68 
 
 		 315 aa  290  2e-77  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_5102  D-alanine--D-alanine ligase  59.11 
 
 		 327 aa  287  2e-76  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.842129  unclonable  0.0000000223224 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_7091  D-alanine--D-alanine ligase  54.58 
 
 		 314 aa  281  7.000000000000001e-75  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.581394  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_2153  D-alanine--D-alanine ligase  55.45 
 
 		 333 aa  276  2e-73  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_6426  D-alanine/D-alanine ligase  52.29 
 
 		 317 aa  274  1.0000000000000001e-72  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6711  D-alanine--D-alanine ligase  54.14 
 
 		 321 aa  273  3e-72  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1108  D-alanine--D-alanine ligase  40.72 
 
 		 308 aa  190  2e-47  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0952  D-alanine/D-alanine ligase  34.01 
 
 		 311 aa  186  5e-46  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_03490  ATP-grasp enzyme, D-alanine-D-alanine ligase  41.21 
 
 		 327 aa  184  1.0000000000000001e-45  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  0.160227 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2148  D-alanine--D-alanine ligase  35.47 
 
 		 314 aa  184  2.0000000000000003e-45  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.628633  normal  0.0222251 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_14120  D-alanine--D-alanine ligase  39.42 
 
 		 313 aa  183  3e-45  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_28460  D-alanine--D-alanine ligase  37.79 
 
 		 317 aa  182  6e-45  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.289482  hitchhiker  0.00300353 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1796  D-alanine--D-alanine ligase  36.33 
 
 		 312 aa  181  1e-44  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1155  D-alanine--D-alanine ligase  36.45 
 
 		 309 aa  181  2e-44  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.112058  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1588  D-alanyl-alanine synthetase A  33.11 
 
 		 316 aa  179  4e-44  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.0000341303  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0319  D-alanine--D-alanine ligase  40.13 
 
 		 333 aa  178  1e-43  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.0126271  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3830  D-alanine--D-alanine ligase  40 
 
 		 308 aa  177  3e-43  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_3114  D-alanine/D-alanine ligase  38.67 
 
 		 307 aa  177  3e-43  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.188134  hitchhiker  0.0000000168198 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3914  D-alanine--D-alanine ligase  40 
 
 		 308 aa  177  3e-43  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.536039  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1140  D-alanine--D-alanine ligase  36.89 
 
 		 309 aa  174  9.999999999999999e-43  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.000909084  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6870  D-alanine--D-alanine ligase  37.39 
 
 		 342 aa  174  1.9999999999999998e-42  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2199  D-alanine--D-alanine ligase  38 
 
 		 305 aa  173  3.9999999999999995e-42  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.171774  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1360  D-alanine/D-alanine ligase  36.21 
 
 		 319 aa  172  5e-42  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2329  D-alanine--D-alanine ligase  39.09 
 
 		 318 aa  171  1e-41  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.304126  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0452  D-alanine/D-alanine ligase  38.24 
 
 		 324 aa  169  4e-41  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0742321  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3887  D-alanine--D-alanine ligase  38.03 
 
 		 308 aa  168  1e-40  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0809283  normal  0.435651 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3971  D-alanine--D-alanine ligase  39.26 
 
 		 310 aa  168  1e-40  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1240  D-alanine--D-alanine ligase  36.89 
 
 		 306 aa  167  2e-40  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0360  D-alanine--D-alanine ligase  35.86 
 
 		 308 aa  167  2e-40  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4671  D-alanine--D-alanine ligase  37.83 
 
 		 324 aa  166  2.9999999999999998e-40  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0129578  normal  0.448814 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3468  D-alanine--D-alanine ligase  38.74 
 
 		 313 aa  167  2.9999999999999998e-40  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00570253  hitchhiker  0.00196625 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0750  D-alanine--D-alanine ligase  36.13 
 
 		 310 aa  167  2.9999999999999998e-40  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3286  D-alanine--D-alanine ligase  39.4 
 
 		 310 aa  167  2.9999999999999998e-40  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0946  D-alanine--D-alanine ligase  38.8 
 
 		 318 aa  166  5.9999999999999996e-40  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.427679  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4385  D-alanine--D-alanine ligase  37.85 
 
 		 318 aa  165  6.9999999999999995e-40  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0215233  normal  0.165436 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3066  D-alanine--D-alanine ligase  39.1 
 
 		 316 aa  165  8e-40  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4510  D-alanine--D-alanine ligase  37.85 
 
 		 318 aa  165  9e-40  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.926971  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3774  D-alanine--D-alanine ligase  39.67 
 
 		 308 aa  165  1.0000000000000001e-39  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0488  D-alanine--D-alanine ligase  38.26 
 
 		 313 aa  164  1.0000000000000001e-39  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0391876  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0490  D-alanine--D-alanine ligase  38.89 
 
 		 313 aa  164  1.0000000000000001e-39  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.107691  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0465  D-alanine--D-alanine ligase  38.26 
 
 		 313 aa  164  1.0000000000000001e-39  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0881757  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2988  D-alanine--D-alanine ligase  40.06 
 
 		 328 aa  164  2.0000000000000002e-39  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0850  D-alanine--D-alanine ligase  36.7 
 
 		 314 aa  164  2.0000000000000002e-39  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.868675  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0009  D-alanine/D-alanine ligase  37.91 
 
 		 338 aa  163  3e-39  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.542001  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1339  D-alanine--D-alanine ligase  37.22 
 
 		 318 aa  162  5.0000000000000005e-39  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.266833  normal  0.0340242 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0947  D-alanine--D-alanine ligase  38.24 
 
 		 302 aa  162  5.0000000000000005e-39  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0325942  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0924  D-alanine--D-alanine ligase  38.59 
 
 		 313 aa  162  6e-39  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.783773  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2649  D-alanine--D-alanine ligase  39.74 
 
 		 303 aa  162  9e-39  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0183  D-alanine--D-alanine ligase  37.24 
 
 		 337 aa  160  2e-38  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  hitchhiker  0.0000736036  normal  0.566039 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2671  D-alanine--D-alanine ligase  37.92 
 
 		 313 aa  160  2e-38  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_13270  D-alanine--D-alanine ligase  38.59 
 
 		 315 aa  160  3e-38  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.122637  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4406  D-alanine--D-alanine ligase  37.83 
 
 		 319 aa  159  6e-38  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.206514  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4100  D-alanine--D-alanine ligase  38.16 
 
 		 319 aa  159  6e-38  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.555114 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0667  D-alanine/D-alanine ligase  36.21 
 
 		 313 aa  159  6e-38  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.621467  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2491  D-alanine--D-alanine ligase  36.13 
 
 		 306 aa  159  7e-38  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0420  D-alanine/D-alanine ligase  31.33 
 
 		 299 aa  159  7e-38  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.0000379989  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1077  D-alanine--D-alanine ligase  35.12 
 
 		 338 aa  159  8e-38  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0742794  normal  0.822876 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2834  D-alanine--D-alanine ligase  39.6 
 
 		 313 aa  158  9e-38  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  hitchhiker  0.00118098  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3423  D-alanine--D-alanine ligase  37 
 
 		 346 aa  158  1e-37  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.206359  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_4102  D-alanine--D-alanine ligase  37.19 
 
 		 311 aa  158  1e-37  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.422713 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2426  D-alanine--D-alanine ligase  36.24 
 
 		 309 aa  157  2e-37  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.142396  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0084  D-alanine--D-alanine ligase  32.01 
 
 		 340 aa  157  2e-37  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3647  D-alanine--D-alanine ligase  39.6 
 
 		 313 aa  156  5.0000000000000005e-37  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.498697  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_09600  D-alanine-D-alanine ligase A  37.5 
 
 		 346 aa  155  7e-37  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0772  D-alanine--D-alanine ligase  37.67 
 
 		 309 aa  155  7e-37  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.170719  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0585  D-alanine--D-alanine ligase  35.86 
 
 		 313 aa  155  8e-37  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.034882  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3517  D-alanine--D-alanine ligase  35.91 
 
 		 318 aa  155  8e-37  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0897  D-alanine-D-alanine ligase A  37.5 
 
 		 346 aa  155  1e-36  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.121426  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4982  D-alanine--D-alanine ligase  37.25 
 
 		 319 aa  155  1e-36  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.380222  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3492  D-alanine--D-alanine ligase  37.26 
 
 		 307 aa  154  2e-36  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0415  D-alanine--D-alanine ligase  39.1 
 
 		 627 aa  154  2e-36  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0366  D-alanine--D-alanine ligase  38.7 
 
 		 308 aa  154  2e-36  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0079  D-alanine--D-alanine ligase  38.93 
 
 		 313 aa  154  2e-36  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.704637  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0561  D-alanine--D-alanine ligase  38.93 
 
 		 313 aa  154  2e-36  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0620941  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0169  D-alanine--D-alanine ligase  35.86 
 
 		 337 aa  154  2e-36  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  hitchhiker  0.0022958  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0511  D-alanine/D-alanine ligase  36.54 
 
 		 305 aa  154  2.9999999999999998e-36  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0638  D-alanine--D-alanine ligase  34.19 
 
 		 306 aa  153  2.9999999999999998e-36  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.00195193  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3130  D-alanine--D-alanine ligase  36.02 
 
 		 307 aa  153  2.9999999999999998e-36  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.330245 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1120  D-alanine--D-alanine ligase  39 
 
 		 312 aa  153  2.9999999999999998e-36  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1074  D-alanine/D-alanine ligase  38.23 
 
 		 302 aa  153  2.9999999999999998e-36  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.254672  normal  0.307992 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2450  D-alanine--D-alanine ligase  37.25 
 
 		 325 aa  153  2.9999999999999998e-36  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0817571  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3778  D-alanine--D-alanine ligase  33.9 
 
 		 306 aa  153  4e-36  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.078673  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1149  D-alanine--D-alanine ligase  34.63 
 
 		 306 aa  153  4e-36  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.927057  normal  0.917542 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0526  D-alanine--D-alanine ligase  34.45 
 
 		 332 aa  152  5e-36  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000337974  hitchhiker  0.0000125004 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2946  D-alanine--D-alanine ligase  36.02 
 
 		 307 aa  152  5.9999999999999996e-36  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.187089 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0532  D-alanine--D-alanine ligase  38.93 
 
 		 313 aa  152  8e-36  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.000500002  normal  0.541798 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>