182 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dde_3043 on replicon NC_007519
Organism: Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007519  Dde_3043  D-alanine-D-alanine ligase and related ATP-grasp enzyme-like  100 
 
 
351 aa  716    Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0713  D-alanine--D-alanine ligase domain-containing protein  43.11 
 
 
357 aa  264  1e-69  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.323281  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1891  GCN5-related N-acetyltransferase  41 
 
 
527 aa  245  9.999999999999999e-64  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1774  protein of unknown function DUF201  44.44 
 
 
340 aa  230  3e-59  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.119478  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2162  D-alanine--D-alanine ligase domain-containing protein  29.81 
 
 
339 aa  130  4.0000000000000003e-29  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.856856  normal  0.227534 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1644  D-alanine--D-alanine ligase domain-containing protein  26.45 
 
 
347 aa  100  5e-20  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0081  D-alanine--D-alanine ligase  24.5 
 
 
310 aa  97.8  2e-19  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.201322  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1551  D-alanine--D-alanine ligase  26.75 
 
 
344 aa  97.4  3e-19  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.0372534 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2449  D-alanine--D-alanine ligase  29.63 
 
 
727 aa  95.9  9e-19  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1410  D-alanine--D-alanine ligase  29.63 
 
 
728 aa  93.6  4e-18  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.801372  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1506  D-alanine--D-alanine ligase  29.34 
 
 
728 aa  92.8  7e-18  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.736453  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1418  D-alanine--D-alanine ligase  26.5 
 
 
731 aa  92.8  9e-18  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1501  hypothetical protein  27.4 
 
 
348 aa  89  1e-16  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0655  D-alanine--D-alanine ligase  26.67 
 
 
663 aa  87.8  2e-16  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.24382  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0358  methyltransferase type 11  25 
 
 
637 aa  85.9  0.000000000000001  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000290663  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0135  D-alanine--D-alanine ligase  26.14 
 
 
336 aa  77.8  0.0000000000002  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.71803  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1136  D-alanine--D-alanine ligase  25.23 
 
 
313 aa  76.6  0.0000000000005  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2749  D-alanine--D-alanine ligase  27.24 
 
 
338 aa  73.6  0.000000000005  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1878  D-alanine--D-alanine ligase  24.7 
 
 
308 aa  73.2  0.000000000006  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.063714 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1008  D-alanine--D-alanine ligase  24.44 
 
 
743 aa  73.2  0.000000000006  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2222  hypothetical protein  26.42 
 
 
354 aa  70.5  0.00000000005  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1108  D-alanine--D-alanine ligase  25.8 
 
 
308 aa  69.7  0.00000000007  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1140  D-alanine--D-alanine ligase  26.28 
 
 
309 aa  67.8  0.0000000002  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.000909084  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2188  D-alanine--D-alanine ligase  26.25 
 
 
314 aa  68.6  0.0000000002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.441149  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0602  D-alanine--D-alanine ligase  22.69 
 
 
338 aa  67.8  0.0000000003  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0629  D-ala D-ala ligase  23.16 
 
 
338 aa  67.4  0.0000000004  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0360  D-alanine/D-alanine ligase  28.15 
 
 
330 aa  67  0.0000000005  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1724  hypothetical protein  26.29 
 
 
343 aa  65.9  0.0000000009  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.92014  normal  0.965208 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0772  D-alanine--D-alanine ligase  27.5 
 
 
309 aa  65.5  0.000000001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.170719  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2426  D-alanine--D-alanine ligase  25.77 
 
 
309 aa  65.1  0.000000002  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.142396  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_570  D-alanine--D-alanine ligase  21.75 
 
 
338 aa  65.1  0.000000002  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3943  D-alanine--D-alanine ligase  24.27 
 
 
312 aa  64.7  0.000000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3042  D-alanine--D-alanine ligase  25 
 
 
349 aa  64.3  0.000000003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0137  D-alanine/D-alanine ligase  21.57 
 
 
288 aa  63.9  0.000000004  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.000000588497  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0097  D-alanine--D-alanine ligase  25.1 
 
 
306 aa  63.2  0.000000006  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00164222  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0712  D-alanine--D-alanine ligase domain-containing protein  24.83 
 
 
326 aa  63.2  0.000000006  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.396337  normal 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0689  D-alanyl-alanine synthetase A  25.07 
 
 
303 aa  63.2  0.000000008  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  unclonable  0.00000234965  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0661  D-alanine/D-alanine ligase  23.31 
 
 
311 aa  62.8  0.000000008  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0085  D-alanine--D-alanine ligase  23.35 
 
 
306 aa  62.8  0.000000009  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.34447  n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6132  D-alanine-D-alanine ligase and related ATP-grasp protein-like protein  27.84 
 
 
359 aa  62.4  0.00000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0100  D-alanine--D-alanine ligase  22.96 
 
 
306 aa  62  0.00000002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0814155  normal 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6870  D-alanine--D-alanine ligase  22.26 
 
 
342 aa  61.6  0.00000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0366  D-alanine--D-alanine ligase  27.08 
 
 
308 aa  61.2  0.00000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3423  D-alanine--D-alanine ligase  22.57 
 
 
346 aa  61.2  0.00000002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.206359  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3508  D-alanine/D-alanine ligase  22.96 
 
 
306 aa  61.2  0.00000003  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00134071  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0142  D-alanine--D-alanine ligase  23.14 
 
 
306 aa  61.2  0.00000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.0090881  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0098  D-alanine--D-alanine ligase  22.96 
 
 
306 aa  61.2  0.00000003  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000000699622  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0094  D-alanine--D-alanine ligase  22.96 
 
 
306 aa  60.8  0.00000003  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000101829  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3565  D-alanine--D-alanine ligase  22.96 
 
 
306 aa  61.2  0.00000003  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.00231129  hitchhiker  0.00551648 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2612  D-alanine--D-alanine ligase  24.71 
 
 
317 aa  60.5  0.00000004  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.000431315  unclonable  0.00000000000418412 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00093  D-alanylalanine synthetase  22.57 
 
 
306 aa  60.1  0.00000006  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.149308  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00092  hypothetical protein  22.57 
 
 
306 aa  60.1  0.00000006  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.144888  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0146  D-alanine--D-alanine ligase  22.75 
 
 
306 aa  59.7  0.00000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.302602  normal 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2582  D-alanine--D-alanine ligase  24.31 
 
 
304 aa  59.7  0.00000007  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0142  D-alanine--D-alanine ligase  22.75 
 
 
306 aa  59.7  0.00000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.696174  hitchhiker  0.00000371528 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2741  D-alanine--D-alanine ligase  24.31 
 
 
304 aa  59.7  0.00000008  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.199895  hitchhiker  0.00000666317 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0147  D-alanine--D-alanine ligase  22.75 
 
 
306 aa  59.3  0.00000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.000287396  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2858  D-alanine--D-alanine ligase  23.35 
 
 
316 aa  59.3  0.00000009  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.0000136858  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2329  D-alanine--D-alanine ligase  25.66 
 
 
318 aa  59.3  0.0000001  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.304126  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3914  D-alanine--D-alanine ligase  24.78 
 
 
308 aa  58.9  0.0000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.536039  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04365  D-alanine--D-alanine ligase  23.75 
 
 
318 aa  59.3  0.0000001  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.628824  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_13270  D-alanine--D-alanine ligase  25.57 
 
 
315 aa  58.2  0.0000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.122637  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4671  D-alanine--D-alanine ligase  24.53 
 
 
324 aa  57.8  0.0000003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0129578  normal  0.448814 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3830  D-alanine--D-alanine ligase  24.78 
 
 
308 aa  57.8  0.0000003  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_5088  D-alanine--D-alanine ligase  26.52 
 
 
329 aa  57.4  0.0000004  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2627  D-alanine--D-alanine ligase  25.1 
 
 
304 aa  57.4  0.0000004  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000105454 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0665  D-alanyl-alanine synthetase A  25.29 
 
 
303 aa  57  0.0000005  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000619225  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2491  D-alanine--D-alanine ligase  23.72 
 
 
306 aa  56.6  0.0000006  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1472  D-alanine--D-alanine ligase  23.28 
 
 
326 aa  56.6  0.0000006  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.269509  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4463  D-alanine--D-alanine ligase  21.71 
 
 
317 aa  56.6  0.0000007  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.816615  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2435  D-alanine--D-alanine ligase  25.1 
 
 
304 aa  56.6  0.0000007  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.470821  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2390  D-alanine--D-alanine ligase  25.1 
 
 
304 aa  56.6  0.0000007  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.593473  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2610  D-alanine--D-alanine ligase  25.1 
 
 
304 aa  56.6  0.0000007  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.5132  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0420  D-alanine/D-alanine ligase  20 
 
 
299 aa  56.2  0.0000007  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.0000379989  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1240  D-alanine--D-alanine ligase  23.38 
 
 
306 aa  56.2  0.0000008  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0136  D-alanine/D-alanine ligase  23.56 
 
 
302 aa  56.2  0.0000008  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.444809  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3971  D-alanine--D-alanine ligase  25.3 
 
 
310 aa  56.2  0.0000008  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4917  D-alanine/D-alanine ligase  25.24 
 
 
309 aa  56.2  0.0000009  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.912808  normal  0.0828736 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2628  D-alanine--D-alanine ligase  24.71 
 
 
304 aa  55.8  0.000001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.292335  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2524  D-alanine--D-alanine ligase  23.53 
 
 
311 aa  55.5  0.000001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0109792  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_6426  D-alanine/D-alanine ligase  25.23 
 
 
317 aa  55.5  0.000001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4510  D-alanine--D-alanine ligase  25.07 
 
 
318 aa  55.8  0.000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.926971  normal 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2666  D-alanine--D-alanine ligase  24.71 
 
 
304 aa  55.8  0.000001  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.555621  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0638  D-alanine--D-alanine ligase  22.61 
 
 
306 aa  55.1  0.000002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.00195193  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0139  D-alanine--D-alanine ligase  22.22 
 
 
285 aa  54.3  0.000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.517972 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2356  D-alanine--D-alanine ligase  24.71 
 
 
304 aa  54.3  0.000003  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0415  D-alanine--D-alanine ligase  26.22 
 
 
627 aa  54.3  0.000003  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3126  D-alanine--D-alanine ligase  23.53 
 
 
327 aa  54.7  0.000003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3887  D-alanine--D-alanine ligase  25.43 
 
 
308 aa  54.3  0.000003  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0809283  normal  0.435651 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_2153  D-alanine--D-alanine ligase  27.87 
 
 
333 aa  53.9  0.000004  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0066  D-alanine--D-alanine ligase  26.16 
 
 
301 aa  53.9  0.000004  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2977  D-alanine--D-alanine ligase  24.54 
 
 
327 aa  53.5  0.000005  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4385  D-alanine--D-alanine ligase  24.78 
 
 
318 aa  53.5  0.000005  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0215233  normal  0.165436 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2077  D-alanine--D-alanine ligase  22.67 
 
 
308 aa  53.5  0.000005  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.335568  hitchhiker  0.00112188 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2199  D-alanine--D-alanine ligase  23.94 
 
 
305 aa  53.1  0.000006  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.171774  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_9048  D-alanine/D-alanine ligase  24.47 
 
 
315 aa  53.5  0.000006  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.499515  normal  0.480227 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1339  D-alanine--D-alanine ligase  25.58 
 
 
318 aa  53.1  0.000007  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.266833  normal  0.0340242 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0850  D-alanine--D-alanine ligase  23.55 
 
 
314 aa  52.8  0.000008  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.868675  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2074  D-alanine--D-alanine ligase  23.58 
 
 
304 aa  52.8  0.000009  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal  0.1873 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1775  D-alanine--D-alanine ligase domain protein  24.7 
 
 
331 aa  52.8  0.00001  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.286204  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>