238 genes were found for organism Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Locus tag
Gene type
Replicon accession
From
To
Strand
Gene Length
Product
Protein accession
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Organism name
Kingdom
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
Avi_8000  CDS  NC_011982  136  1251  +  1116  replication protein A  YP_002539981  normal  1  n/a    Agrobacterium vitis S4  Bacteria 
 
 
-
 
Avi_8001  CDS  NC_011982  1336  2331  +  996  replication protein B  YP_002539982  normal  1  n/a    Agrobacterium vitis S4  Bacteria 
 
 
-
 
Avi_8002  CDS  NC_011982  2487  3731  +  1245  replication initiation protein RepC  YP_002539983  normal  1  n/a    Agrobacterium vitis S4  Bacteria 
 
 
-
 
Avi_8003  CDS  NC_011982  3966  5258  +  1293  hypothetical protein  YP_002539984  normal  1  n/a    Agrobacterium vitis S4  Bacteria 
 
 
-
 
Avi_8004  CDS  NC_011982  5296  6183  -  888  hypothetical protein  YP_002539985  normal  1  n/a    Agrobacterium vitis S4  Bacteria 
 
 
-
 
Avi_8005  CDS  NC_011982  6341  7270  +  930  hypothetical protein  YP_002539986  normal  1  n/a    Agrobacterium vitis S4  Bacteria 
 
 
-
 
Avi_8006  CDS  NC_011982  7357  8493  -  1137  integrase protein  YP_002539987  normal  1  n/a    Agrobacterium vitis S4  Bacteria 
 
 
-
 
Avi_8008  CDS  NC_011982  9562  10257  +  696  hypothetical protein  YP_002539988  normal  0.915827  n/a    Agrobacterium vitis S4  Bacteria 
 
 
-
 
Avi_8010  CDS  NC_011982  10347  10919  -  573  hypothetical protein  YP_002539989  normal  0.153559  n/a    Agrobacterium vitis S4  Bacteria 
 
 
-
 
Avi_8011  CDS  NC_011982  11011  11868  +  858  transposase protein  YP_002539990  normal  0.0203844  n/a    Agrobacterium vitis S4  Bacteria 
 
 
-
 
Avi_8012  CDS  NC_011982  11908  12624  +  717  transposase protein  YP_002539991  normal  1  n/a    Agrobacterium vitis S4  Bacteria 
 
 
-
 
Avi_8013  CDS  NC_011982  12803  13006  +  204  hypothetical protein  YP_002539992  normal  1  n/a    Agrobacterium vitis S4  Bacteria 
 
 
-
 
Avi_8014  CDS  NC_011982  13035  13523  +  489  hypothetical protein  YP_002539993  normal  1  n/a    Agrobacterium vitis S4  Bacteria 
 
 
-
 
Avi_8015  CDS  NC_011982  13818  14705  +  888  Ku protein  YP_002539994  normal  1  n/a    Agrobacterium vitis S4  Bacteria 
 
 
-
 
Avi_8016  CDS  NC_011982  14709  15530  +  822  Ku protein  YP_002539995  normal  0.0632763  n/a    Agrobacterium vitis S4  Bacteria 
 
 
-
 
Avi_8017  CDS  NC_011982  15594  18275  -  2682  ATP-dependent DNA ligase  YP_002539996  normal  1  n/a    Agrobacterium vitis S4  Bacteria 
 
 
-
 
Avi_8018  CDS  NC_011982  18618  19502  -  885  transposase  YP_002539997  normal  1  n/a    Agrobacterium vitis S4  Bacteria 
 
 
-
 
Avi_8019  CDS  NC_011982  19976  20953  +  978  dehydrogenase/flavin-dependent oxidoreductase protein  YP_002539998  normal  1  n/a    Agrobacterium vitis S4  Bacteria 
 
 
-
 
Avi_8020  CDS  NC_011982  21013  22674  +  1662  trehalose synthase  YP_002539999  normal  1  n/a    Agrobacterium vitis S4  Bacteria 
 
 
-
 
Avi_8022  CDS  NC_011982  23158  23997  -  840  hypothetical protein  YP_002540000  normal  1  n/a    Agrobacterium vitis S4  Bacteria 
 
 
-
 
Avi_8024    NC_011982  24042  24758  +  717      normal  1  n/a    Agrobacterium vitis S4  Bacteria 
 
 
-
 
Avi_8025  CDS  NC_011982  24955  26739  +  1785  sensory methylation accepting chemotaxis protein  YP_002540001  normal  1  n/a    Agrobacterium vitis S4  Bacteria 
 
 
-
 
Avi_8027  CDS  NC_011982  27093  27371  -  279  HNS-type DNA binding protein  YP_002540002  normal  1  n/a    Agrobacterium vitis S4  Bacteria 
 
 
-
 
Avi_8029  CDS  NC_011982  28128  28448  +  321  transcriptional regulator ArsR family  YP_002540003  normal  1  n/a    Agrobacterium vitis S4  Bacteria 
 
 
-
 
Avi_8030    NC_011982  28512  28904  -  393      normal  1  n/a    Agrobacterium vitis S4  Bacteria 
 
 
-
 
Avi_8031    NC_011982  28938  29234  -  297      normal  1  n/a    Agrobacterium vitis S4  Bacteria 
 
 
-
 
Avi_8032  CDS  NC_011982  29340  30140  +  801  potential exonuclease  YP_002540004  normal  1  n/a    Agrobacterium vitis S4  Bacteria 
 
 
-
 
Avi_8034    NC_011982  30242  30697  -  456      normal  1  n/a    Agrobacterium vitis S4  Bacteria 
 
 
-
 
Avi_8035  CDS  NC_011982  30726  31265  -  540  transposase  YP_002540005  normal  1  n/a    Agrobacterium vitis S4  Bacteria 
 
 
-
 
Avi_8037    NC_011982  31430  31681  +  252      normal  1  n/a    Agrobacterium vitis S4  Bacteria 
 
 
-
 
Avi_8039    NC_011982  31663  32130  +  468      normal  1  n/a    Agrobacterium vitis S4  Bacteria 
 
 
-
 
Avi_8042  CDS  NC_011982  32520  33272  -  753  transcriptional regulator AraC family  YP_002540006  normal  1  n/a    Agrobacterium vitis S4  Bacteria 
 
 
-
 
Avi_8044  CDS  NC_011982  33343  34059  +  717  transposase  YP_002540007  normal  1  n/a    Agrobacterium vitis S4  Bacteria 
 
 
-
 
Avi_8047  CDS  NC_011982  34845  35393  -  549  Ti-type conjugative transfer system protein TraG  YP_002540008  normal  0.359482  n/a    Agrobacterium vitis S4  Bacteria 
 
 
-
 
Avi_8048  CDS  NC_011982  35380  35595  -  216  conjugal transfer protein Dtr system  YP_002540009  normal  0.428769  n/a    Agrobacterium vitis S4  Bacteria 
 
 
-
 
Avi_8049  CDS  NC_011982  35600  35896  -  297  conjugal transfer protein TraC  YP_002540010  normal  1  n/a    Agrobacterium vitis S4  Bacteria 
 
 
-
 
Avi_8050    NC_011982  36152  39445  +  3294      normal  0.481036  n/a    Agrobacterium vitis S4  Bacteria 
 
 
-
 
Avi_8054    NC_011982  39442  39741  +  300      normal  0.12055  n/a    Agrobacterium vitis S4  Bacteria 
 
 
-
 
Avi_8057    NC_011982  40059  40888  -  830      normal  0.133932  n/a    Agrobacterium vitis S4  Bacteria 
 
 
-
 
Avi_8059  CDS  NC_011982  40885  41259  -  375  transposase  YP_002540011  normal  0.877817  n/a    Agrobacterium vitis S4  Bacteria 
 
 
-
 
Avi_8060    NC_011982  41390  41548  +  159      normal  0.624318  n/a    Agrobacterium vitis S4  Bacteria 
 
 
-
 
Avi_8061    NC_011982  41549  42644  -  1096      normal  1  n/a    Agrobacterium vitis S4  Bacteria 
 
 
-
 
Avi_8062    NC_011982  42795  43498  -  704      normal  0.10988  n/a    Agrobacterium vitis S4  Bacteria 
 
 
-
 
Avi_8066  CDS  NC_011982  44012  44956  -  945  hypothetical protein  YP_002540012  normal  0.0556463  n/a    Agrobacterium vitis S4  Bacteria 
 
 
-
 
Avi_8067  CDS  NC_011982  44953  45393  -  441  transcriptional regulator  YP_002540013  normal  0.262846  n/a    Agrobacterium vitis S4  Bacteria 
 
 
-
 
Avi_8068  CDS  NC_011982  45390  47018  -  1629  GGDEF family protein  YP_002540014  normal  1  n/a    Agrobacterium vitis S4  Bacteria 
 
 
-
 
Avi_8070  CDS  NC_011982  47843  48883  +  1041  transposase  YP_002540015  normal  0.837659  n/a    Agrobacterium vitis S4  Bacteria 
 
 
-
 
Avi_8071    NC_011982  49263  49655  -  393      normal  1  n/a    Agrobacterium vitis S4  Bacteria 
 
 
-
 
Avi_8072  CDS  NC_011982  49695  49979  -  285  transposase  YP_002540016  normal  1  n/a    Agrobacterium vitis S4  Bacteria 
 
 
-
 
Avi_8073  CDS  NC_011982  49976  51265  -  1290  hypothetical protein  YP_002540017  normal  1  n/a    Agrobacterium vitis S4  Bacteria 
 
 
-
 
Avi_8074  CDS  NC_011982  51395  51682  -  288  transcriptional regulator  YP_002540018  normal  0.725371  n/a    Agrobacterium vitis S4  Bacteria 
 
 
-
 
Avi_8075  CDS  NC_011982  51718  52392  -  675  hypothetical protein  YP_002540019  normal  0.712439  n/a    Agrobacterium vitis S4  Bacteria 
 
 
-
 
Avi_8076  CDS  NC_011982  52672  53013  +  342  hypothetical protein  YP_002540020  normal  1  n/a    Agrobacterium vitis S4  Bacteria 
 
 
-
 
Avi_8077  CDS  NC_011982  52985  54193  +  1209  hypothetical protein  YP_002540021  normal  1  n/a    Agrobacterium vitis S4  Bacteria 
 
 
-
 
Avi_8078  CDS  NC_011982  54336  54938  +  603  hypothetical protein  YP_002540022  normal  0.429436  n/a    Agrobacterium vitis S4  Bacteria 
 
 
-
 
Avi_8079  CDS  NC_011982  55167  56579  +  1413  helicase SNF2 family  YP_002540023  normal  0.48311  n/a    Agrobacterium vitis S4  Bacteria 
 
 
-
 
Avi_8080  CDS  NC_011982  56800  57684  +  885  transposase  YP_002540024  normal  1  n/a    Agrobacterium vitis S4  Bacteria 
 
 
-
 
Avi_8083  CDS  NC_011982  57688  61323  +  3636  helicase  YP_002540025  normal  0.0239915  n/a    Agrobacterium vitis S4  Bacteria 
 
 
-
 
Avi_8085  CDS  NC_011982  61659  64496  -  2838  hypothetical protein  YP_002540026  normal  0.120287  n/a    Agrobacterium vitis S4  Bacteria 
 
 
-
 
Avi_8086  CDS  NC_011982  64493  65224  -  732  rhizobiocin/RTX toxin  YP_002540027  normal  0.257177  n/a    Agrobacterium vitis S4  Bacteria 
 
 
-
 
Avi_8089  CDS  NC_011982  65582  66406  -  825  PEP phosphonomutase  YP_002540028  normal  1  n/a    Agrobacterium vitis S4  Bacteria 
 
 
-
 
Avi_8090    NC_011982  66733  68494  +  1762      normal  0.839969  n/a    Agrobacterium vitis S4  Bacteria 
 
 
-
 
Avi_8094  CDS  NC_011982  68595  69068  +  474  hypothetical protein  YP_002540029  normal  0.18901  n/a    Agrobacterium vitis S4  Bacteria 
 
 
-
 
Avi_8095  CDS  NC_011982  69065  69952  +  888  hypothetical protein  YP_002540030  normal  1  n/a    Agrobacterium vitis S4  Bacteria 
 
 
-
 
Avi_8097  CDS  NC_011982  69949  70353  +  405  hypothetical protein  YP_002540031  normal  1  n/a    Agrobacterium vitis S4  Bacteria 
 
 
-
 
Avi_8098  CDS  NC_011982  70699  71298  +  600  hypothetical protein  YP_002540032  normal  1  n/a    Agrobacterium vitis S4  Bacteria 
 
 
-
 
Avi_8099  CDS  NC_011982  71614  72540  +  927  antirestriction protein  YP_002540033  normal  1  n/a    Agrobacterium vitis S4  Bacteria 
 
 
-
 
Avi_8103  CDS  NC_011982  73428  73613  -  186  transposase  YP_002540034  normal  0.297474  n/a    Agrobacterium vitis S4  Bacteria 
 
 
-
 
Avi_8104  CDS  NC_011982  73595  74479  -  885  transposase  YP_002540035  normal  0.272838  n/a    Agrobacterium vitis S4  Bacteria 
 
 
-
 
Avi_8105  CDS  NC_011982  74734  75630  -  897  IS1111A/IS1328/IS1533 family transposase  YP_002540036  normal  0.162674  n/a    Agrobacterium vitis S4  Bacteria 
 
 
-
 
Avi_8106    NC_011982  75864  76999  +  1136      normal  0.505297  n/a    Agrobacterium vitis S4  Bacteria 
 
 
-
 
Avi_8111  CDS  NC_011982  77849  78151  -  303  hypothetical protein  YP_002540037  normal  0.0332077  n/a    Agrobacterium vitis S4  Bacteria 
 
 
-
 
Avi_8114  CDS  NC_011982  78540  79766  +  1227  integrase/recombinase  YP_002540038  normal  0.200175  n/a    Agrobacterium vitis S4  Bacteria 
 
 
-
 
Avi_8115  CDS  NC_011982  79742  80680  +  939  site-specific tyrosine recombinase XerC  YP_002540039  hitchhiker  0.00832586  n/a    Agrobacterium vitis S4  Bacteria 
 
 
-
 
Avi_8116  CDS  NC_011982  80677  81684  +  1008  integrase/recombinase  YP_002540040  decreased coverage  0.000851463  n/a    Agrobacterium vitis S4  Bacteria 
 
 
-
 
Avi_8119  CDS  NC_011982  82014  82316  +  303  hypothetical protein  YP_002540041  hitchhiker  0.00762818  n/a    Agrobacterium vitis S4  Bacteria 
 
 
-
 
Avi_8120  CDS  NC_011982  82457  82654  +  198  hypothetical protein  YP_002540042  normal  0.0478083  n/a    Agrobacterium vitis S4  Bacteria 
 
 
-
 
Avi_8121  CDS  NC_011982  82794  83042  +  249  hypothetical protein  YP_002540043  normal  0.0292425  n/a    Agrobacterium vitis S4  Bacteria 
 
 
-
 
Avi_8123  CDS  NC_011982  83145  83423  -  279  HNS-type DNA binding protein  YP_002540044  normal  0.029087  n/a    Agrobacterium vitis S4  Bacteria 
 
 
-
 
Avi_8126  CDS  NC_011982  83507  83815  -  309  hypothetical protein  YP_002540045  normal  0.0551582  n/a    Agrobacterium vitis S4  Bacteria 
 
 
-
 
Avi_8127  CDS  NC_011982  83870  84310  -  441  nuclease  YP_002540046  normal  0.129752  n/a    Agrobacterium vitis S4  Bacteria 
 
 
-
 
Avi_8128  CDS  NC_011982  84307  86271  -  1965  conjugal transfer coupling protein TraG  YP_002540047  normal  0.147947  n/a    Agrobacterium vitis S4  Bacteria 
 
 
-
 
Avi_8129  CDS  NC_011982  86258  86473  -  216  conjugal transfer protein Dtr system  YP_002540048  normal  0.201985  n/a    Agrobacterium vitis S4  Bacteria 
 
 
-
 
Avi_8130  CDS  NC_011982  86478  86774  -  297  conjugal transfer protein TraC  YP_002540049  normal  0.852257  n/a    Agrobacterium vitis S4  Bacteria 
 
 
-
 
Avi_8131  CDS  NC_011982  87030  90332  +  3303  Dtr system oriT relaxase  YP_002540050  normal  1  n/a    Agrobacterium vitis S4  Bacteria 
 
 
-
 
Avi_8132  CDS  NC_011982  90329  90859  +  531  conjugal transfer pilin processing protease TraF  YP_002540051  normal  0.562058  n/a    Agrobacterium vitis S4  Bacteria 
 
 
-
 
Avi_8133    NC_011982  90903  92077  +  1175      normal  0.335379  n/a    Agrobacterium vitis S4  Bacteria 
 
 
-
 
Avi_8135  CDS  NC_011982  92094  92723  +  630  conjugal transfer protein TraH  YP_002540052  normal  1  n/a    Agrobacterium vitis S4  Bacteria 
 
 
-
 
Avi_8136  CDS  NC_011982  92879  93325  +  447  hypothetical protein  YP_002540053  normal  1  n/a    Agrobacterium vitis S4  Bacteria 
 
 
-
 
Avi_8137  CDS  NC_011982  93351  93785  +  435  hypothetical protein  YP_002540054  normal  1  n/a    Agrobacterium vitis S4  Bacteria 
 
 
-
 
Avi_8138  CDS  NC_011982  94123  94431  +  309  transcriptional repressor  YP_002540055  normal  1  n/a    Agrobacterium vitis S4  Bacteria 
 
 
-
 
Avi_8140  CDS  NC_011982  94839  95522  -  684  transcriptional regulator TraR  YP_002540056  normal  0.692827  n/a    Agrobacterium vitis S4  Bacteria 
 
 
-
 
Avi_8142  CDS  NC_011982  95892  96776  -  885  alanine racemase  YP_002540057  normal  0.170675  n/a    Agrobacterium vitis S4  Bacteria 
 
 
-
 
Avi_8143  CDS  NC_011982  96911  97372  +  462  transcriptional regulator  YP_002540058  normal  0.0298504  n/a    Agrobacterium vitis S4  Bacteria 
 
 
-
 
Avi_8145  CDS  NC_011982  97789  98604  -  816  transcriptional regulator IclR family  YP_002540059  normal  0.122254  n/a    Agrobacterium vitis S4  Bacteria 
 
 
-
 
Avi_8146  CDS  NC_011982  98782  99897  +  1116  spermidine/putrescine binding protein of ABC transporter  YP_002540060  decreased coverage  0.00458388  n/a    Agrobacterium vitis S4  Bacteria 
 
 
-
 
Avi_8147  CDS  NC_011982  100330  101070  +  741  ABC transporter nucleotide binding/ATPase protein  YP_002540061  normal  0.25526  n/a    Agrobacterium vitis S4  Bacteria 
 
 
-
 
Avi_8148  CDS  NC_011982  101072  101953  +  882  ABC transporter membrane spanning protein  YP_002540062  normal  0.46903  n/a    Agrobacterium vitis S4  Bacteria 
 
 
-
 
Avi_8149  CDS  NC_011982  101950  102750  +  801  ABC transporter  YP_002540063  normal  0.828592  n/a    Agrobacterium vitis S4  Bacteria 
 
 
-
 
Avi_8150  CDS  NC_011982  102871  104217  +  1347  hypothetical protein  YP_002540064  normal  0.387109  n/a    Agrobacterium vitis S4  Bacteria 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>