More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_8029 on replicon NC_011982
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011982  Avi_8029  transcriptional regulator ArsR family  100 
 
 		 106 aa  214  2.9999999999999998e-55  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2309  regulatory protein ArsR  55.79 
 
 		 114 aa  100  7e-21  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.374797 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3096  transcriptional regulator, ArsR family  56.82 
 
 		 105 aa  95.1  3e-19  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.556468  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2827  transcriptional regulator, ArsR family  56.82 
 
 		 105 aa  95.1  3e-19  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.313122  normal  0.191386 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3285  transcriptional regulator ArsR family  53.41 
 
 		 105 aa  92.4  2e-18  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0018  transcriptional regulator, ArsR family protein  47.92 
 
 		 101 aa  84.3  5e-16  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.591177  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2615  ArsR family transcriptional regulator  50 
 
 		 119 aa  83.6  7e-16  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.237547  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0028  regulatory protein, ArsR  52.94 
 
 		 102 aa  82  0.000000000000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.0000136281  normal  0.0492639 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1580  regulatory protein ArsR  50 
 
 		 115 aa  82  0.000000000000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  decreased coverage  0.0014541  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2727  regulatory protein, ArsR  48 
 
 		 98 aa  81.6  0.000000000000003  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000369896  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1079  ArsR family transcriptional regulator  47.47 
 
 		 104 aa  82  0.000000000000003  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.0000795282  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0210  transcriptional activator HlyU  51.22 
 
 		 85 aa  81.6  0.000000000000003  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000976206  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1589  ArsR family transcriptional regulator  44.55 
 
 		 115 aa  80.9  0.000000000000006  Brucella suis 1330  Bacteria  hitchhiker  0.000194684  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2022  transcriptional regulator, ArsR family  39.78 
 
 		 111 aa  80.9  0.000000000000006  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1287  ArsR family transcriptional regulator  46.94 
 
 		 98 aa  80.9  0.000000000000006  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000000165957  normal  0.329148 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1532  ArsR family transcriptional regulator  44.55 
 
 		 115 aa  80.9  0.000000000000006  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0020  regulatory protein, ArsR  50.59 
 
 		 101 aa  80.5  0.000000000000007  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0037  ArsR family transcriptional regulator  50.59 
 
 		 102 aa  80.5  0.000000000000007  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.139091 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1095  ArsR family transcriptional regulator  46.94 
 
 		 98 aa  80.5  0.000000000000008  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.00000000620503  normal  0.070685 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0920  transcriptional regulator HlyU  46.94 
 
 		 98 aa  80.1  0.000000000000009  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  0.000000000331953  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0026  regulatory protein, ArsR  45.36 
 
 		 102 aa  80.1  0.00000000000001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000871967  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1236  ArsR family transcriptional regulator  43.33 
 
 		 101 aa  79.3  0.00000000000001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.118736  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004423  transcriptional activator HlyU  47.37 
 
 		 100 aa  80.1  0.00000000000001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00000188739  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0025  transcriptional regulator, ArsR family  45.36 
 
 		 102 aa  80.1  0.00000000000001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.111257  hitchhiker  0.00000153005 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0021  regulatory protein ArsR  45.36 
 
 		 102 aa  80.1  0.00000000000001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.00282375  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0025  ArsR family transcriptional regulator  45.36 
 
 		 102 aa  80.1  0.00000000000001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  decreased coverage  0.00398711  normal  0.0110166 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1190  ArsR family transcriptional regulator  45.92 
 
 		 98 aa  79.7  0.00000000000001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00010661  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00976  hypothetical protein  46.39 
 
 		 101 aa  80.1  0.00000000000001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3286  putative transcriptional regulator, ArsR family  40 
 
 		 106 aa  79.7  0.00000000000001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2395  ArsR family transcriptional regulator  34.02 
 
 		 109 aa  79  0.00000000000002  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2894  transcriptional regulator, ArsR family protein  45 
 
 		 98 aa  79.3  0.00000000000002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0578791  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0026  ArsR family transcriptional regulator  50.59 
 
 		 101 aa  79  0.00000000000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.849172  normal  0.018094 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0025  ArsR family transcriptional regulator  48.24 
 
 		 101 aa  78.6  0.00000000000003  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0018  regulatory protein, ArsR  44.33 
 
 		 102 aa  78.2  0.00000000000004  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.413678  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0023  ArsR family transcriptional regulator  44.33 
 
 		 102 aa  77.8  0.00000000000004  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.00000000124872  hitchhiker  0.000733869 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0021  ArsR family transcriptional regulator  44.33 
 
 		 102 aa  77.8  0.00000000000004  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.00000364753  normal  0.0654899 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0576  transcriptional activator HlyU  49.4 
 
 		 103 aa  78.2  0.00000000000004  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  hitchhiker  0.000103894  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0029  ArsR family transcriptional regulator  44.33 
 
 		 102 aa  77.8  0.00000000000004  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.0000481298  hitchhiker  0.000000745632 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0026  ArsR family transcriptional regulator  44.33 
 
 		 102 aa  77.4  0.00000000000005  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3538  transcriptional regulator HlyU  44.9 
 
 		 98 aa  77.4  0.00000000000006  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1055  regulatory protein, ArsR  44.9 
 
 		 98 aa  77.4  0.00000000000006  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.584265  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1050  regulatory protein, ArsR  44.9 
 
 		 98 aa  77.4  0.00000000000006  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000000242354  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1117  regulatory protein ArsR  44.9 
 
 		 98 aa  77.4  0.00000000000006  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00000000362609  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2961  ArsR family transcriptional regulator  44.9 
 
 		 98 aa  77.4  0.00000000000006  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000000318119  normal  0.703465 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3043  ArsR family transcriptional regulator  44.9 
 
 		 98 aa  77.4  0.00000000000006  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00000176438  normal  0.676383 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3239  transcriptional regulator, ArsR family  44.9 
 
 		 98 aa  77.4  0.00000000000006  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00078895  normal  0.52452 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3141  ArsR family transcriptional regulator  44.9 
 
 		 98 aa  77.4  0.00000000000006  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.0000177762  normal  0.988511 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1151  ArsR family transcriptional regulator  44.9 
 
 		 98 aa  77.4  0.00000000000006  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00000355977  normal  0.185077 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5186  transcriptional regulator, ArsR family  48.24 
 
 		 117 aa  76.3  0.0000000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.251574  normal  0.286102 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0024  ArsR family transcriptional regulator  48.24 
 
 		 101 aa  75.5  0.0000000000002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.00000000555304  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2942  regulatory protein ArsR  44.19 
 
 		 99 aa  73.9  0.0000000000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.130788 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2994  regulatory protein ArsR  44.19 
 
 		 99 aa  73.6  0.0000000000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.566931  normal  0.0250812 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3099  regulatory protein ArsR  44.19 
 
 		 99 aa  73.6  0.0000000000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.22781  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6792  ArsR family transcriptional regulator  47.92 
 
 		 108 aa  73.6  0.0000000000008  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.439051  normal  0.0283932 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1544  transcriptional regulator, ArsR family  37.23 
 
 		 109 aa  72.4  0.000000000002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.411749  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0132  transcriptional regulator, TrmB  47.19 
 
 		 107 aa  72.8  0.000000000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.500146  normal  0.0196192 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2977  regulatory protein ArsR  43.02 
 
 		 99 aa  72.4  0.000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.623995  normal  0.100497 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2370  ArsR family transcriptional regulator  43.82 
 
 		 103 aa  72.4  0.000000000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.0000192814  hitchhiker  0.0000168087 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2910  regulatory protein, ArsR  43.02 
 
 		 99 aa  72.4  0.000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1609  regulatory protein ArsR  42.53 
 
 		 110 aa  72.8  0.000000000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.020188  normal  0.119159 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2316  transcriptional regulator, TrmB  46.07 
 
 		 107 aa  71.6  0.000000000003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.66279  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1304  transcriptional regulator, TrmB  50.56 
 
 		 112 aa  71.2  0.000000000004  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1706  transcriptional regulator, ArsR family  44.32 
 
 		 121 aa  71.2  0.000000000005  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.09956  normal  0.924299 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2014  transcriptional regulator, ArsR family  44.32 
 
 		 121 aa  70.9  0.000000000006  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.413816  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0961  regulatory protein, ArsR  38.78 
 
 		 135 aa  70.5  0.000000000007  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2351  transcriptional regulator, ArsR family  34.88 
 
 		 109 aa  70.5  0.000000000007  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  unclonable  0.00000226954  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3836  regulatory protein ArsR  40.91 
 
 		 142 aa  70.5  0.000000000007  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2472  ArsR family transcriptional regulator  52.11 
 
 		 119 aa  70.5  0.000000000007  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2535  ArsR family transcriptional regulator  38.64 
 
 		 100 aa  70.5  0.000000000008  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1543  transcription regulator protein  41.94 
 
 		 121 aa  70.5  0.000000000008  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.0436972 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2292  ArsR family transcriptional regulator  43.53 
 
 		 99 aa  70.1  0.000000000009  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.863307  hitchhiker  0.000000172581 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1145  regulatory protein ArsR  50.56 
 
 		 112 aa  70.1  0.000000000009  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.220144  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02523  predicted DNA-binding transcriptional regulator  42.55 
 
 		 99 aa  69.3  0.00000000001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1016  transcriptional regulator, ArsR family  42.55 
 
 		 99 aa  69.3  0.00000000001  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0610  ArsR family transcriptional regulator  34.04 
 
 		 98 aa  69.3  0.00000000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2947  ArsR family transcriptional regulator  42.55 
 
 		 99 aa  69.3  0.00000000001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1206  ArsR family transcriptional regulator  41.18 
 
 		 115 aa  69.7  0.00000000001  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.233915  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3223  ArsR family transcriptional regulator  41.67 
 
 		 123 aa  69.7  0.00000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.675106  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3741  transcriptional regulator, ArsR family  49.35 
 
 		 103 aa  69.7  0.00000000001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02487  hypothetical protein  42.55 
 
 		 99 aa  69.3  0.00000000001  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1619  regulatory protein ArsR  47.62 
 
 		 103 aa  69.7  0.00000000001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000554955  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2802  ArsR family transcriptional regulator  42.55 
 
 		 99 aa  69.3  0.00000000001  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4139  transcriptional regulator, ArsR family  46.07 
 
 		 107 aa  70.1  0.00000000001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.908803  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1039  ArsR family transcriptional regulator  42.55 
 
 		 99 aa  69.3  0.00000000001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2927  ArsR family transcriptional regulator  44.05 
 
 		 111 aa  69.7  0.00000000001  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3331  regulatory protein ArsR  44.3 
 
 		 116 aa  69.3  0.00000000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.277588  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1937  ArsR family transcriptional regulator  43.18 
 
 		 107 aa  69.3  0.00000000002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1617  ArsR family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 115 aa  69.3  0.00000000002  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.755746  normal  0.662554 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3909  transcriptional regulator, ArsR family  44.19 
 
 		 99 aa  69.3  0.00000000002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.305368 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2787  ArsR family transcriptional regulator  42.55 
 
 		 99 aa  68.6  0.00000000003  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.255483 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01281  transcriptional regulator, ArsR family protein  41.46 
 
 		 87 aa  67.8  0.00000000004  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.0000457227  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2367  regulatory protein ArsR  43.37 
 
 		 97 aa  68.2  0.00000000004  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.74667  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1306  ArsR family transcriptional regulator  46.25 
 
 		 109 aa  68.2  0.00000000004  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.680406  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0234  ArsR family transcriptional regulator  36.08 
 
 		 112 aa  67.8  0.00000000005  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6240  ArsR family transcriptional regulator  38.37 
 
 		 94 aa  67.8  0.00000000005  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.668362  normal  0.873171 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4145  transcriptional regulator, ArsR family  42.5 
 
 		 142 aa  67.4  0.00000000006  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3220  ArsR family transcriptional regulator  40.91 
 
 		 129 aa  67.4  0.00000000006  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0149  ArsR family transcriptional regulator  42.17 
 
 		 108 aa  67.4  0.00000000006  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3214  transcriptional regulator, ArsR family  41.49 
 
 		 99 aa  67.4  0.00000000006  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2369  transcriptional regulator, ArsR family  34.41 
 
 		 100 aa  67.4  0.00000000007  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  unclonable  0.000230878  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>