More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_8027 on replicon NC_011982
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011982  Avi_8027  HNS-type DNA binding protein  100 
 
 		 92 aa  184  5e-46  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9178  HNS-type DNA binding protein  89.13 
 
 		 92 aa  164  4e-40  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.654708  n/a   
 
 
-
 
NC_009670  Oant_4761  histone family protein DNA-binding protein  84.78 
 
 		 92 aa  159  1e-38  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  hitchhiker  0.00588654  n/a   
 
 
-
 
NC_009475  BBta_p0009  histone-like DNA-binding protein  72.83 
 
 		 130 aa  140  5e-33  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  n/a    normal  0.101373 
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6198  histone family protein DNA-binding protein  71.43 
 
 		 92 aa  134  5e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0309609  normal  0.013935 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7042  HNS-type DNA binding protein  72.53 
 
 		 92 aa  133  9.999999999999999e-31  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.815664  n/a   
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5718  histone family protein DNA-binding protein  71.43 
 
 		 92 aa  132  9.999999999999999e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0779514  normal  0.621503 
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8123  HNS-type DNA binding protein  70.33 
 
 		 92 aa  131  3.9999999999999996e-30  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.029087  n/a   
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4234  histone-like DNA-binding protein  73.91 
 
 		 92 aa  125  2.0000000000000002e-28  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.482395  n/a   
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5182  histone family protein DNA-binding protein  55.43 
 
 		 92 aa  104  5e-22  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.022675  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2320  histone family protein DNA-binding protein  56.82 
 
 		 91 aa  103  9e-22  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.0313993 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1806  histone family protein DNA-binding protein  50 
 
 		 92 aa  100  1e-20  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.109803 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2219  histone family protein DNA-binding protein  51.09 
 
 		 92 aa  99.4  1e-20  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.789532  normal  0.340698 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1217  histone-like DNA-binding protein  55.56 
 
 		 91 aa  93.6  8e-19  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.778852  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2632  histone-like DNA-binding protein  52.22 
 
 		 91 aa  93.6  9e-19  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5141  histone family protein DNA-binding protein  53.26 
 
 		 92 aa  88.6  2e-17  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.467193 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0293  histone family protein DNA-binding protein  43.68 
 
 		 94 aa  76.3  0.0000000000001  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.416752  normal  0.0238993 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0914  DNA-binding protein HU  43.68 
 
 		 90 aa  73.9  0.0000000000007  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.196839  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1035  histone family protein DNA-binding protein  43.68 
 
 		 90 aa  73.9  0.0000000000007  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  decreased coverage  0.00000557803  hitchhiker  0.00000000462139 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1772  histone-like DNA-binding protein  43.68 
 
 		 90 aa  72.4  0.000000000002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  decreased coverage  0.000757515  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1290  nucleoid protein Hbs  41.11 
 
 		 91 aa  72.4  0.000000000002  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  hitchhiker  0.00000854913  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1863  integration host factor subunit alpha  37.78 
 
 		 102 aa  72  0.000000000003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  hitchhiker  0.00832208  normal  0.529294 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0500  histone family protein DNA-binding protein  40.91 
 
 		 90 aa  71.2  0.000000000004  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000759527 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0201  histone family protein DNA-binding protein  43.68 
 
 		 91 aa  71.2  0.000000000004  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.000000429798  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1251  histone family protein DNA-binding protein  40.91 
 
 		 91 aa  70.9  0.000000000005  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0902596  normal  0.20081 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2903  histone family protein DNA-binding protein  40.91 
 
 		 91 aa  70.9  0.000000000005  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.00933352  normal  0.626047 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02474  DNA-binding protein HU  41.86 
 
 		 90 aa  70.5  0.000000000008  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1118  HU family DNA-binding protein  41.86 
 
 		 91 aa  69.7  0.00000000001  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000128568  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0362  histone-like DNA-binding protein  41.38 
 
 		 91 aa  69.7  0.00000000001  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1584  histone family protein DNA-binding protein  38.37 
 
 		 91 aa  68.9  0.00000000002  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.532726  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0532  DNA-binding protein HU-beta  44.19 
 
 		 90 aa  69.3  0.00000000002  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  decreased coverage  0.00043104  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1364  histone family protein DNA-binding protein  39.77 
 
 		 90 aa  69.3  0.00000000002  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2824  nucleoid protein Hbs  41.38 
 
 		 91 aa  69.3  0.00000000002  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.669113  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2054  histone family protein DNA-binding protein  41.38 
 
 		 91 aa  69.3  0.00000000002  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.00333504  normal  0.0104655 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1714  DNA-binding protein HU-beta  38.37 
 
 		 90 aa  68.2  0.00000000003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.606946  normal  0.0324854 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0762  integration host factor subunit alpha  36.67 
 
 		 101 aa  68.6  0.00000000003  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.306695  normal  1 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1010  nucleoid protein Hbs  40 
 
 		 91 aa  68.2  0.00000000003  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.301873  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0913  integration host factor subunit alpha  34.88 
 
 		 100 aa  68.2  0.00000000004  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3110  histone family protein DNA-binding protein  41.38 
 
 		 90 aa  67.8  0.00000000004  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.0000000105676  hitchhiker  0.00000299463 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0470  histone family protein DNA-binding protein  38.82 
 
 		 94 aa  67.8  0.00000000005  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2510  integration host factor subunit alpha  36.67 
 
 		 100 aa  67.8  0.00000000005  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1745  histone family protein DNA-binding protein  41.38 
 
 		 90 aa  67.8  0.00000000005  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.693876  hitchhiker  0.00044049 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1538  DNA-binding protein HU  41.38 
 
 		 91 aa  67.8  0.00000000005  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  unclonable  0.0000000000676058  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_28720  integration host factor subunit alpha  36.67 
 
 		 100 aa  67.8  0.00000000005  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0000206678  hitchhiker  0.00000000749265 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0975  histone family protein DNA-binding protein  40.66 
 
 		 93 aa  67.4  0.00000000006  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0981  histone family protein DNA-binding protein  40.66 
 
 		 93 aa  67.4  0.00000000006  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1013  histone family protein DNA-binding protein  40.66 
 
 		 93 aa  67.4  0.00000000006  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4242  histone family protein DNA-binding protein  40.66 
 
 		 93 aa  67.4  0.00000000006  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0942  histone family protein DNA-binding protein  41.38 
 
 		 90 aa  67.4  0.00000000007  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1870  histone family protein DNA-binding protein  36.67 
 
 		 91 aa  67.4  0.00000000007  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.0130937 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1982  integration host factor subunit alpha  35.56 
 
 		 100 aa  67  0.00000000009  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0219997  normal  0.264768 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3836  nucleoid protein Hbs  41.18 
 
 		 91 aa  67  0.00000000009  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00753337  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2055  integration host factor subunit alpha  34.44 
 
 		 100 aa  67  0.00000000009  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.549761  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2356  histone family protein DNA-binding protein  37.78 
 
 		 94 aa  66.6  0.0000000001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1493  histone family protein DNA-binding protein  40.23 
 
 		 90 aa  66.2  0.0000000001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00000000388309  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2471  integration host factor subunit alpha  35.56 
 
 		 100 aa  66.6  0.0000000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1797  HU family DNA-binding protein  40.23 
 
 		 90 aa  66.2  0.0000000001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2658  histone family protein DNA-binding protein  40.23 
 
 		 90 aa  66.2  0.0000000001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.00000000180426  normal  0.730265 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2384  integration host factor, alpha subunit  35.56 
 
 		 100 aa  66.2  0.0000000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0917658  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3723  DNA-binding protein HU-beta  40.23 
 
 		 90 aa  66.6  0.0000000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.612497  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1750  histone-like DNA-binding protein  40.23 
 
 		 90 aa  66.6  0.0000000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.519537  normal  0.0235988 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2168  integration host factor subunit alpha  35.56 
 
 		 100 aa  66.2  0.0000000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.895191  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3219  integration host factor subunit alpha  35.56 
 
 		 100 aa  66.6  0.0000000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.327028 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1630  histone family protein DNA-binding protein  40.23 
 
 		 90 aa  66.2  0.0000000001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.0000000159632  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1973  integration host factor subunit alpha  35.56 
 
 		 100 aa  66.6  0.0000000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0364622 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1937  integration host factor subunit alpha  35.56 
 
 		 100 aa  66.2  0.0000000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0682795  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3694  nucleoid protein HU beta subunit  40.23 
 
 		 90 aa  66.6  0.0000000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.566059  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2611  integration host factor subunit alpha  38.46 
 
 		 100 aa  66.2  0.0000000001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1090  histone family protein DNA-binding protein  37.08 
 
 		 90 aa  66.2  0.0000000001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3475  integration host factor subunit alpha  35.56 
 
 		 100 aa  66.6  0.0000000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.981005  hitchhiker  0.00278356 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1913  integration host factor subunit alpha  38.46 
 
 		 100 aa  66.2  0.0000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.749601  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2747  histone family protein DNA-binding protein  40.23 
 
 		 90 aa  66.2  0.0000000001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.00000000276504  normal  0.581764 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0433  integration host factor subunit alpha  37.65 
 
 		 101 aa  66.2  0.0000000001  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1269  integration host factor subunit alpha  38.46 
 
 		 100 aa  66.2  0.0000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.272817 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1607  histone family protein DNA-binding protein  40.23 
 
 		 90 aa  66.2  0.0000000001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0000000022491  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1721  integration host factor subunit alpha  34.88 
 
 		 101 aa  66.2  0.0000000001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.20238 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1596  histone family protein DNA-binding protein  40.23 
 
 		 90 aa  66.2  0.0000000001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.00000000000169185  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2492  histone family protein DNA-binding protein  40.23 
 
 		 90 aa  66.2  0.0000000001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.000000000348442  normal  0.0842071 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2560  histone family protein DNA-binding protein  40.23 
 
 		 90 aa  66.2  0.0000000001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.000000135506  normal  0.0536414 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3758  histone family protein DNA-binding protein  40 
 
 		 90 aa  65.5  0.0000000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.639339  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4159  histone family protein DNA-binding protein  36.47 
 
 		 91 aa  65.9  0.0000000002  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0222  transcriptional regulator HU subunit alpha  42.35 
 
 		 90 aa  65.9  0.0000000002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.390191  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0532  histone-like protein  37.65 
 
 		 94 aa  65.9  0.0000000002  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3781  HU family DNA-binding protein  39.08 
 
 		 90 aa  65.9  0.0000000002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  hitchhiker  0.0095051  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1098  histone family protein DNA-binding protein  37.93 
 
 		 101 aa  65.5  0.0000000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00970005  hitchhiker  0.00000236625 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0355  histone-like DNA-binding protein  41.11 
 
 		 94 aa  65.9  0.0000000002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00204011  normal  0.390975 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3229  histone family protein DNA-binding protein  38.64 
 
 		 91 aa  65.9  0.0000000002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1544  histone family protein DNA-binding protein  40.23 
 
 		 90 aa  65.5  0.0000000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.000000007734  hitchhiker  0.000745392 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0290  transcriptional regulator HU subunit alpha  42.35 
 
 		 90 aa  65.9  0.0000000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.0031706  hitchhiker  0.00995537 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0226  transcriptional regulator HU subunit alpha  42.35 
 
 		 90 aa  65.9  0.0000000002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0975648  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_1175  histone-like DNA-binding protein  38.89 
 
 		 91 aa  66.2  0.0000000002  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  hitchhiker  0.000000211181  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0576  histone family protein DNA-binding protein  37.93 
 
 		 90 aa  65.9  0.0000000002  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.0418926 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2285  histone family protein DNA-binding protein  37.93 
 
 		 90 aa  65.5  0.0000000002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0556838  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1637  DNA-binding protein HU  38.82 
 
 		 90 aa  65.1  0.0000000003  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  decreased coverage  0.00420342  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1420  DNA-binding protein HU  38.82 
 
 		 90 aa  65.1  0.0000000003  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.190218  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1392  DNA-binding protein HU  38.82 
 
 		 90 aa  65.1  0.0000000003  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.011833  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1392  DNA-binding protein HU  38.82 
 
 		 90 aa  65.1  0.0000000003  Bacillus cereus E33L  Bacteria  decreased coverage  0.00000512711  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1826  hypothetical protein  39.53 
 
 		 92 aa  65.1  0.0000000003  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1566  DNA-binding protein HU  38.82 
 
 		 90 aa  65.1  0.0000000003  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.236067  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1531  DNA-binding protein HU  38.82 
 
 		 90 aa  65.1  0.0000000003  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.259543  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>