More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RSc1714 on replicon NC_003295
Organism: Ralstonia solanacearum GMI1000



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_003295  RSc1714  DNA-binding protein HU-beta  100 
 
 		 90 aa  177  2.9999999999999997e-44  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.606946  normal  0.0324854 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1533  histone family protein DNA-binding protein  91.11 
 
 		 90 aa  163  8e-40  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.753498  normal  0.353479 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1866  histone family protein DNA-binding protein  90 
 
 		 90 aa  162  2.0000000000000002e-39  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0187787  hitchhiker  0.00274705 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1014  histone family protein DNA-binding protein  76.67 
 
 		 90 aa  140  5e-33  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.385833  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2292  nucleoid protein Hbs  76.67 
 
 		 90 aa  140  5e-33  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.337722  normal  0.315371 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1909  histone family protein DNA-binding protein  76.67 
 
 		 90 aa  138  1.9999999999999998e-32  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.715849  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1956  nucleoid protein Hbs  71.11 
 
 		 90 aa  133  8e-31  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.582961  normal  0.45981 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1187  histone family protein DNA-binding protein  67.78 
 
 		 90 aa  128  2.0000000000000002e-29  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2621  histone family protein DNA-binding protein  67.78 
 
 		 90 aa  128  2.0000000000000002e-29  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.348082  normal  0.0833374 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2879  histone family protein DNA-binding protein  67.78 
 
 		 90 aa  127  3e-29  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3065  nucleoid protein Hbs  67.78 
 
 		 90 aa  127  7.000000000000001e-29  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.135138  normal  0.394857 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1789  histone family protein DNA-binding protein  66.67 
 
 		 90 aa  125  2.0000000000000002e-28  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.970942  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1633  histone family protein DNA-binding protein  66.67 
 
 		 90 aa  124  4.0000000000000003e-28  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1666  histone family protein DNA-binding protein  64.44 
 
 		 90 aa  123  7e-28  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2248  histone-like DNA-binding protein  66.67 
 
 		 112 aa  123  7e-28  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.117837  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2697  histone family protein DNA-binding protein  62.22 
 
 		 105 aa  119  9.999999999999999e-27  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.651283 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1611  nucleoid protein HU beta subunit  63.33 
 
 		 90 aa  117  6e-26  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.000132089  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1674  histone-like DNA-binding protein  64.44 
 
 		 90 aa  117  7e-26  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.171237 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3781  HU family DNA-binding protein  63.33 
 
 		 90 aa  112  1.0000000000000001e-24  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  hitchhiker  0.0095051  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3133  histone-like DNA-binding protein  63.33 
 
 		 90 aa  112  1.0000000000000001e-24  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.0000000045924  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2285  histone family protein DNA-binding protein  60 
 
 		 90 aa  112  2.0000000000000002e-24  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0556838  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2043  histone-like DNA-binding protein  60 
 
 		 90 aa  111  3e-24  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2337  histone-like DNA-binding protein  64.44 
 
 		 90 aa  111  4.0000000000000004e-24  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  unclonable  0.0000000498066  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1873  HU family DNA-binding protein  58.89 
 
 		 91 aa  110  5e-24  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.972501  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1929  histone family protein DNA-binding protein  65.56 
 
 		 116 aa  110  6e-24  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0431821 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0942  histone family protein DNA-binding protein  60 
 
 		 90 aa  110  9e-24  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0470  histone family protein DNA-binding protein  61.8 
 
 		 94 aa  109  1.0000000000000001e-23  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1098  histone family protein DNA-binding protein  61.11 
 
 		 101 aa  109  1.0000000000000001e-23  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00970005  hitchhiker  0.00000236625 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00392  HU, DNA-binding transcriptional regulator, beta subunit  60 
 
 		 90 aa  108  2.0000000000000002e-23  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0483  transcriptional regulator HU subunit beta  60 
 
 		 90 aa  108  2.0000000000000002e-23  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.000219434  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3169  histone family protein DNA-binding protein  60 
 
 		 90 aa  108  2.0000000000000002e-23  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000005828  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00396  hypothetical protein  60 
 
 		 90 aa  108  2.0000000000000002e-23  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0822  DNA-binding protein HU-beta  57.78 
 
 		 98 aa  108  2.0000000000000002e-23  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.172487  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0526  transcriptional regulator HU subunit beta  60 
 
 		 90 aa  108  2.0000000000000002e-23  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00026983  normal  0.698185 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2873  transcriptional regulator HU subunit beta  61.11 
 
 		 90 aa  108  2.0000000000000002e-23  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3192  transcriptional regulator HU subunit beta  60 
 
 		 90 aa  108  2.0000000000000002e-23  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0216859  hitchhiker  0.00242013 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0363  transcriptional regulator HU subunit beta  60 
 
 		 90 aa  108  2.0000000000000002e-23  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00017145  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0517  transcriptional regulator HU subunit beta  60 
 
 		 90 aa  108  2.0000000000000002e-23  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000441181  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3110  histone family protein DNA-binding protein  58.89 
 
 		 90 aa  108  2.0000000000000002e-23  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.0000000105676  hitchhiker  0.00000299463 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0476  transcriptional regulator HU subunit beta  60 
 
 		 90 aa  108  2.0000000000000002e-23  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000220916  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1227  HU family DNA-binding protein  56.67 
 
 		 90 aa  108  2.0000000000000002e-23  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.0000165625  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_23600  histone-like DNA-binding protein  61.11 
 
 		 90 aa  108  3e-23  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1412  histone-like DNA-binding protein  60.67 
 
 		 91 aa  108  3e-23  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  unclonable  0.0000000000277772  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02474  DNA-binding protein HU  62.22 
 
 		 90 aa  108  3e-23  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1544  histone family protein DNA-binding protein  57.78 
 
 		 90 aa  108  3e-23  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.000000007734  hitchhiker  0.000745392 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0491  transcriptional regulator HU subunit beta  58.89 
 
 		 90 aa  107  4.0000000000000004e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0126716  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0493  transcriptional regulator HU subunit beta  58.89 
 
 		 90 aa  107  4.0000000000000004e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.107938  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0500  transcriptional regulator HU subunit beta  58.89 
 
 		 90 aa  107  4.0000000000000004e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.332585  normal  0.0268714 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1837  histone family protein DNA-binding protein  61.8 
 
 		 90 aa  107  4.0000000000000004e-23  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  hitchhiker  0.00431989  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0510  transcriptional regulator HU subunit beta  58.89 
 
 		 90 aa  107  4.0000000000000004e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0507646  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0554  transcriptional regulator HU subunit beta  58.89 
 
 		 90 aa  107  4.0000000000000004e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  hitchhiker  0.00736621  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0907  transcriptional regulator HU subunit beta  61.11 
 
 		 90 aa  107  5e-23  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0908162  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2505  histone family protein DNA-binding protein  57.78 
 
 		 90 aa  107  5e-23  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000791734  normal  0.581146 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1051  transcriptional regulator HU subunit beta  58.89 
 
 		 90 aa  107  5e-23  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.593082  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3261  transcriptional regulator HU subunit beta  58.89 
 
 		 90 aa  107  5e-23  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3493  DNA-binding protein HU  61.11 
 
 		 90 aa  107  7.000000000000001e-23  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.175993  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_41210  DNA-binding protein HU  61.11 
 
 		 90 aa  107  7.000000000000001e-23  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0758892  normal  0.416187 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0576  histone family protein DNA-binding protein  56.67 
 
 		 90 aa  107  7.000000000000001e-23  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.0418926 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1509  DNA-binding protein HU-beta  60 
 
 		 90 aa  106  1e-22  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000490467  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1493  histone family protein DNA-binding protein  55.56 
 
 		 90 aa  106  1e-22  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00000000388309  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1797  HU family DNA-binding protein  55.56 
 
 		 90 aa  106  1e-22  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3065  transcriptional regulator HU subunit beta  58.89 
 
 		 90 aa  106  1e-22  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2658  histone family protein DNA-binding protein  55.56 
 
 		 90 aa  105  1e-22  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.00000000180426  normal  0.730265 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1715  histone-like DNA-binding protein  67.78 
 
 		 90 aa  106  1e-22  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.236026  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3051  transcriptional regulator HU subunit beta  60 
 
 		 90 aa  106  1e-22  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00488463  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3231  transcriptional regulator HU subunit beta  60 
 
 		 90 aa  106  1e-22  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1630  histone family protein DNA-binding protein  55.56 
 
 		 90 aa  106  1e-22  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.0000000159632  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2678  histone family protein DNA-binding protein  56.67 
 
 		 90 aa  106  1e-22  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.0000000000589622  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1596  histone family protein DNA-binding protein  55.56 
 
 		 90 aa  106  1e-22  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.00000000000169185  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0500  histone family protein DNA-binding protein  55.06 
 
 		 90 aa  106  1e-22  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000759527 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2747  histone family protein DNA-binding protein  55.56 
 
 		 90 aa  106  1e-22  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.00000000276504  normal  0.581764 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2492  histone family protein DNA-binding protein  55.56 
 
 		 90 aa  106  1e-22  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.000000000348442  normal  0.0842071 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2560  histone family protein DNA-binding protein  55.56 
 
 		 90 aa  106  1e-22  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.000000135506  normal  0.0536414 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1607  histone family protein DNA-binding protein  55.56 
 
 		 90 aa  106  1e-22  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0000000022491  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2593  histone family protein DNA-binding protein  56.67 
 
 		 91 aa  106  1e-22  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.0000000173721  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3089  transcriptional regulator HU subunit beta  60 
 
 		 90 aa  106  1e-22  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  unclonable  1.42002e-19  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2303  histone family protein DNA-binding protein  60 
 
 		 90 aa  105  2e-22  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0561689  hitchhiker  0.000233767 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3466  histone family protein DNA-binding protein  60 
 
 		 90 aa  105  2e-22  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.360259  hitchhiker  0.000212777 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1726  histone family protein DNA-binding protein  58.89 
 
 		 90 aa  105  2e-22  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  unclonable  0.00000000326644  hitchhiker  0.00672024 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2492  histone-like DNA-binding protein  55.56 
 
 		 90 aa  105  2e-22  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00401844  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1364  histone family protein DNA-binding protein  53.93 
 
 		 90 aa  105  2e-22  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4704  histone-like DNA-binding protein  58.89 
 
 		 93 aa  105  2e-22  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.833222 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2053  nucleoid protein HU beta subunit  60 
 
 		 90 aa  105  2e-22  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.000457213  normal  0.0670315 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0016  nucleoid protein HU beta subunit  57.78 
 
 		 90 aa  105  3e-22  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1468  DNA-binding protein HU beta subunit  56.67 
 
 		 91 aa  104  4e-22  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.961834  normal  0.643607 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0532  histone-like protein  59.55 
 
 		 94 aa  103  5e-22  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1905  histone family protein DNA-binding protein  60 
 
 		 90 aa  104  5e-22  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.173408  hitchhiker  0.000216257 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2063  HU family DNA-binding protein  56.67 
 
 		 91 aa  103  6e-22  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.832344  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0004  DNA-binding protein HU-alpha  58.89 
 
 		 92 aa  103  1e-21  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3397  DNA-binding protein HU, form B  58.89 
 
 		 92 aa  103  1e-21  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.218557  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2913  DNA-binding protein HU, form B  58.89 
 
 		 92 aa  103  1e-21  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.5361  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0508  DNA-binding protein HU  54.44 
 
 		 94 aa  103  1e-21  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  hitchhiker  0.000000377509  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1772  histone-like DNA-binding protein  56.67 
 
 		 90 aa  103  1e-21  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  decreased coverage  0.000757515  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1629  DNA-binding protein HU, form B  58.89 
 
 		 92 aa  103  1e-21  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0355  histone-like DNA-binding protein  57.3 
 
 		 94 aa  102  1e-21  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00204011  normal  0.390975 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2014  histone family protein DNA-binding protein  54.44 
 
 		 90 aa  103  1e-21  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  decreased coverage  0.000105311  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1641  DNA-binding protein HU  54.44 
 
 		 94 aa  103  1e-21  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  unclonable  7.02248e-19  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1745  histone family protein DNA-binding protein  60 
 
 		 90 aa  102  1e-21  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.693876  hitchhiker  0.00044049 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0004  DNA-binding protein HU-alpha  58.89 
 
 		 126 aa  103  1e-21  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2972  DNA-binding protein HU-alpha  58.89 
 
 		 92 aa  103  1e-21  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>