More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_8123 on replicon NC_011982
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011982  Avi_8123  HNS-type DNA binding protein  100 
 
 		 92 aa  180  5.0000000000000004e-45  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.029087  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7042  HNS-type DNA binding protein  95.65 
 
 		 92 aa  174  3e-43  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.815664  n/a   
 
 
-
 
NC_009475  BBta_p0009  histone-like DNA-binding protein  73.63 
 
 		 130 aa  133  8e-31  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  n/a    normal  0.101373 
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8027  HNS-type DNA binding protein  70.33 
 
 		 92 aa  131  3.9999999999999996e-30  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5718  histone family protein DNA-binding protein  72.83 
 
 		 92 aa  129  1.0000000000000001e-29  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0779514  normal  0.621503 
 
 
-
 
NC_009670  Oant_4761  histone family protein DNA-binding protein  69.23 
 
 		 92 aa  128  3e-29  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  hitchhiker  0.00588654  n/a   
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9178  HNS-type DNA binding protein  71.43 
 
 		 92 aa  127  4.0000000000000003e-29  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.654708  n/a   
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6198  histone family protein DNA-binding protein  68.48 
 
 		 92 aa  124  5e-28  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0309609  normal  0.013935 
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4234  histone-like DNA-binding protein  69.23 
 
 		 92 aa  114  5e-25  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.482395  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2320  histone family protein DNA-binding protein  57.95 
 
 		 91 aa  99  2e-20  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.0313993 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1806  histone family protein DNA-binding protein  52.75 
 
 		 92 aa  99.4  2e-20  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.109803 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2632  histone-like DNA-binding protein  61.8 
 
 		 91 aa  98.6  3e-20  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2219  histone family protein DNA-binding protein  53.85 
 
 		 92 aa  96.3  1e-19  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.789532  normal  0.340698 
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5182  histone family protein DNA-binding protein  54.95 
 
 		 92 aa  96.7  1e-19  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.022675  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1217  histone-like DNA-binding protein  60.47 
 
 		 91 aa  90.9  6e-18  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.778852  n/a   
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5141  histone family protein DNA-binding protein  56.04 
 
 		 92 aa  84.7  4e-16  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.467193 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1870  histone family protein DNA-binding protein  45.45 
 
 		 91 aa  77  0.00000000000008  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.0130937 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1584  histone family protein DNA-binding protein  43.68 
 
 		 91 aa  76.6  0.00000000000009  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.532726  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0238  histone family protein DNA-binding protein  41.38 
 
 		 91 aa  76.6  0.0000000000001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4159  histone family protein DNA-binding protein  45.35 
 
 		 91 aa  76.3  0.0000000000001  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008607  Ppro_3754  histone family protein DNA-binding protein  40.7 
 
 		 101 aa  76.3  0.0000000000001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.159868  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1290  nucleoid protein Hbs  44.44 
 
 		 91 aa  74.7  0.0000000000004  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  hitchhiker  0.00000854913  n/a   
 
 
-
 
NC_006055  Mfl201  histone-like DNA-binding protein  40.45 
 
 		 90 aa  73.9  0.0000000000007  Mesoplasma florum L1  Bacteria  normal  0.25153  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2302  histone family protein DNA-binding protein  40.7 
 
 		 97 aa  72.8  0.000000000001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1872  histone family protein DNA-binding protein  41.57 
 
 		 94 aa  72.8  0.000000000001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.0000425439  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0975  histone family protein DNA-binding protein  45.98 
 
 		 93 aa  71.6  0.000000000003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1013  histone family protein DNA-binding protein  45.98 
 
 		 93 aa  71.6  0.000000000003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0981  histone family protein DNA-binding protein  45.98 
 
 		 93 aa  71.6  0.000000000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2224  histone family protein DNA-binding protein  41.57 
 
 		 92 aa  71.6  0.000000000003  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000923552 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1996  histone family protein DNA-binding protein  41.57 
 
 		 92 aa  71.6  0.000000000003  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2622  histone family protein DNA-binding protein  40.45 
 
 		 92 aa  71.2  0.000000000004  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.349381  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1364  histone family protein DNA-binding protein  42.05 
 
 		 90 aa  71.2  0.000000000004  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4242  histone family protein DNA-binding protein  44.57 
 
 		 93 aa  71.2  0.000000000004  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2608  integration host factor, alpha subunit  40 
 
 		 99 aa  71.2  0.000000000005  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3057  histone-like DNA-binding protein  39.53 
 
 		 97 aa  70.9  0.000000000005  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.581982 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2752  histone-like DNA-binding protein  44.94 
 
 		 91 aa  71.2  0.000000000005  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0293  histone family protein DNA-binding protein  40.7 
 
 		 94 aa  70.9  0.000000000005  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.416752  normal  0.0238993 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2237  integration host factor, alpha subunit  40 
 
 		 99 aa  71.2  0.000000000005  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.0376768 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2799  histone family protein DNA-binding protein  42.7 
 
 		 91 aa  70.9  0.000000000007  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0180  histone family protein DNA-binding protein  36.78 
 
 		 91 aa  69.7  0.00000000001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.75268  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2750  integration host factor subunit alpha  41.18 
 
 		 136 aa  70.1  0.00000000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1552  integration host factor, alpha subunit  41.18 
 
 		 117 aa  69.7  0.00000000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.54168  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2356  histone family protein DNA-binding protein  39.33 
 
 		 94 aa  69.7  0.00000000001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1090  histone family protein DNA-binding protein  39.33 
 
 		 90 aa  69.7  0.00000000001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0470  histone family protein DNA-binding protein  43.53 
 
 		 94 aa  70.1  0.00000000001  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1377  integration host factor subunit alpha  41.18 
 
 		 136 aa  70.1  0.00000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.377563  normal  0.528891 
 
 
-
 
NC_011691  PHATRDRAFT_16074  predicted protein  40.74 
 
 		 90 aa  68.9  0.00000000002  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.73937  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1888  histone family protein DNA-binding protein  38.2 
 
 		 93 aa  69.3  0.00000000002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00000630839  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0465  histone family protein DNA-binding protein  43.53 
 
 		 90 aa  69.3  0.00000000002  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2651  histone family protein DNA-binding protein  38.2 
 
 		 92 aa  68.9  0.00000000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.532078  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2510  integration host factor subunit alpha  37.65 
 
 		 100 aa  69.3  0.00000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1886  integration host factor, alpha subunit  39.33 
 
 		 99 aa  69.3  0.00000000002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.067674 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1969  integration host factor subunit alpha  39.33 
 
 		 113 aa  68.9  0.00000000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  decreased coverage  0.0019696  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1994  integration host factor subunit alpha  39.33 
 
 		 113 aa  68.9  0.00000000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.110028  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1805  integration host factor, alpha subunit  36.47 
 
 		 102 aa  69.3  0.00000000002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1909  integration host factor subunit alpha  39.33 
 
 		 113 aa  68.9  0.00000000002  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_28720  integration host factor subunit alpha  37.65 
 
 		 100 aa  69.3  0.00000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0000206678  hitchhiker  0.00000000749265 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2107  histone family protein DNA-binding protein  40.7 
 
 		 90 aa  69.3  0.00000000002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  decreased coverage  0.00000844989  hitchhiker  0.00906741 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1251  histone family protein DNA-binding protein  39.53 
 
 		 91 aa  69.3  0.00000000002  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0902596  normal  0.20081 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2903  histone family protein DNA-binding protein  39.53 
 
 		 91 aa  69.3  0.00000000002  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.00933352  normal  0.626047 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1718  integration host factor subunit alpha  40 
 
 		 134 aa  68.2  0.00000000003  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0532  histone-like protein  42.35 
 
 		 94 aa  68.6  0.00000000003  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1741  integration host factor subunit alpha  40 
 
 		 134 aa  68.2  0.00000000003  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.394996  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1458  integration host factor subunit alpha  40 
 
 		 131 aa  68.6  0.00000000003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.763233  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1897  integration host factor subunit alpha  40 
 
 		 134 aa  68.2  0.00000000003  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.887651  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0765  nucleoid protein Hbs  41.11 
 
 		 91 aa  68.6  0.00000000003  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.00000296782  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4621  integration host factor subunit alpha  40 
 
 		 131 aa  68.6  0.00000000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.15527  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2589  integration host factor subunit alpha  40 
 
 		 134 aa  68.6  0.00000000003  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0799  histone-like DNA-binding protein  49.38 
 
 		 90 aa  68.2  0.00000000003  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.0173855 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0999  integration host factor subunit alpha  40 
 
 		 131 aa  68.6  0.00000000003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2154  histone family protein DNA-binding protein  42.35 
 
 		 90 aa  68.6  0.00000000003  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.000000552537  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1365  integration host factor subunit alpha  40 
 
 		 131 aa  68.6  0.00000000003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1481  integration host factor subunit alpha  40 
 
 		 131 aa  68.6  0.00000000003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1405  integration host factor subunit alpha  40 
 
 		 131 aa  68.6  0.00000000003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0197  integration host factor subunit alpha  40 
 
 		 134 aa  68.2  0.00000000004  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.878199  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1090  integration host factor subunit alpha  40 
 
 		 134 aa  68.2  0.00000000004  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1773  integration host factor subunit alpha  40 
 
 		 136 aa  68.2  0.00000000004  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.322922  normal  0.330159 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3742  integration host factor, alpha subunit  44.74 
 
 		 100 aa  68.2  0.00000000004  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.266099  normal  0.554438 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0969  integration host factor subunit alpha  40 
 
 		 134 aa  68.2  0.00000000004  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1533  integration host factor subunit alpha  40 
 
 		 134 aa  68.2  0.00000000004  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.612274  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2471  integration host factor subunit alpha  36.47 
 
 		 100 aa  67.8  0.00000000005  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2384  integration host factor, alpha subunit  36.47 
 
 		 100 aa  67.8  0.00000000005  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0917658  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2168  integration host factor subunit alpha  36.47 
 
 		 100 aa  67.8  0.00000000005  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.895191  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1937  integration host factor subunit alpha  36.47 
 
 		 100 aa  67.8  0.00000000005  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0682795  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1553  histone-like DNA-binding protein  43.68 
 
 		 91 aa  67.8  0.00000000005  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3475  integration host factor subunit alpha  36.47 
 
 		 100 aa  67.8  0.00000000005  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.981005  hitchhiker  0.00278356 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1973  integration host factor subunit alpha  36.47 
 
 		 100 aa  67.8  0.00000000005  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0364622 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3219  integration host factor subunit alpha  36.47 
 
 		 100 aa  67.8  0.00000000005  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.327028 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0942  histone family protein DNA-binding protein  43.68 
 
 		 90 aa  67.4  0.00000000006  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0532  DNA-binding protein HU-beta  45.35 
 
 		 90 aa  67.4  0.00000000006  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  decreased coverage  0.00043104  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1327  integration host factor, alpha subunit  36.26 
 
 		 113 aa  67.4  0.00000000006  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.125041  hitchhiker  0.0021642 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1474  putative DNA-binding protein HU-beta  41.86 
 
 		 90 aa  67.4  0.00000000007  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000997119  hitchhiker  0.0000985943 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2055  integration host factor subunit alpha  36.47 
 
 		 100 aa  67.4  0.00000000007  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.549761  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2207  histone family protein DNA-binding protein  42.7 
 
 		 91 aa  67.4  0.00000000007  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.976216  normal  0.483194 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1266  DNA-binding protein HU family  43.24 
 
 		 93 aa  67  0.00000000008  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1982  integration host factor subunit alpha  36.47 
 
 		 100 aa  67  0.00000000008  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0219997  normal  0.264768 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1118  HU family DNA-binding protein  43.02 
 
 		 91 aa  67  0.00000000008  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000128568  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1653  histone-like DNA-binding protein  41.86 
 
 		 90 aa  67  0.00000000009  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  unclonable  0.00000047794  unclonable  0.0000440637 
 
 
 
NC_002939  GSU1521  integration host factor, alpha subunit  37.08 
 
 		 91 aa  66.6  0.0000000001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.43426  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1035  histone family protein DNA-binding protein  37.93 
 
 		 90 aa  66.6  0.0000000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  decreased coverage  0.00000557803  hitchhiker  0.00000000462139 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>