More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gbem_1996 on replicon NC_011146
Organism: Geobacter bemidjiensis Bem



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011146  Gbem_1996  histone family protein DNA-binding protein  100 
 
 		 92 aa  181  2.0000000000000003e-45  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2224  histone family protein DNA-binding protein  100 
 
 		 92 aa  181  2.0000000000000003e-45  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000923552 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2622  histone family protein DNA-binding protein  93.48 
 
 		 92 aa  172  9.999999999999999e-43  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.349381  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2302  histone family protein DNA-binding protein  81.52 
 
 		 97 aa  158  2e-38  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1521  integration host factor, alpha subunit  86.81 
 
 		 91 aa  157  3e-38  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.43426  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1417  histone-like DNA-binding protein  86.81 
 
 		 91 aa  158  3e-38  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  0.00000053245  normal  0.466182 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1888  histone family protein DNA-binding protein  77.17 
 
 		 93 aa  149  8.999999999999999e-36  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00000630839  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1424  integration host factor, alpha subunit  77.17 
 
 		 93 aa  148  3e-35  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.000000184784  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1886  integration host factor, alpha subunit  74.44 
 
 		 99 aa  142  1e-33  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.067674 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3742  integration host factor, alpha subunit  76.92 
 
 		 100 aa  141  2e-33  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.266099  normal  0.554438 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1909  integration host factor subunit alpha  73.33 
 
 		 113 aa  140  4e-33  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1969  integration host factor subunit alpha  73.33 
 
 		 113 aa  140  4e-33  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  decreased coverage  0.0019696  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1994  integration host factor subunit alpha  73.33 
 
 		 113 aa  140  4e-33  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.110028  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1872  histone family protein DNA-binding protein  76.67 
 
 		 94 aa  140  6e-33  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.0000425439  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0238  histone family protein DNA-binding protein  70 
 
 		 91 aa  133  6.0000000000000005e-31  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0180  histone family protein DNA-binding protein  64.44 
 
 		 91 aa  126  1.0000000000000001e-28  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.75268  n/a   
 
 
-
 
NC_008607  Ppro_3754  histone family protein DNA-binding protein  61.54 
 
 		 101 aa  124  3e-28  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.159868  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0092  integration host factor, alpha subunit  58.24 
 
 		 96 aa  122  2e-27  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2356  histone family protein DNA-binding protein  62.22 
 
 		 94 aa  120  6e-27  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2120  integration host factor, alpha subunit  61.54 
 
 		 91 aa  117  3.9999999999999996e-26  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1308  integration host factor, alpha subunit  54.44 
 
 		 96 aa  114  3.9999999999999997e-25  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.110729  normal  0.113899 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2837  integration host factor, alpha subunit  54.44 
 
 		 96 aa  114  3.9999999999999997e-25  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.560391 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3057  histone-like DNA-binding protein  57.14 
 
 		 97 aa  109  1.0000000000000001e-23  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.581982 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1583  integration host factor subunit alpha  51.69 
 
 		 101 aa  109  1.0000000000000001e-23  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2066  histone family protein DNA-binding protein  53.33 
 
 		 96 aa  109  1.0000000000000001e-23  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0151573  normal  0.0307136 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1918  histone family protein DNA-binding protein  54.35 
 
 		 92 aa  110  1.0000000000000001e-23  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.0000225021  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0268  integration host factor, alpha subunit  50.55 
 
 		 104 aa  108  3e-23  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0433  integration host factor subunit alpha  50.55 
 
 		 101 aa  107  6e-23  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1731  integration host factor subunit alpha  52.81 
 
 		 98 aa  106  9.000000000000001e-23  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.074622  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2994  integration host factor, alpha subunit  51.69 
 
 		 97 aa  106  1e-22  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0762  integration host factor subunit alpha  51.69 
 
 		 101 aa  106  1e-22  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.306695  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1013  integration host factor subunit alpha  52.81 
 
 		 103 aa  105  2e-22  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00925023 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1456  integration host factor, alpha subunit  48.31 
 
 		 99 aa  105  3e-22  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.405955  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1146  integration host factor subunit alpha  48.31 
 
 		 99 aa  104  3e-22  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.0580836  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2471  integration host factor subunit alpha  49.44 
 
 		 100 aa  104  4e-22  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3219  integration host factor subunit alpha  49.44 
 
 		 100 aa  104  4e-22  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.327028 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1973  integration host factor subunit alpha  49.44 
 
 		 100 aa  104  4e-22  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0364622 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3475  integration host factor subunit alpha  49.44 
 
 		 100 aa  104  4e-22  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.981005  hitchhiker  0.00278356 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1668  integration host factor, alpha subunit  50 
 
 		 105 aa  104  4e-22  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1281  integration host factor subunit alpha  49.44 
 
 		 138 aa  103  5e-22  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.561954  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0002  histone family protein DNA-binding protein  54.44 
 
 		 95 aa  104  5e-22  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.634668 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2510  integration host factor subunit alpha  49.44 
 
 		 100 aa  103  6e-22  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_28720  integration host factor subunit alpha  49.44 
 
 		 100 aa  103  6e-22  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0000206678  hitchhiker  0.00000000749265 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2055  integration host factor subunit alpha  48.31 
 
 		 100 aa  103  7e-22  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.549761  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1166  integration host factor subunit alpha  49.44 
 
 		 136 aa  103  7e-22  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.516424  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1997  integration host factor subunit alpha  49.44 
 
 		 100 aa  103  8e-22  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.000120885  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7074  integration host factor, alpha subunit  51.11 
 
 		 105 aa  103  8e-22  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.15437  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1641  integration host factor subunit alpha  49.44 
 
 		 138 aa  103  8e-22  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.860546  normal  0.370826 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1583  integration host factor subunit alpha  49.44 
 
 		 104 aa  103  9e-22  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3019  integration host factor subunit alpha  49.44 
 
 		 101 aa  103  9e-22  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.616425  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1971  integration host factor subunit alpha  49.44 
 
 		 138 aa  103  9e-22  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2384  integration host factor, alpha subunit  48.31 
 
 		 100 aa  103  1e-21  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0917658  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4386  integration host factor subunit alpha  50 
 
 		 105 aa  103  1e-21  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6231  integration host factor, alpha subunit  51.11 
 
 		 104 aa  103  1e-21  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.75949  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2168  integration host factor subunit alpha  48.31 
 
 		 100 aa  103  1e-21  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.895191  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1937  integration host factor subunit alpha  48.31 
 
 		 100 aa  103  1e-21  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0682795  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2591  integration host factor, alpha subunit  50.56 
 
 		 98 aa  102  1e-21  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.3815  normal  0.0354419 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1661  integration host factor, alpha subunit  50.55 
 
 		 97 aa  102  2e-21  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2047  integration host factor subunit alpha  48.31 
 
 		 99 aa  102  2e-21  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0240665  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1805  integration host factor, alpha subunit  47.19 
 
 		 102 aa  102  2e-21  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1957  integration host factor subunit alpha  48.31 
 
 		 99 aa  102  2e-21  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.126843  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1718  integration host factor subunit alpha  46.15 
 
 		 98 aa  101  3e-21  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000312537  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2608  integration host factor, alpha subunit  48.89 
 
 		 99 aa  101  3e-21  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02112  integration host factor subunit alpha  47.19 
 
 		 98 aa  101  3e-21  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1894  integration host factor subunit alpha  48.31 
 
 		 98 aa  101  3e-21  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.585308  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1826  integration host factor subunit alpha  46.15 
 
 		 98 aa  101  3e-21  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2619  integration host factor subunit alpha  46.15 
 
 		 98 aa  101  3e-21  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.285521  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2150  integration host factor subunit alpha  47.19 
 
 		 98 aa  101  3e-21  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.872084  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003703  integration host factor alpha subunit  47.19 
 
 		 98 aa  101  3e-21  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.281505  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2237  integration host factor, alpha subunit  48.89 
 
 		 99 aa  101  3e-21  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.0376768 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2493  integration host factor subunit alpha  46.07 
 
 		 98 aa  101  3e-21  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.044668  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01681  integration host factor subunit alpha  48.31 
 
 		 99 aa  101  4e-21  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  decreased coverage  0.00950044  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1930  integration host factor, alpha subunit  48.31 
 
 		 99 aa  101  4e-21  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000106762  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1792  integration host factor subunit alpha  48.31 
 
 		 99 aa  101  4e-21  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.704445  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2430  integration host factor subunit alpha  48.31 
 
 		 99 aa  101  4e-21  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.446554  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2006  integration host factor subunit alpha  48.31 
 
 		 99 aa  101  4e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.608113 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1478  integration host factor subunit alpha  48.31 
 
 		 99 aa  101  4e-21  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1931  integration host factor subunit alpha  48.31 
 
 		 99 aa  101  4e-21  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000683366  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1730  integration host factor subunit alpha  48.31 
 
 		 99 aa  101  4e-21  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.976876  normal  0.494462 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1467  integration host factor subunit alpha  48.31 
 
 		 99 aa  101  4e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01670  hypothetical protein  48.31 
 
 		 99 aa  101  4e-21  Escherichia coli BL21  Bacteria  decreased coverage  0.00452626  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1982  integration host factor subunit alpha  48.31 
 
 		 100 aa  101  4e-21  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0219997  normal  0.264768 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1834  integration host factor subunit alpha  48.31 
 
 		 99 aa  101  4e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.155105  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1919  integration host factor subunit alpha  48.31 
 
 		 99 aa  101  4e-21  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.445655 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1954  integration host factor subunit alpha  48.31 
 
 		 99 aa  101  4e-21  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.57207  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1434  integration host factor subunit alpha  48.31 
 
 		 99 aa  101  4e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.0289441 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1450  integration host factor subunit alpha  48.31 
 
 		 99 aa  101  4e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0699  integration host factor, alpha subunit  48.31 
 
 		 110 aa  100  6e-21  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.101642  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02444  integration host factor subunit alpha  48.31 
 
 		 99 aa  100  6e-21  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0239469  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2186  integration host factor subunit alpha  47.19 
 
 		 98 aa  100  7e-21  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.874244  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0493  integration host factor subunit alpha  46.07 
 
 		 101 aa  100  7e-21  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.0640856  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1522  integration host factor, alpha subunit  45.05 
 
 		 101 aa  100  7e-21  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  hitchhiker  0.00263552  normal  0.735039 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1951  integration host factor subunit alpha  46.15 
 
 		 98 aa  100  8e-21  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0689999  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2055  histone family protein DNA-binding protein  51.11 
 
 		 108 aa  100  9e-21  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.283238 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3294  integration host factor, alpha subunit  46.67 
 
 		 105 aa  100  9e-21  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.13347 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2330  histone family protein DNA-binding protein  51.11 
 
 		 108 aa  100  9e-21  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.45414 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2799  integration host factor subunit alpha  47.19 
 
 		 99 aa  100  9e-21  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3967  histone family protein DNA-binding protein  50 
 
 		 106 aa  100  9e-21  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.225814  normal  0.0228483 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2924  integration host factor, alpha subunit  50 
 
 		 105 aa  99.4  1e-20  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0242436  hitchhiker  0.000500218 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_2014  integration host factor subunit alpha  47.25 
 
 		 99 aa  98.6  2e-20  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.0886978  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>