More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene GSU2120 on replicon NC_002939
Organism: Geobacter sulfurreducens PCA



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002939  GSU2120  integration host factor, alpha subunit  100 
 
 		 91 aa  182  1.0000000000000001e-45  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1888  histone family protein DNA-binding protein  71.11 
 
 		 93 aa  133  7.000000000000001e-31  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00000630839  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0238  histone family protein DNA-binding protein  67.78 
 
 		 91 aa  130  5e-30  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2302  histone family protein DNA-binding protein  70 
 
 		 97 aa  130  7.999999999999999e-30  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0180  histone family protein DNA-binding protein  65.56 
 
 		 91 aa  129  2.0000000000000002e-29  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.75268  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1872  histone family protein DNA-binding protein  66.67 
 
 		 94 aa  125  3e-28  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.0000425439  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1417  histone-like DNA-binding protein  64.84 
 
 		 91 aa  121  3e-27  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  0.00000053245  normal  0.466182 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2622  histone family protein DNA-binding protein  63.74 
 
 		 92 aa  120  5e-27  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.349381  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1521  integration host factor, alpha subunit  62.64 
 
 		 91 aa  119  9.999999999999999e-27  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.43426  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2356  histone family protein DNA-binding protein  60 
 
 		 94 aa  119  9.999999999999999e-27  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1996  histone family protein DNA-binding protein  61.54 
 
 		 92 aa  117  3.9999999999999996e-26  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2224  histone family protein DNA-binding protein  61.54 
 
 		 92 aa  117  3.9999999999999996e-26  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000923552 
 
 
-
 
NC_008607  Ppro_3754  histone family protein DNA-binding protein  60.44 
 
 		 101 aa  117  7.999999999999999e-26  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.159868  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1886  integration host factor, alpha subunit  60 
 
 		 99 aa  115  1.9999999999999998e-25  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.067674 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1909  integration host factor subunit alpha  60 
 
 		 113 aa  115  1.9999999999999998e-25  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1969  integration host factor subunit alpha  60 
 
 		 113 aa  115  1.9999999999999998e-25  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  decreased coverage  0.0019696  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1994  integration host factor subunit alpha  60 
 
 		 113 aa  115  1.9999999999999998e-25  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.110028  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1424  integration host factor, alpha subunit  60 
 
 		 93 aa  114  6e-25  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.000000184784  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3742  integration host factor, alpha subunit  60.87 
 
 		 100 aa  112  1.0000000000000001e-24  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.266099  normal  0.554438 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1918  histone family protein DNA-binding protein  55.56 
 
 		 92 aa  110  5e-24  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.0000225021  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0092  integration host factor, alpha subunit  53.85 
 
 		 96 aa  106  1e-22  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2837  integration host factor, alpha subunit  54.44 
 
 		 96 aa  105  3e-22  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.560391 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1308  integration host factor, alpha subunit  54.44 
 
 		 96 aa  105  3e-22  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.110729  normal  0.113899 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3057  histone-like DNA-binding protein  52.75 
 
 		 97 aa  103  8e-22  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.581982 
 
 
-
 
NC_010815  Glov_3685  histone family protein DNA-binding protein  49.45 
 
 		 93 aa  102  1e-21  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.166156  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2066  histone family protein DNA-binding protein  53.33 
 
 		 96 aa  101  4e-21  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0151573  normal  0.0307136 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0433  integration host factor subunit alpha  46.15 
 
 		 101 aa  97.8  5e-20  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01681  integration host factor subunit alpha  47.19 
 
 		 99 aa  97.1  7e-20  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  decreased coverage  0.00950044  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1930  integration host factor, alpha subunit  47.19 
 
 		 99 aa  97.1  7e-20  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000106762  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2006  integration host factor subunit alpha  47.19 
 
 		 99 aa  97.1  7e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.608113 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2430  integration host factor subunit alpha  47.19 
 
 		 99 aa  97.1  7e-20  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.446554  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1931  integration host factor subunit alpha  47.19 
 
 		 99 aa  97.1  7e-20  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000683366  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1954  integration host factor subunit alpha  47.19 
 
 		 99 aa  97.1  7e-20  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.57207  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1478  integration host factor subunit alpha  47.19 
 
 		 99 aa  97.1  7e-20  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1467  integration host factor subunit alpha  47.19 
 
 		 99 aa  97.1  7e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1661  integration host factor, alpha subunit  49.45 
 
 		 97 aa  97.1  7e-20  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1434  integration host factor subunit alpha  47.19 
 
 		 99 aa  97.1  7e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.0289441 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1834  integration host factor subunit alpha  47.19 
 
 		 99 aa  97.1  7e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.155105  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1450  integration host factor subunit alpha  47.19 
 
 		 99 aa  97.1  7e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1919  integration host factor subunit alpha  47.19 
 
 		 99 aa  97.1  7e-20  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.445655 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01670  hypothetical protein  47.19 
 
 		 99 aa  97.1  7e-20  Escherichia coli BL21  Bacteria  decreased coverage  0.00452626  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1730  integration host factor subunit alpha  47.19 
 
 		 99 aa  97.1  8e-20  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.976876  normal  0.494462 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1792  integration host factor subunit alpha  47.19 
 
 		 99 aa  97.1  8e-20  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.704445  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1731  integration host factor subunit alpha  47.78 
 
 		 98 aa  96.3  1e-19  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.074622  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02444  integration host factor subunit alpha  45.05 
 
 		 99 aa  95.9  2e-19  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0239469  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1718  integration host factor subunit alpha  45.05 
 
 		 98 aa  95.5  2e-19  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000312537  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2619  integration host factor subunit alpha  45.05 
 
 		 98 aa  95.5  2e-19  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.285521  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1982  integration host factor subunit alpha  42.86 
 
 		 100 aa  95.5  2e-19  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0219997  normal  0.264768 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0002  histone family protein DNA-binding protein  50 
 
 		 95 aa  95.5  2e-19  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.634668 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1826  integration host factor subunit alpha  45.05 
 
 		 98 aa  95.5  2e-19  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4610  integration host factor subunit alpha  47.78 
 
 		 110 aa  95.5  2e-19  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.428618  normal  0.0608017 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1957  integration host factor subunit alpha  46.07 
 
 		 99 aa  95.5  2e-19  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.126843  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2047  integration host factor subunit alpha  46.07 
 
 		 99 aa  95.1  3e-19  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0240665  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2853  integration host factor subunit alpha  47.25 
 
 		 122 aa  94.7  3e-19  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.769617  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1894  integration host factor subunit alpha  46.07 
 
 		 98 aa  95.1  3e-19  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.585308  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2510  integration host factor subunit alpha  43.96 
 
 		 100 aa  94.7  4e-19  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_28720  integration host factor subunit alpha  43.96 
 
 		 100 aa  94.7  4e-19  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0000206678  hitchhiker  0.00000000749265 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2471  integration host factor subunit alpha  42.86 
 
 		 100 aa  94  6e-19  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3219  integration host factor subunit alpha  42.86 
 
 		 100 aa  94  6e-19  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.327028 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2150  integration host factor subunit alpha  44.94 
 
 		 98 aa  94  6e-19  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.872084  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02112  integration host factor subunit alpha  45.05 
 
 		 98 aa  94  6e-19  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003703  integration host factor alpha subunit  45.05 
 
 		 98 aa  94  6e-19  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.281505  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1973  integration host factor subunit alpha  42.86 
 
 		 100 aa  94  6e-19  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0364622 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3475  integration host factor subunit alpha  42.86 
 
 		 100 aa  94  6e-19  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.981005  hitchhiker  0.00278356 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1456  integration host factor, alpha subunit  43.96 
 
 		 99 aa  94  6e-19  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.405955  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0699  integration host factor, alpha subunit  45.05 
 
 		 110 aa  93.6  8e-19  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.101642  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2384  integration host factor, alpha subunit  42.86 
 
 		 100 aa  93.6  8e-19  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0917658  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2168  integration host factor subunit alpha  42.86 
 
 		 100 aa  93.6  8e-19  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.895191  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2186  integration host factor subunit alpha  44.94 
 
 		 98 aa  93.6  8e-19  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.874244  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1937  integration host factor subunit alpha  42.86 
 
 		 100 aa  93.6  8e-19  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0682795  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2055  integration host factor subunit alpha  42.86 
 
 		 100 aa  92.8  1e-18  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.549761  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1741  integration host factor subunit alpha  46.51 
 
 		 134 aa  92.8  1e-18  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.394996  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1090  integration host factor subunit alpha  46.51 
 
 		 134 aa  92.8  1e-18  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1897  integration host factor subunit alpha  46.51 
 
 		 134 aa  92.8  1e-18  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.887651  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4621  integration host factor subunit alpha  46.51 
 
 		 131 aa  92.8  1e-18  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.15527  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1718  integration host factor subunit alpha  46.51 
 
 		 134 aa  92.8  1e-18  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1458  integration host factor subunit alpha  46.51 
 
 		 131 aa  92.8  1e-18  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.763233  normal  1 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0969  integration host factor subunit alpha  46.51 
 
 		 134 aa  92.8  1e-18  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1481  integration host factor subunit alpha  46.51 
 
 		 131 aa  92.8  1e-18  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1773  integration host factor subunit alpha  46.51 
 
 		 136 aa  93.2  1e-18  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.322922  normal  0.330159 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1405  integration host factor subunit alpha  46.51 
 
 		 131 aa  92.8  1e-18  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0197  integration host factor subunit alpha  46.51 
 
 		 134 aa  92.8  1e-18  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.878199  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0999  integration host factor subunit alpha  46.51 
 
 		 131 aa  92.8  1e-18  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1533  integration host factor subunit alpha  46.51 
 
 		 134 aa  92.8  1e-18  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.612274  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1365  integration host factor subunit alpha  46.51 
 
 		 131 aa  92.8  1e-18  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1951  integration host factor subunit alpha  45.05 
 
 		 98 aa  92  2e-18  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0689999  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2994  integration host factor, alpha subunit  43.82 
 
 		 97 aa  92.4  2e-18  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2589  integration host factor subunit alpha  46.51 
 
 		 134 aa  92.8  2e-18  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1583  integration host factor subunit alpha  42.86 
 
 		 101 aa  92.4  2e-18  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2750  integration host factor subunit alpha  45.35 
 
 		 136 aa  91.7  3e-18  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_2014  integration host factor subunit alpha  43.96 
 
 		 99 aa  91.7  3e-18  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.0886978  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1552  integration host factor, alpha subunit  45.35 
 
 		 117 aa  91.7  3e-18  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.54168  normal  1 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_2093  integration host factor subunit alpha  43.96 
 
 		 99 aa  91.7  3e-18  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1377  integration host factor subunit alpha  45.35 
 
 		 136 aa  91.7  3e-18  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.377563  normal  0.528891 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0762  integration host factor subunit alpha  42.86 
 
 		 101 aa  91.7  3e-18  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.306695  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1146  integration host factor subunit alpha  43.96 
 
 		 99 aa  91.7  4e-18  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.0580836  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3095  integration host factor subunit alpha  43.96 
 
 		 108 aa  91.3  4e-18  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.0706803 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2493  integration host factor subunit alpha  41.76 
 
 		 98 aa  91.3  4e-18  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.044668  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1314  integration host factor, alpha subunit  42.86 
 
 		 100 aa  90.9  5e-18  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2068  integration host factor subunit alpha  44.94 
 
 		 97 aa  90.9  5e-18  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0298794  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>