More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PSPTO_2384 on replicon NC_004578
Organism: Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004578  PSPTO_2384  integration host factor, alpha subunit  100 
 
 		 100 aa  201  3e-51  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0917658  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2168  integration host factor subunit alpha  100 
 
 		 100 aa  201  3e-51  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.895191  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1937  integration host factor subunit alpha  100 
 
 		 100 aa  201  3e-51  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0682795  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3219  integration host factor subunit alpha  98.99 
 
 		 100 aa  197  6e-50  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.327028 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2471  integration host factor subunit alpha  98.99 
 
 		 100 aa  197  6e-50  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3475  integration host factor subunit alpha  98.99 
 
 		 100 aa  197  6e-50  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.981005  hitchhiker  0.00278356 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1973  integration host factor subunit alpha  98.99 
 
 		 100 aa  197  6e-50  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0364622 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1982  integration host factor subunit alpha  98 
 
 		 100 aa  194  3e-49  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0219997  normal  0.264768 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2510  integration host factor subunit alpha  97 
 
 		 100 aa  194  4.0000000000000005e-49  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_28720  integration host factor subunit alpha  97 
 
 		 100 aa  194  4.0000000000000005e-49  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0000206678  hitchhiker  0.00000000749265 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1583  integration host factor subunit alpha  90.82 
 
 		 101 aa  183  6e-46  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2055  integration host factor subunit alpha  87 
 
 		 100 aa  180  7e-45  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.549761  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_20480  integration host factor, alpha subunit  97.8 
 
 		 92 aa  177  2.9999999999999997e-44  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1456  integration host factor, alpha subunit  86.46 
 
 		 99 aa  170  6.999999999999999e-42  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.405955  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0762  integration host factor subunit alpha  86.46 
 
 		 101 aa  168  2e-41  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.306695  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0433  integration host factor subunit alpha  83.51 
 
 		 101 aa  167  5e-41  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1146  integration host factor subunit alpha  84.54 
 
 		 99 aa  166  1e-40  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.0580836  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1805  integration host factor, alpha subunit  78.79 
 
 		 102 aa  161  2.0000000000000002e-39  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1604  integration host factor subunit alpha  86.96 
 
 		 99 aa  161  3e-39  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0316087  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1826  integration host factor subunit alpha  83.7 
 
 		 98 aa  160  4.0000000000000004e-39  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2047  integration host factor subunit alpha  85.71 
 
 		 99 aa  160  4.0000000000000004e-39  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0240665  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1718  integration host factor subunit alpha  83.7 
 
 		 98 aa  160  4.0000000000000004e-39  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000312537  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2619  integration host factor subunit alpha  83.7 
 
 		 98 aa  160  4.0000000000000004e-39  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.285521  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1957  integration host factor subunit alpha  85.71 
 
 		 99 aa  160  5.0000000000000005e-39  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.126843  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1894  integration host factor subunit alpha  85.71 
 
 		 98 aa  160  6e-39  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.585308  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01681  integration host factor subunit alpha  85.71 
 
 		 99 aa  160  7e-39  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  decreased coverage  0.00950044  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1930  integration host factor, alpha subunit  85.71 
 
 		 99 aa  160  7e-39  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000106762  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01670  hypothetical protein  85.71 
 
 		 99 aa  160  7e-39  Escherichia coli BL21  Bacteria  decreased coverage  0.00452626  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1919  integration host factor subunit alpha  85.71 
 
 		 99 aa  160  7e-39  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.445655 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2430  integration host factor subunit alpha  85.71 
 
 		 99 aa  160  7e-39  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.446554  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1478  integration host factor subunit alpha  85.71 
 
 		 99 aa  160  7e-39  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1931  integration host factor subunit alpha  85.71 
 
 		 99 aa  160  7e-39  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000683366  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1954  integration host factor subunit alpha  85.71 
 
 		 99 aa  160  7e-39  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.57207  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1730  integration host factor subunit alpha  85.71 
 
 		 99 aa  160  8.000000000000001e-39  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.976876  normal  0.494462 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2006  integration host factor subunit alpha  85.71 
 
 		 99 aa  159  8.000000000000001e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.608113 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1467  integration host factor subunit alpha  85.71 
 
 		 99 aa  159  8.000000000000001e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1834  integration host factor subunit alpha  85.71 
 
 		 99 aa  159  8.000000000000001e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.155105  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1434  integration host factor subunit alpha  85.71 
 
 		 99 aa  159  8.000000000000001e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.0289441 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2150  integration host factor subunit alpha  84.62 
 
 		 98 aa  159  8.000000000000001e-39  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.872084  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1450  integration host factor subunit alpha  85.71 
 
 		 99 aa  159  8.000000000000001e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1951  integration host factor subunit alpha  80.41 
 
 		 98 aa  159  9e-39  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0689999  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2186  integration host factor subunit alpha  84.62 
 
 		 98 aa  159  1e-38  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.874244  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1710  integration host factor subunit alpha  84.78 
 
 		 99 aa  159  1e-38  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.707381  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1875  integration host factor subunit alpha  84.78 
 
 		 98 aa  158  2e-38  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00111351  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2087  integration host factor subunit alpha  84.78 
 
 		 98 aa  158  2e-38  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2214  integration host factor subunit alpha  83.33 
 
 		 98 aa  159  2e-38  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.600475  normal  0.239128 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1830  integration host factor subunit alpha  84.78 
 
 		 98 aa  158  2e-38  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00321456  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2468  integration host factor subunit alpha  84.62 
 
 		 98 aa  158  2e-38  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0406236  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1902  integration host factor subunit alpha  84.78 
 
 		 98 aa  158  2e-38  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000352289  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2417  integration host factor subunit alpha  84.78 
 
 		 98 aa  158  2e-38  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00000508912  hitchhiker  0.0000292071 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1909  integration host factor subunit alpha  84.78 
 
 		 98 aa  158  2e-38  Shewanella baltica OS195  Bacteria  decreased coverage  0.000003309  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1810  integration host factor subunit alpha  81.44 
 
 		 98 aa  158  2e-38  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2167  integration host factor subunit alpha  81.44 
 
 		 98 aa  158  2e-38  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0460926  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1792  integration host factor subunit alpha  84.62 
 
 		 99 aa  158  2e-38  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.704445  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2596  integration host factor subunit alpha  84.62 
 
 		 98 aa  158  2e-38  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.184859  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0918  integration host factor, alpha subunit  77.55 
 
 		 99 aa  158  3e-38  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1865  integration host factor subunit alpha  84.78 
 
 		 98 aa  158  3e-38  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2068  integration host factor subunit alpha  84.62 
 
 		 97 aa  158  3e-38  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0298794  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02444  integration host factor subunit alpha  83.52 
 
 		 99 aa  156  8e-38  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0239469  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2799  integration host factor subunit alpha  79.17 
 
 		 99 aa  155  1e-37  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0846  integration host factor subunit alpha  82.42 
 
 		 98 aa  155  2e-37  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000670658  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02112  integration host factor subunit alpha  82.42 
 
 		 98 aa  154  3e-37  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003703  integration host factor alpha subunit  82.42 
 
 		 98 aa  154  4e-37  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.281505  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2493  integration host factor subunit alpha  81.32 
 
 		 98 aa  153  9e-37  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.044668  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0699  integration host factor, alpha subunit  79.57 
 
 		 110 aa  150  5.9999999999999996e-36  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.101642  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1731  integration host factor subunit alpha  78.02 
 
 		 98 aa  149  8.999999999999999e-36  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.074622  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1314  integration host factor, alpha subunit  71.88 
 
 		 100 aa  147  5e-35  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_2093  integration host factor subunit alpha  72.16 
 
 		 99 aa  146  7e-35  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_2014  integration host factor subunit alpha  72.16 
 
 		 99 aa  146  7e-35  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.0886978  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2994  integration host factor, alpha subunit  75.82 
 
 		 97 aa  146  8e-35  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01389  integration host factor subunit alpha  78.89 
 
 		 92 aa  146  1.0000000000000001e-34  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.345792  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1997  integration host factor subunit alpha  71.43 
 
 		 100 aa  143  1e-33  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.000120885  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2591  integration host factor, alpha subunit  68.42 
 
 		 98 aa  141  3e-33  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.3815  normal  0.0354419 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2671  integration host factor subunit alpha  72.45 
 
 		 100 aa  140  6e-33  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.998853 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3019  integration host factor subunit alpha  75.27 
 
 		 101 aa  140  7e-33  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.616425  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1166  integration host factor subunit alpha  72.34 
 
 		 136 aa  139  9.999999999999999e-33  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.516424  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2764  integration host factor subunit alpha  73.12 
 
 		 97 aa  138  1.9999999999999998e-32  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2637  integration host factor subunit alpha  73.12 
 
 		 97 aa  138  1.9999999999999998e-32  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1773  integration host factor subunit alpha  75.56 
 
 		 136 aa  139  1.9999999999999998e-32  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.322922  normal  0.330159 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4621  integration host factor subunit alpha  75.56 
 
 		 131 aa  138  1.9999999999999998e-32  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.15527  normal  1 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1472  integration host factor subunit alpha  75.82 
 
 		 103 aa  139  1.9999999999999998e-32  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.213571  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1458  integration host factor subunit alpha  75.56 
 
 		 131 aa  138  1.9999999999999998e-32  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.763233  normal  1 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1409  integration host factor subunit alpha  75.82 
 
 		 103 aa  139  1.9999999999999998e-32  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  hitchhiker  0.0010312  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0999  integration host factor subunit alpha  75.56 
 
 		 131 aa  138  1.9999999999999998e-32  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1481  integration host factor subunit alpha  75.56 
 
 		 131 aa  138  1.9999999999999998e-32  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1718  integration host factor subunit alpha  75.56 
 
 		 134 aa  138  3e-32  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1405  integration host factor subunit alpha  75.56 
 
 		 131 aa  138  3e-32  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1365  integration host factor subunit alpha  75.56 
 
 		 131 aa  138  3e-32  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1741  integration host factor subunit alpha  75.56 
 
 		 134 aa  137  3.9999999999999997e-32  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.394996  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1583  integration host factor subunit alpha  73.12 
 
 		 104 aa  137  3.9999999999999997e-32  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1090  integration host factor subunit alpha  75.56 
 
 		 134 aa  137  3.9999999999999997e-32  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1897  integration host factor subunit alpha  75.56 
 
 		 134 aa  137  3.9999999999999997e-32  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.887651  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0197  integration host factor subunit alpha  75.56 
 
 		 134 aa  137  3.9999999999999997e-32  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.878199  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1533  integration host factor subunit alpha  75.56 
 
 		 134 aa  137  3.9999999999999997e-32  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.612274  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0969  integration host factor subunit alpha  75.56 
 
 		 134 aa  137  3.9999999999999997e-32  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1281  integration host factor subunit alpha  71.28 
 
 		 138 aa  137  4.999999999999999e-32  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.561954  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2589  integration host factor subunit alpha  75.56 
 
 		 134 aa  137  6e-32  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1377  integration host factor subunit alpha  74.44 
 
 		 136 aa  136  8.999999999999999e-32  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.377563  normal  0.528891 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0493  integration host factor subunit alpha  72.53 
 
 		 101 aa  135  1e-31  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.0640856  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2750  integration host factor subunit alpha  74.44 
 
 		 136 aa  136  1e-31  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>